genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  66  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20976648--20976697	25	1.9	27	84	8	68	50	2	6	42	1.38
20978627--20978702	19	4.0	19	70	16	68	55	2	3	38	1.33
20978748--20978822	24	3.0	24	78	5	69	36	2	2	58	1.26
20978841--20978888	18	2.6	19	80	6	55	35	6	2	56	1.36
20981894--20981923	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
20984053--20984084	5	6.4	5	96	0	55	34	0	3	62	1.11
20991361--20991392	16	2.0	16	93	0	55	53	6	6	34	1.51
20992558--20992603	24	1.9	24	86	8	67	23	34	28	13	1.92
20993773--20993832	28	2.3	26	81	13	70	68	1	11	18	1.28
20997502--20997532	15	2.1	15	100	0	62	6	12	54	25	1.62
20999442--20999491	24	2.1	24	92	0	82	22	6	22	50	1.70
20999449--20999498	24	2.1	24	92	0	82	20	6	26	48	1.72
20999456--20999522	23	2.9	23	79	2	71	22	8	22	46	1.79
21012053--21012091	16	2.4	16	87	8	53	61	0	7	30	1.24
21012673--21012717	21	2.0	23	87	8	67	22	8	4	64	1.40
21017633--21017687	22	2.5	22	90	0	83	14	12	32	40	1.84
21020180--21020348	43	3.9	43	82	6	184	26	14	26	33	1.94
21020141--21020348	44	4.8	43	77	12	164	27	14	25	32	1.95
21020202--21020363	85	1.9	87	80	11	190	29	14	23	32	1.95
21025046--21025235	34	5.6	34	88	1	247	38	33	14	13	1.85
21032030--21032086	3	19.0	3	96	0	105	33	1	0	64	1.04
21036307--21036344	19	2.0	19	100	0	76	31	10	31	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21042718--21042957	122	2.0	122	87	3	349	27	16	25	30	1.96
21043395--21043500	44	2.4	44	90	0	158	24	16	23	34	1.95
21045593--21045644	24	2.2	24	85	0	68	11	9	11	67	1.43
21051238--21051281	21	2.1	21	91	0	70	11	52	0	36	1.38
21051233--21051305	27	2.7	27	83	8	87	13	50	0	35	1.42
21051235--21051315	27	3.0	26	78	10	83	16	49	0	34	1.46
21051628--21051662	18	1.9	18	88	0	52	8	48	0	42	1.33
21056627--21056693	35	1.9	35	90	3	109	43	8	10	37	1.71
21062325--21062361	14	2.8	13	88	11	58	54	0	37	8	1.30
21062545--21062588	22	2.0	23	81	4	54	56	2	34	6	1.38
21072807--21072867	29	2.3	26	80	11	70	40	8	6	44	1.60
21074246--21074312	3	23.7	3	75	11	52	35	2	2	58	1.29
21075069--21075102	16	2.0	18	88	11	54	50	0	20	29	1.49
21075897--21075992	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
21076851--21077004	41	3.8	41	94	0	281	24	26	22	26	2.00
21078996--21079020	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
21084236--21084884	114	5.7	114	82	4	713	25	22	24	27	2.00
21084898--21084937	19	2.2	18	86	13	55	27	2	5	65	1.27
21085215--21085247	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
21085320--21085477	81	1.9	82	87	3	230	27	0	28	43	1.60
21085458--21085495	14	2.7	14	91	0	58	15	0	44	39	1.47
21085462--21085529	35	1.9	35	84	0	91	22	0	41	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21085896--21085937	19	2.1	21	86	8	61	9	0	47	42	1.36
21086768--21087214	147	3.0	145	80	3	432	25	14	23	36	1.93
21086859--21087237	146	2.6	146	77	6	372	27	16	22	34	1.95
21088569--21088600	15	2.1	15	94	0	55	31	6	9	53	1.58
21089361--21089413	18	2.8	19	83	10	65	39	1	1	56	1.21
21089572--21089729	13	12.0	13	73	10	124	42	9	4	43	1.57
21089538--21089674	66	2.1	66	83	0	166	41	9	3	45	1.54
21089589--21089737	53	2.8	53	93	0	253	42	10	4	43	1.57
21089621--21089711	23	3.7	23	74	18	83	39	7	5	47	1.55
21089903--21089952	16	3.4	16	73	21	63	46	18	2	34	1.60
21089886--21089952	28	2.4	28	92	2	107	46	16	2	34	1.62
21095111--21096468	679	2.0	678	91	0	2216	34	19	11	34	1.89
21097742--21097771	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
21098909--21098975	25	2.7	25	85	0	89	31	19	20	28	1.97
21105009--21105041	16	2.1	16	100	0	66	48	18	15	18	1.81
21107685--21107734	10	5.0	10	85	9	59	0	22	0	78	0.76
21107685--21107737	13	3.9	14	81	16	67	0	22	0	77	0.77
21107685--21107737	17	3.1	17	79	15	65	0	22	0	77	0.77
21107685--21107740	20	2.8	19	84	10	76	0	21	0	78	0.75
21113885--21114108	43	5.2	43	96	0	387	24	31	23	20	1.98
21118411--21118648	89	2.5	96	84	12	348	44	26	1	26	1.63
21119131--21119175	20	2.3	19	81	11	54	66	4	6	22	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21119180--21119259	41	2.0	41	94	0	142	26	26	22	25	2.00
21119027--21119490	231	2.0	231	97	0	883	37	14	10	37	1.81
21119411--21119562	41	3.7	41	89	1	225	28	25	22	23	1.99
21119599--21119734	40	3.4	39	82	8	150	18	22	23	36	1.95
21121272--21121327	27	2.1	27	96	3	105	41	7	0	51	1.29
21121407--21121474	27	2.5	27	92	0	109	26	30	27	14	1.95
21121518--21121622	4	26.0	4	69	21	60	69	0	30	0	0.89
21121523--21121615	24	3.9	24	71	18	77	68	0	31	0	0.90
21122142--21122589	159	2.9	154	71	13	369	50	8	12	29	1.69
21125529--21125573	18	2.5	18	88	0	72	15	48	6	28	1.70
21126446--21126471	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
21126538--21126576	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
21126600--21126628	10	2.7	11	89	10	51	0	27	0	72	0.85
21126712--21126786	27	2.8	26	88	11	107	20	30	28	21	1.98
21126846--21126911	28	2.4	28	87	5	98	48	1	10	39	1.47
21127074--21127110	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
21127737--21127808	31	2.3	31	83	4	92	30	16	5	47	1.70
21129193--21129329	69	2.0	69	89	0	211	24	16	10	48	1.78
21131142--21131232	44	2.1	44	91	0	146	27	13	13	46	1.80
21133268--21133315	18	2.7	18	70	0	51	14	41	4	39	1.65
21136752--21136828	14	5.0	15	72	20	61	42	16	7	32	1.77
21136768--21136807	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21137721--21137759	20	1.9	20	89	5	60	48	0	0	51	1.00
21137760--21137796	19	2.0	19	89	5	58	35	0	8	56	1.29
21137760--21137817	18	3.1	19	82	12	66	36	0	6	56	1.26
21145372--21145402	15	2.1	15	100	0	62	74	0	0	25	0.82
21145856--21145924	35	1.9	37	85	5	97	59	0	2	37	1.12
21145856--21145912	18	3.2	18	80	11	57	61	0	1	36	1.07
21149518--21149572	21	2.6	21	91	0	92	12	27	36	23	1.91
21151482--21151526	14	3.1	15	81	15	58	62	0	2	35	1.08
21153053--21153183	40	3.3	40	89	0	181	29	21	22	26	1.99
21153229--21153332	40	2.6	40	84	0	136	29	18	22	29	1.97
21153074--21153455	155	2.5	155	85	2	507	29	19	21	29	1.97
21153941--21154006	14	4.5	15	79	7	64	19	0	37	42	1.52
21153929--21154026	7	13.6	7	74	6	52	21	1	31	45	1.58
21153892--21154028	22	6.3	21	71	11	80	21	2	32	44	1.64
21153948--21154028	7	11.3	7	76	5	63	19	0	35	44	1.51
21153965--21154048	44	1.9	44	82	0	105	22	1	34	41	1.62
21155529--21155665	66	2.1	66	81	2	159	40	20	25	13	1.89
21160077--21160187	25	4.4	25	79	3	89	18	27	20	33	1.96
21174514--21174556	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
21177449--21177488	20	1.9	22	90	10	66	37	5	15	42	1.68
21177651--21177712	20	3.1	20	80	0	70	32	9	12	45	1.75
21179095--21179132	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21182997--21183048	24	2.2	24	92	0	86	55	11	1	30	1.46
21184829--21184870	16	2.6	16	100	0	84	61	26	11	0	1.30
21184975--21185026	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
21186699--21186736	11	3.5	11	78	7	51	52	7	26	13	1.67
21186699--21186741	21	2.0	21	100	0	86	51	9	25	13	1.71
21189390--21189423	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
21190173--21190201	14	2.1	14	100	0	58	37	0	62	0	0.96
21194382--21194451	24	2.7	26	77	18	83	2	52	5	38	1.40
21194408--21194683	24	10.8	24	68	18	130	1	45	6	47	1.37
21194382--21194607	51	4.4	52	83	10	229	2	46	5	45	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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