genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  88  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26996307--26996553	50	4.8	50	81	8	241	27	21	27	23	1.99
26998907--26998990	43	2.0	43	81	9	100	26	14	26	33	1.94
27005039--27005077	11	3.5	11	78	0	51	56	10	0	33	1.33
27010673--27010705	11	3.0	11	87	12	50	81	0	0	18	0.68
27012294--27012336	18	2.3	19	92	4	70	74	0	0	25	0.82
27016259--27016317	23	2.4	25	86	10	79	42	0	1	55	1.09
27016281--27016443	64	2.6	59	82	11	202	40	1	4	53	1.31
27019294--27019394	53	1.9	53	85	0	139	30	23	11	33	1.91
27022629--27022704	13	5.7	13	73	11	64	47	1	15	35	1.54
27022600--27022703	40	2.6	40	83	3	111	43	1	18	36	1.61
27022798--27022885	40	2.2	40	89	0	131	48	3	13	34	1.59
27022801--27022908	40	2.7	40	83	8	114	46	3	16	33	1.65
27022850--27022922	27	2.7	27	72	2	67	42	4	19	34	1.70
27024609--27024640	16	2.0	16	100	0	64	31	0	18	50	1.48
27034665--27034760	48	2.0	48	97	0	183	35	17	16	30	1.93
27035937--27035989	27	2.0	27	92	0	88	35	11	16	35	1.85
27048782--27048830	26	2.0	25	84	8	64	51	4	6	38	1.46
27048794--27048847	26	2.1	26	82	6	65	48	5	7	38	1.55
27048871--27048979	56	1.9	56	83	7	139	48	4	10	36	1.57
27050660--27050989	44	7.7	43	66	14	155	23	20	22	33	1.97
27050654--27051079	128	3.3	128	93	0	701	25	19	21	34	1.96
27051091--27051279	45	4.2	45	89	2	263	30	28	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27051898--27051998	45	2.2	45	76	10	107	52	8	13	24	1.69
27052268--27052317	19	2.6	19	81	12	66	0	18	2	80	0.82
27056831--27056894	26	2.5	26	84	5	85	51	1	4	42	1.32
27056826--27056905	26	3.0	26	78	10	81	50	2	6	41	1.41
27056826--27056923	28	3.6	26	77	12	81	48	2	7	41	1.42
27064652--27064676	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
27067800--27067859	20	3.0	20	76	9	68	45	11	8	35	1.71
27067797--27067891	40	2.4	40	84	7	113	46	11	7	34	1.68
27067785--27067891	20	5.2	21	72	18	64	47	10	6	35	1.63
27078889--27078982	44	2.1	44	92	0	152	37	12	5	44	1.65
27079312--27079358	20	2.5	19	75	6	51	40	2	2	55	1.24
27079584--27079660	13	5.9	13	92	0	127	38	25	10	24	1.87
27080551--27080747	98	2.0	98	93	2	333	38	24	8	28	1.85
27082792--27083640	44	19.6	44	71	14	489	27	23	21	27	1.99
27082792--27083638	84	9.8	88	71	15	492	27	23	21	27	1.99
27082919--27083248	173	1.9	173	81	9	397	27	23	21	27	1.99
27082772--27083647	217	4.0	217	95	0	1554	26	24	20	28	1.99
27099178--27099210	15	2.1	17	88	11	52	24	0	3	72	0.98
27102078--27102126	25	2.0	25	83	0	62	30	22	8	38	1.83
27108913--27108937	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
27112283--27112325	21	2.0	21	82	8	52	23	34	0	41	1.55
27112462--27112521	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27114568--27114609	17	2.4	18	88	11	61	45	0	0	54	0.99
27114568--27114610	14	2.9	14	86	10	50	46	0	0	53	1.00
27114742--27114810	29	2.3	29	85	5	84	49	11	15	23	1.77
27119138--27119162	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
27124434--27124472	20	2.0	20	89	0	60	38	20	17	23	1.93
27129289--27129337	24	2.0	24	100	0	98	32	8	28	30	1.86
27132006--27132032	11	2.5	11	100	0	54	92	0	7	0	0.38
27133945--27134019	23	3.3	22	66	17	55	52	4	4	40	1.39
27151837--27151876	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
27151823--27151888	35	1.9	34	90	6	107	31	7	13	46	1.71
27151816--27151892	14	5.0	15	71	20	52	32	7	15	44	1.75
27151984--27152017	16	2.1	16	88	5	50	35	0	0	64	0.94
27151982--27152025	18	2.4	18	80	3	52	36	0	0	63	0.95
27154733--27154772	20	2.0	20	85	9	55	67	2	0	30	1.04
27158879--27158931	27	2.0	26	88	7	70	71	0	1	26	0.96
27158879--27158931	28	1.9	28	96	3	99	71	0	1	26	0.96
27171187--27171211	13	1.9	13	100	0	50	44	0	16	40	1.47
27171236--27171322	43	2.0	43	100	0	174	22	18	11	47	1.81
27173665--27173825	42	3.9	41	81	7	182	31	26	16	26	1.96
27173665--27173825	84	1.9	83	86	3	225	31	26	16	26	1.96
27177768--27177806	20	1.9	21	84	5	53	5	17	2	74	1.12
27178368--27178427	31	1.9	31	100	0	120	23	23	3	50	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27178792--27178850	9	6.4	9	76	3	55	22	6	25	45	1.76
27184487--27184564	29	2.7	29	79	13	90	64	0	21	14	1.29
27189073--27189140	31	2.3	30	87	5	102	48	10	5	35	1.61
27197909--27197967	30	2.0	30	89	0	91	27	5	8	59	1.48
27200794--27200857	24	2.6	25	69	16	62	73	3	17	6	1.17
27207738--27207774	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
27208128--27208187	18	3.4	17	77	13	68	23	28	0	48	1.51
27208793--27208818	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
27210034--27210082	21	2.3	22	89	3	73	53	4	8	34	1.50
27210160--27210209	18	2.7	19	76	14	50	58	4	8	30	1.45
27210431--27210465	18	1.9	18	88	0	52	34	8	0	57	1.29
27211621--27211650	15	2.1	15	93	6	53	6	26	0	66	1.16
27212638--27212677	17	2.3	17	87	12	55	35	0	15	50	1.44
27215227--27215257	4	7.5	4	92	7	53	51	0	0	48	1.00
27215502--27215622	63	1.9	63	86	0	170	33	7	7	51	1.58
27224535--27224566	16	1.9	17	93	6	57	56	6	0	37	1.25
27224656--27224715	9	6.3	9	74	11	57	33	1	1	63	1.14
27224662--27224712	21	2.6	21	84	9	72	27	1	1	68	1.11
27227973--27228004	14	2.3	14	94	0	55	53	0	3	43	1.16
27243090--27243136	20	2.4	21	79	13	55	46	2	0	51	1.13
27244698--27244734	16	2.3	16	95	0	65	37	5	32	24	1.78
27244716--27244825	39	2.6	44	77	15	115	35	4	27	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27244981--27245096	31	3.6	31	71	17	94	55	3	0	40	1.23
27248454--27248498	19	2.3	20	75	20	51	26	22	8	42	1.83
27251303--27251391	46	2.0	46	90	2	144	42	17	23	15	1.88
27251301--27251438	45	2.9	48	80	13	151	45	16	23	13	1.83
27251303--27251469	45	3.5	45	76	15	140	44	16	25	13	1.84
27252802--27252948	75	2.0	75	87	5	217	25	19	23	30	1.98
27252880--27253049	44	3.8	45	72	8	150	28	18	24	28	1.98
27252757--27253171	165	2.5	164	92	0	670	28	18	25	27	1.98
27253045--27253172	44	2.9	43	75	4	148	30	15	25	28	1.96
27253385--27253474	44	2.0	45	89	2	137	31	14	25	28	1.95
27259085--27259148	25	2.6	25	87	0	101	3	9	21	65	1.35
27259262--27259425	25	6.6	26	83	5	180	29	17	34	18	1.94
27260048--27260141	31	3.0	32	89	6	147	59	0	2	38	1.09
27260074--27260223	41	3.6	40	85	8	185	61	0	3	35	1.13
27260241--27260273	5	6.4	5	93	6	57	0	42	57	0	0.98
27260658--27260756	39	2.5	41	81	13	113	11	55	3	30	1.50
27261927--27261996	16	4.4	16	96	0	104	31	0	35	32	1.58
27261975--27262069	45	2.1	44	88	1	136	32	6	27	33	1.82
27262229--27262263	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27262356--27262397	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
27262365--27262406	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
27262150--27262422	147	1.9	147	96	1	512	47	3	2	46	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27266593--27266675	31	2.7	31	83	12	109	39	0	6	54	1.25
27266593--27266673	30	2.7	29	84	9	92	38	0	6	55	1.25
27267503--27267579	22	3.5	22	89	0	109	46	11	10	31	1.74
27267503--27267590	44	2.0	44	88	0	131	46	12	10	30	1.75
27267503--27267590	22	4.0	22	82	2	88	46	12	10	30	1.75
27269304--27269374	29	2.5	28	75	6	70	57	9	8	23	1.58
27272132--27272182	25	2.1	24	88	3	75	9	25	21	43	1.83
27283586--27283730	75	1.9	76	88	5	222	40	7	9	42	1.66
27283539--27283749	77	2.8	76	82	5	250	39	6	10	43	1.65
27284809--27284871	27	2.4	27	91	2	110	42	7	0	49	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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