genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  65  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20635192--20635219	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
20644966--20645006	17	2.3	19	87	8	59	14	4	12	68	1.36
20650531--20650573	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
20653504--20653542	20	1.9	20	84	5	51	30	0	2	66	1.05
20654760--20654825	33	2.0	33	90	0	105	36	22	25	15	1.93
20659121--20659297	39	4.7	39	85	4	222	28	16	22	32	1.96
20661730--20661802	3	24.0	3	85	2	101	65	4	1	28	1.19
20667751--20667815	23	2.9	22	78	13	71	36	12	4	46	1.62
20671170--20671204	17	1.9	19	88	11	56	65	11	2	20	1.37
20671373--20671603	91	2.6	88	80	10	261	39	19	7	32	1.81
20671700--20671768	8	7.9	8	75	15	57	71	1	5	21	1.16
20671700--20671757	17	3.3	18	81	9	57	70	1	6	20	1.19
20671701--20671762	19	3.3	19	82	8	74	72	1	6	19	1.15
20671701--20671767	27	2.5	27	87	4	82	73	1	5	19	1.12
20671711--20671768	18	3.3	17	75	13	55	72	1	3	22	1.09
20671877--20671906	9	3.3	9	95	0	51	23	0	0	76	0.78
20671972--20672098	9	13.7	9	67	15	53	31	3	1	63	1.19
20671972--20672026	19	3.0	19	74	17	62	29	1	3	65	1.20
20671980--20672098	28	4.2	28	70	10	82	32	3	0	63	1.17
20672104--20672303	88	2.3	89	86	3	289	30	11	22	36	1.88
20677370--20677438	23	3.0	23	77	12	79	18	26	21	33	1.97
20678712--20678870	26	6.1	26	80	4	169	35	27	16	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20678716--20678871	52	3.0	52	83	2	188	35	27	16	19	1.94
20678712--20678870	78	2.0	78	84	4	205	35	27	16	20	1.94
20708968--20709400	44	9.9	44	85	0	544	24	26	20	28	1.99
20721686--20721720	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
20723644--20723695	26	2.0	27	84	3	70	44	0	19	36	1.51
20730715--20730791	33	2.3	33	80	10	86	28	18	24	28	1.98
20744701--20744803	27	3.8	27	69	14	77	21	26	11	40	1.87
20744700--20744802	54	1.9	54	85	0	143	22	25	11	40	1.87
20744725--20744829	54	1.9	54	82	3	131	25	24	10	39	1.87
20744845--20745019	67	2.6	68	83	3	221	24	26	16	32	1.96
20746794--20746854	26	2.3	27	78	16	65	29	0	6	63	1.19
20751501--20751615	28	4.1	28	80	1	95	32	19	10	38	1.85
20753476--20753520	10	4.5	10	91	0	63	8	33	4	53	1.52
20756739--20756766	11	2.5	11	100	0	56	60	17	0	21	1.36
20770362--20770488	43	3.0	41	78	15	132	23	18	27	29	1.98
20771233--20771257	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20771345--20771720	46	8.1	47	93	1	616	28	18	13	38	1.89
20771345--20771720	93	4.0	93	93	0	646	28	18	13	38	1.89
20771345--20771720	139	2.7	140	92	1	621	28	18	13	38	1.89
20777607--20777736	43	3.0	42	80	14	158	22	19	27	30	1.98
20779320--20779470	41	3.7	41	90	4	232	22	29	21	26	1.99
20779318--20779495	83	2.2	83	84	10	231	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20779735--20779763	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
20780361--20780398	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
20781394--20781418	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
20781522--20781851	47	7.1	47	90	2	531	28	19	13	37	1.90
20781522--20781851	93	3.5	93	95	0	588	28	19	13	37	1.90
20782149--20782189	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
20783353--20783386	12	2.7	13	86	9	52	44	17	0	38	1.49
20783416--20783500	40	2.1	40	84	0	107	29	17	5	47	1.71
20783434--20783493	27	2.3	27	79	2	68	35	18	5	41	1.72
20783445--20783553	13	8.3	13	70	2	74	33	21	5	39	1.76
20783445--20783553	26	4.2	26	77	2	101	33	21	5	39	1.76
20783725--20783769	22	2.0	22	95	0	81	42	28	11	17	1.84
20790033--20790080	16	2.9	16	76	14	53	60	2	4	33	1.27
20790118--20790276	23	7.0	23	74	12	123	52	2	7	37	1.44
20790206--20790308	47	2.2	45	85	10	129	53	3	5	36	1.43
20790289--20790322	18	1.9	17	88	5	50	55	2	5	35	1.39
20791017--20791060	23	2.0	22	86	13	63	77	6	15	0	0.97
20825881--20825930	17	2.8	18	80	14	68	70	0	0	30	0.88
20826496--20826536	19	2.1	20	86	4	57	60	7	0	31	1.24
20835399--20835429	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
20835426--20835484	15	4.3	14	72	16	52	32	6	3	57	1.41
20835415--20835477	25	2.4	25	81	5	72	34	6	1	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20841651--20842302	132	5.0	132	92	1	1008	26	18	25	29	1.98
20841709--20842155	44	10.2	44	64	18	175	25	18	24	31	1.98
20843864--20843894	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
20843880--20843935	25	2.2	25	83	3	67	35	5	1	57	1.32
20856257--20856427	87	2.0	87	83	6	222	39	18	8	33	1.82
20856545--20856581	19	1.9	19	88	0	56	70	0	0	29	0.88
20856590--20856644	10	5.9	9	76	21	51	60	0	1	38	1.08
20856591--20856645	28	2.0	26	83	13	67	60	0	1	38	1.08
20856589--20856645	9	6.1	9	80	8	60	57	0	1	40	1.09
20856985--20857155	91	1.9	89	80	7	202	32	8	18	40	1.82
20857598--20857675	33	2.4	32	83	8	95	25	7	19	47	1.76
20858976--20859074	35	2.8	35	85	0	144	54	18	4	23	1.60
20861023--20861095	37	2.0	37	94	0	128	54	4	5	35	1.42
20861946--20862002	28	2.0	28	93	0	96	47	19	12	21	1.81
20862678--20862738	31	2.0	31	100	0	122	34	9	13	42	1.77
20863041--20863069	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
20863276--20863318	14	3.3	12	81	15	50	69	18	11	0	1.17
20863287--20863318	14	2.3	14	100	0	64	75	18	6	0	1.01
20863475--20863506	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
20870023--20870050	8	3.5	8	100	0	56	50	0	39	10	1.37
20871513--20871572	28	2.1	28	96	0	111	40	18	15	26	1.90
20872381--20872508	67	1.9	67	91	0	211	23	20	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20877900--20878019	46	2.7	44	85	3	170	38	22	10	29	1.87
20880885--20880919	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
20880944--20880991	10	4.9	10	76	2	53	25	6	2	66	1.26
20885892--20885933	22	1.9	22	100	0	84	28	9	16	45	1.79
20890364--20890413	24	2.1	24	100	0	100	26	18	12	44	1.84
20892917--20892969	19	3.0	17	78	10	61	35	7	20	35	1.81
20892941--20892998	22	2.7	21	86	7	80	34	3	18	43	1.68
20898067--20898109	23	1.9	23	85	4	61	37	6	13	41	1.72
20898631--20898656	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
20899159--20899204	19	2.4	20	75	10	51	23	6	4	65	1.35
20906882--20906933	6	8.7	6	93	0	86	69	28	0	1	0.99
20918208--20918294	32	2.7	33	80	8	108	41	9	9	40	1.69
20918335--20918385	18	2.7	18	77	17	59	52	9	7	29	1.62
20927431--20927493	28	2.3	28	83	5	76	36	14	6	42	1.71
20935377--20935427	22	2.4	22	86	3	68	41	5	19	33	1.76
20936133--20936224	46	2.0	45	81	12	107	61	5	3	29	1.34
20939259--20939307	18	2.7	18	75	6	55	36	4	2	57	1.30
20954620--20954704	42	2.0	42	88	0	125	43	17	16	22	1.88
20959809--20959850	19	2.2	19	91	0	66	35	9	16	38	1.81
20969207--20969629	89	4.8	89	87	2	516	36	15	18	29	1.92
20969206--20970015	133	5.9	134	75	9	552	35	16	19	29	1.93
20969207--20969614	178	2.3	178	88	3	574	36	14	19	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20969205--20970622	44	30.7	44	70	12	609	33	16	20	29	1.95
20969742--20969978	96	2.5	94	82	5	278	34	17	18	29	1.94
20969742--20969920	51	3.6	51	71	11	165	35	17	17	29	1.93
20970084--20970204	51	2.4	51	83	2	145	31	18	20	29	1.96
20970176--20970673	44	10.8	44	69	11	232	30	17	22	29	1.97
20969842--20970621	285	2.7	285	88	1	1098	31	17	21	30	1.96
20970369--20970489	51	2.4	51	87	2	163	30	20	19	28	1.97
20970118--20970767	329	2.0	324	82	6	788	30	18	21	30	1.96
20970126--20970646	140	3.7	135	71	12	325	30	17	21	30	1.96
20969851--20970778	285	3.3	282	83	4	846	31	17	21	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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