genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8162868--8162914	14	3.4	14	80	11	60	17	0	8	74	1.05
8162869--8162916	8	6.5	8	77	18	50	14	0	8	77	0.99
8162869--8162924	28	2.1	27	86	6	78	16	0	7	76	0.99
8163685--8163750	25	2.6	25	80	9	71	60	6	13	19	1.54
8169489--8169522	17	2.0	17	88	11	52	58	0	0	41	0.98
8169709--8169756	12	4.4	11	79	15	55	62	2	0	35	1.07
8169706--8169756	15	3.3	15	81	10	66	62	1	0	35	1.06
8195344--8195377	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8199399--8199474	23	3.3	23	90	0	125	21	21	27	30	1.98
8200693--8201055	108	3.4	107	79	7	436	35	20	14	29	1.92
8202203--8202468	140	1.9	138	84	8	360	31	10	19	37	1.87
8202348--8202849	109	4.6	109	85	5	654	29	13	19	38	1.90
8202344--8202849	223	2.3	219	86	6	684	29	13	18	38	1.90
8202663--8202884	108	2.0	109	81	4	252	38	13	16	31	1.88
8205081--8205171	47	2.0	46	91	2	146	30	20	18	29	1.97
8206008--8206035	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
8208235--8208283	24	2.0	24	96	0	89	28	32	20	18	1.96
8209599--8209629	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
8214522--8214548	6	4.5	6	100	0	54	33	0	51	14	1.43
8215289--8215401	57	2.0	60	84	10	155	30	16	23	29	1.96
8215619--8215830	111	1.9	112	86	3	300	33	16	15	34	1.90
8216664--8216957	109	2.7	109	84	7	400	28	15	17	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8219542--8219597	29	1.9	29	100	0	112	37	16	7	39	1.76
8222046--8222111	34	2.0	33	87	3	96	37	43	4	13	1.65
8226149--8226304	42	3.7	42	80	0	152	17	21	17	44	1.87
8241445--8241486	19	2.2	19	87	8	59	33	26	0	40	1.56
8241590--8241729	40	3.6	39	75	10	133	30	24	17	27	1.97
8241619--8241730	37	2.8	41	76	9	124	33	24	16	25	1.95
8242610--8242649	20	2.0	20	90	0	62	0	35	0	65	0.93
8242622--8242654	16	2.2	15	89	10	50	0	24	0	75	0.80
8242659--8242692	5	7.0	5	93	6	61	58	0	0	41	0.98
8243280--8243310	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
8257279--8257454	72	2.2	80	76	19	206	29	0	15	55	1.41
8257310--8257487	74	2.5	74	90	4	285	30	0	14	54	1.41
8257512--8257595	27	3.1	27	89	0	123	21	36	23	17	1.94
8259573--8259653	40	2.0	40	100	0	162	29	12	23	34	1.91
8261654--8261708	24	2.3	24	78	9	60	38	7	3	50	1.48
8263946--8264055	57	1.9	57	100	0	220	52	5	13	28	1.62
8264418--8264451	17	1.9	17	88	5	50	61	2	8	26	1.40
8268414--8268447	15	2.3	15	94	0	59	85	11	2	0	0.71
8268735--8268779	22	2.0	22	86	0	63	2	13	0	84	0.72
8271661--8271705	24	1.9	23	86	13	65	68	4	4	22	1.25
8279985--8280021	15	2.4	16	86	9	58	67	0	0	32	0.91
8279989--8280023	15	2.3	15	95	0	61	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8282048--8282101	12	4.5	12	72	9	56	42	1	11	44	1.50
8282158--8282206	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
8282372--8282437	2	33.5	2	82	8	82	50	0	4	45	1.22
8284069--8284110	20	2.1	20	91	8	68	57	4	4	33	1.41
8284529--8284631	7	14.9	7	68	13	52	25	4	29	40	1.76
8284567--8284591	13	1.9	13	100	0	50	24	0	24	52	1.48
8284529--8284613	42	2.0	42	82	8	102	25	3	29	41	1.72
8289655--8290052	36	9.6	45	83	12	379	35	13	20	29	1.92
8289719--8289784	21	3.5	20	63	25	52	34	12	19	33	1.89
8289655--8289963	118	2.6	118	95	0	546	36	12	20	30	1.89
8305112--8305181	35	1.9	37	85	5	99	38	7	4	50	1.50
8306379--8306462	38	2.2	38	79	8	91	63	4	3	28	1.32
8309413--8309509	42	2.3	42	80	3	106	23	22	25	27	2.00
8319565--8319601	17	2.2	17	90	0	56	27	2	18	51	1.60
8320824--8320917	46	2.0	46	93	0	161	34	7	27	30	1.84
8322851--8322889	15	2.7	16	81	18	50	43	0	5	51	1.24
8329181--8329213	16	2.0	17	88	5	50	39	12	3	45	1.57
8329288--8329343	21	2.7	21	91	0	85	30	33	7	28	1.84
8347341--8347411	36	2.0	35	86	8	99	32	23	11	32	1.90
8353787--8353824	18	2.1	18	100	0	76	26	18	5	50	1.68
8359668--8359722	25	2.2	25	90	0	83	21	14	20	43	1.87
8359707--8359769	22	2.9	22	82	0	81	17	25	15	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8361101--8361140	21	2.0	21	85	5	55	45	0	2	52	1.14
8362466--8362524	18	3.5	18	77	15	72	49	8	0	42	1.33
8362466--8362524	16	3.6	16	73	15	57	49	8	0	42	1.33
8364173--8364255	26	3.1	26	75	23	82	36	1	1	61	1.12
8380721--8380826	25	4.3	24	80	8	106	29	22	27	20	1.99
8380721--8380875	49	3.1	49	82	2	150	32	21	27	18	1.97
8380743--8380853	25	4.5	24	76	15	84	34	21	27	17	1.95
8385392--8385416	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8394187--8394224	19	2.0	19	90	10	60	42	26	10	21	1.85
8426429--8426473	22	2.0	23	82	4	56	26	31	2	40	1.68
8426523--8426561	16	2.5	16	87	4	53	30	2	2	64	1.21
8431310--8431360	27	2.0	25	88	7	75	45	5	0	49	1.26
8432355--8432661	154	2.0	152	96	1	569	30	14	15	39	1.87
8436180--8436248	37	1.9	38	82	11	92	20	2	7	69	1.25
8461339--8461414	32	2.3	33	84	6	93	38	2	9	50	1.49
8468834--8468926	42	2.1	44	86	9	129	19	40	18	21	1.91
8474263--8474299	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
8474268--8474312	19	2.2	21	84	7	58	40	0	4	55	1.20
8474425--8474455	9	3.4	9	90	0	53	41	22	9	25	1.84
8477562--8477587	7	3.7	7	100	0	52	0	15	30	53	1.42
8480112--8480165	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
8485242--8485287	9	5.1	9	94	0	83	30	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8485799--8485926	42	3.1	41	67	17	104	29	3	3	62	1.31
8485842--8485872	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
8485773--8485941	81	2.1	81	93	2	286	27	5	3	63	1.32
8485854--8485984	69	1.9	69	93	0	226	27	4	4	63	1.34
8485865--8486011	69	2.1	69	86	3	197	26	7	4	61	1.43
8487091--8487203	47	2.4	45	84	8	145	41	13	13	31	1.83
8487113--8487200	24	3.7	24	73	15	83	38	14	13	32	1.86
8487091--8487206	22	5.0	22	73	15	83	41	13	12	31	1.83
8487104--8487206	24	4.5	22	70	17	66	39	14	12	33	1.84
8487437--8487464	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8487470--8487504	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
8488155--8488237	43	1.9	43	85	4	114	34	31	18	15	1.92
8490395--8490436	22	1.9	22	90	0	66	9	11	14	64	1.50
8496083--8496130	24	2.0	24	88	8	71	27	0	10	62	1.27
8496556--8496580	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8506527--8506569	17	2.5	17	80	3	50	65	11	2	20	1.36
8516039--8516083	23	1.9	24	81	4	56	44	2	11	42	1.52
8518899--8518944	23	2.0	23	82	4	56	50	19	2	28	1.60
8522925--8522972	19	2.7	17	78	15	53	35	4	2	58	1.29
8531873--8531911	20	2.0	20	94	0	69	43	2	5	48	1.38
8533653--8533677	11	2.3	11	100	0	50	20	32	28	20	1.97
8534658--8534850	98	2.0	98	90	4	309	27	11	23	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8546263--8547027	132	5.8	132	93	0	1305	30	20	24	24	1.99
8547084--8547177	46	2.0	46	100	0	188	40	23	17	19	1.91
8548934--8549126	98	2.0	98	92	2	325	27	11	24	36	1.90
8552607--8552700	44	2.1	44	98	0	179	37	14	6	41	1.72
8552625--8552695	22	3.2	22	63	21	58	42	12	7	38	1.70
8552679--8552722	21	2.0	21	83	12	54	40	11	4	43	1.61
8555326--8555497	61	2.8	60	78	13	192	54	4	0	40	1.24
8558902--8559062	66	2.4	66	80	2	171	32	16	24	26	1.96
8568245--8568288	21	2.1	21	100	0	88	50	18	22	9	1.75
8570299--8570564	43	6.2	43	80	6	254	30	26	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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