genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  39  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13551287--13551338	13	4.2	12	78	11	52	34	15	15	34	1.89
13552397--13552605	33	5.8	33	68	19	130	22	19	25	32	1.98
13552393--13552603	75	2.8	75	91	1	343	23	19	26	31	1.98
13552659--13552696	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
13556392--13556606	96	2.2	97	90	3	328	39	16	2	42	1.61
13563517--13563725	33	5.8	33	72	19	139	20	18	27	33	1.96
13563550--13563686	42	3.5	41	75	17	164	21	18	27	32	1.96
13563515--13563723	75	2.8	75	91	1	321	20	18	28	33	1.96
13570270--13570406	42	3.5	42	71	17	139	22	17	26	33	1.96
13570233--13570443	75	2.8	75	89	1	316	22	18	27	32	1.97
13575558--13575610	19	2.8	19	94	0	88	41	9	13	35	1.76
13575572--13575633	19	2.9	22	86	9	76	37	8	16	38	1.78
13576168--13576244	37	2.1	37	80	11	86	37	9	1	51	1.42
13576336--13576379	23	2.0	22	90	4	70	34	6	2	56	1.38
13581516--13581595	22	3.8	21	73	14	65	76	10	0	13	1.02
13581544--13581596	20	2.6	21	82	8	65	77	5	0	16	0.96
13582882--13583164	44	6.7	44	85	9	322	25	17	27	29	1.98
13582964--13583116	78	2.0	78	89	2	236	24	18	26	30	1.98
13582920--13583154	122	1.9	122	86	5	332	25	18	26	30	1.98
13582879--13583181	166	1.8	166	85	7	427	26	17	26	30	1.97
13583041--13583198	44	3.6	43	85	5	174	27	20	24	27	1.99
13583037--13583655	88	7.1	88	67	11	337	28	19	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13583133--13583585	132	3.5	131	69	16	402	28	19	25	26	1.99
13583265--13583418	44	3.7	43	71	22	134	27	18	24	29	1.98
13583084--13583590	254	2.0	254	91	2	822	28	19	25	26	1.99
13583306--13583370	34	1.9	34	87	6	96	24	21	21	32	1.98
13583515--13583632	44	2.7	44	90	0	173	25	19	27	27	1.99
13582939--13583594	298	2.2	299	77	6	688	28	18	25	27	1.98
13583356--13583726	176	2.1	176	92	1	618	29	18	26	25	1.98
13583429--13583720	88	3.3	88	70	9	270	28	20	25	25	1.99
13583738--13583843	44	2.4	44	81	4	117	30	18	19	31	1.96
13584406--13584458	19	2.8	19	94	0	88	41	9	13	35	1.76
13584420--13584481	19	2.9	22	86	9	76	37	8	16	38	1.78
13584685--13584729	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
13585015--13585091	37	2.1	37	80	11	86	37	9	1	51	1.42
13585379--13585435	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
13587018--13587169	33	4.6	32	69	8	115	30	17	25	26	1.97
13586952--13587190	101	2.4	101	90	0	363	32	15	23	28	1.95
13591448--13591481	15	2.4	14	90	9	52	50	0	17	32	1.47
13607354--13607390	7	5.3	7	100	0	74	29	0	56	13	1.37
13610492--13610541	14	3.4	16	74	20	56	44	0	10	46	1.37
13610507--13611064	120	4.7	120	96	0	990	43	2	4	49	1.34
13610655--13610689	18	2.0	18	88	5	54	51	0	0	48	1.00
13610776--13610810	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13610896--13610930	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13611016--13611050	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13611207--13611303	44	2.2	45	87	5	135	35	29	5	29	1.79
13611283--13611318	16	2.2	16	95	0	63	25	33	5	36	1.79
13615474--13615512	19	2.1	19	90	0	60	25	0	12	61	1.31
13616444--13616578	67	2.0	67	92	0	225	25	19	25	28	1.99
13618820--13618866	18	2.6	18	76	6	51	48	10	29	10	1.71
13623194--13623228	17	2.1	17	100	0	70	40	5	17	37	1.73
13623463--13623523	30	2.0	30	87	6	88	32	1	14	50	1.53
13624497--13624670	71	2.4	71	77	3	161	24	21	24	29	1.99
13632428--13632564	57	2.4	56	86	9	181	32	18	24	24	1.97
13632501--13632676	90	1.9	92	89	5	275	35	18	21	24	1.95
13634770--13634807	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
13634939--13635005	3	22.7	3	90	3	109	34	1	1	62	1.13
13636180--13636243	21	3.1	20	75	6	74	17	23	25	34	1.96
13638743--13638782	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
13638766--13638803	20	1.9	20	94	0	67	28	7	15	47	1.74
13639308--13639593	55	5.2	57	82	8	251	24	20	5	48	1.71
13639308--13639638	54	6.2	54	79	13	305	24	20	6	48	1.72
13639522--13639618	45	2.2	45	90	5	153	23	16	6	53	1.65
13639529--13639629	45	2.4	42	83	11	127	24	17	5	51	1.68
13642819--13643140	57	5.7	56	71	10	235	23	21	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13642941--13643190	112	2.3	111	86	6	339	26	22	17	34	1.96
13643321--13643373	16	3.5	16	73	21	60	37	3	3	54	1.36
13643321--13643383	28	2.2	29	91	2	101	38	3	4	53	1.38
13658787--13659267	132	3.6	132	93	0	791	28	19	26	25	1.98
13658837--13659153	44	7.2	44	65	13	150	28	18	26	27	1.98
13663558--13663615	30	2.0	30	90	6	93	58	3	6	31	1.41
13663610--13663678	32	2.2	32	86	2	95	57	4	2	34	1.33
13664202--13664246	23	2.0	23	86	0	63	66	11	0	22	1.22
13664436--13664501	22	3.0	21	76	8	60	45	15	4	34	1.66
13664449--13664495	23	2.0	24	91	4	78	40	17	4	38	1.69
13664449--13664526	19	3.7	21	80	13	81	39	16	6	37	1.74
13664449--13664514	23	3.0	21	75	20	55	39	16	6	37	1.74
13665796--13666271	112	4.2	113	87	3	649	22	23	25	28	1.99
13670049--13670100	26	2.0	26	96	0	95	40	3	11	44	1.59
13670829--13670873	19	2.4	19	84	0	63	33	42	2	22	1.66
13671226--13671252	6	4.5	6	100	0	54	33	0	14	51	1.43
13673279--13673320	19	2.2	19	95	0	75	50	9	0	40	1.35
13673075--13673560	225	2.2	225	97	0	911	41	13	6	37	1.71
13673504--13673545	19	2.2	19	86	0	57	47	11	0	40	1.40
13673577--13673776	16	13.0	16	68	21	115	45	21	1	31	1.61
13673075--13673645	225	2.5	224	90	3	774	42	14	5	37	1.69
13673577--13673966	41	9.4	41	71	13	228	47	18	3	30	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13673578--13673802	25	9.3	25	73	14	136	45	20	1	31	1.62
13673778--13673886	16	6.7	16	72	10	69	50	16	3	29	1.62
13673755--13673808	25	2.2	25	82	0	63	51	18	1	27	1.56
13673794--13673950	25	6.0	25	70	16	95	47	16	5	30	1.68
13673581--13673883	66	4.4	66	80	10	299	46	19	2	31	1.64
13673813--13673966	83	1.9	83	94	2	274	48	16	5	29	1.67
13673927--13673966	16	2.5	16	88	8	55	52	17	0	30	1.45
13673904--13673957	25	2.2	25	86	0	72	51	16	1	29	1.55
13676053--13676103	21	2.4	21	90	0	75	35	17	45	1	1.60
13676489--13676603	44	2.6	44	78	9	119	33	20	18	27	1.95
13676578--13676788	42	5.0	41	80	8	217	27	21	20	30	1.98
13676538--13676737	85	2.3	86	83	2	242	28	21	21	29	1.98
13676538--13676783	128	1.9	128	80	4	291	27	21	20	29	1.98
13676875--13676920	21	2.1	22	88	4	67	45	28	15	10	1.79
13680229--13680268	16	2.6	16	84	4	55	15	0	30	55	1.41
13680297--13680396	34	3.2	31	78	13	82	40	1	17	42	1.56
13680317--13680440	34	3.8	32	76	10	117	39	0	15	44	1.52
13680498--13680881	127	3.0	126	87	6	530	36	16	18	28	1.92
13681250--13681284	16	2.2	16	100	0	70	31	25	17	25	1.97
13682465--13682521	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
13682938--13682976	18	2.2	18	90	0	60	35	10	30	23	1.88
13695946--13696015	24	2.9	24	74	6	70	28	12	15	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13699628--13699669	19	2.2	20	91	4	68	52	16	14	16	1.75
13700138--13700172	13	2.7	13	100	0	70	5	22	48	22	1.72
13705258--13705454	41	4.8	41	90	5	283	28	18	28	23	1.98
13706906--13707149	41	6.0	40	88	7	262	33	27	19	20	1.96
13706906--13707149	82	3.0	82	85	5	316	33	27	19	20	1.96
13707797--13707831	17	2.1	17	89	5	54	31	14	5	48	1.67
13714249--13714295	20	2.4	19	82	3	58	2	21	2	74	1.03
13716888--13716958	30	2.3	30	85	7	90	42	2	0	54	1.14
13716916--13716958	15	2.9	15	92	0	77	37	0	0	62	0.95
13716914--13716974	12	4.8	12	76	13	50	40	0	0	59	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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