genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14912500--14912529	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
14913712--14913767	18	3.1	18	82	12	62	60	1	1	35	1.17
14913732--14913837	9	11.7	9	66	16	58	61	3	2	32	1.28
14913753--14913818	26	2.4	28	76	16	75	62	1	1	34	1.14
14915778--14915827	21	2.6	18	78	15	55	66	0	12	22	1.24
14916617--14916662	23	2.0	24	87	12	69	47	4	6	41	1.49
14918912--14918958	18	2.6	18	96	0	85	31	31	31	4	1.77
14919683--14919724	21	2.0	22	85	4	59	59	7	7	26	1.50
14921750--14921826	3	25.7	3	100	0	154	67	0	0	32	0.91
14922330--14922358	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
14923328--14923379	21	2.4	23	81	9	65	15	3	34	46	1.64
14925192--14925217	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
14925204--14925251	19	2.4	20	93	6	80	37	10	14	37	1.81
14925209--14925274	19	3.0	22	82	12	66	37	7	16	37	1.77
14925826--14925869	17	2.6	17	85	3	63	40	11	0	47	1.39
14926034--14926090	30	1.9	30	89	7	89	35	3	3	57	1.33
14926233--14926260	14	2.0	14	100	0	56	21	0	7	71	1.09
14930069--14930097	6	5.0	6	95	4	51	86	0	13	0	0.58
14931316--14931596	44	6.3	44	77	5	253	29	16	24	29	1.97
14931316--14931594	132	2.1	133	93	0	479	29	16	25	28	1.97
14931585--14931814	88	2.6	88	88	1	345	26	28	25	19	1.98
14931814--14932023	44	4.8	44	87	3	307	25	17	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14932825--14932870	19	2.3	20	92	7	76	36	10	15	36	1.82
14932828--14932893	19	3.0	22	82	12	66	37	7	16	37	1.77
14933168--14933235	21	3.4	21	72	22	65	26	1	4	67	1.18
14933256--14933343	44	2.0	44	84	0	113	38	30	15	14	1.88
14934380--14934435	3	19.3	3	82	14	73	30	0	1	67	1.01
14934708--14934738	15	2.1	15	93	0	53	19	9	0	70	1.14
14935858--14935888	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
14936123--14936179	30	1.9	30	89	7	89	35	3	3	57	1.33
14938333--14938366	17	1.9	17	88	5	50	2	0	11	85	0.71
14938211--14938541	119	2.8	113	79	9	344	21	3	15	59	1.50
14943781--14943842	32	1.9	32	86	0	88	46	6	6	40	1.55
14946487--14946670	37	5.0	37	95	0	305	38	14	20	27	1.91
14946633--14946756	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
14950207--14950240	14	2.4	14	90	0	50	50	8	2	38	1.49
14963726--14963751	7	3.7	7	100	0	52	38	0	0	61	0.96
14973654--14973685	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
14974553--14974645	44	2.1	45	84	11	120	39	7	3	49	1.47
14977759--14978332	50	11.5	50	69	3	384	25	24	20	30	1.99
14977735--14978337	100	6.0	100	94	0	1019	25	23	20	30	1.98
14979210--14979239	11	2.7	11	94	0	51	0	10	0	90	0.47
14979210--14979239	16	1.9	15	93	6	51	0	10	0	90	0.47
14982071--14982163	44	2.1	45	82	11	111	37	7	5	49	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14985958--14986236	138	2.0	139	80	4	314	46	12	12	27	1.78
14991379--14991444	35	1.9	36	87	9	102	66	0	0	33	0.92
14991383--14991459	35	2.3	32	75	18	75	64	0	1	33	1.01
15001425--15001475	21	2.4	21	80	0	57	25	21	31	21	1.98
15004708--15004753	22	2.0	22	84	12	58	43	4	15	36	1.66
15005932--15005977	22	2.2	21	85	14	60	45	26	0	28	1.54
15008482--15008548	20	3.3	20	81	4	73	38	20	23	16	1.92
15009701--15009769	31	2.2	31	89	0	102	36	15	17	30	1.91
15013402--15013428	13	2.1	13	100	0	54	44	7	14	33	1.73
15023429--15023584	42	3.7	43	76	17	157	30	26	18	24	1.98
15057120--15057164	23	2.0	22	86	4	63	20	2	4	73	1.11
15059882--15059919	19	2.0	19	85	10	51	5	18	10	65	1.41
15062942--15063020	40	2.0	40	85	5	106	32	7	17	41	1.78
15065357--15065423	31	2.1	33	91	5	111	41	19	10	28	1.84
15065539--15065581	20	2.2	20	87	8	61	20	0	0	79	0.74
15066901--15066945	22	2.0	22	100	0	90	48	4	17	28	1.66
15070464--15070513	21	2.4	21	100	0	100	28	20	32	20	1.97
15070682--15070747	22	3.0	22	93	0	105	31	15	27	25	1.95
15075389--15075414	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15075599--15075665	26	2.5	27	76	9	66	62	2	5	28	1.33
15076751--15076784	15	2.2	16	89	5	52	26	2	5	64	1.30
15078049--15078148	50	2.0	50	92	0	164	37	9	20	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15079527--15079579	10	5.0	10	84	13	70	22	32	0	45	1.53
15079527--15079582	23	2.6	22	83	10	71	23	30	0	46	1.53
15079530--15079585	10	5.2	11	85	14	55	23	33	0	42	1.54
15081419--15081456	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
15084258--15084548	126	2.3	126	90	0	474	26	20	19	33	1.97
15086412--15086495	25	3.3	25	74	9	80	32	21	26	20	1.98
15086543--15086617	24	3.1	24	72	14	64	37	20	26	16	1.93
15086773--15086813	20	2.0	20	86	13	57	48	14	0	36	1.44
15088797--15088894	33	2.9	35	73	19	91	50	0	3	46	1.17
15091049--15091094	22	2.1	22	100	0	92	30	30	0	39	1.57
15091066--15091124	30	2.0	30	93	0	100	30	35	0	33	1.58
15091096--15091137	22	1.9	22	95	0	75	30	35	0	33	1.58
15091152--15091185	17	1.9	18	88	5	52	23	11	0	64	1.26
15091194--15091248	20	2.9	19	84	12	69	36	0	0	63	0.95
15091181--15091246	31	2.1	31	86	5	89	34	0	1	63	1.04
15093513--15094363	29	28.1	29	85	11	1045	44	25	0	30	1.56
15093800--15093871	28	2.9	23	79	18	90	45	22	0	31	1.52
15093590--15094320	97	7.9	97	87	9	955	44	24	0	31	1.56
15094330--15094392	23	2.7	23	87	4	83	46	20	1	31	1.61
15094386--15094510	56	2.2	56	91	2	198	36	12	8	43	1.72
15100162--15100205	23	2.0	21	82	8	52	61	9	20	9	1.53
15100386--15100570	92	2.0	92	96	0	343	27	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15106443--15106479	19	1.9	19	94	0	65	64	0	0	35	0.94
15109145--15109174	15	1.9	16	93	6	53	36	26	0	36	1.57
15110604--15110681	41	1.9	41	81	0	93	33	25	17	23	1.96
15121770--15121806	19	2.0	18	89	5	56	45	0	0	54	1.00
15121788--15121851	10	6.1	11	74	15	55	56	0	1	42	1.09
15121788--15121859	21	3.5	22	69	17	64	56	0	1	41	1.07
15121794--15121861	31	2.2	32	84	5	95	57	0	1	41	1.08
15129503--15129536	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
15129554--15129600	17	2.7	18	77	12	53	55	10	2	31	1.46
15131160--15131252	39	2.3	40	94	1	161	17	21	31	30	1.96
15136274--15136333	28	2.1	28	96	0	111	35	16	3	45	1.64
15140455--15140486	16	1.9	17	93	6	57	62	21	9	6	1.47
15141541--15141617	19	4.2	18	77	11	77	76	2	9	11	1.11
15141546--15141630	19	4.6	18	74	18	68	76	2	10	10	1.11
15142915--15142960	22	2.1	22	84	4	58	45	13	13	28	1.80
15144389--15144422	18	1.9	18	88	5	52	70	0	2	26	1.01
15148309--15148368	25	2.6	22	80	19	70	45	1	0	53	1.10
15152860--15153210	22	15.0	23	68	23	191	39	15	12	32	1.84
15152860--15153210	47	7.5	47	94	1	598	39	15	12	32	1.84
15153453--15153487	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
15154134--15154257	43	2.9	43	80	11	137	30	29	20	20	1.97
15156862--15156951	28	3.2	29	74	13	80	30	26	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15156903--15156951	14	3.5	14	82	0	62	28	28	22	20	1.98
15156873--15156965	28	3.2	28	78	6	80	26	24	23	24	2.00
15156755--15157138	172	2.2	172	80	5	402	27	25	21	25	1.99
15157098--15157139	15	2.9	15	82	3	50	23	19	21	35	1.96
15159248--15159386	70	2.0	69	97	1	260	34	12	25	28	1.92
15160057--15160137	39	2.1	39	83	4	101	32	7	22	38	1.82
15166131--15166176	19	2.4	20	85	7	60	45	0	0	54	0.99
15166090--15166175	28	3.2	26	72	16	68	46	1	2	50	1.21
15166134--15166178	20	2.3	20	81	14	58	46	0	0	53	1.00
15173857--15173908	15	3.5	15	94	0	95	19	19	42	19	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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