genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  95  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29026214--29026296	28	3.0	28	78	3	96	24	20	25	30	1.99
29035046--29035082	8	4.3	9	83	13	51	35	10	21	32	1.88
29035803--29035855	18	2.9	18	82	0	70	37	0	20	41	1.53
29036153--29036234	25	3.3	25	76	6	78	39	13	14	32	1.85
29045679--29045742	18	3.5	17	73	14	56	40	6	18	34	1.76
29055669--29055735	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
29057397--29057469	27	2.7	27	82	0	83	19	27	21	31	1.97
29061734--29061788	27	2.0	27	89	6	85	32	29	16	21	1.95
29066724--29066769	23	2.0	23	86	0	65	50	0	0	50	1.00
29070638--29070677	20	2.0	20	85	0	53	67	0	2	30	1.04
29070644--29070682	20	2.0	20	89	0	60	61	0	5	33	1.18
29072102--29073224	153	7.4	154	86	5	1529	51	7	10	31	1.63
29072102--29073223	457	2.5	453	85	7	1536	51	7	10	31	1.63
29072102--29073224	305	3.7	306	91	4	1677	51	7	10	31	1.63
29075191--29075220	12	2.4	13	88	11	53	33	0	0	66	0.92
29075212--29075293	34	2.4	35	83	2	94	36	13	2	47	1.56
29075349--29075545	78	2.6	76	77	12	170	35	7	3	54	1.45
29075510--29075605	22	4.5	22	72	6	65	38	2	4	55	1.31
29075678--29075742	18	3.7	18	73	6	53	36	10	3	49	1.53
29075679--29075717	16	2.4	16	91	0	60	35	7	2	53	1.43
29081436--29081641	44	4.7	43	67	16	136	30	17	26	26	1.97
29081426--29081798	132	2.8	132	92	0	604	30	17	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29081435--29081772	44	7.7	44	65	22	129	31	17	24	26	1.97
29083335--29083406	32	2.3	30	79	9	81	34	11	2	51	1.52
29083322--29083403	32	2.6	30	75	7	74	35	10	3	50	1.55
29083789--29083872	18	4.8	17	72	7	62	39	8	2	50	1.46
29083790--29083828	16	2.4	16	91	0	60	35	7	2	53	1.43
29083851--29083878	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29102916--29102965	26	1.9	26	91	0	82	18	24	34	24	1.96
29104710--29104809	23	4.3	23	77	5	94	9	20	24	47	1.78
29104710--29104809	46	2.2	46	87	3	139	9	20	24	47	1.78
29104801--29104855	24	2.3	24	74	0	56	18	16	23	41	1.89
29115845--29115876	16	2.0	16	100	0	64	56	0	6	37	1.25
29116459--29116530	27	2.7	27	84	0	99	41	5	18	34	1.73
29124381--29124420	16	2.5	16	95	0	71	45	27	7	20	1.78
29133297--29133338	20	2.2	19	86	4	57	52	9	2	35	1.47
29135680--29135741	16	3.9	16	70	16	56	43	8	0	48	1.32
29136702--29136736	6	5.8	6	96	0	61	11	51	2	34	1.53
29158990--29159099	27	4.1	26	77	4	103	37	8	25	29	1.85
29163204--29163274	23	3.2	23	68	11	76	29	9	7	53	1.60
29163190--29163276	43	2.0	43	100	0	174	27	9	6	56	1.56
29163199--29163265	20	3.2	20	66	25	57	26	11	5	55	1.59
29171497--29171571	33	2.2	33	79	9	89	21	29	2	46	1.65
29171511--29171571	11	5.5	11	79	12	72	21	31	3	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29173421--29173460	7	5.9	7	85	14	57	47	0	0	52	1.00
29173492--29173583	21	4.4	21	90	2	132	43	31	0	25	1.55
29173575--29173599	8	3.1	8	100	0	50	52	36	0	12	1.39
29176736--29177174	125	3.5	125	90	3	681	28	21	18	30	1.97
29177306--29177346	21	1.9	22	85	5	57	51	34	0	14	1.43
29179318--29179372	27	2.0	27	100	0	110	41	18	10	29	1.84
29180801--29180840	14	2.9	13	88	7	53	22	12	0	65	1.26
29180995--29181062	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
29181043--29181152	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
29181298--29181332	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
29181185--29181501	157	2.0	157	96	0	589	44	3	5	47	1.41
29181435--29181476	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
29181444--29181485	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
29184839--29184898	29	2.1	29	87	6	86	38	5	10	46	1.59
29186533--29186576	15	2.9	16	86	13	74	18	4	6	70	1.27
29190031--29190067	13	2.9	13	92	4	58	18	0	2	78	0.87
29190030--29190070	19	2.2	19	90	0	64	21	0	2	75	0.92
29190029--29190067	6	6.3	6	82	5	51	20	0	2	76	0.90
29190274--29190339	34	1.9	34	87	0	96	27	22	19	30	1.98
29195479--29195503	11	2.3	11	100	0	50	24	20	8	48	1.76
29197435--29197547	37	3.1	37	77	11	99	40	1	5	52	1.35
29201103--29201152	15	2.9	17	85	11	59	68	0	8	24	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29201126--29201157	15	2.1	16	94	5	57	78	3	6	12	1.06
29203497--29203545	25	2.0	25	84	8	64	73	4	6	16	1.19
29203724--29203751	13	2.2	13	100	0	56	78	0	0	21	0.75
29203718--29203752	16	2.2	16	89	0	52	74	0	0	25	0.82
29204210--29204267	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
29204246--29204298	21	2.7	20	91	5	81	35	16	9	37	1.82
29204866--29205247	44	8.8	44	71	14	222	27	23	20	28	1.99
29204964--29205248	44	6.5	44	74	12	223	28	22	20	28	1.98
29204868--29205200	89	3.9	85	76	15	283	27	24	20	27	1.99
29205282--29205672	50	7.8	50	64	5	189	23	23	23	29	1.99
29205256--29205664	100	4.1	100	90	0	629	23	22	22	30	1.99
29205742--29205836	50	1.9	50	86	0	136	23	25	22	29	1.99
29205741--29205848	50	2.2	50	81	0	126	24	24	21	30	1.99
29205900--29206028	45	2.9	44	68	4	125	25	24	19	30	1.98
29206001--29206374	44	8.7	44	82	9	436	30	26	16	27	1.97
29206029--29206356	77	3.9	78	78	15	313	31	26	15	26	1.96
29213554--29213611	22	2.6	22	81	7	64	44	17	1	36	1.59
29216754--29216829	15	5.1	15	67	10	57	46	6	22	25	1.76
29216750--29216829	30	2.7	30	94	0	133	47	6	22	23	1.74
29221387--29221437	15	3.4	15	68	10	50	49	7	19	23	1.74
29221383--29221462	30	2.7	30	92	0	124	47	6	21	25	1.73
29223908--29223939	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29234444--29234487	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
29235988--29236020	17	2.0	16	94	5	57	60	0	0	39	0.97
29238857--29239050	62	3.2	59	78	13	198	40	3	3	52	1.36
29248253--29248290	8	4.6	8	87	6	58	13	2	0	84	0.73
29249442--29249500	29	2.0	29	86	0	82	35	6	11	45	1.67
29250434--29250498	29	2.2	30	83	8	80	56	4	6	32	1.44
29250775--29250881	53	2.0	53	96	0	196	31	24	1	42	1.65
29251020--29251064	20	2.2	20	84	7	56	22	42	2	33	1.66
29251413--29251453	16	2.6	16	100	0	82	43	0	4	51	1.23
29255751--29255792	20	2.1	20	100	0	84	23	4	40	30	1.75
29264513--29264543	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
29268825--29268855	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
29271286--29271311	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
29271372--29271426	23	2.4	24	75	9	60	38	1	5	54	1.34
29274963--29275121	43	4.0	42	72	19	140	23	13	25	37	1.92
29277471--29277570	47	2.1	47	81	3	112	26	15	28	31	1.95
29280314--29280499	76	2.4	76	91	0	300	23	16	27	33	1.95
29280406--29280470	33	1.9	34	93	3	114	18	21	26	33	1.96
29286193--29286240	24	2.0	24	83	0	60	6	18	25	50	1.70
29290574--29290779	103	2.0	103	90	0	322	31	16	16	35	1.92
29296637--29296675	10	3.9	10	80	12	53	17	23	15	43	1.87
29296627--29296672	20	2.3	20	78	14	58	23	26	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29302405--29302448	12	3.5	12	82	17	54	29	2	2	65	1.16
29302381--29302454	26	3.0	24	78	11	71	25	5	1	67	1.20
29304848--29305019	43	4.0	43	72	10	136	30	26	17	25	1.97
29308413--29308450	19	2.0	19	100	0	76	52	10	21	15	1.72
29315894--29315947	27	2.0	28	85	3	74	46	1	9	42	1.46
29321103--29321143	16	2.6	16	100	0	82	26	29	7	36	1.83
29321649--29321696	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
29321915--29321974	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
29322188--29322224	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
29322278--29322308	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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