genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  202  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60024352--60024404	25	2.1	25	89	0	79	18	22	20	37	1.94
60024409--60024465	24	2.4	24	79	5	62	14	24	21	40	1.90
60028544--60028612	24	2.8	25	77	4	86	20	13	14	52	1.74
60028544--60028600	25	2.3	25	87	3	80	21	14	12	52	1.73
60029261--60029337	27	2.9	26	70	25	70	62	7	9	20	1.50
60043101--60043141	15	2.6	16	82	14	50	58	0	0	41	0.98
60047030--60047124	45	2.1	46	88	4	138	65	13	6	14	1.45
60047378--60047403	7	3.7	7	100	0	52	73	0	0	26	0.84
60047588--60047624	17	2.3	17	86	9	51	56	8	2	32	1.43
60054014--60054067	23	2.3	23	84	9	65	38	0	5	55	1.23
60054030--60054064	16	2.2	16	90	10	54	34	0	2	62	1.10
60055589--60055616	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
60061536--60061574	20	1.9	20	84	5	51	15	12	0	71	1.14
60063437--60063602	83	2.0	83	96	0	305	38	11	20	29	1.88
60065000--60065091	27	3.4	27	82	5	114	39	6	7	46	1.58
60065000--60065091	40	2.3	41	94	1	141	39	6	7	46	1.58
60065000--60065098	14	7.3	14	86	3	123	41	6	7	45	1.56
60066014--60066403	209	1.9	207	87	3	577	19	12	17	50	1.78
60066758--60066824	21	3.2	21	93	0	116	40	29	19	10	1.85
60071097--60071145	26	1.9	25	91	4	80	24	10	24	40	1.86
60072601--60072633	17	1.9	17	88	11	50	60	0	3	36	1.12
60072625--60072678	26	2.2	23	80	9	63	42	7	0	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60073032--60073067	18	2.0	18	94	0	63	30	0	0	69	0.89
60073035--60073135	26	3.7	27	79	13	118	38	0	0	61	0.96
60073064--60073098	16	2.1	17	94	5	63	34	0	0	65	0.93
60074264--60074376	59	1.9	59	81	1	138	34	11	9	44	1.74
60077855--60077908	26	2.1	27	86	6	76	38	24	9	27	1.86
60079453--60079536	42	2.0	42	97	0	159	22	22	9	45	1.81
60079466--60079556	23	4.1	23	72	11	100	20	27	6	45	1.76
60083965--60084047	41	2.0	42	90	2	132	25	21	8	44	1.80
60085375--60085433	28	2.1	28	100	0	118	23	11	16	47	1.80
60090955--60090979	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
60093464--60093511	8	5.5	8	79	13	51	70	12	0	16	1.16
60093452--60093532	28	2.9	28	98	0	153	62	13	0	23	1.30
60093496--60093546	20	2.5	20	81	6	59	58	11	0	29	1.33
60093645--60093701	23	2.5	23	94	0	87	43	12	14	29	1.81
60093731--60093771	11	3.8	11	93	3	66	31	0	4	63	1.15
60093731--60093771	21	1.9	21	90	5	64	31	0	4	63	1.15
60097296--60097326	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
60097325--60097355	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
60097425--60097449	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
60097415--60097451	8	5.0	8	81	18	53	32	0	0	67	0.91
60097417--60097461	21	2.1	21	83	0	54	26	0	4	68	1.08
60100320--60100386	31	2.2	29	86	5	89	32	4	5	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60106722--60106773	18	2.7	20	74	17	56	59	0	3	36	1.16
60106862--60106901	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
60108590--60108619	5	6.0	5	100	0	60	40	0	40	20	1.52
60113707--60113766	30	2.0	31	90	6	97	50	0	1	48	1.11
60114348--60114416	29	2.4	29	100	0	138	34	13	8	43	1.74
60117672--60117696	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
60118191--60119491	654	2.0	650	94	0	2269	31	18	24	25	1.97
60122136--60122204	22	3.1	22	97	0	129	4	31	17	46	1.68
60125961--60125989	13	2.2	13	100	0	58	34	0	6	58	1.25
60139323--60139398	26	3.0	26	88	1	109	36	3	19	39	1.71
60139747--60139772	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
60140407--60140460	27	2.0	27	92	0	90	29	14	11	44	1.80
60142231--60142262	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
60142220--60142298	25	3.0	27	80	15	85	43	2	0	54	1.14
60142207--60142307	11	9.4	11	70	21	63	41	3	0	54	1.19
60142194--60142315	35	3.3	37	83	10	169	38	3	0	58	1.15
60144103--60144257	84	1.8	84	90	0	247	25	26	29	18	1.98
60144103--60144279	84	2.1	84	86	2	239	26	25	29	18	1.98
60148595--60148644	24	2.1	24	82	10	59	50	6	2	42	1.38
60148957--60149019	12	5.1	12	79	7	72	41	4	0	53	1.22
60148939--60149019	25	3.2	25	91	3	119	41	4	0	53	1.22
60150745--60150834	19	4.7	19	67	20	53	33	4	3	58	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60151358--60151737	96	4.0	96	89	2	559	20	14	18	47	1.83
60154011--60154053	18	2.4	18	80	0	50	46	4	0	48	1.22
60154014--60154077	27	2.4	27	86	0	83	40	4	0	54	1.21
60155752--60155812	31	2.0	31	90	6	99	42	0	4	52	1.23
60155846--60155870	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
60155845--60155878	12	2.9	11	87	12	50	47	2	0	50	1.16
60155874--60155951	4	18.8	4	75	12	59	62	1	0	35	1.03
60155862--60155949	26	3.2	26	84	14	106	59	2	0	38	1.10
60155876--60155985	59	1.9	59	81	7	138	56	1	0	41	1.10
60156993--60157035	18	2.4	18	80	0	50	46	4	0	48	1.22
60156996--60157059	27	2.4	27	84	5	76	40	6	0	53	1.26
60157070--60157111	20	2.1	20	86	0	57	52	7	0	40	1.29
60157845--60157888	19	2.2	20	80	4	54	38	15	6	38	1.75
60159078--60159157	40	2.0	40	100	0	160	52	7	22	17	1.69
60160571--60160625	29	1.9	28	88	3	83	50	0	0	49	1.00
60160647--60160673	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
60164113--60164143	14	2.2	14	94	0	53	6	22	22	48	1.73
60167257--60167300	23	1.9	23	81	9	54	18	9	27	45	1.79
60173971--60174379	102	4.0	102	96	0	737	32	17	9	41	1.81
60179469--60179507	18	2.1	19	85	4	53	51	12	12	23	1.74
60179798--60179943	79	1.8	79	86	5	215	34	18	22	24	1.96
60180651--60180726	37	2.1	37	97	0	143	27	5	19	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60180787--60180850	24	2.6	24	75	2	65	59	4	1	34	1.28
60184777--60184829	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
60185155--60185200	23	2.0	23	83	12	58	45	0	2	52	1.13
60190406--60190440	18	1.9	18	94	0	61	42	14	22	20	1.88
60200575--60201017	42	10.4	42	80	4	343	30	23	20	25	1.99
60201377--60201418	21	2.0	21	90	0	66	7	38	19	35	1.79
60201453--60201498	21	2.2	21	88	0	65	2	39	19	39	1.64
60208300--60208356	26	2.2	26	84	9	73	66	12	8	12	1.44
60208973--60209020	2	23.5	2	91	4	78	47	0	2	50	1.12
60212700--60212779	41	2.0	41	85	9	110	27	31	21	20	1.98
60212904--60213251	113	3.1	112	86	3	473	27	21	23	27	1.99
60213474--60213498	5	5.0	5	100	0	50	20	0	20	60	1.37
60219773--60219807	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
60225146--60225227	42	2.0	42	92	0	137	24	24	21	29	1.99
60228588--60228621	4	8.5	4	100	0	68	50	23	0	26	1.50
60232909--60232981	35	2.1	35	87	5	103	31	13	12	42	1.81
60237976--60238080	20	5.3	20	71	8	72	50	3	7	38	1.49
60241565--60241654	39	2.5	33	77	19	108	24	22	30	23	1.99
60241570--60241646	39	2.0	39	94	0	136	25	22	31	20	1.98
60249528--60249563	17	2.1	17	89	0	54	36	11	5	47	1.63
60249927--60250084	84	1.9	84	86	0	226	22	27	29	20	1.98
60249929--60250104	84	2.1	84	82	4	212	22	27	30	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60250950--60250987	6	6.3	6	100	0	76	50	0	0	50	1.00
60251575--60251604	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
60251955--60252104	75	2.0	75	86	2	212	44	12	20	23	1.85
60254025--60254064	21	1.9	21	90	10	64	80	2	12	5	0.98
60257465--60257588	33	3.6	33	78	12	149	23	20	32	24	1.98
60257476--60257610	39	3.6	39	81	11	192	22	20	34	22	1.97
60259316--60259341	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
60259522--60259666	75	1.9	75	91	0	236	46	9	10	33	1.70
60259619--60259815	95	2.1	95	90	2	308	43	9	13	34	1.75
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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