genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  55  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17926083--17926189	48	2.3	47	90	4	162	45	13	2	38	1.57
17930592--17930641	23	2.2	24	82	10	68	38	0	10	52	1.35
17930600--17930643	23	1.9	23	95	0	79	36	0	13	50	1.42
17932644--17932686	22	2.0	22	85	0	59	9	16	27	46	1.77
17932779--17932983	43	4.8	43	87	2	288	31	28	18	22	1.97
17937131--17937372	106	2.3	100	79	13	251	27	12	11	47	1.76
17937168--17937372	97	2.0	101	84	10	267	28	12	11	48	1.75
17938478--17938508	15	2.1	15	93	0	53	35	45	0	19	1.51
17938771--17939080	114	2.7	113	91	2	505	26	26	22	24	2.00
17939452--17939578	43	2.9	43	82	11	168	22	18	28	30	1.97
17941196--17941265	2	35.0	2	97	0	131	48	0	1	50	1.09
17941780--17941804	13	1.9	13	100	0	50	44	0	16	40	1.47
17943103--17943225	45	2.7	45	92	2	194	37	19	20	22	1.94
17943197--17943370	47	3.7	47	86	4	228	43	18	20	17	1.88
17943197--17943370	92	1.8	93	83	7	226	43	18	20	17	1.88
17948322--17948410	42	2.1	42	91	0	142	15	22	31	30	1.95
17951060--17951092	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
17951315--17952120	218	3.9	205	91	3	1044	33	20	18	27	1.95
17956064--17956089	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
17956843--17956902	30	2.0	31	83	3	77	41	0	38	20	1.52
17957334--17957422	21	4.2	20	80	16	92	59	6	0	33	1.24
17957356--17957420	19	3.2	21	68	23	50	58	6	0	35	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17957334--17957441	20	5.7	20	70	17	52	60	6	0	33	1.23
17957678--17957719	16	2.7	16	77	3	50	23	23	11	40	1.88
17960212--17960261	17	2.7	19	70	20	52	38	2	2	58	1.21
17962727--17962773	24	2.0	24	83	8	60	63	0	4	31	1.13
17964838--17964867	15	1.9	15	93	6	51	63	3	33	0	1.11
17968386--17968441	18	3.1	18	86	2	76	41	44	1	12	1.53
17971264--17971301	20	1.9	20	89	10	60	60	2	0	36	1.11
17977611--17977639	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
17978336--17978366	16	1.9	16	93	0	53	54	0	6	38	1.26
17985888--17985918	16	1.9	16	100	0	62	32	0	25	41	1.56
17986263--17986320	31	1.9	31	89	3	91	46	13	8	31	1.74
17989885--17989929	21	2.1	21	83	0	54	46	2	0	51	1.13
17991565--17991599	17	2.1	17	89	5	54	25	5	2	65	1.28
17996428--17996561	48	2.8	48	89	0	187	32	14	39	13	1.85
17996997--17997040	20	2.2	20	84	4	54	20	6	6	65	1.39
17998243--17998270	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
17998616--17998649	3	11.3	3	93	0	59	64	0	2	32	1.08
18000818--18000875	27	2.2	27	93	6	102	41	3	0	55	1.17
18010997--18011087	33	2.7	34	80	9	91	43	14	12	29	1.81
18011380--18011461	27	3.0	25	79	10	65	52	7	17	23	1.69
18011381--18011544	28	5.8	28	75	13	122	54	5	19	20	1.64
18015136--18015182	22	2.1	22	88	0	67	38	6	2	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18021433--18021583	77	2.0	77	84	5	198	35	20	22	21	1.96
18033783--18033819	18	2.0	19	89	5	58	24	5	0	70	1.08
18037335--18037378	16	2.8	15	83	10	52	36	11	0	52	1.38
18044687--18044712	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
18063590--18063659	36	1.9	36	88	0	104	34	31	5	28	1.81
18065735--18065769	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18065763--18066071	61	5.1	61	68	13	262	48	5	3	42	1.43
18065715--18066070	120	3.0	119	97	0	649	48	5	2	43	1.39
18065855--18065889	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18065715--18066010	59	5.0	57	67	15	188	48	4	2	44	1.35
18067417--18067464	21	2.3	21	78	7	53	18	4	8	68	1.31
18080009--18080061	24	2.2	24	89	0	79	50	3	1	43	1.30
18082088--18082187	42	2.4	42	94	0	173	24	28	12	36	1.91
18083025--18083050	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
18087543--18087594	24	2.2	24	89	0	77	51	7	1	38	1.42
18088997--18089063	35	1.9	35	82	11	84	56	4	5	32	1.43
18089013--18089079	35	2.0	33	82	11	82	55	5	5	32	1.49
18095632--18095688	29	2.0	29	82	6	71	36	5	0	57	1.21
18095923--18095972	19	2.5	20	80	9	57	2	24	6	68	1.23
18104166--18104234	27	2.5	29	88	6	99	40	5	1	52	1.34
18104298--18104377	27	3.0	27	94	0	133	27	28	30	13	1.94
18104664--18104728	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18104664--18104838	12	14.3	12	72	12	88	35	0	6	57	1.28
18105459--18105503	18	2.5	18	85	0	63	28	4	46	20	1.69
18106908--18106950	19	2.3	19	100	0	86	23	16	34	25	1.95
18108155--18108234	27	3.0	27	94	0	133	13	30	28	27	1.94
18108286--18108343	26	2.2	25	91	8	98	48	0	6	44	1.29
18108288--18108351	26	2.4	26	89	7	85	46	1	7	43	1.42
18112897--18112964	30	2.3	30	94	0	118	19	26	26	27	1.99
18114914--18114945	14	2.2	15	94	5	57	56	0	0	43	0.99
18115512--18115540	14	2.1	14	93	6	51	41	13	6	37	1.72
18118980--18119023	19	2.2	20	88	4	63	65	6	4	22	1.35
18121022--18121114	42	2.2	42	94	1	161	10	34	7	47	1.67
18121094--18121121	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
18123537--18123573	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
18123615--18123657	9	4.7	9	82	2	50	34	18	13	32	1.90
18123615--18123657	18	2.3	18	92	4	68	34	18	13	32	1.90
18126035--18126187	63	2.4	63	82	4	175	27	6	31	34	1.82
18128995--18129087	44	2.1	44	86	9	127	32	4	27	35	1.77
18129181--18129288	18	4.9	21	68	24	71	50	2	0	45	1.22
18129261--18129444	37	4.8	37	68	18	124	50	5	1	42	1.32
18129225--18129466	119	2.0	120	96	0	450	51	4	0	42	1.29
18129360--18129395	18	2.1	17	94	5	63	58	0	0	41	0.98
18129260--18129459	61	3.3	61	73	13	225	51	5	1	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18129742--18129788	21	2.3	20	79	13	51	55	8	2	34	1.42
18129598--18129777	54	3.0	62	72	20	200	51	5	1	42	1.31
18131163--18131267	49	2.1	49	94	0	183	50	10	7	31	1.65
18133385--18133455	27	2.5	28	77	20	69	45	2	5	46	1.41
18137288--18137329	15	2.9	15	86	13	61	66	2	0	30	1.04
18137515--18137569	24	2.2	25	77	3	58	38	12	14	34	1.84
18139794--18139826	16	2.0	17	94	5	59	60	3	0	36	1.12
18139797--18139835	17	2.3	17	86	0	51	64	7	0	28	1.21
18141381--18141420	17	2.4	17	82	0	53	25	2	2	70	1.13
18141783--18141815	16	2.1	16	88	5	50	69	0	0	30	0.88
18142097--18142130	16	2.1	16	89	10	52	47	0	2	50	1.16
18142476--18142503	6	4.7	6	100	0	56	35	14	17	32	1.90
18148331--18148380	25	2.0	25	84	4	64	44	18	0	38	1.50
18155409--18155450	20	2.1	20	86	0	57	47	2	2	47	1.28
18155795--18155845	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
18155815--18155929	51	2.3	51	92	3	187	28	27	0	43	1.55
18157045--18157069	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
18158252--18158296	23	2.0	23	86	0	63	46	24	2	26	1.64
18158264--18158505	29	8.6	29	88	7	356	45	28	0	26	1.57
18158252--18158325	29	3.0	23	71	21	67	44	28	1	25	1.62
18158500--18158676	55	3.2	55	95	1	311	38	11	5	43	1.65
18159898--18159935	20	1.9	20	100	0	76	36	15	26	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18161823--18162164	123	2.8	122	90	2	533	32	21	15	30	1.95
18165708--18165745	19	2.0	20	94	5	69	5	26	0	68	1.11
18166814--18166887	29	2.5	30	82	10	89	44	12	14	28	1.81
18167222--18167305	31	2.7	31	74	5	80	30	5	9	53	1.57
18167337--18167374	20	2.0	20	94	5	69	55	2	10	31	1.48
18167436--18167506	18	4.0	17	73	10	54	61	1	2	33	1.19
18167488--18167571	19	4.3	20	71	18	70	58	2	5	33	1.35
18167844--18167945	9	11.4	9	67	13	50	59	0	5	33	1.28
18172775--18172832	29	2.1	29	87	6	84	50	0	6	43	1.29
18180945--18180998	25	2.2	25	90	6	83	29	18	27	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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