genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  43  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14555078--14555107	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
14573341--14573375	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
14575776--14575890	18	6.5	17	67	20	58	64	0	6	29	1.17
14579468--14579502	18	1.9	18	94	0	61	40	14	11	34	1.82
14579937--14579963	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
14594578--14594648	37	1.9	37	94	2	126	35	9	30	23	1.88
14597292--14597362	22	3.2	22	93	0	115	25	28	15	30	1.96
14599618--14599686	23	3.0	23	83	8	95	39	23	23	14	1.91
14599595--14599686	46	2.0	46	85	4	123	38	21	25	15	1.92
14600670--14600726	8	6.9	8	82	13	62	26	7	0	66	1.17
14601576--14601620	23	2.0	23	86	4	65	33	0	8	57	1.30
14606569--14606617	13	3.8	13	72	5	55	46	4	8	40	1.52
14606577--14606627	25	2.0	25	100	0	102	45	3	7	43	1.51
14606550--14606652	25	3.4	30	75	19	99	48	1	8	40	1.45
14608213--14608275	31	2.0	31	100	0	126	36	31	9	22	1.86
14611275--14611738	43	10.8	43	78	3	470	31	24	17	27	1.97
14611249--14611738	129	3.8	129	88	1	628	30	24	16	28	1.97
14615202--14615251	20	2.5	20	83	9	57	58	6	2	34	1.34
14614994--14615569	237	2.5	231	87	3	820	44	7	9	38	1.65
14616279--14616327	24	2.0	24	84	0	62	69	6	4	20	1.27
14625486--14625527	12	3.4	12	75	18	50	35	7	19	38	1.79
14630433--14630479	19	2.5	20	80	16	55	48	0	21	29	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14632655--14632689	15	2.3	15	95	0	61	22	2	5	68	1.24
14632900--14632953	19	2.8	21	81	13	71	33	11	1	53	1.47
14637343--14637398	6	9.3	6	77	11	53	78	3	17	0	0.89
14637346--14637396	5	9.8	5	76	16	50	80	3	15	0	0.86
14637354--14637396	15	2.8	16	85	7	70	81	4	13	0	0.84
14637346--14637398	11	5.0	11	76	17	58	79	3	16	0	0.88
14638638--14639268	45	14.2	44	71	12	376	30	23	21	24	1.99
14638696--14639027	134	2.5	134	83	2	400	29	23	20	25	1.99
14638651--14639271	89	7.0	89	81	4	503	29	24	21	24	1.99
14638638--14639072	223	2.0	223	83	0	564	30	23	21	25	1.99
14638786--14639266	177	2.7	178	80	4	499	30	23	21	24	1.99
14639252--14639322	31	2.3	31	90	4	108	38	19	25	16	1.93
14639316--14639788	224	2.1	225	81	6	550	33	18	19	28	1.95
14641140--14641204	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
14641422--14641474	26	2.0	26	85	0	70	39	5	3	50	1.44
14641906--14642041	73	1.9	72	90	1	218	30	17	17	33	1.94
14649273--14649301	15	2.0	15	93	6	51	24	0	6	68	1.13
14650774--14650834	21	2.9	22	76	13	58	40	1	1	55	1.19
14650813--14650844	14	2.4	14	94	5	57	43	0	0	56	0.99
14650809--14650848	15	2.7	15	85	14	57	42	0	0	57	0.98
14656648--14656685	13	2.9	13	92	0	67	28	7	23	39	1.83
14657272--14657315	22	2.0	21	86	4	61	43	4	11	40	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14657299--14657369	22	3.2	22	63	21	58	38	7	12	42	1.70
14657294--14657387	44	2.1	44	100	0	188	42	6	13	37	1.70
14660546--14660574	7	4.1	7	100	0	58	27	13	58	0	1.36
14660554--14660633	30	2.5	32	80	10	101	40	17	42	0	1.49
14661606--14661663	30	1.9	30	85	0	80	36	1	3	58	1.25
14661625--14661731	10	11.1	10	67	18	66	40	1	0	57	1.16
14661658--14661726	28	2.4	28	76	7	68	36	2	0	60	1.11
14661617--14661721	38	2.7	39	80	10	126	38	1	1	58	1.20
14661675--14661729	28	2.0	28	89	7	85	41	0	0	58	0.98
14664986--14665014	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
14672892--14672936	22	2.1	21	88	12	65	26	15	4	53	1.61
14699535--14699638	41	2.5	41	93	0	172	27	22	29	20	1.98
14703197--14703224	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
14703217--14703327	54	2.1	54	100	0	222	37	9	12	40	1.75
14711810--14711918	37	3.0	37	91	2	177	24	22	15	36	1.93
14711893--14712194	52	5.9	52	90	6	456	28	22	14	34	1.93
14711882--14712208	98	3.3	98	91	5	519	28	23	14	34	1.93
14711882--14712208	150	2.2	144	85	9	456	28	23	14	34	1.93
14714073--14714224	45	3.4	45	82	2	189	36	25	14	23	1.93
14714092--14714226	45	3.0	44	87	4	198	36	28	14	20	1.92
14716615--14716713	37	2.6	37	80	6	108	31	23	18	27	1.97
14716873--14716929	24	2.3	24	80	17	64	49	17	0	33	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14717655--14717685	13	2.5	12	94	5	53	54	0	0	45	0.99
14720048--14720298	126	2.0	127	95	0	450	34	13	16	34	1.89
14726411--14726521	57	1.9	57	81	1	132	48	16	8	27	1.74
14734085--14734182	25	4.0	25	74	2	74	30	20	24	24	1.98
14736750--14736791	22	2.0	22	90	4	68	40	19	11	28	1.87
14738549--14738587	19	2.1	19	85	0	51	12	10	23	53	1.69
14744110--14744158	18	2.7	18	79	20	57	40	12	2	44	1.53
14746726--14746918	42	4.6	42	78	7	167	36	23	18	21	1.95
14746895--14746944	25	2.0	25	96	0	91	26	32	24	18	1.97
14746855--14746985	66	2.0	67	86	1	183	29	25	20	23	1.99
14748112--14748146	18	2.0	18	88	5	54	14	48	25	11	1.77
14758797--14758832	18	2.0	18	88	0	54	61	8	0	30	1.26
14766709--14766733	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14772707--14772761	27	2.0	27	83	13	69	40	1	0	58	1.09
14772712--14772790	40	2.0	41	89	2	124	40	6	0	53	1.26
14774664--14775299	316	2.0	316	97	0	1191	36	11	15	36	1.83
14775247--14775285	19	2.0	20	90	5	62	53	5	5	35	1.45
14777993--14778086	25	3.7	26	73	16	79	72	3	19	5	1.18
14787119--14787269	73	2.1	73	98	0	293	37	14	25	22	1.92
14788145--14788185	19	2.2	19	86	4	57	31	0	2	65	1.05
14796067--14796105	6	6.3	6	94	5	69	64	15	2	17	1.41
14798570--14798646	31	2.6	30	82	13	88	46	2	7	42	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14800406--14800493	22	4.3	20	71	16	65	54	1	1	43	1.15
14808820--14808874	2	26.5	2	78	7	56	45	10	43	0	1.39
14808821--14808874	15	3.7	15	92	2	83	44	11	44	0	1.39
14812180--14812228	26	1.9	25	87	4	71	55	6	4	34	1.44
14819220--14819287	30	2.2	31	82	7	77	48	22	8	20	1.77
14820182--14820237	3	18.7	3	100	0	112	32	0	0	67	0.91
14824830--14824893	31	2.1	31	88	5	94	46	10	6	35	1.64
14842681--14842721	15	2.7	16	77	11	50	29	17	4	48	1.67
14849585--14849637	27	2.0	27	100	0	106	22	11	18	47	1.81
14854182--14854211	5	6.2	5	92	7	53	0	16	0	83	0.65
14859087--14859128	18	2.2	20	84	16	54	9	11	9	69	1.38
14864036--14864062	12	2.2	12	100	0	54	14	14	25	44	1.84
14864092--14864242	42	3.6	42	80	1	151	17	20	16	45	1.85
14865427--14865495	19	3.6	19	78	16	79	43	0	0	56	0.99
14865430--14865495	29	2.3	29	84	10	82	43	0	0	56	0.99
14865426--14865495	5	14.6	5	77	19	69	42	0	0	57	0.99
14865426--14865491	17	3.8	18	79	15	77	42	0	0	57	0.98
14865677--14865705	15	1.9	15	100	0	58	75	6	17	0	1.01
14867290--14867324	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
14869445--14869473	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
14875263--14875304	22	1.9	22	85	9	59	30	2	0	66	1.04
14875903--14875933	16	1.9	16	93	0	53	38	12	0	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14876053--14876086	16	2.1	16	94	0	59	32	14	14	38	1.87
14883103--14883142	18	2.2	18	86	0	53	17	37	5	40	1.72
14884010--14884059	25	2.0	25	84	7	66	38	22	22	18	1.94
14884166--14884200	16	2.1	17	89	5	54	37	25	2	34	1.71
14885016--14885045	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
14885544--14885612	22	3.1	22	79	8	86	44	17	18	18	1.86
14887032--14887075	5	9.0	5	80	5	54	56	2	0	40	1.11
14890414--14890452	18	2.2	18	86	9	53	41	5	0	53	1.23
14895600--14895682	43	1.9	43	95	0	148	14	32	12	40	1.83
14906743--14906804	30	2.0	32	81	9	76	45	14	3	37	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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