genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  94  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28620389--28620474	40	2.2	40	91	0	136	32	11	18	37	1.87
28624142--28624191	25	2.0	25	96	0	91	24	12	18	46	1.82
28625002--28625131	27	4.9	27	86	0	172	35	7	26	30	1.85
28651621--28651651	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
28652666--28652702	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
28658346--28658432	44	2.0	44	90	6	140	32	4	26	36	1.77
28658542--28658675	57	2.3	56	82	10	146	52	2	2	43	1.26
28659244--28659337	46	2.0	46	95	0	170	47	5	2	44	1.37
28660363--28660388	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
28670226--28670251	9	2.9	9	100	0	52	34	11	23	30	1.90
28679005--28679350	91	3.8	90	88	3	511	29	21	15	34	1.94
28679007--28679350	46	7.6	46	89	2	527	29	21	15	34	1.94
28681198--28681239	21	2.0	21	85	0	57	45	11	4	38	1.62
28682960--28683001	21	1.9	23	85	9	61	21	23	4	50	1.68
28684366--28684526	46	3.6	46	88	2	229	28	19	16	35	1.93
28686374--28686415	21	2.0	21	85	0	57	45	11	4	38	1.62
28690707--28690737	12	2.6	12	94	0	53	29	0	12	58	1.35
28699845--28699907	28	2.2	28	94	0	108	55	17	9	17	1.67
28716645--28716669	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28718778--28718812	18	1.9	18	88	0	52	42	0	2	54	1.15
28719632--28719682	23	2.2	23	85	3	66	62	17	1	17	1.42
28719627--28719683	23	2.5	23	75	11	62	59	19	1	19	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28723190--28723248	21	2.7	21	84	5	73	54	5	11	28	1.58
28728558--28728789	41	5.6	41	97	0	419	28	19	27	24	1.99
28736897--28736934	19	2.0	19	100	0	76	42	21	5	31	1.75
28737996--28738419	211	2.0	211	97	0	794	33	18	16	31	1.93
28743374--28743439	30	2.2	30	78	7	73	27	1	16	54	1.51
28746074--28746122	24	2.0	24	96	0	89	28	6	12	53	1.62
28747999--28748137	32	4.4	32	81	0	154	38	21	19	20	1.94
28748309--28748366	24	2.4	24	91	0	89	46	25	8	18	1.78
28748415--28748508	27	3.5	28	81	8	106	24	20	14	40	1.90
28748429--28748480	26	2.0	25	88	3	77	25	15	17	42	1.88
28748387--28748532	53	2.7	52	77	5	139	25	21	15	37	1.93
28748467--28748799	27	12.3	27	83	5	329	23	18	18	39	1.92
28748497--28748789	81	3.6	81	84	1	374	23	18	18	39	1.92
28752430--28752681	43	6.0	43	83	5	316	25	34	16	23	1.95
28752430--28752666	82	2.8	81	82	5	276	25	33	16	24	1.96
28756706--28756740	17	2.1	16	89	5	52	62	5	0	31	1.18
28758330--28758387	25	2.3	25	87	0	80	22	12	22	43	1.86
28758940--28758968	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
28759519--28759555	18	2.0	19	85	15	51	40	5	8	45	1.56
28771331--28771382	25	2.1	25	92	0	86	23	13	23	40	1.89
28778382--28778526	71	2.0	71	100	0	290	33	16	9	40	1.81
28779204--28779242	18	2.2	18	85	0	51	79	5	0	15	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28795376--28795439	24	2.6	24	82	7	67	56	0	3	40	1.15
28795550--28795588	17	2.3	16	83	12	51	38	0	2	58	1.12
28801948--28802013	27	2.5	26	80	9	71	43	12	12	31	1.78
28809593--28809622	15	2.0	15	93	0	51	43	20	13	23	1.86
28814673--28814758	45	1.9	45	100	0	172	45	11	9	33	1.73
28817214--28817275	18	3.3	18	66	16	54	40	8	9	41	1.67
28817216--28817293	38	2.1	38	100	0	156	43	7	7	41	1.62
28825055--28825090	7	5.0	7	86	6	54	58	0	0	41	0.98
28825055--28825090	15	2.5	14	86	4	54	58	0	0	41	0.98
28825047--28825096	22	2.3	22	96	3	93	62	0	0	38	0.96
28841340--28841382	21	2.0	22	86	4	61	48	20	13	16	1.80
28845005--28845051	10	4.6	10	85	12	51	59	4	2	34	1.29
28852460--28852488	15	2.0	15	93	6	51	51	0	27	20	1.47
28852680--28852855	87	2.0	87	93	0	298	27	14	21	36	1.92
28856904--28856937	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28859844--28859869	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
28860925--28860966	22	1.9	22	85	0	57	38	9	7	45	1.64
28864589--28864613	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
28870614--28870718	55	1.9	55	90	3	167	33	11	19	36	1.87
28872980--28873017	19	2.0	20	89	5	60	18	2	5	73	1.14
28872985--28873028	19	2.4	18	85	7	54	20	0	4	75	0.98
28874696--28874737	22	1.9	22	95	0	75	54	2	9	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28875639--28875673	10	3.4	10	96	4	61	0	71	0	28	0.86
28877957--28877998	19	2.2	19	86	0	57	57	26	2	14	1.50
28882021--28882079	29	2.0	29	96	0	109	54	0	8	37	1.31
28883733--28883868	40	3.5	40	77	9	136	30	24	19	25	1.98
28885817--28885861	6	7.3	6	92	2	72	15	13	0	71	1.15
28885835--28885963	57	2.3	57	85	4	163	25	17	6	50	1.69
28892347--28892371	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
28892929--28892987	31	1.9	30	86	10	84	55	13	5	25	1.58
28892993--28893085	44	2.1	44	87	0	132	31	3	18	47	1.64
28901871--28902136	146	1.8	147	83	0	354	31	19	19	29	1.96
28902276--28902306	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
28904606--28904758	69	2.2	70	79	6	168	33	7	3	54	1.45
28907396--28907519	64	2.0	63	91	1	203	32	12	18	36	1.89
28932972--28933015	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
28933112--28933139	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
28933082--28933291	68	3.1	68	95	1	370	46	8	4	40	1.56
28933280--28933321	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
28933295--28933356	23	2.7	23	82	2	72	48	1	1	48	1.21
28943092--28943137	14	3.2	14	77	22	51	65	2	2	30	1.16
28945883--28945925	21	2.1	20	91	4	68	39	0	11	48	1.40
28946251--28946293	17	2.5	16	81	7	50	60	4	0	34	1.17
28947431--28947490	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28947705--28947741	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
28947795--28947825	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
28958358--28958399	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
28962736--28962795	21	2.9	20	80	7	75	35	25	23	16	1.95
28963481--28963506	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
28965396--28965427	14	2.2	15	94	5	57	21	0	6	71	1.07
28968213--28968241	14	2.1	14	100	0	58	72	13	0	13	1.13
28969082--28969119	16	2.5	15	91	8	60	78	5	5	10	1.06
28969481--28969561	22	3.5	22	71	21	74	14	2	43	39	1.59
28970031--28970326	44	6.6	44	68	14	136	28	19	20	30	1.97
28970680--28970990	90	3.5	89	83	4	297	28	23	18	28	1.98
28970761--28970990	45	5.1	45	85	2	309	30	24	16	29	1.96
28982477--28982505	14	2.1	14	100	0	58	72	13	0	13	1.13
28985251--28985348	48	2.1	48	98	1	189	33	6	33	26	1.81
28985539--28985572	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28989802--28989840	19	2.1	19	100	0	78	30	23	30	15	1.95
28998936--28998972	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
28998936--28998994	10	6.6	9	81	14	61	44	1	0	54	1.10
28999033--28999064	11	2.9	11	90	0	55	34	12	0	53	1.39
29002102--29002228	28	4.6	28	70	15	84	29	25	16	29	1.97
29014505--29014580	25	3.3	25	66	19	65	57	1	31	9	1.38
29019312--29019652	27	12.6	27	83	2	398	42	20	19	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29019375--29019687	81	3.9	78	77	10	283	42	20	19	17	1.89
29021039--29021109	28	2.6	27	84	10	90	30	11	26	30	1.91
29022044--29022165	22	5.3	22	73	18	86	30	11	13	44	1.80
29022045--29022256	47	4.5	47	85	4	241	29	12	15	42	1.84
29022045--29022256	94	2.3	93	85	3	273	29	12	15	42	1.84
29022893--29022977	28	3.0	28	81	3	100	27	20	23	29	1.99
29025658--29025825	27	6.3	27	83	2	214	45	20	19	14	1.85
29025658--29025825	54	3.1	54	87	1	248	45	20	19	14	1.85
29025658--29025825	53	3.1	53	88	1	246	45	20	19	14	1.85
29025658--29025826	80	2.1	81	84	5	218	44	21	18	14	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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