genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18633123--18633184	21	3.0	21	90	4	90	22	9	41	25	1.84
18633150--18633208	21	2.8	21	89	0	82	22	10	38	28	1.86
18633252--18633394	21	6.8	21	80	1	126	26	15	37	20	1.92
18633273--18633409	42	3.3	42	83	4	161	27	15	37	19	1.92
18633297--18633409	21	5.4	20	83	6	120	28	17	35	18	1.94
18640618--18640657	19	2.1	19	100	0	80	35	5	10	50	1.58
18642405--18642579	41	4.5	40	80	15	197	34	2	0	63	1.07
18642438--18642501	31	2.1	30	94	2	110	29	1	0	68	0.99
18642438--18642531	10	9.2	10	71	11	57	29	2	0	68	1.02
18642434--18642521	31	2.9	30	85	9	99	31	3	0	64	1.10
18642404--18642579	72	2.5	71	87	5	248	34	2	0	63	1.07
18642517--18642579	31	2.0	31	90	6	101	38	0	0	61	0.96
18642456--18642579	41	3.0	41	92	2	203	35	1	0	62	1.05
18643468--18643534	20	3.4	20	75	19	61	52	5	0	41	1.26
18645212--18645238	14	1.9	14	100	0	54	51	7	7	33	1.58
18646484--18646543	25	2.4	25	94	2	104	40	3	0	56	1.16
18646484--18646550	25	2.7	25	90	4	91	41	2	0	55	1.15
18646473--18646558	23	3.8	24	70	22	78	43	2	0	54	1.13
18646473--18646560	21	4.0	21	76	15	88	42	2	0	55	1.12
18647077--18647109	10	3.5	10	88	12	52	60	0	0	39	0.97
18647805--18647894	11	8.5	11	73	22	68	35	3	0	61	1.13
18647796--18647948	51	3.5	40	70	20	117	35	3	0	60	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18647827--18647860	17	2.0	17	94	0	59	32	0	0	67	0.91
18647805--18647920	51	2.3	51	89	0	187	36	4	0	59	1.17
18647805--18647894	23	4.2	22	73	22	68	35	3	0	61	1.13
18647895--18647920	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
18651717--18651789	37	2.0	37	91	5	121	35	24	15	24	1.94
18651855--18651916	28	2.2	28	94	0	106	29	37	3	30	1.73
18655477--18655506	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
18655646--18655704	9	6.4	9	77	11	66	23	10	25	40	1.86
18665987--18666074	22	4.0	22	79	2	97	20	26	19	34	1.96
18678373--18678433	29	2.1	28	81	3	68	24	13	16	45	1.83
18678571--18678909	126	2.7	126	95	0	599	30	14	22	33	1.93
18681788--18682213	28	15.1	28	87	5	603	25	0	24	50	1.50
18681788--18682216	166	2.5	168	94	3	749	25	0	24	50	1.49
18682284--18682332	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
18682446--18682498	24	2.2	24	89	0	79	1	24	32	41	1.66
18684526--18684589	30	2.1	31	94	2	112	65	0	0	34	0.93
18684635--18684685	22	2.3	22	100	0	102	39	0	33	27	1.57
18684918--18684983	29	2.3	28	79	7	69	42	16	15	25	1.87
18686283--18686326	21	2.1	21	87	8	63	75	11	2	11	1.15
18686282--18686327	24	2.0	23	83	12	58	73	13	2	10	1.17
18686256--18686329	19	3.9	19	74	13	62	70	10	8	10	1.35
18687196--18687225	15	2.0	15	93	0	51	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18715692--18715724	17	1.9	17	88	11	50	21	0	3	75	0.93
18717387--18717420	16	2.1	16	94	0	59	44	2	5	47	1.42
18718493--18718540	25	2.0	23	92	8	78	62	2	0	35	1.07
18719104--18722200	773	4.0	775	91	0	4918	31	17	19	31	1.95
18725440--18725715	43	6.5	43	87	1	376	27	29	17	25	1.97
18725440--18725736	85	3.5	85	85	3	373	27	30	17	24	1.97
18725440--18725736	128	2.3	129	85	1	391	27	30	17	24	1.97
18727021--18727145	40	3.1	40	81	6	121	48	13	8	29	1.71
18729477--18729638	86	1.9	86	87	5	238	45	20	2	31	1.64
18729683--18729747	7	9.3	7	77	0	67	35	47	0	16	1.47
18729786--18729826	7	6.0	7	78	16	50	39	46	0	14	1.45
18729789--18729826	13	2.8	13	81	18	51	39	47	0	13	1.42
18729738--18729876	74	1.9	75	90	4	228	44	25	0	29	1.54
18729922--18729954	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
18739901--18739940	20	2.0	21	90	5	64	30	12	0	57	1.36
18743089--18743154	24	2.8	24	76	17	57	62	3	1	33	1.20
18743868--18743925	25	2.3	24	77	11	62	56	15	1	25	1.49
18744748--18744772	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
18744866--18744897	16	1.9	17	93	6	57	50	3	3	43	1.33
18746277--18746324	22	2.1	23	85	11	64	58	4	0	37	1.18
18747940--18747985	24	2.0	23	83	12	58	8	6	28	56	1.54
18748413--18748446	17	2.0	17	100	0	68	35	17	0	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18749249--18749354	42	2.6	42	80	3	117	44	16	23	15	1.86
18749275--18749404	42	3.1	42	80	2	127	43	17	23	15	1.87
18749347--18749405	21	2.8	20	77	7	64	42	16	23	16	1.89
18752366--18752457	3	30.7	3	81	8	107	29	3	2	65	1.20
18752615--18752654	21	1.9	21	89	0	62	45	0	2	52	1.14
18755273--18755339	9	7.3	9	72	14	57	29	2	2	64	1.23
18755251--18755339	46	1.9	47	84	6	119	31	3	3	61	1.28
18755395--18755440	19	2.3	21	85	7	60	32	0	0	67	0.91
18755407--18755452	22	2.2	21	88	7	67	34	2	0	63	1.07
18755397--18755452	20	2.7	21	81	15	62	35	1	0	62	1.06
18755408--18755455	21	2.3	21	86	10	64	37	2	0	60	1.09
18756819--18756845	14	1.9	14	100	0	54	29	29	0	40	1.57
18758641--18758777	63	2.2	63	82	0	157	35	30	5	27	1.81
18761492--18761687	104	1.9	104	88	2	295	33	20	9	35	1.86
18765227--18765264	18	2.1	19	85	5	51	44	10	0	44	1.38
18765477--18765512	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
18768881--18768966	43	2.0	43	97	0	163	29	13	15	41	1.85
18772008--18772066	26	2.2	26	82	11	66	57	1	1	38	1.19
18775501--18775551	16	3.2	16	77	0	57	31	1	3	62	1.24
18775543--18775581	19	1.9	20	85	15	53	58	0	0	41	0.98
18781488--18781530	21	2.0	21	90	0	68	41	0	18	39	1.51
18781858--18781947	24	3.7	23	73	7	81	14	27	18	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18782127--18782187	24	2.5	24	80	15	72	16	24	19	39	1.92
18782172--18782244	25	2.9	25	77	0	74	23	26	17	32	1.97
18782848--18782872	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18788007--18788058	26	2.0	26	85	7	70	75	0	23	1	0.91
18792247--18792310	33	1.9	33	81	12	78	28	21	20	29	1.98
18812137--18812204	31	2.2	31	86	0	91	48	11	4	35	1.60
18818028--18818176	38	3.9	38	78	3	136	44	8	9	36	1.68
18821948--18822075	39	3.3	38	78	15	138	45	9	8	36	1.67
18821929--18822087	38	4.1	38	80	8	162	45	9	9	35	1.69
18824600--18824655	10	6.0	9	74	13	51	32	1	1	64	1.14
18824606--18824664	9	6.4	9	77	13	50	28	1	3	66	1.18
18824613--18824664	17	3.0	16	74	17	50	28	1	3	65	1.21
18825102--18825146	9	5.3	9	84	7	51	15	0	28	55	1.41
18832842--18832895	27	2.0	27	100	0	108	29	18	37	14	1.91
18844604--18844657	7	7.7	7	95	0	99	42	0	57	0	0.98
18845268--18845297	13	2.3	13	94	0	51	40	40	0	20	1.52
18845436--18845499	9	7.4	9	73	19	57	20	10	28	40	1.86
18845660--18845684	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
18853558--18853583	13	2.0	13	100	0	52	15	15	15	53	1.73
18853671--18853890	25	8.8	24	72	13	97	33	19	27	20	1.96
18853722--18853816	24	3.9	23	77	13	84	30	18	30	20	1.96
18864409--18864453	20	2.2	20	92	0	72	26	26	33	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18884586--18884670	9	9.4	9	92	0	125	23	8	24	43	1.81
18885164--18885202	21	1.9	20	84	5	51	38	2	20	38	1.66
18890299--18890355	20	2.7	21	81	13	55	70	7	12	10	1.34
18890310--18890355	21	2.1	23	88	11	71	69	8	8	13	1.36
18893161--18893321	35	4.8	32	85	7	205	39	17	24	18	1.92
18893151--18893321	67	2.6	67	92	0	279	41	16	22	18	1.90
18893580--18893616	14	2.8	13	88	8	56	37	13	5	43	1.67
18893791--18893868	23	3.2	23	83	12	95	43	1	2	52	1.23
18893895--18894078	93	2.0	93	96	0	341	39	5	7	47	1.55
18895039--18895087	26	1.9	25	83	4	62	36	0	10	53	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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