genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  76  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23768959--23769270	43	7.3	43	88	1	432	30	32	17	19	1.95
23773673--23773828	82	1.9	82	90	0	249	45	26	1	26	1.61
23773680--23773853	82	2.1	82	82	3	215	46	25	1	26	1.60
23773845--23773923	14	5.6	14	73	10	63	36	39	0	24	1.55
23774339--23774677	41	8.2	41	91	2	538	29	23	20	25	1.99
23774710--23774844	40	3.4	40	82	3	139	20	21	22	35	1.96
23780626--23780894	137	2.0	138	81	5	321	21	20	27	30	1.98
23785861--23785919	27	2.2	27	78	6	66	64	0	0	35	0.94
23786451--23786521	35	2.0	35	97	0	133	43	4	5	46	1.46
23786477--23786530	26	2.1	25	83	10	65	44	3	3	48	1.38
23795519--23795545	12	2.2	12	100	0	54	40	7	25	25	1.82
23798655--23798705	10	5.3	10	84	13	54	60	0	1	37	1.08
23798596--23798705	58	1.9	58	81	7	134	62	3	1	31	1.23
23803942--23804014	20	3.7	20	79	0	74	42	21	21	13	1.88
23803933--23804011	40	2.0	40	84	0	104	43	20	22	13	1.87
23804496--23804544	21	2.4	20	80	12	64	30	22	2	44	1.64
23811591--23811657	32	2.1	32	94	0	116	34	26	8	29	1.87
23817588--23817625	20	1.9	20	88	0	58	63	18	5	13	1.48
23818827--23818872	16	2.8	17	83	9	69	28	0	4	67	1.10
23818906--23818993	26	3.3	26	82	3	104	29	3	7	59	1.42
23818964--23818998	16	2.2	17	90	10	56	42	0	2	54	1.15
23819562--23819600	17	2.2	18	90	4	62	20	2	15	61	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23823774--23823827	29	1.9	27	88	3	72	24	12	7	55	1.63
23826887--23827372	139	3.5	138	84	3	586	31	20	19	28	1.97
23827022--23827465	44	9.8	44	68	12	184	30	20	20	29	1.97
23828592--23828637	21	2.2	21	84	7	58	17	6	2	73	1.14
23828954--23828991	17	2.2	17	90	0	58	28	5	2	63	1.30
23829018--23829105	26	3.3	26	79	3	95	28	3	9	59	1.44
23829076--23829110	16	2.2	17	90	10	56	42	0	2	54	1.15
23829254--23829352	12	8.3	12	70	17	64	37	4	3	55	1.34
23829253--23829287	14	2.5	14	86	13	54	37	0	0	62	0.95
23829682--23829725	17	2.5	18	88	3	63	20	2	15	61	1.45
23832375--23832444	25	2.8	25	100	0	140	44	0	0	55	0.99
23832380--23832456	31	2.5	32	78	18	90	46	1	0	51	1.09
23832402--23832463	18	3.4	19	70	19	51	48	1	0	50	1.10
23833705--23833747	20	2.1	21	82	4	52	55	2	0	41	1.12
23835913--23835967	3	17.7	3	78	14	58	61	0	3	34	1.13
23835913--23835967	12	4.7	11	82	17	67	61	0	3	34	1.13
23835979--23836013	18	1.9	18	88	0	52	68	5	5	20	1.31
23839177--23839421	51	4.5	52	71	18	144	28	24	20	26	1.99
23839113--23839377	115	2.3	115	87	3	374	29	20	18	30	1.97
23839291--23839423	51	2.6	51	90	4	196	32	27	23	17	1.96
23839463--23840066	111	5.4	111	82	7	640	27	22	18	32	1.97
23839463--23840075	221	2.7	219	82	7	673	27	22	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23839988--23840130	53	2.8	51	86	6	209	23	25	22	28	1.99
23839988--23840132	51	2.8	52	86	5	197	22	26	22	28	1.99
23843598--23843802	91	2.3	91	85	2	279	29	12	22	35	1.91
23843873--23843971	38	2.6	39	82	4	130	34	15	14	36	1.87
23848986--23849173	58	3.2	58	72	9	175	44	15	17	23	1.86
23852040--23852085	22	2.1	22	91	0	74	67	17	4	10	1.37
23852531--23852579	25	2.0	25	87	0	71	24	6	8	61	1.47
23853106--23853218	29	3.9	28	72	15	104	53	12	14	20	1.72
23853101--23853215	60	1.9	59	91	1	185	52	13	13	20	1.74
23854405--23854589	92	2.0	92	84	5	239	18	19	15	47	1.83
23855080--23855135	24	2.3	24	96	0	103	26	16	8	48	1.75
23858198--23858240	18	2.5	17	85	7	59	34	0	4	60	1.17
23864194--23864426	122	1.9	122	85	3	326	30	27	15	27	1.96
23865635--23865748	57	2.0	57	98	1	221	42	20	19	18	1.90
23868290--23868419	40	3.2	39	76	9	116	25	13	23	36	1.92
23869092--23869492	22	17.5	22	69	13	175	23	12	21	42	1.86
23869140--23869179	11	3.6	11	79	0	53	22	15	25	37	1.93
23869092--23869399	69	4.4	70	76	6	324	24	12	21	41	1.87
23869140--23869324	91	2.0	91	89	2	282	24	11	22	41	1.87
23869162--23869463	139	2.2	138	90	1	462	23	12	21	42	1.86
23869300--23869490	91	2.1	92	87	2	269	24	12	21	42	1.86
23869231--23869537	69	4.4	69	76	7	289	24	12	20	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23869980--23870007	12	2.3	12	100	0	56	32	0	14	53	1.41
23871188--23871538	115	3.0	115	98	0	675	48	6	12	32	1.66
23873207--23873393	100	1.9	100	84	2	250	27	17	19	35	1.94
23873482--23873885	44	8.8	44	65	18	135	28	20	16	33	1.95
23873470--23874037	142	4.0	141	92	1	935	28	21	16	33	1.95
23873525--23874070	44	11.8	44	67	19	202	28	21	17	32	1.96
23874115--23874786	131	5.2	131	89	1	940	24	25	21	29	1.99
23880882--23880932	21	2.4	22	72	24	54	58	17	5	17	1.57
23881109--23881136	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23881371--23881411	21	2.0	21	90	0	64	63	4	9	21	1.44
23883168--23883637	87	5.4	87	89	1	694	25	24	22	27	2.00
23884836--23884885	7	7.1	7	74	17	50	14	18	0	68	1.22
23885339--23885374	14	2.6	14	86	4	56	8	0	11	80	0.90
23897095--23897339	122	2.1	116	79	11	259	32	26	13	26	1.94
23897123--23897359	122	1.9	122	86	3	334	32	27	13	26	1.94
23898677--23898846	86	2.0	86	94	0	295	41	17	24	17	1.90
23899121--23899232	27	4.2	27	82	2	136	41	23	17	17	1.90
23899121--23899232	53	2.1	54	85	5	156	41	23	17	17	1.90
23901024--23901215	105	1.8	105	86	0	276	34	16	17	31	1.92
23902779--23902812	8	4.1	8	88	3	50	47	8	0	44	1.34
23903335--23903359	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
23910592--23910635	20	2.2	20	91	0	70	79	2	11	6	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23911021--23911099	9	8.4	9	77	10	52	63	2	1	32	1.16
23911702--23911777	35	2.2	34	82	13	93	34	6	0	59	1.24
23914796--23914889	40	2.4	39	82	8	111	35	25	20	19	1.96
23915068--23915574	114	4.4	114	90	0	746	36	18	21	23	1.95
23916273--23916315	22	2.0	21	95	4	77	18	2	27	51	1.59
23916394--23916463	7	10.0	7	79	0	77	21	0	32	45	1.52
23916395--23916479	14	6.1	14	78	6	93	23	1	31	43	1.61
23916397--23916449	21	2.5	21	93	0	88	22	0	30	47	1.52
23916394--23916470	28	2.8	28	89	0	109	23	0	31	45	1.53
23916395--23916479	7	12.3	7	74	6	57	23	1	31	43	1.61
23916836--23916873	20	1.9	20	94	0	67	34	0	7	57	1.28
23917387--23917444	24	2.5	24	85	2	82	29	37	0	32	1.58
23918147--23918253	12	10.6	11	70	21	51	59	0	3	36	1.15
23918120--23918267	39	3.7	40	86	9	205	63	0	2	33	1.13
23919269--23919344	28	2.6	29	83	12	84	51	14	0	34	1.43
23919287--23919622	9	39.1	9	69	18	157	47	17	0	34	1.54
23919298--23919344	12	4.2	12	79	20	66	53	14	0	31	1.42
23919295--23919344	20	2.5	20	93	3	82	52	16	0	32	1.44
23919405--23919446	22	1.9	22	95	0	75	47	14	0	38	1.44
23919287--23919588	34	8.8	34	70	17	146	47	17	0	34	1.55
23919363--23919593	25	9.2	25	70	20	103	47	18	0	34	1.52
23924073--23924174	44	2.3	45	93	0	145	30	19	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23924098--23924301	85	2.4	86	83	2	268	26	20	25	27	1.99
23924076--23924301	42	5.2	44	80	6	221	26	19	25	27	1.99
23928556--23928617	20	3.1	20	84	9	90	46	25	22	4	1.71
23928540--23928617	40	2.0	40	87	5	113	44	25	23	6	1.76
23931950--23931983	15	2.3	15	100	0	68	29	29	8	32	1.87
23941661--23941728	31	2.2	31	97	0	127	35	8	19	36	1.83
23945227--23945276	26	1.9	26	88	8	75	70	8	14	8	1.34
23945236--23945282	19	2.5	20	80	16	55	68	10	12	8	1.40
23947351--23947375	13	1.9	13	100	0	50	28	24	0	48	1.52
23949999--23950073	28	2.7	28	95	0	132	30	25	12	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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