genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  109  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33152771--33153013	50	4.8	50	90	0	360	20	30	22	26	1.98
33162342--33162375	16	2.1	16	100	0	68	52	0	0	47	1.00
33163203--33163249	11	4.2	11	91	2	76	17	34	0	48	1.47
33163215--33163261	22	2.1	22	84	7	60	21	34	0	44	1.52
33163229--33163344	51	2.3	51	89	3	171	31	25	1	42	1.65
33164443--33164474	7	4.6	7	100	0	64	28	0	12	59	1.34
33165124--33165163	18	2.2	18	95	0	71	22	30	5	42	1.75
33165588--33165635	25	1.9	25	87	8	71	43	0	18	37	1.51
33165665--33165757	25	3.7	25	95	0	168	44	0	16	39	1.47
33165759--33166026	23	11.7	23	94	0	473	43	22	7	26	1.79
33168395--33168627	125	1.9	125	85	3	326	35	20	15	28	1.93
33169092--33169182	28	3.3	26	72	20	71	52	1	2	43	1.20
33171247--33171309	26	2.4	26	87	10	85	41	1	6	50	1.37
33171388--33171464	38	2.0	38	87	5	111	49	10	14	25	1.75
33173720--33173808	36	2.4	37	84	3	117	30	39	14	15	1.88
33173808--33173838	15	2.1	15	100	0	62	35	6	25	32	1.82
33175403--33175433	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
33175487--33175523	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
33177208--33177310	44	2.3	44	100	0	206	48	15	9	26	1.76
33177631--33177671	22	2.0	20	86	13	57	29	2	9	58	1.43
33202394--33202472	40	2.0	40	85	9	108	20	30	16	32	1.94
33202449--33202520	20	3.6	19	74	20	67	18	36	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33202438--33202533	40	2.4	41	77	3	115	15	32	20	31	1.94
33213902--33213947	18	2.6	18	100	0	92	17	36	36	8	1.81
33216241--33216314	25	3.0	24	81	13	71	27	22	21	28	1.99
33216773--33216807	18	1.9	18	94	0	61	37	31	17	14	1.89
33219965--33220220	45	5.7	46	80	5	197	23	21	15	40	1.91
33222242--33222307	20	3.3	20	66	8	53	18	33	21	27	1.96
33236870--33237141	29	9.4	29	71	11	175	38	13	24	23	1.91
33242792--33243019	43	5.3	43	77	9	200	27	29	18	24	1.98
33246279--33246464	93	2.0	93	92	2	311	30	9	24	35	1.87
33246885--33246964	40	2.1	39	83	9	101	21	21	17	40	1.92
33247422--33247480	14	4.1	14	78	10	66	35	38	0	25	1.56
33247422--33247477	29	2.0	29	92	3	96	35	37	0	26	1.57
33247419--33247491	21	3.4	21	72	9	58	38	35	0	26	1.57
33247720--33247806	15	5.9	15	74	8	54	34	43	0	21	1.53
33247322--33247878	273	2.1	268	84	9	639	41	26	2	29	1.68
33248079--33248233	73	2.1	73	87	0	220	26	25	21	26	2.00
33248133--33248346	114	1.9	113	90	0	338	27	26	20	25	1.99
33248247--33248455	73	2.9	73	89	0	303	26	25	21	26	1.99
33248079--33248419	186	1.8	187	88	0	522	27	25	20	26	1.99
33252757--33253094	102	3.3	102	86	1	421	30	15	25	28	1.96
33252757--33253094	51	6.7	50	78	5	320	30	15	25	28	1.96
33253309--33253360	21	2.4	22	80	3	61	48	1	23	26	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33258492--33258876	46	8.3	46	89	2	583	42	18	13	25	1.86
33258509--33258870	186	1.9	186	91	1	591	42	18	13	25	1.86
33259546--33259698	41	3.7	41	81	5	166	33	26	14	26	1.94
33259546--33259701	81	1.9	83	84	2	208	32	26	14	26	1.94
33265073--33265116	21	2.1	21	83	8	54	54	15	6	22	1.65
33272213--33272334	62	2.0	62	96	0	226	36	13	11	38	1.82
33274744--33274798	24	2.3	24	87	0	83	29	21	9	40	1.84
33279100--33279473	185	2.0	185	100	0	748	37	16	18	27	1.93
33279682--33279737	18	2.8	20	76	15	53	66	1	5	26	1.23
33279696--33279737	8	4.9	8	86	13	57	69	0	4	26	1.08
33280267--33280294	9	3.1	9	100	0	56	42	0	0	57	0.99
33281693--33281742	21	2.3	22	80	13	59	64	6	0	30	1.18
33282091--33282154	9	7.3	9	74	11	62	67	0	1	31	1.00
33282226--33282283	28	2.1	28	86	0	80	65	0	6	27	1.18
33286071--33286373	163	1.9	163	89	0	471	31	16	11	41	1.83
33291754--33291780	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
33298599--33298633	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
33298866--33298904	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
33298879--33298935	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
33301384--33301455	23	3.1	23	78	4	81	43	16	9	30	1.80
33301365--33301455	47	2.0	47	84	6	123	42	17	8	30	1.80
33304705--33304753	26	1.9	26	87	4	73	40	18	8	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33304704--33304759	25	2.2	27	81	12	73	42	17	7	32	1.77
33306479--33306515	9	4.1	9	89	0	56	48	10	10	29	1.72
33307544--33307569	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
33309287--33309318	15	2.1	15	94	0	55	53	0	3	43	1.16
33310962--33311006	19	2.4	19	85	14	74	57	15	0	26	1.38
33311091--33311143	19	2.8	19	83	8	65	30	0	20	49	1.50
33311758--33311816	21	2.8	21	87	5	75	27	28	13	30	1.94
33311778--33311831	21	2.6	20	85	11	65	27	25	14	31	1.95
33318039--33318132	30	3.2	30	72	20	81	40	23	14	21	1.90
33319357--33319388	5	6.4	5	100	0	64	81	0	0	18	0.70
33320305--33320380	25	3.0	25	76	14	75	22	22	17	38	1.93
33320323--33320415	25	3.7	25	81	5	89	26	24	19	29	1.98
33321053--33321095	20	2.2	20	87	8	61	60	4	18	16	1.52
33324377--33324421	20	2.2	20	92	0	72	35	13	33	17	1.89
33326969--33327078	3	36.7	3	71	13	66	31	8	3	56	1.46
33333658--33333702	21	2.1	21	91	0	72	28	22	26	22	1.99
33335604--33335629	13	2.0	13	100	0	52	69	0	15	15	1.20
33336764--33336928	29	5.8	27	73	11	91	24	13	23	38	1.91
33342120--33342260	71	2.0	70	92	1	237	49	13	12	24	1.76
33343259--33343319	5	12.6	5	87	6	90	63	16	1	18	1.38
33343294--33343346	13	4.2	13	81	13	65	79	7	0	13	0.93
33343305--33343378	12	6.0	12	75	10	60	78	12	0	9	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33343330--33343378	18	2.7	18	80	3	62	77	16	0	6	0.96
33343330--33343370	6	6.8	6	91	0	55	80	17	0	2	0.82
33353496--33353596	45	2.2	45	83	11	118	40	18	17	22	1.91
33354533--33354566	17	1.9	17	88	5	50	0	20	0	79	0.73
33354611--33354657	23	2.0	23	84	8	60	4	10	6	78	1.06
33354920--33354979	11	5.6	11	77	18	65	60	0	1	38	1.07
33354906--33354982	30	2.5	30	87	10	111	58	0	2	38	1.12
33355529--33355607	35	2.3	35	85	8	101	49	5	0	45	1.24
33357301--33357422	50	2.4	49	79	4	127	29	23	27	18	1.98
33363588--33363612	12	2.1	12	100	0	50	40	0	16	44	1.47
33364592--33364715	50	2.5	50	86	0	167	25	25	29	20	1.99
33367648--33367716	34	2.0	34	97	0	129	49	23	14	13	1.78
33374577--33374652	38	2.0	38	100	0	152	18	21	10	50	1.76
33379544--33379613	29	2.4	29	82	0	86	44	21	12	21	1.85
33379788--33379938	54	2.8	52	77	11	171	26	21	17	34	1.95
33380063--33380093	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
33383923--33383970	20	2.5	19	83	10	62	33	14	8	43	1.75
33391363--33391588	89	2.5	89	84	5	269	22	21	12	43	1.86
33391358--33391675	30	10.6	30	74	10	213	23	22	12	41	1.88
33391450--33391667	61	3.6	61	76	6	158	24	23	11	39	1.88
33399124--33399255	29	4.5	29	85	2	165	18	29	12	39	1.87
33399144--33399255	29	3.8	29	88	2	170	16	29	14	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33399124--33399255	59	2.2	59	93	0	219	18	29	12	39	1.87
33399072--33399436	30	12.2	30	76	9	196	24	24	11	39	1.88
33399124--33399285	59	2.7	59	88	1	200	20	28	12	38	1.90
33403455--33403509	25	2.1	25	83	6	65	27	5	9	58	1.51
33413861--33413934	28	2.7	28	89	2	114	24	22	29	22	1.99
33414970--33415008	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
33415257--33415446	50	3.7	50	79	9	195	25	27	18	27	1.98
33416653--33416706	28	1.9	28	92	0	90	29	25	24	20	1.99
33417016--33417073	27	2.1	27	84	6	73	18	17	29	34	1.94
33417027--33417249	27	8.3	27	82	5	229	17	21	19	41	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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