genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  82  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25274751--25274796	16	2.8	17	76	3	58	50	2	0	47	1.13
25276690--25276723	10	3.4	10	95	0	59	23	2	0	73	0.97
25283811--25283858	21	2.3	21	92	0	78	39	20	18	20	1.92
25286501--25286548	25	1.9	25	91	0	78	31	6	18	43	1.75
25289567--25289712	74	1.9	77	81	4	181	33	13	7	45	1.71
25289700--25289740	20	2.0	20	100	0	82	34	9	19	36	1.85
25291654--25291742	28	3.0	30	80	8	110	26	20	24	28	1.99
25292100--25292539	27	16.4	27	83	5	491	17	19	20	43	1.88
25293442--25293484	18	2.3	19	80	4	52	72	9	18	0	1.11
25305847--25306006	45	3.6	45	87	3	216	45	13	20	20	1.84
25309681--25309742	27	2.3	27	91	0	97	37	9	25	27	1.87
25314990--25315259	137	2.0	136	83	3	337	20	22	25	31	1.98
25317690--25317714	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25321146--25321455	104	3.0	103	91	2	487	30	28	20	20	1.97
25321791--25321848	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
25327014--25327055	12	3.4	13	77	12	52	28	0	21	50	1.49
25327642--25327671	9	3.3	9	95	0	51	43	0	26	30	1.55
25328987--25329059	26	2.8	26	87	0	110	16	17	30	35	1.92
25330520--25330687	43	4.0	42	71	11	112	33	23	13	29	1.93
25334225--25334287	25	2.5	25	84	5	83	38	14	20	26	1.91
25338482--25338515	18	1.9	18	88	5	52	11	41	29	17	1.85
25339924--25339955	15	2.1	15	100	0	64	34	34	6	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25342273--25342319	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
25342943--25343225	27	10.5	27	84	1	300	44	20	15	19	1.87
25342927--25343225	81	3.7	81	83	3	334	44	19	15	20	1.87
25349655--25349737	39	2.1	39	97	0	157	45	16	8	28	1.77
25351867--25351923	25	2.3	25	78	3	62	35	21	24	19	1.96
25351979--25352036	25	2.3	24	80	13	64	36	20	22	20	1.95
25354379--25354601	116	1.9	116	90	0	356	30	11	18	39	1.86
25361977--25362267	113	2.6	113	80	6	286	34	18	22	25	1.96
25362201--25362342	75	1.9	75	88	0	212	34	18	22	24	1.96
25362274--25362723	114	3.9	113	74	9	387	30	18	24	26	1.98
25362258--25362891	114	5.5	110	70	14	306	29	18	23	27	1.98
25362258--25362724	229	2.0	227	84	3	598	30	19	24	26	1.98
25362258--25362891	229	2.8	229	79	6	565	29	18	23	27	1.98
25363205--25363255	21	2.4	22	83	12	70	21	0	37	41	1.54
25363200--25363255	22	2.6	23	83	11	73	19	0	35	44	1.51
25363584--25363639	23	2.5	23	80	5	62	53	1	1	42	1.21
25363624--25363687	24	2.7	24	81	13	62	48	0	1	50	1.10
25364311--25364404	44	2.1	44	94	0	161	22	35	8	34	1.84
25366106--25366187	34	2.4	35	89	4	130	32	4	3	58	1.37
25366208--25366252	9	5.2	9	81	10	58	44	17	2	35	1.62
25366203--25366254	16	3.1	16	86	8	68	40	19	1	38	1.63
25366338--25366390	23	2.3	22	80	6	61	45	20	3	30	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25366533--25366596	12	5.3	12	90	0	101	48	14	0	37	1.44
25366533--25366595	24	2.6	24	97	0	117	47	14	0	38	1.44
25366462--25366691	119	1.9	120	90	0	372	50	15	3	30	1.62
25366654--25366692	12	3.2	12	92	0	69	48	15	0	35	1.45
25366781--25366888	9	13.0	8	80	12	71	47	20	1	30	1.61
25366557--25366794	96	2.5	96	90	2	363	50	15	3	30	1.62
25366782--25366892	34	3.3	33	75	14	104	46	20	1	30	1.61
25366745--25366892	16	9.7	16	71	21	81	45	19	2	32	1.62
25366741--25366888	25	5.8	25	75	9	131	46	19	2	31	1.61
25372440--25372487	21	2.3	21	85	7	62	39	18	39	2	1.63
25373021--25373185	43	3.9	43	88	5	248	24	26	20	29	1.99
25373021--25373185	84	1.9	86	89	7	257	24	26	20	29	1.99
25375306--25375413	43	2.5	43	90	1	162	31	23	17	27	1.97
25375528--25375610	31	2.7	30	83	3	103	42	19	9	28	1.83
25381073--25381244	63	2.8	63	88	6	237	42	3	1	52	1.28
25384119--25384143	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25384311--25384353	3	14.3	3	100	0	86	34	0	0	65	0.93
25385103--25385158	21	2.7	21	85	0	76	26	7	35	30	1.83
25387928--25387964	9	4.1	9	89	0	56	45	13	8	32	1.73
25388497--25388543	17	2.8	17	76	20	53	31	2	10	55	1.46
25391168--25391201	17	2.1	16	88	5	50	58	8	8	23	1.56
25391662--25391693	17	1.9	16	93	6	55	65	6	0	28	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25393154--25393608	215	2.1	217	90	1	727	29	23	19	27	1.98
25393490--25393608	44	2.7	45	78	13	129	26	26	20	26	1.99
25405870--25405901	17	1.9	16	93	6	55	65	6	0	28	1.16
25408352--25408384	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
25408600--25408636	16	2.2	17	86	13	51	54	0	0	45	1.00
25408574--25408680	28	3.9	28	77	13	123	52	0	0	46	1.06
25408575--25408705	57	2.3	55	77	11	140	51	3	1	44	1.26
25408676--25408906	47	5.0	44	68	20	136	46	4	3	45	1.41
25408625--25408906	91	3.1	91	92	3	449	48	3	3	45	1.36
25418247--25418297	24	2.1	24	92	0	84	17	23	23	35	1.95
25420844--25420909	31	2.1	31	86	5	89	33	13	10	42	1.79
25430992--25431027	9	4.0	9	92	0	63	44	13	11	30	1.79
25431954--25431984	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
25440877--25440935	25	2.4	25	88	0	82	32	16	25	25	1.97
25441788--25441833	21	2.2	21	88	0	65	30	8	4	56	1.49
25441797--25441835	11	3.6	11	86	6	62	28	10	0	61	1.28
25441796--25441835	21	1.9	21	100	0	80	27	10	0	62	1.27
25443905--25444276	127	2.9	128	77	2	408	34	16	11	37	1.85
25444241--25444318	35	2.2	36	81	2	86	30	15	14	39	1.87
25443855--25444286	129	3.4	128	76	4	429	34	15	11	38	1.84
25444279--25444556	130	2.1	130	88	1	405	29	20	14	34	1.93
25449152--25449201	6	8.0	6	79	16	57	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25455366--25455475	16	6.6	17	69	9	68	30	0	2	66	1.06
25455391--25455424	17	2.0	17	94	0	59	26	0	5	67	1.13
25455447--25455498	19	2.7	19	82	8	61	25	0	5	69	1.10
25455594--25455621	12	2.3	12	100	0	56	17	7	0	75	1.03
25470459--25470501	21	2.0	21	82	8	52	48	6	0	44	1.29
25487423--25487481	16	3.8	15	74	12	57	15	25	0	59	1.36
25487725--25487828	52	2.0	52	100	0	208	38	9	26	25	1.86
25489552--25489899	118	3.0	118	93	3	593	31	21	12	34	1.91
25496754--25496793	21	2.0	20	85	5	53	42	0	2	55	1.13
25497360--25497406	22	2.1	21	85	14	60	53	10	0	36	1.36
25499438--25499475	17	2.2	18	85	4	51	39	21	2	36	1.67
25505923--25505997	38	2.0	36	82	12	89	42	25	5	26	1.76
25506413--25506479	23	2.8	24	73	17	66	52	0	0	47	1.00
25515842--25515915	28	2.6	28	91	0	103	25	22	27	24	2.00
25516324--25516511	27	7.0	27	84	2	209	21	15	19	44	1.87
25516323--25516481	81	2.0	81	87	2	230	23	15	18	42	1.88
25524640--25525611	486	2.0	486	99	0	1935	41	14	16	27	1.87
25526360--25526385	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
25527260--25527311	24	2.2	24	96	0	95	28	23	25	23	1.99
25535951--25535992	21	2.0	21	86	13	61	38	2	9	50	1.48
25536163--25536203	21	2.0	21	85	0	55	36	0	21	41	1.54
25536225--25536463	115	2.1	112	86	4	329	35	2	7	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25539226--25539355	65	2.0	64	89	1	197	23	22	16	38	1.93
25540598--25540818	26	8.5	26	81	0	217	19	13	27	38	1.90
25540598--25540818	52	4.2	52	84	0	271	19	13	27	38	1.90
25540598--25540818	78	2.8	78	78	2	246	19	13	27	38	1.90
25541839--25541944	54	2.0	54	81	3	124	30	26	28	15	1.96
25557070--25557108	18	2.1	19	90	4	62	74	0	25	0	0.82
25557073--25557111	13	2.9	13	88	11	53	74	0	25	0	0.82
25559154--25559553	126	3.1	126	79	10	367	27	19	21	31	1.97
25559277--25559678	140	2.9	139	79	5	443	28	20	19	31	1.97
25562289--25562319	15	2.1	15	100	0	62	48	12	6	32	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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