genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  35  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12493559--12493599	22	1.9	21	90	5	64	43	4	0	51	1.23
12493690--12493728	20	2.0	20	90	10	62	30	5	5	58	1.41
12494255--12494304	25	2.0	25	100	0	100	28	8	16	48	1.74
12504044--12504113	36	2.0	35	91	2	113	34	11	5	48	1.63
12516247--12516934	120	5.7	120	92	3	1139	42	1	4	51	1.32
12516436--12516478	18	2.5	17	88	7	61	41	0	0	58	0.98
12516448--12516488	16	2.6	16	84	7	57	41	0	0	58	0.98
12516547--12516592	18	2.6	18	86	6	58	43	2	2	52	1.25
12516690--12516741	16	3.5	15	80	17	56	36	1	0	61	1.07
12516701--12516756	28	2.0	29	86	10	80	39	0	1	58	1.08
12516254--12516924	61	11.1	60	68	17	385	41	1	4	51	1.32
12522780--12522805	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78
12528876--12528922	23	2.0	24	87	4	69	57	4	2	36	1.30
12540684--12540717	16	2.1	16	88	0	50	35	8	32	23	1.86
12540950--12540984	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
12541004--12541050	24	2.0	24	84	15	64	51	4	4	40	1.41
12540925--12541206	120	2.4	120	91	0	458	49	4	1	43	1.33
12541070--12541104	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
12540910--12541109	59	3.4	57	69	18	160	49	4	1	44	1.31
12540965--12541155	61	3.2	61	70	14	187	48	5	2	42	1.40
12541203--12541248	12	3.3	14	74	20	51	45	10	0	43	1.39
12541201--12541247	15	3.3	15	72	22	55	46	10	0	42	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12544177--12544207	14	2.2	14	94	0	53	41	3	6	48	1.45
12544608--12544657	19	2.7	19	81	9	59	62	4	0	34	1.14
12544995--12545025	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
12547728--12547768	20	2.0	20	90	0	64	51	12	9	26	1.70
12547717--12547783	34	1.9	35	87	3	100	47	11	8	31	1.71
12547752--12547791	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
12553332--12553370	16	2.4	17	86	8	62	61	20	7	10	1.52
12555093--12555119	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
12560813--12561205	125	3.2	124	86	4	524	28	15	17	38	1.90
12561273--12561400	34	3.9	32	77	14	127	42	14	0	42	1.45
12572648--12572722	27	2.8	27	81	0	87	20	25	30	24	1.98
12572791--12572871	40	2.0	40	97	0	153	28	4	16	50	1.65
12579695--12579735	14	3.1	14	72	13	50	58	4	12	24	1.53
12580041--12580093	21	2.5	22	72	12	56	50	5	1	41	1.36
12580129--12580172	22	1.9	24	86	9	65	52	0	0	47	1.00
12580128--12580186	22	2.6	22	78	10	57	45	0	1	52	1.10
12583258--12583294	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
12586594--12586626	14	2.3	15	89	5	50	15	0	15	69	1.19
12587246--12587275	11	2.7	11	89	0	51	6	6	13	73	1.24
12591945--12592017	35	2.1	35	100	0	146	32	15	8	43	1.76
12593019--12593158	69	2.0	69	90	0	217	32	15	26	25	1.96
12595080--12595153	30	2.5	28	82	12	87	35	2	0	62	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12595111--12595177	18	3.5	18	77	15	80	35	1	0	62	1.04
12595120--12595179	11	5.8	11	75	25	60	36	1	0	61	1.06
12595090--12595195	40	2.6	40	95	3	185	34	2	0	62	1.10
12608000--12608112	43	2.7	41	82	10	138	32	26	17	23	1.97
12608005--12608151	41	3.5	42	82	7	138	31	26	17	24	1.97
12612229--12612278	26	1.9	26	92	8	84	26	32	18	24	1.97
12612253--12612360	41	2.6	41	91	0	171	22	25	21	30	1.98
12612588--12612644	30	1.9	30	85	7	80	35	19	5	40	1.74
12620806--12620882	27	2.9	27	90	3	120	16	24	38	19	1.92
12621092--12621127	11	3.3	11	88	0	54	50	5	5	38	1.49
12621217--12621312	27	3.8	27	77	16	123	51	11	1	36	1.45
12621164--12621307	48	3.0	48	82	7	177	52	13	1	33	1.49
12621399--12621443	12	3.8	12	100	0	90	40	0	0	60	0.97
12621820--12621863	21	2.2	21	92	8	74	27	2	0	70	0.99
12622025--12622086	27	2.3	27	97	0	115	14	33	22	29	1.94
12622148--12622179	12	2.8	12	86	13	50	71	0	0	28	0.86
12636178--12636237	31	2.0	31	90	3	95	41	8	10	40	1.69
12638595--12638635	21	2.0	21	85	9	57	34	0	0	65	0.93
12652636--12652771	72	1.9	72	83	3	175	36	16	36	11	1.84
12663338--12663389	7	7.6	7	87	12	81	13	0	0	86	0.57
12664798--12664860	13	4.9	13	80	7	76	31	7	23	36	1.84
12670603--12670663	12	4.8	12	73	15	50	70	3	22	3	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12670831--12671256	206	2.1	204	91	2	703	42	2	20	34	1.65
12671574--12671622	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
12671817--12671906	40	2.3	39	81	9	105	23	18	24	33	1.97
12673347--12673537	36	5.0	36	82	12	229	36	13	20	29	1.90
12673311--12673501	82	2.3	82	95	0	337	37	12	21	29	1.89
12683240--12683286	13	3.6	13	82	0	58	42	25	2	29	1.67
12685055--12685097	22	2.0	22	85	0	59	53	13	16	16	1.73
12690345--12690527	92	2.0	92	96	0	339	26	13	22	37	1.92
12693962--12694010	20	2.4	21	83	10	57	40	4	8	46	1.52
12716304--12716504	99	2.0	99	100	0	402	34	14	11	39	1.83
12728959--12728997	14	2.7	14	85	14	53	30	0	2	66	1.05
12730274--12730352	39	2.0	39	92	0	131	45	12	11	30	1.77
12735354--12735432	39	2.0	39	97	0	149	45	15	11	27	1.80
12735353--12735419	17	3.6	17	72	18	62	46	13	11	28	1.79
12737460--12737502	22	2.0	22	85	0	59	11	13	25	48	1.77
12737573--12737885	43	7.4	42	87	5	389	30	23	21	23	1.99
12737593--12737841	125	2.0	126	90	2	394	31	24	20	23	1.98
12737573--12737885	168	1.9	169	85	4	443	30	23	21	23	1.99
12738317--12738385	21	3.3	21	89	0	102	1	43	20	34	1.61
12746084--12746182	16	5.9	17	76	13	73	28	3	21	47	1.65
12746084--12746191	9	12.6	9	75	16	86	28	2	21	47	1.65
12746265--12746309	12	3.8	12	90	0	72	28	2	17	51	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12746258--12746316	24	2.5	24	89	5	86	27	1	18	52	1.55
12746268--12746322	24	2.5	22	85	8	67	27	1	21	49	1.60
12748315--12748404	45	2.0	45	80	8	103	37	12	25	24	1.90
12749584--12749634	7	7.3	7	88	0	66	43	49	0	7	1.32
12749584--12749656	7	10.3	7	80	2	65	43	43	0	12	1.42
12751789--12751891	49	2.2	45	91	6	161	33	1	57	7	1.39
12752196--12752255	30	2.0	31	86	3	86	30	10	5	55	1.54
12753223--12753377	45	3.4	45	88	0	238	43	20	16	19	1.88
12755221--12755274	8	7.0	8	77	8	58	64	0	0	35	0.94
12755222--12755283	23	2.7	23	92	0	97	64	0	0	35	0.94
12755216--12755253	16	2.3	18	82	17	55	65	0	0	34	0.93
12755921--12755964	15	3.0	14	77	9	52	63	0	0	36	0.95
12755889--12755956	36	1.9	35	85	5	93	70	0	0	29	0.87
12755902--12755927	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
12755908--12755964	29	1.9	30	89	3	89	70	0	0	29	0.88
12755908--12755958	15	3.5	15	78	5	59	74	0	0	25	0.82
12758282--12758317	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
12763116--12763150	19	1.9	19	88	11	56	65	11	0	22	1.24
12764899--12764935	19	1.9	19	94	0	65	27	0	0	72	0.84
12765087--12765130	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
12766402--12766453	19	2.6	20	85	11	63	63	3	1	30	1.23
12769357--12769400	20	2.2	20	83	4	52	47	6	4	40	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12780868--12780974	11	10.4	11	75	21	81	57	0	2	39	1.13
12780891--12780952	10	6.3	10	73	16	58	64	0	0	35	0.94
12780901--12780963	30	2.1	29	85	8	83	60	0	1	38	1.07
12780841--12780999	41	3.9	41	85	7	216	60	0	1	37	1.08
12782995--12783335	126	2.7	127	96	0	621	30	15	21	33	1.94
12786445--12786469	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
12786565--12786619	26	2.1	26	100	0	110	60	7	7	25	1.49
12786618--12788133	310	4.9	309	93	1	2489	26	0	22	50	1.53
12786618--12788126	28	53.4	28	93	1	2437	26	0	22	50	1.53
12788203--12788251	25	1.9	25	83	4	62	36	16	6	40	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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