genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  89  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27285095--27285138	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
27285235--27285262	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
27285205--27285414	68	3.1	68	97	1	388	46	8	4	40	1.54
27285303--27285330	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
27285403--27285444	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
27286343--27286392	15	3.1	15	85	8	64	42	0	14	44	1.44
27286361--27286398	18	2.1	18	90	0	58	47	0	13	39	1.42
27286701--27286766	28	2.4	28	94	0	114	46	0	10	42	1.38
27290082--27290176	48	2.0	48	95	0	172	41	23	17	17	1.90
27290381--27290451	36	2.0	36	94	0	124	47	12	11	28	1.76
27290380--27290440	17	3.5	17	72	16	61	47	11	9	31	1.72
27292936--27292993	5	12.0	5	73	14	50	24	1	1	72	1.03
27293194--27293329	29	4.6	30	70	13	93	29	21	9	39	1.85
27293527--27293568	21	2.0	21	100	0	84	61	0	23	14	1.32
27294078--27294125	17	2.8	17	81	12	62	27	14	12	45	1.81
27294143--27294196	21	2.6	20	77	16	65	35	9	11	44	1.72
27294194--27294416	62	3.6	62	90	3	344	28	13	9	48	1.73
27294204--27294405	44	4.8	44	71	17	144	27	13	10	48	1.75
27294194--27294451	18	13.2	18	70	24	141	28	13	9	47	1.75
27294365--27294451	34	2.5	34	81	3	93	27	14	11	45	1.80
27306139--27306181	6	6.8	6	80	19	52	83	11	4	0	0.78
27306141--27306193	20	2.8	20	86	11	67	83	9	7	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27306136--27306205	9	7.1	10	75	13	56	84	7	8	0	0.78
27306146--27306203	15	3.9	14	80	17	64	82	6	10	0	0.83
27307057--27307619	154	3.7	152	76	9	461	28	16	19	35	1.94
27307079--27307618	79	7.1	75	77	11	367	29	16	20	33	1.95
27307735--27307798	5	13.0	5	76	15	62	25	1	1	71	1.03
27307736--27307796	15	4.2	14	78	14	70	24	1	1	72	1.03
27308637--27308697	15	4.2	14	76	15	54	78	9	9	1	1.03
27308637--27308679	15	2.8	16	83	16	56	76	13	6	2	1.08
27308810--27308857	14	3.4	14	88	8	71	70	0	29	0	0.87
27308806--27308860	24	2.3	23	84	12	67	72	0	27	0	0.85
27309706--27309814	19	5.7	18	73	24	82	33	11	10	44	1.75
27309769--27310027	18	13.2	18	69	24	134	28	13	10	47	1.75
27309755--27309806	18	3.1	17	80	20	65	26	15	11	46	1.80
27309844--27309900	27	2.2	26	80	3	60	26	12	8	52	1.67
27309769--27309992	62	3.6	63	91	2	348	27	12	10	49	1.74
27309894--27309980	44	2.0	43	88	2	129	29	10	9	50	1.67
27309933--27310027	17	5.6	16	75	12	68	29	13	9	47	1.74
27311188--27311275	24	3.6	25	73	10	74	38	19	23	18	1.93
27323697--27323721	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27325684--27325738	20	2.8	20	91	0	83	32	9	9	49	1.66
27332034--27332084	23	2.2	23	82	6	59	39	7	0	52	1.30
27338760--27338877	62	1.9	59	89	5	182	27	14	29	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27345055--27345083	4	7.2	4	100	0	58	48	24	0	27	1.51
27347460--27347506	23	2.1	22	84	7	60	42	8	2	46	1.46
27354855--27354884	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
27358943--27358999	21	2.7	21	94	0	105	42	10	10	36	1.74
27359605--27359687	26	3.2	26	81	5	89	27	1	4	66	1.19
27359635--27359688	22	2.4	22	84	12	65	27	1	3	66	1.19
27369662--27369698	19	1.9	19	94	0	65	64	5	10	18	1.43
27374135--27374243	41	2.7	40	85	5	137	29	18	20	32	1.96
27374340--27374389	21	2.4	21	75	15	59	48	2	12	38	1.52
27375603--27375719	41	2.9	41	89	0	189	21	27	22	29	1.99
27375600--27375734	41	3.3	40	80	11	166	22	25	22	29	1.99
27381179--27381220	21	2.0	21	90	0	66	38	0	23	38	1.55
27386816--27386860	22	2.1	21	84	12	56	46	17	8	26	1.78
27403828--27403877	6	8.2	6	93	2	82	64	0	20	16	1.30
27407161--27407203	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
27409048--27409074	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
27409761--27409817	23	2.5	23	100	0	114	31	15	3	49	1.62
27425501--27425757	53	4.8	53	83	1	300	36	14	22	27	1.92
27425501--27425757	106	2.4	105	83	2	334	36	14	22	27	1.92
27431359--27431468	48	2.2	51	80	13	122	58	1	5	34	1.32
27431463--27431537	21	3.7	19	74	10	60	70	2	2	24	1.13
27431483--27431545	10	6.4	10	73	14	51	69	0	3	26	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27433343--27433377	17	2.1	17	100	0	70	48	11	5	34	1.63
27435816--27435869	28	2.0	28	85	3	74	29	1	5	62	1.28
27435908--27435984	18	4.2	18	70	20	52	36	2	2	58	1.26
27436318--27436383	16	4.2	16	71	13	57	53	0	1	45	1.09
27436810--27436857	25	2.0	24	83	4	60	43	12	8	35	1.73
27439603--27439635	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
27442721--27442747	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
27445399--27445429	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
27457413--27457545	65	2.0	65	100	0	266	30	21	18	30	1.97
27466189--27466219	5	6.2	5	100	0	62	38	41	0	19	1.51
27471107--27471199	45	2.1	45	95	0	168	26	22	8	41	1.82
27473992--27474022	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
27473992--27474030	10	3.9	10	93	0	51	41	0	0	58	0.98
27474024--27474087	31	2.1	31	87	0	92	31	7	10	50	1.66
27475270--27475309	19	2.1	19	85	0	53	40	7	7	45	1.61
27480414--27480448	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
27483193--27483333	69	2.0	69	90	0	219	32	19	19	27	1.97
27484450--27484516	5	13.4	5	72	17	50	16	2	0	80	0.83
27484449--27484520	8	9.1	8	76	13	69	16	2	0	80	0.83
27484449--27484520	23	3.1	22	76	15	65	16	2	0	80	0.83
27484449--27484495	23	2.0	23	88	8	69	12	2	0	85	0.70
27484485--27484531	12	3.9	12	76	17	53	23	6	0	70	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27485970--27486085	25	4.7	24	76	9	99	32	20	26	19	1.97
27489449--27489484	17	2.1	17	90	10	56	47	0	27	25	1.52
27490174--27490231	29	2.0	29	96	0	107	32	13	10	43	1.78
27498663--27498724	25	2.4	25	84	7	72	40	3	1	54	1.26
27501618--27501669	11	4.9	11	84	13	65	40	1	0	57	1.10
27501640--27501666	9	3.0	9	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27501578--27501669	30	3.0	31	87	7	125	38	3	0	58	1.14
27522120--27522153	12	2.8	12	90	4	50	44	20	8	26	1.81
27527909--27528526	309	2.0	309	95	0	1119	28	14	17	38	1.90
27530261--27530301	19	2.1	20	90	4	66	29	14	14	41	1.86
27532165--27532224	26	2.3	26	85	0	75	36	11	6	45	1.67
27538668--27538693	7	3.7	7	100	0	52	38	0	61	0	0.96
27540399--27540424	12	2.2	12	100	0	52	38	30	7	23	1.83
27541148--27541248	3	34.0	3	87	2	123	61	0	4	32	1.24
27541305--27541344	20	2.0	21	85	5	55	80	2	2	15	0.93
27542087--27542119	4	8.8	4	87	12	52	78	0	0	21	0.75
27542091--27542119	14	2.1	14	100	0	58	79	0	0	20	0.74
27542792--27542914	51	2.4	51	82	2	140	28	20	21	30	1.98
27543061--27543665	44	13.8	43	67	13	259	25	25	19	29	1.98
27542901--27543795	132	6.8	132	87	2	1213	25	25	19	29	1.98
27552174--27552236	30	2.1	30	90	0	99	57	14	1	26	1.47
27558500--27558564	26	2.5	26	80	2	69	27	20	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27560628--27560657	15	1.9	15	93	6	51	63	0	0	36	0.95
27560810--27560853	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
27565738--27565771	17	2.0	17	94	0	59	32	5	20	41	1.76
27567695--27567732	18	2.1	18	90	0	58	42	18	15	23	1.89
27567845--27567880	13	2.8	13	87	4	56	38	47	2	11	1.54
27567858--27567898	17	2.3	18	87	4	57	39	46	2	12	1.54
27567884--27567996	39	2.9	39	94	1	201	51	26	2	19	1.60
27568131--27568193	17	3.5	17	69	12	54	34	3	12	49	1.57
27568128--27568202	37	2.0	37	94	0	132	36	4	14	45	1.64
27568201--27568231	9	3.4	9	95	0	53	25	9	22	41	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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