genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  60  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19153644--19153744	49	2.0	50	81	5	116	22	20	22	33	1.97
19158751--19159404	335	2.0	334	93	2	1134	37	25	11	25	1.90
19160661--19160720	17	3.4	17	73	13	57	55	5	0	40	1.22
19160647--19160720	37	2.0	37	83	0	94	56	5	1	36	1.31
19167803--19167833	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
19168698--19168722	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
19173297--19173358	32	1.9	32	83	6	81	29	14	14	41	1.85
19178043--19178077	18	1.9	18	94	0	61	48	0	0	51	1.00
19178235--19178268	14	2.4	14	85	0	50	41	0	17	41	1.50
19178812--19178853	23	1.9	23	85	9	61	42	0	2	54	1.13
19182655--19182680	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19184342--19186276	132	14.6	132	90	1	2870	27	24	19	28	1.99
19184342--19186276	397	4.9	396	89	2	2867	27	24	19	28	1.99
19184386--19186276	529	3.6	529	96	0	3335	27	24	19	28	1.99
19194056--19194801	132	5.6	132	88	3	1083	28	24	19	28	1.98
19224976--19225009	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
19229544--19229576	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
19232691--19232725	14	2.4	15	85	9	54	42	0	0	57	0.99
19233098--19233132	3	11.7	3	93	0	61	0	0	71	28	0.86
19234147--19235071	461	2.0	461	99	0	1841	38	16	11	34	1.83
19237181--19237236	22	2.5	22	97	2	103	28	32	0	39	1.57
19239088--19239122	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19239545--19239680	50	3.0	45	85	9	143	39	0	13	47	1.43
19239598--19239760	25	6.7	25	80	12	196	42	0	12	44	1.47
19239756--19240043	23	12.0	23	73	16	155	46	26	0	27	1.56
19239776--19240153	29	13.3	29	71	21	220	45	25	0	28	1.59
19239841--19239990	68	2.2	66	90	6	232	46	25	0	28	1.53
19239855--19240041	89	2.1	90	89	4	281	46	25	0	27	1.57
19239859--19239982	22	5.6	22	80	16	132	47	25	0	27	1.52
19240004--19240041	19	2.0	20	89	5	60	47	28	0	23	1.52
19240122--19240185	23	2.8	23	87	0	92	50	20	1	28	1.58
19240029--19240171	64	2.5	52	74	24	153	44	23	1	30	1.62
19240182--19240535	116	3.1	116	94	0	609	38	10	8	42	1.70
19240511--19240552	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
19253614--19253741	41	3.1	41	79	4	141	30	25	15	28	1.96
19264950--19264990	5	8.2	5	100	0	82	41	19	19	19	1.91
19265053--19265100	5	9.4	5	80	13	53	39	14	22	22	1.91
19268872--19268904	9	3.7	9	91	0	57	30	18	12	39	1.87
19268870--19268904	18	1.9	18	100	0	70	31	17	11	40	1.85
19269078--19269119	20	2.0	20	86	9	57	28	0	7	64	1.20
19270931--19270986	23	2.3	23	75	6	58	33	8	1	55	1.42
19272478--19272514	19	2.1	19	85	10	51	35	0	13	51	1.41
19272946--19272977	15	2.1	15	100	0	64	37	6	25	31	1.81
19275840--19275901	29	2.1	28	82	5	70	25	14	12	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19276114--19276163	22	2.3	22	96	0	91	28	34	0	38	1.57
19276117--19276216	52	1.9	52	97	0	191	33	33	0	34	1.58
19276169--19276215	22	2.1	22	92	7	78	31	34	0	34	1.58
19276249--19276315	31	2.2	31	97	0	125	32	0	0	67	0.91
19276251--19276315	10	6.4	10	76	3	67	32	0	0	67	0.91
19277479--19277510	14	2.3	14	94	0	55	25	0	15	59	1.36
19278709--19279484	30	25.8	30	83	12	961	45	25	0	28	1.56
19279240--19279284	24	1.9	23	90	4	72	44	26	0	28	1.55
19279374--19279485	56	2.0	56	94	0	197	47	21	1	29	1.61
19282682--19282957	123	2.2	124	95	1	493	33	20	14	30	1.93
19285296--19285354	30	2.0	30	93	0	100	28	5	13	52	1.61
19288062--19288480	207	2.0	204	93	1	730	35	13	32	18	1.89
19299676--19299790	42	2.7	42	83	2	151	16	22	17	43	1.88
19299704--19299784	21	3.9	21	69	6	65	16	25	16	41	1.88
19301981--19302022	16	2.5	17	82	14	52	61	2	0	35	1.09
19330119--19330159	20	2.0	20	85	0	55	34	0	4	60	1.18
19330112--19330235	19	6.6	20	71	16	70	36	0	4	58	1.25
19330166--19330235	19	3.6	19	83	7	88	35	1	5	57	1.32
19335689--19335714	3	8.7	3	100	0	52	34	34	0	30	1.58
19341951--19341980	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84
19342859--19342906	23	2.1	23	84	0	60	43	8	4	43	1.53
19343271--19343327	26	2.2	26	93	6	98	8	22	29	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19343282--19343340	26	2.3	26	90	0	91	10	27	30	32	1.89
19352128--19352491	182	2.0	182	100	0	728	34	16	24	24	1.95
19359916--19359966	9	5.7	9	95	0	93	68	0	21	9	1.18
19364502--19364534	17	1.9	17	88	11	50	51	0	3	45	1.16
19364588--19364763	89	2.0	89	96	0	325	37	13	17	31	1.89
19374585--19374635	23	2.2	23	92	0	84	41	21	9	27	1.84
19377935--19377963	13	2.2	13	100	0	58	6	13	48	31	1.69
19378692--19378730	12	3.2	12	85	0	51	25	38	7	28	1.83
19382229--19382276	19	2.4	21	75	10	55	10	25	0	64	1.25
19383150--19383183	16	2.1	16	100	0	68	76	0	11	11	1.02
19383147--19383204	8	7.1	8	75	9	55	77	0	13	8	0.98
19384676--19384718	19	2.3	19	100	0	86	23	9	13	53	1.69
19385449--19385496	21	2.3	21	77	0	60	54	4	2	39	1.32
19386623--19386647	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
19391418--19391461	23	1.9	23	85	0	61	59	2	0	38	1.10
19391420--19391469	23	2.2	23	81	0	55	64	2	0	34	1.05
19391950--19392023	12	6.5	12	73	21	61	62	2	1	33	1.18
19391956--19392016	11	5.6	10	75	14	50	63	1	1	32	1.13
19391944--19392005	23	2.7	24	76	16	69	62	0	1	35	1.05
19391945--19392014	33	2.1	33	84	10	90	61	1	1	35	1.14
19391950--19392023	23	3.3	22	76	14	62	62	2	1	33	1.18
19392993--19393030	20	1.9	20	88	0	58	47	15	5	31	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19395471--19395538	23	2.9	24	82	2	93	41	17	11	29	1.85
19395577--19395601	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
19395736--19395780	12	3.9	11	80	8	54	53	15	15	15	1.74
19395736--19395782	23	2.0	24	91	4	78	51	17	14	17	1.77
19403397--19403456	30	2.1	30	87	9	90	21	16	10	51	1.73
19406686--19406715	11	2.7	11	89	0	51	26	10	6	56	1.57
19411422--19411476	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
19411849--19411897	18	2.7	18	84	6	64	40	30	14	14	1.85
19411847--19411931	17	4.9	17	77	8	73	35	30	17	16	1.92
19411916--19411983	29	2.3	30	79	2	84	27	30	23	17	1.97
19414612--19414746	25	5.6	24	76	13	118	38	20	24	16	1.92
19415812--19415851	5	7.6	5	83	10	53	60	0	0	40	0.97
19415812--19415852	16	2.6	16	92	0	73	60	0	0	39	0.96
19415817--19415846	8	3.8	8	90	0	51	60	0	0	40	0.97
19419842--19419872	3	10.3	3	92	0	53	0	32	0	67	0.91
19419836--19419868	15	2.1	16	94	5	59	0	27	0	72	0.85
19421211--19421325	1	115.0	1	66	0	59	83	0	0	15	0.70
19421221--19421326	6	18.0	6	96	3	198	83	0	0	16	0.66
19430158--19430220	25	2.5	26	80	10	69	17	26	20	34	1.95
19442383--19442425	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
19444448--19444535	30	2.9	30	81	3	106	27	22	27	22	1.99
19444647--19444743	26	3.7	26	77	0	86	39	17	20	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19444936--19445079	27	5.3	27	81	6	141	24	17	15	42	1.88
19444934--19445079	54	2.7	54	78	4	177	23	17	16	41	1.89
19446780--19446849	22	3.2	22	93	0	113	25	27	17	30	1.97
19447575--19447662	30	2.9	29	80	6	95	29	21	26	22	1.99
19447754--19447850	26	3.7	26	76	5	72	37	17	22	22	1.94
19448015--19448078	27	2.4	27	78	5	76	21	17	18	42	1.89
19453294--19453344	26	1.9	26	84	11	68	19	13	15	50	1.77
19461232--19461322	33	2.8	33	83	3	112	43	18	21	15	1.87
19463014--19463068	28	2.0	28	92	0	92	40	20	14	25	1.90
19463014--19463088	28	2.7	28	79	8	89	38	17	16	28	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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