genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  73  of  204  ( 24458 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22969750--22969776	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
22969789--22970006	121	1.8	117	87	5	323	39	8	7	44	1.63
22969978--22970235	27	10.1	27	71	20	171	40	8	5	46	1.55
22969857--22970289	175	2.5	175	98	0	830	39	9	6	45	1.60
22970294--22970336	16	2.7	16	92	0	68	51	18	0	30	1.47
22970380--22970824	25	17.3	25	74	8	283	44	19	2	33	1.64
22970430--22970664	75	3.1	75	95	0	416	44	17	2	35	1.62
22970591--22970749	9	19.1	8	68	17	60	46	19	1	32	1.61
22970537--22970859	118	2.8	116	84	5	419	45	19	2	32	1.62
22970292--22970803	268	1.9	267	91	4	834	45	18	2	33	1.62
22976317--22976486	66	2.6	66	88	1	234	41	18	27	13	1.88
22976458--22976501	21	2.1	21	91	0	70	36	18	43	2	1.63
22976465--22976508	21	2.1	21	86	0	61	34	20	43	2	1.64
22976491--22976569	21	3.8	21	86	0	95	35	13	43	7	1.73
22976477--22976569	42	2.2	42	86	0	123	34	15	44	6	1.72
22976940--22977169	43	5.4	42	72	11	153	24	23	27	25	2.00
22976940--22977146	86	2.4	87	81	2	229	23	22	28	25	1.99
22976987--22977256	129	2.1	128	81	7	305	24	25	24	25	2.00
22980746--22981078	167	2.0	167	97	0	630	38	15	10	35	1.83
22988979--22989026	18	2.6	18	77	9	53	72	6	0	20	1.05
22994585--22994609	12	2.1	12	100	0	50	0	8	8	84	0.79
23016745--23016809	30	2.2	30	94	0	112	56	15	3	24	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23016839--23016881	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
23020557--23020602	17	2.6	17	89	3	74	41	10	23	23	1.86
23022784--23022836	23	2.3	23	96	0	97	64	1	1	32	1.15
23024528--23024556	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
23024797--23024845	25	1.9	26	84	12	66	42	8	14	34	1.75
23026082--23026106	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
23030540--23030591	26	2.0	27	81	11	63	21	7	13	57	1.61
23038945--23038972	14	2.0	14	100	0	56	28	50	0	21	1.49
23043261--23043288	13	2.2	13	100	0	56	28	21	7	42	1.79
23045687--23045737	23	2.3	23	83	12	63	35	3	3	56	1.36
23045905--23045968	16	4.0	16	89	0	101	39	1	34	25	1.65
23045956--23046044	44	2.0	46	86	4	128	29	4	30	35	1.77
23058212--23058289	33	2.4	33	84	0	93	39	30	7	21	1.82
23061340--23061364	4	6.2	4	100	0	50	24	24	0	52	1.48
23063642--23063681	20	2.0	20	90	0	62	45	15	10	30	1.78
23063632--23063696	34	1.9	33	84	9	87	41	15	9	33	1.79
23068033--23068090	6	9.8	6	83	3	64	75	5	1	17	1.06
23068033--23068090	17	3.3	17	82	4	62	75	5	1	17	1.06
23068030--23068084	23	2.4	22	82	11	65	74	7	0	18	1.04
23068030--23068098	23	3.1	21	78	13	50	75	7	1	15	1.09
23069469--23069532	29	2.1	31	80	11	71	64	4	6	25	1.37
23069496--23069561	19	3.5	19	73	19	57	66	7	3	22	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23083724--23083776	21	2.4	22	78	12	56	47	5	0	47	1.26
23085920--23085974	27	2.2	25	80	9	58	63	1	0	34	1.05
23085922--23085983	28	2.3	25	81	13	70	62	1	0	35	1.05
23089128--23089209	22	3.7	22	86	0	119	29	26	13	30	1.94
23093358--23093391	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
23095497--23095673	51	3.5	50	80	3	212	23	16	28	30	1.97
23098309--23098352	3	14.7	3	100	0	88	65	0	34	0	0.93
23100498--23100542	22	2.0	23	83	8	58	42	6	0	51	1.28
23104749--23104804	29	1.9	29	85	7	78	71	0	7	21	1.09
23110025--23110049	4	6.2	4	100	0	50	48	0	28	24	1.52
23114483--23114699	90	2.4	89	83	5	260	37	13	26	22	1.91
23114505--23114669	30	5.5	30	73	9	122	40	12	25	21	1.89
23116913--23116981	25	2.8	25	88	4	95	30	20	27	21	1.98
23119703--23119733	15	2.1	15	100	0	62	35	32	12	19	1.90
23131295--23131322	14	2.0	14	100	0	56	64	14	14	7	1.48
23132387--23132484	50	2.0	50	83	4	126	26	16	24	32	1.96
23132353--23132487	25	5.4	26	71	12	104	25	17	23	34	1.96
23133633--23133657	13	1.9	13	100	0	50	0	24	4	72	1.02
23143566--23143611	14	3.3	14	93	0	83	41	0	2	56	1.11
23143739--23143797	3	19.7	3	96	0	109	33	1	0	64	1.04
23150944--23150995	24	2.2	23	80	6	59	44	11	21	23	1.84
23153821--23153881	31	2.0	31	90	6	97	42	9	14	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23160973--23160998	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23164475--23164499	10	2.5	10	100	0	50	32	8	20	40	1.81
23165783--23165821	13	2.9	13	88	3	51	61	2	5	30	1.31
23168052--23168093	14	3.0	14	83	13	59	30	0	0	69	0.89
23168293--23168334	21	2.0	22	85	4	59	61	21	11	4	1.48
23174020--23174063	5	8.6	5	80	5	52	40	2	18	38	1.63
23174607--23174691	24	3.5	24	74	6	82	17	24	23	34	1.96
23176753--23176867	41	2.7	43	84	8	146	33	25	15	25	1.95
23184661--23184758	41	2.3	43	82	5	119	30	23	18	27	1.98
23187553--23188145	311	1.9	311	96	0	1087	36	21	19	22	1.95
23190587--23190627	20	1.9	22	85	14	59	60	9	0	29	1.28
23192688--23192736	20	2.5	19	77	6	53	16	14	6	63	1.49
23192743--23192772	11	2.7	11	94	0	51	13	6	23	56	1.60
23198698--23198756	11	5.5	11	75	20	54	64	1	0	33	1.04
23212942--23213012	30	2.3	31	75	2	81	30	28	2	38	1.71
23218443--23218480	19	2.0	19	90	10	60	42	10	0	47	1.38
23228006--23228081	6	12.2	6	72	13	55	2	23	2	71	1.12
23228006--23228081	25	3.0	24	78	12	82	2	23	2	71	1.12
23228572--23228599	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
23231367--23231691	112	2.9	111	84	3	377	26	19	22	32	1.97
23232386--23232776	90	4.4	89	79	7	373	25	5	15	53	1.64
23232407--23232733	90	3.7	89	85	2	433	25	6	15	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23235195--23235248	11	4.8	11	78	19	58	16	22	1	59	1.47
23235199--23235248	5	9.2	5	85	10	55	18	22	2	58	1.49
23235195--23235254	28	2.1	29	84	3	77	20	20	1	58	1.48
23235245--23235279	10	3.4	10	84	7	52	34	2	0	62	1.10
23235217--23235279	21	3.0	21	88	2	81	26	12	1	58	1.43
23235413--23235452	21	1.9	21	100	0	80	32	5	0	62	1.17
23235415--23235460	21	2.2	21	88	7	67	32	6	0	60	1.22
23235672--23235729	17	3.5	15	84	15	71	17	22	0	60	1.36
23235672--23235729	5	10.6	5	85	14	71	17	22	0	60	1.36
23235672--23235729	22	2.6	22	91	8	91	17	22	0	60	1.36
23235722--23235764	20	2.2	20	87	4	61	25	9	0	65	1.22
23235722--23235802	21	3.6	21	74	19	74	23	13	1	61	1.39
23235722--23235824	21	4.7	20	70	22	64	23	13	1	61	1.43
23235852--23235921	22	3.2	22	65	15	54	35	2	12	48	1.56
23235847--23235954	44	2.5	44	93	0	189	36	1	12	50	1.50
23235863--23235932	22	3.2	22	65	15	54	37	2	11	48	1.54
23237431--23237456	12	2.2	12	100	0	52	76	15	7	0	0.99
23237670--23237952	109	2.6	108	83	6	333	34	20	19	25	1.96
23237670--23238003	108	3.1	108	81	5	336	32	20	19	27	1.97
23238855--23238905	21	2.5	20	84	12	68	35	1	0	62	1.06
23238850--23238905	10	5.5	10	77	10	51	35	1	0	62	1.06
23241490--23241578	43	2.1	43	97	0	169	34	4	21	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23245193--23245260	4	17.0	4	76	11	52	0	27	0	72	0.85
23245193--23245264	13	5.6	13	80	11	69	0	27	0	72	0.85
23245193--23245252	14	4.3	14	75	12	52	0	26	0	73	0.84
23245798--23245875	37	2.1	37	100	0	156	43	19	5	32	1.73
23246476--23246525	25	2.0	25	96	0	91	58	24	0	18	1.40
23250345--23250443	23	4.3	23	88	0	153	23	19	25	32	1.97
23254146--23254177	16	2.0	16	100	0	64	43	0	0	56	0.99
23254337--23254361	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
23255355--23255507	78	2.0	78	97	0	288	39	26	22	11	1.87
23259870--23259944	37	2.0	37	92	0	123	34	9	18	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204