genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  70  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22078625--22078676	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
22078500--22078797	120	2.5	121	94	1	519	42	2	5	50	1.37
22078754--22078795	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22078745--22078786	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22079012--22079060	16	3.1	16	90	0	80	22	34	4	38	1.73
22083849--22083946	41	2.4	41	84	6	119	19	20	28	31	1.97
22087329--22087380	19	2.6	20	78	6	61	17	19	15	48	1.82
22089277--22089392	43	2.7	43	74	12	121	24	20	27	27	1.99
22093150--22093195	23	2.0	23	91	0	74	28	10	32	28	1.91
22093420--22093465	23	2.0	23	91	0	74	28	32	10	28	1.91
22096672--22096696	7	3.6	7	100	0	50	64	12	12	12	1.51
22096711--22097888	587	2.0	587	97	0	2239	31	21	15	31	1.95
22100828--22100866	21	1.9	20	84	5	51	38	0	23	38	1.55
22107660--22107703	21	2.1	21	83	8	54	52	20	9	18	1.72
22114810--22114843	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
22121391--22121452	12	5.1	12	72	27	51	46	0	3	50	1.17
22121333--22121447	58	1.9	58	84	6	151	46	1	3	48	1.29
22123185--22123297	5	22.6	5	81	0	118	38	20	6	35	1.78
22124276--22124333	14	3.8	16	76	15	52	70	0	25	3	1.03
22124287--22124331	20	2.3	20	85	11	58	73	0	22	4	1.01
22126894--22126955	26	2.4	25	78	13	63	72	3	20	3	1.13
22129539--22129577	14	3.1	14	72	27	50	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22129537--22129578	16	2.6	16	81	14	50	61	0	0	38	0.96
22137105--22137281	42	4.2	41	84	3	203	31	19	18	31	1.96
22137096--22137281	84	2.2	84	85	4	268	30	19	18	31	1.96
22138942--22138972	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
22148208--22148238	6	5.3	6	92	7	55	16	0	0	83	0.64
22148208--22148238	11	2.7	12	95	5	55	16	0	0	83	0.64
22148483--22148530	22	2.2	22	88	0	69	29	39	0	31	1.57
22156836--22157009	42	4.2	42	84	0	206	29	18	19	32	1.96
22159795--22159967	43	4.1	43	84	4	217	26	15	26	32	1.95
22166736--22166909	85	2.0	85	100	0	348	43	11	12	32	1.79
22169569--22169596	14	2.0	14	100	0	56	64	14	0	21	1.29
22174408--22174459	13	4.0	13	82	5	61	44	7	1	46	1.43
22174488--22174597	36	3.3	35	67	25	103	42	9	7	40	1.64
22174437--22174617	63	2.9	63	98	0	344	41	8	7	41	1.65
22174616--22174659	23	1.9	23	95	0	79	43	18	0	38	1.50
22174677--22175149	9	52.0	9	72	15	311	44	19	1	34	1.60
22174765--22174859	12	7.6	12	74	21	79	46	22	2	29	1.63
22174702--22174859	76	2.1	76	89	10	247	44	22	2	30	1.66
22174740--22174853	25	4.5	26	75	16	82	47	21	2	28	1.64
22174885--22174951	28	2.4	28	97	0	125	46	14	2	35	1.61
22181623--22181691	21	3.3	21	85	0	93	36	20	42	1	1.61
22182140--22182385	85	3.0	82	83	9	295	26	23	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22182140--22182386	42	6.0	41	85	8	306	25	23	21	29	1.99
22185169--22185194	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
22185171--22185218	24	2.0	25	83	4	62	41	2	2	54	1.24
22185790--22185977	93	2.0	92	87	3	270	44	10	5	39	1.61
22187414--22187446	12	2.6	13	90	4	50	6	27	45	21	1.75
22188465--22188506	20	2.2	19	87	12	59	16	16	2	64	1.40
22193116--22193160	15	3.0	15	90	6	65	33	15	0	51	1.44
22200544--22200582	16	2.5	16	84	15	55	74	2	17	5	1.12
22204866--22204921	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
22204897--22204936	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
22204947--22205141	68	2.9	68	97	1	367	40	4	9	46	1.57
22205016--22205043	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
22205084--22205111	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
22205208--22205251	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
22206424--22206477	24	2.3	24	81	9	67	44	1	0	53	1.11
22206534--22206563	15	1.9	16	93	6	53	53	0	6	40	1.27
22214743--22214791	11	4.3	12	82	5	50	59	4	0	36	1.17
22214759--22214791	11	3.0	11	95	0	57	60	3	0	36	1.12
22214743--22214812	23	3.0	23	79	12	63	58	2	0	38	1.13
22220516--22220575	20	3.0	20	77	17	70	58	0	1	40	1.08
22220530--22220643	11	10.4	11	73	18	87	60	0	2	36	1.11
22220540--22220595	28	2.0	28	89	0	85	58	0	1	39	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22220542--22220652	37	2.9	38	92	5	181	62	0	1	36	1.06
22220519--22220672	17	8.2	17	67	21	69	60	0	1	37	1.08
22220630--22220672	16	2.6	16	81	3	50	62	0	0	37	0.95
22225359--22225398	13	3.1	13	88	0	62	30	7	22	40	1.81
22235289--22235374	40	2.1	41	85	6	122	32	18	27	20	1.96
22235312--22235399	40	2.2	40	83	0	113	32	18	26	22	1.97
22250085--22250119	15	2.3	15	90	0	52	8	20	0	71	1.11
22251662--22251732	25	2.9	25	89	4	83	33	21	2	42	1.67
22251677--22251732	25	2.2	25	100	0	112	33	19	3	42	1.69
22252963--22253010	21	2.4	19	86	6	60	35	6	2	56	1.36
22255730--22255763	17	2.0	17	88	0	50	17	2	2	76	1.04
22258343--22258390	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
22261386--22261679	50	5.7	50	80	4	266	23	28	20	28	1.99
22261379--22261679	99	2.9	101	80	6	302	23	28	19	28	1.98
22266883--22266930	17	2.7	18	80	6	62	66	0	0	33	0.92
22282433--22282493	17	3.5	17	74	12	61	24	26	36	13	1.92
22282430--22282521	35	2.7	35	84	5	116	25	25	36	13	1.91
22283863--22283906	24	1.9	22	86	9	61	54	0	0	45	0.99
22283863--22283906	23	1.9	23	86	9	63	54	0	0	45	0.99
22283957--22284001	15	2.9	15	81	15	56	60	24	2	13	1.45
22290299--22290334	11	3.3	11	88	0	54	38	19	0	41	1.52
22299528--22299565	20	2.0	20	94	5	69	55	7	10	26	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22300035--22300071	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
22302033--22302170	71	2.0	70	82	1	168	28	15	15	40	1.88
22302001--22302160	48	3.4	47	82	7	171	26	16	16	39	1.91
22302007--22302160	24	6.5	24	80	1	121	27	16	16	38	1.91
22302040--22302166	24	5.3	24	83	1	130	28	17	16	37	1.91
22302043--22302173	47	2.8	47	77	5	138	29	16	16	38	1.90
22303566--22303657	37	2.4	40	81	12	106	59	3	4	32	1.33
22311348--22311433	42	2.0	43	84	6	113	25	23	36	15	1.94
22320325--22320393	31	2.2	32	82	12	90	43	4	7	44	1.51
22323243--22323286	19	2.3	19	84	11	54	50	11	18	20	1.77
22323581--22323713	61	2.2	61	88	4	200	40	3	5	50	1.43
22324711--22324817	34	3.1	34	62	10	83	39	20	17	22	1.93
22324629--22324877	68	3.7	68	91	0	399	38	18	20	22	1.93
22327551--22327607	20	2.8	21	71	10	55	29	10	22	36	1.88
22331373--22331420	23	2.0	25	84	8	64	35	8	2	54	1.42
22334632--22334680	24	2.0	24	100	0	98	32	18	0	48	1.48
22336266--22336316	21	2.4	21	80	0	57	31	9	11	47	1.73
22338921--22338954	17	2.0	17	88	0	50	41	11	5	41	1.66
22339695--22339751	26	2.2	26	81	6	62	29	31	0	38	1.58
22346365--22346434	35	2.0	35	94	0	122	34	18	7	40	1.78
22351833--22351897	28	2.3	28	82	10	78	61	1	1	35	1.15
22351848--22351944	29	3.5	28	80	8	108	58	1	7	32	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22353633--22353815	100	1.8	100	87	0	276	27	19	20	32	1.97
22353649--22353830	50	3.6	50	78	1	186	29	19	20	30	1.97
22353862--22354233	132	2.8	132	90	0	582	25	25	20	28	1.99
22355177--22355230	26	2.1	26	85	0	72	55	12	12	18	1.69
22357692--22357932	50	4.7	50	81	6	243	26	22	29	21	1.99
22357692--22357933	100	2.3	103	82	6	285	26	22	29	21	1.99
22365276--22365469	50	3.7	50	85	4	226	26	23	27	22	2.00
22375422--22375456	16	2.2	16	89	0	52	45	20	14	20	1.85
22375705--22375772	34	2.0	34	91	0	109	25	26	25	23	2.00
22376857--22376921	28	2.3	28	82	10	78	61	1	1	35	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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