genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  57  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18406545--18406570	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
18407012--18407071	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
18407366--18407396	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
18423773--18423843	25	2.8	25	82	4	81	16	26	21	35	1.95
18423831--18423917	25	3.5	25	75	6	77	20	24	20	34	1.97
18426596--18426793	44	4.6	43	83	5	222	24	19	27	28	1.98
18429268--18429318	26	1.9	27	84	4	68	19	11	13	54	1.69
18433251--18433290	21	1.9	21	89	0	62	25	10	35	30	1.88
18437296--18437320	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
18437522--18437559	17	2.2	17	90	0	58	34	2	0	63	1.09
18440829--18441045	9	23.1	9	69	17	104	62	3	4	30	1.30
18440892--18441045	19	7.9	20	68	16	76	61	2	4	31	1.29
18441006--18441030	11	2.3	11	100	0	50	76	0	8	16	1.02
18441327--18441366	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
18448422--18448564	25	5.8	24	74	12	112	17	25	23	33	1.96
18448427--18448563	48	2.8	48	72	13	118	17	25	21	35	1.95
18449634--18449668	9	3.9	9	92	0	61	37	28	11	22	1.89
18449631--18449668	18	2.1	18	100	0	76	39	26	10	23	1.87
18449631--18449677	18	2.6	18	93	0	67	40	25	8	25	1.84
18449684--18449726	6	7.0	6	86	5	50	18	2	11	67	1.32
18449684--18449737	25	2.2	25	82	0	63	18	3	9	68	1.32
18449767--18449820	18	2.9	18	86	2	72	11	1	46	40	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18451172--18451573	201	2.0	199	96	1	734	40	25	14	20	1.90
18460405--18460511	23	4.1	23	73	26	97	28	0	26	43	1.61
18460403--18460496	29	3.2	29	88	8	154	27	1	28	42	1.62
18460460--18460515	23	2.4	24	93	6	105	28	0	25	46	1.53
18460589--18460699	25	4.6	25	69	20	92	45	13	2	38	1.58
18460517--18460701	71	2.6	71	94	0	325	44	14	3	37	1.61
18461789--18461813	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
18462894--18462942	9	5.2	9	80	9	53	69	0	0	30	0.89
18462894--18462956	29	2.2	29	94	0	108	63	1	0	34	1.04
18462957--18463078	51	2.4	51	92	1	199	41	0	29	28	1.56
18468271--18468348	38	2.1	37	97	2	147	32	2	20	44	1.65
18471711--18471751	19	2.2	19	86	0	55	41	0	14	43	1.45
18473586--18473674	2	44.5	2	100	0	178	0	0	49	50	1.00
18477290--18477349	15	4.1	15	78	8	61	26	15	1	56	1.48
18478712--18478741	16	1.9	15	93	6	51	20	0	0	80	0.72
18478714--18478765	14	3.9	14	77	7	54	21	5	1	71	1.17
18478822--18478883	23	2.7	24	80	11	60	19	6	8	66	1.40
18478822--18478879	24	2.4	23	80	8	62	18	6	6	67	1.37
18480532--18480581	20	2.4	21	80	9	59	20	4	8	68	1.32
18480556--18480596	18	2.2	19	91	4	66	24	0	12	63	1.28
18483805--18483877	32	2.4	32	82	11	91	45	1	0	53	1.09
18493504--18493543	19	2.1	19	90	0	62	30	20	0	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18493699--18493726	11	2.5	11	100	0	56	46	25	10	17	1.80
18493741--18493769	6	4.8	6	100	0	58	48	17	17	17	1.82
18493749--18494009	45	5.9	45	85	2	321	39	18	19	22	1.92
18494192--18494252	32	1.9	32	86	0	86	34	21	9	34	1.86
18500883--18500932	13	3.8	13	78	0	55	34	4	26	36	1.75
18506132--18506310	28	6.4	28	80	3	164	22	18	6	51	1.69
18507068--18507114	23	2.1	23	84	7	62	38	0	2	59	1.09
18507087--18507133	24	2.0	24	83	8	60	34	2	4	59	1.29
18508039--18508236	42	4.8	42	86	6	237	38	2	0	59	1.11
18508173--18508210	11	3.5	11	92	7	60	50	2	0	47	1.15
18508130--18508234	52	2.0	52	88	3	158	42	1	0	55	1.11
18521242--18521415	45	3.9	45	76	8	149	28	18	16	37	1.92
18521197--18521415	90	2.4	90	82	1	242	25	17	17	39	1.91
18526373--18526422	22	2.3	22	82	6	57	22	24	10	44	1.83
18529208--18529252	19	2.2	20	92	7	74	31	22	20	26	1.98
18530592--18530630	14	2.7	14	84	4	51	48	0	2	48	1.15
18551273--18551374	49	2.2	46	81	10	109	14	26	3	54	1.57
18563515--18563553	18	2.1	18	90	4	60	30	17	0	51	1.46
18565762--18565814	19	2.8	19	73	0	52	33	11	11	43	1.76
18570420--18570459	6	6.7	6	91	0	62	67	12	5	15	1.38
18570414--18570460	18	2.6	18	75	3	58	70	10	6	12	1.33
18570401--18570545	62	2.3	61	79	15	156	71	5	13	9	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18570450--18570542	19	4.6	19	67	16	53	73	3	15	8	1.21
18570401--18570543	56	2.6	53	78	11	128	72	5	12	9	1.28
18571328--18571353	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
18572584--18573547	175	5.5	175	91	0	1509	30	17	22	29	1.97
18572582--18573541	349	2.7	350	92	1	1575	31	17	21	29	1.96
18573299--18574342	129	8.0	129	71	11	556	29	19	22	27	1.98
18573299--18574111	219	3.7	220	80	6	906	29	20	23	27	1.99
18573781--18574111	173	1.9	174	88	1	504	29	20	22	26	1.99
18572774--18574333	44	35.8	43	69	10	403	30	18	22	28	1.97
18574044--18574245	41	4.8	41	72	9	163	28	21	21	27	1.99
18576012--18576038	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
18576308--18576333	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
18576555--18576593	16	2.4	16	91	0	60	35	12	2	48	1.55
18576553--18576617	34	1.9	34	83	0	85	33	15	4	46	1.66
18576860--18577074	112	1.9	112	88	0	322	30	17	19	33	1.94
18578525--18578601	27	2.9	27	88	3	111	16	25	37	19	1.93
18584254--18584291	18	2.1	18	90	9	60	31	5	0	63	1.17
18586838--18586869	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
18587102--18587191	46	2.1	42	86	12	121	40	15	11	33	1.83
18590037--18590126	38	2.4	38	96	0	162	18	11	38	31	1.86
18591603--18591739	38	3.6	37	76	10	107	30	25	19	24	1.98
18591631--18591740	41	2.8	38	80	6	114	32	24	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18591829--18591883	18	3.1	17	79	7	65	34	21	0	43	1.53
18594287--18594339	24	2.2	25	90	6	83	43	16	22	16	1.88
18601225--18601257	9	3.7	9	88	11	50	0	21	0	78	0.75
18601221--18601265	23	2.0	22	95	4	81	0	22	0	77	0.76
18604057--18604098	21	2.0	22	85	4	59	40	9	16	33	1.81
18606371--18606603	63	3.7	63	91	3	337	23	27	20	27	1.99
18608453--18608638	74	2.5	74	92	0	302	30	23	23	23	1.99
18608447--18608689	73	3.3	73	86	2	319	27	23	25	24	2.00
18608586--18608819	113	2.1	113	82	4	292	24	22	26	26	2.00
18609093--18609131	7	5.4	7	81	6	51	12	0	43	43	1.42
18609089--18609131	15	2.9	15	86	3	61	13	0	46	39	1.44
18609902--18609972	21	3.5	20	77	12	74	21	2	40	35	1.68
18611428--18611477	21	2.4	21	96	0	91	34	18	48	0	1.48
18611838--18612022	43	4.3	43	87	0	244	32	19	27	20	1.97
18612879--18612914	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
18614529--18614570	9	4.6	9	82	11	50	28	0	2	69	1.01
18614584--18614647	20	3.3	19	75	16	60	35	1	3	59	1.23
18614593--18614655	19	3.3	19	72	14	58	31	1	3	63	1.19
18615287--18615322	17	2.1	17	94	0	63	30	2	16	50	1.60
18616549--18616677	46	2.8	45	95	4	231	34	8	29	27	1.87
18622933--18622989	29	2.0	29	96	0	105	10	40	14	35	1.80
18625330--18625358	12	2.4	12	100	0	58	44	6	6	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18625553--18625672	48	2.6	44	75	18	127	43	9	11	35	1.73
18626373--18626420	18	2.7	18	100	0	96	35	14	12	37	1.84
18626847--18627018	72	2.4	72	87	4	269	25	6	13	54	1.63
18629066--18629090	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
18631441--18631474	17	2.1	16	88	5	50	76	0	11	11	1.02
18632603--18632628	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18632836--18632902	21	3.2	21	78	4	73	20	8	38	31	1.84
18632906--18633109	21	9.7	21	87	1	212	25	7	46	20	1.78
18632906--18633091	63	3.0	63	82	0	237	26	7	45	20	1.77
18633096--18633157	21	3.0	21	87	0	79	20	9	45	24	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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