genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  62  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19742699--19742729	13	2.4	13	94	0	53	0	6	41	51	1.27
19743082--19743123	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
19743221--19743265	21	2.1	21	91	0	72	46	22	8	22	1.79
19749616--19749677	23	2.7	25	73	16	62	51	0	0	48	1.00
19750041--19750068	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19752866--19752910	22	2.0	22	91	0	72	35	11	22	31	1.89
19753149--19753177	4	7.5	4	92	7	51	51	0	0	48	1.00
19753298--19753332	16	2.1	17	89	5	54	48	0	8	42	1.33
19756105--19756198	37	2.5	35	80	14	100	31	23	1	43	1.61
19761428--19761490	8	7.8	8	75	10	65	61	3	0	34	1.12
19766509--19766569	31	2.0	31	96	0	113	42	4	3	49	1.40
19766553--19766604	26	2.0	26	100	0	104	30	3	15	50	1.62
19771766--19771809	21	2.1	21	95	0	79	22	9	6	61	1.50
19775755--19775800	25	1.9	23	83	16	58	39	13	0	47	1.42
19781124--19781165	20	2.1	20	100	0	84	40	9	0	50	1.35
19781945--19781977	17	1.9	17	93	0	57	12	9	3	75	1.14
19786621--19786824	102	2.0	102	96	0	372	29	21	27	21	1.98
19787619--19787717	49	2.0	49	100	0	198	28	29	14	28	1.95
19793149--19793416	4	66.8	4	90	0	365	25	5	25	43	1.75
19794893--19794947	27	2.0	27	96	0	101	50	9	14	25	1.72
19800617--19800727	57	1.9	59	87	3	163	45	8	21	25	1.79
19816951--19817021	31	2.3	31	80	0	79	23	16	9	49	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19820202--19820255	16	3.4	16	74	5	56	61	7	3	27	1.40
19827492--19827687	39	5.0	39	90	0	284	23	15	34	26	1.95
19830651--19830705	9	6.2	9	89	4	76	38	27	10	23	1.88
19831308--19831358	23	2.2	23	82	6	59	50	19	11	17	1.76
19831788--19831825	14	2.7	14	92	8	60	57	0	2	39	1.12
19836326--19836365	21	1.9	21	84	0	53	27	7	22	42	1.80
19838450--19838483	11	3.1	11	91	0	50	76	0	11	11	1.02
19839491--19839526	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
19842967--19842997	5	6.2	5	92	0	53	0	64	0	35	0.94
19846953--19847015	29	2.3	27	83	5	72	39	9	17	33	1.82
19848899--19849005	49	2.2	47	85	8	144	63	8	21	6	1.45
19862593--19862633	17	2.3	18	87	8	57	4	29	7	58	1.46
19862680--19862705	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
19863985--19864178	23	8.5	23	74	12	184	14	6	21	56	1.61
19864057--19864177	45	2.6	46	83	7	156	14	5	22	57	1.59
19864125--19864165	12	3.4	12	89	0	64	7	4	24	63	1.40
19863985--19864160	68	2.6	68	94	0	307	14	6	21	56	1.61
19864164--19864203	21	2.0	21	95	5	73	17	5	20	57	1.58
19864246--19864287	21	2.1	20	86	8	59	16	4	16	61	1.50
19865160--19865193	16	2.1	16	100	0	68	23	0	0	76	0.79
19865223--19865257	18	1.9	18	94	0	61	60	5	0	34	1.21
19865292--19865325	16	2.1	16	100	0	68	23	0	0	76	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19865040--19865338	133	2.3	133	96	0	546	43	5	2	49	1.36
19867662--19867765	49	2.1	49	92	0	172	30	8	10	50	1.67
19869152--19870233	120	9.0	120	92	2	1798	42	1	4	51	1.32
19869579--19869616	18	2.2	17	90	4	58	34	2	0	63	1.09
19869152--19870226	239	4.5	238	94	1	1805	42	1	4	51	1.32
19869818--19869882	18	4.2	15	75	18	55	36	1	1	60	1.16
19869842--19869897	28	2.0	29	86	10	80	39	0	1	58	1.08
19870371--19870466	45	2.2	44	90	5	149	36	29	4	30	1.76
19870452--19870484	16	2.1	16	100	0	66	24	33	6	36	1.80
19877072--19877113	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
19887109--19887191	22	3.8	22	86	0	121	27	15	27	28	1.96
19888569--19888612	22	2.0	22	95	0	79	36	20	22	20	1.95
19891897--19891991	39	2.4	37	77	10	100	67	1	2	29	1.09
19891932--19892022	9	9.7	9	70	16	60	67	0	2	30	1.03
19891893--19891965	27	2.4	30	84	15	98	64	1	2	31	1.16
19891920--19892002	40	2.1	40	93	6	143	63	0	3	32	1.11
19891970--19892022	9	5.7	9	78	8	61	69	0	1	28	0.99
19891932--19892022	38	2.4	39	87	7	125	67	0	2	30	1.03
19892032--19892063	5	6.2	5	92	7	55	0	43	56	0	0.99
19897419--19897447	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
19898406--19898446	16	2.5	17	88	4	57	29	12	12	46	1.77
19908930--19908962	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19909592--19909634	18	2.4	18	88	0	59	18	27	6	46	1.75
19909877--19909923	21	2.2	21	85	7	60	36	38	17	8	1.80
19909886--19909932	21	2.3	21	81	3	60	31	42	17	8	1.79
19912322--19912780	243	1.9	243	91	0	756	24	28	20	26	1.99
19913358--19913769	126	3.3	126	90	0	639	28	20	16	33	1.95
19913932--19913961	7	4.3	7	91	0	51	50	36	0	13	1.42
19913843--19914230	100	4.0	102	83	11	469	38	19	1	40	1.59
19913951--19914118	50	3.4	50	65	22	136	36	19	1	42	1.62
19915559--19915600	18	2.2	20	87	8	61	33	0	0	66	0.92
19916681--19916731	17	2.9	17	75	13	50	50	1	1	45	1.24
19916689--19916733	18	2.5	19	85	7	58	48	2	2	46	1.26
19916724--19916768	19	2.4	19	80	0	54	51	4	0	44	1.21
19918194--19918233	15	2.7	15	77	14	55	55	12	20	12	1.69
19920439--19920574	58	2.3	58	94	0	236	21	25	11	41	1.86
19921788--19921947	86	1.9	86	84	2	214	30	10	16	42	1.81
19931054--19931081	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
19932958--19932988	15	2.1	15	100	0	62	61	0	12	25	1.32
19939485--19939509	13	1.9	13	100	0	50	56	12	0	32	1.36
19943629--19943659	15	2.1	15	100	0	62	41	6	25	25	1.79
19943814--19943845	7	4.6	7	96	0	55	18	31	9	40	1.83
19943738--19943991	51	4.9	51	86	7	348	29	22	15	32	1.95
19943814--19943850	14	2.6	14	86	0	56	21	29	10	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19943719--19943991	109	2.6	108	86	4	371	28	23	14	33	1.94
19952306--19952365	3	20.0	3	89	0	93	5	0	66	28	1.12
19952476--19952532	3	19.3	3	80	3	62	5	0	71	22	1.05
19957489--19957518	15	2.0	15	93	0	51	10	43	0	46	1.37
19961920--19962317	131	3.0	131	80	3	487	38	11	14	35	1.82
19969868--19969927	17	3.6	16	71	20	52	35	5	1	58	1.30
19969868--19969936	31	2.2	32	82	7	88	31	4	1	62	1.24
19972904--19972970	31	2.2	31	82	10	77	52	10	13	23	1.71
19978793--19978836	22	2.0	21	86	4	61	25	27	2	45	1.65
19997010--19997034	10	2.5	10	100	0	50	48	8	20	24	1.76
20013099--20013130	9	3.6	9	95	0	55	87	0	12	0	0.54
20022318--20022351	17	1.9	17	88	5	50	35	8	8	47	1.66
20025943--20026050	52	2.1	52	87	1	155	45	9	14	30	1.77
20025956--20026067	52	2.2	52	81	3	136	49	9	13	27	1.73
20035586--20035744	53	3.0	53	83	3	221	26	24	13	35	1.92
20055349--20055388	21	1.9	22	85	10	57	15	10	2	72	1.21
20055571--20055604	17	2.0	17	88	0	50	64	0	2	32	1.08
20060261--20060633	132	2.8	132	89	2	532	23	13	9	52	1.70
20060750--20060788	16	2.5	16	87	4	53	28	2	0	69	1.02
20060721--20060816	21	4.7	21	77	10	108	27	1	3	68	1.11
20070049--20070075	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
20073268--20073307	18	2.2	18	90	0	62	50	12	7	30	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20073705--20073743	5	7.8	5	97	0	69	20	23	20	35	1.96
20078135--20078213	26	3.1	26	78	5	81	37	18	24	18	1.94
20084445--20084476	7	4.4	7	92	7	55	87	0	0	12	0.54
20084445--20084476	15	2.2	15	94	5	57	87	0	0	12	0.54
20097698--20097739	21	2.0	21	100	0	84	28	19	19	33	1.96
20099964--20100038	23	3.2	23	69	3	60	48	16	10	25	1.78
20106656--20106687	15	2.1	15	94	0	55	37	21	12	28	1.90
20114495--20114588	40	2.4	40	91	5	147	36	15	30	17	1.91
20114526--20114588	20	3.2	20	73	8	74	33	15	34	15	1.90
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