genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  87  of  204  ( 24458 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26712928--26712994	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
26712963--26713002	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
26719935--26720311	185	2.0	186	95	2	684	33	21	10	34	1.88
26721474--26721515	18	2.3	19	83	4	50	78	4	14	2	1.01
26721474--26721514	19	2.1	20	82	13	50	80	4	12	2	0.97
26722145--26722204	3	20.0	3	100	0	120	33	0	0	66	0.92
26725345--26725387	17	2.6	17	82	10	54	60	9	0	30	1.28
26725345--26725387	16	2.6	17	79	13	54	60	9	0	30	1.28
26741640--26741678	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
26741783--26741811	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
26741898--26741973	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
26747675--26747711	19	1.9	19	88	0	56	56	8	2	32	1.43
26748033--26748352	113	2.8	111	81	9	351	55	15	3	25	1.56
26749010--26749061	24	2.2	24	96	0	95	44	42	5	7	1.57
26755891--26755952	28	2.2	28	97	0	115	30	3	3	62	1.26
26756379--26756423	18	2.5	18	92	0	72	2	60	0	37	1.09
26757864--26757921	30	1.9	30	100	0	116	39	20	13	25	1.90
26759049--26759115	34	1.9	35	84	3	91	47	11	7	32	1.68
26761183--26761246	19	3.4	18	72	22	51	64	1	6	28	1.27
26769449--26769566	33	3.6	33	69	19	111	38	12	20	28	1.89
26769512--26769587	33	2.3	32	77	6	80	35	18	21	25	1.95
26769616--26769692	33	2.3	32	80	6	82	33	18	22	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26780936--26780982	21	2.2	21	100	0	94	34	0	23	42	1.54
26787597--26787659	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
26788365--26788428	30	2.2	30	94	2	112	28	31	3	37	1.73
26796594--26796638	16	2.9	16	87	9	58	48	0	8	42	1.34
26798872--26798896	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
26804708--26804733	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
26807265--26807292	13	2.2	13	100	0	56	46	21	21	10	1.81
26811267--26811474	41	5.1	41	89	0	290	22	26	14	36	1.93
26811302--26811368	20	3.3	20	66	4	62	19	31	13	35	1.90
26820292--26820354	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
26821871--26822469	92	6.5	92	92	1	950	43	16	6	33	1.75
26823952--26824062	25	4.5	25	68	7	84	34	21	23	20	1.97
26824017--26824179	73	2.2	72	80	5	166	36	20	23	20	1.95
26824052--26824207	25	6.3	25	74	11	126	35	19	24	20	1.96
26827391--26827465	9	8.8	8	72	17	53	66	1	1	30	1.08
26827399--26827464	9	7.6	9	73	13	66	66	1	0	31	1.01
26827418--26827465	16	2.8	17	84	9	62	68	0	0	31	0.90
26827392--26827474	18	4.8	17	74	14	71	65	1	2	31	1.13
26827673--26827809	9	14.0	9	68	17	69	58	0	4	36	1.23
26827707--26827756	22	2.3	22	86	3	66	52	2	2	44	1.24
26827748--26827808	19	3.4	17	78	14	68	63	0	3	32	1.10
26827748--26827809	9	6.8	9	81	7	72	62	0	3	33	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26827748--26827809	28	2.2	28	84	15	85	62	0	3	33	1.11
26827965--26828014	24	2.1	24	96	0	91	42	14	0	44	1.44
26828035--26828081	21	2.3	20	85	3	58	19	4	2	74	1.09
26828045--26828092	20	2.3	20	86	10	62	16	4	4	75	1.12
26831944--26832041	44	2.2	45	87	1	135	26	26	15	31	1.96
26832231--26832601	88	4.2	87	84	6	410	29	24	17	28	1.97
26832236--26832557	44	7.3	44	78	7	341	29	24	16	28	1.97
26832235--26832601	176	2.1	176	85	3	488	29	24	17	28	1.97
26836698--26836740	19	2.3	19	84	8	52	44	9	20	25	1.81
26838914--26838992	3	26.7	3	72	19	51	60	3	5	30	1.36
26838914--26838972	22	2.9	20	79	16	59	59	3	6	30	1.40
26838930--26838993	33	1.9	33	84	6	85	62	4	4	28	1.35
26838921--26838972	22	2.5	20	84	12	61	59	3	5	30	1.39
26840320--26840350	14	2.1	15	94	5	55	41	0	3	54	1.16
26840597--26840666	33	2.2	33	84	2	88	38	0	5	55	1.24
26840845--26840911	27	2.5	27	95	2	118	44	0	11	43	1.41
26845186--26846173	507	1.9	507	98	0	1922	31	18	9	40	1.83
26847478--26847527	26	1.9	26	100	0	100	32	20	8	40	1.81
26849593--26849640	10	5.0	10	80	14	57	68	2	0	29	1.01
26849593--26849640	19	2.5	19	83	12	71	68	2	0	29	1.01
26849593--26849638	9	4.9	9	84	7	56	69	2	0	28	1.00
26849593--26849658	18	3.5	19	80	12	73	63	3	1	31	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26856475--26856500	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
26856459--26856530	29	2.4	30	82	11	85	30	1	0	68	0.99
26856494--26856536	11	3.9	11	76	11	52	32	0	0	67	0.91
26856552--26856630	41	1.9	41	89	0	122	21	24	16	37	1.93
26858636--26858724	29	3.0	29	78	6	99	34	19	6	39	1.78
26862020--26862059	21	1.9	21	84	0	53	42	2	17	37	1.63
26867561--26867585	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
26871684--26871749	25	2.6	25	85	4	89	40	21	21	16	1.91
26872710--26872748	5	7.8	5	100	0	78	58	0	0	41	0.98
26877966--26877990	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26880277--26880601	44	7.5	44	70	16	205	28	22	20	29	1.98
26880398--26880558	85	1.9	85	83	7	211	27	22	20	28	1.99
26880219--26880623	129	3.1	129	88	0	587	28	22	19	30	1.98
26880219--26880691	258	1.8	257	83	3	619	28	22	19	29	1.98
26880621--26881474	131	6.5	131	92	0	1377	26	23	19	30	1.98
26880612--26881469	44	19.6	44	66	12	282	26	23	19	30	1.98
26882350--26882385	17	2.1	17	100	0	72	5	16	0	77	0.94
26889807--26889955	48	3.1	48	96	1	266	25	13	20	40	1.88
26889991--26890031	21	2.0	21	95	0	73	31	7	0	60	1.24
26893118--26893160	23	1.9	23	85	4	61	41	25	13	18	1.88
26894064--26894107	21	2.2	21	84	8	56	63	4	22	9	1.42
26894064--26894118	21	2.5	22	78	21	53	67	3	21	7	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26896505--26896552	18	2.6	19	83	9	55	56	2	0	41	1.11
26902235--26902286	24	2.2	24	92	0	86	36	1	9	51	1.46
26907543--26907651	42	2.5	43	85	8	159	9	19	18	53	1.71
26907543--26907649	45	2.5	44	90	4	164	9	19	17	53	1.71
26914337--26914532	96	2.0	96	92	0	320	27	9	24	39	1.85
26927786--26927814	14	2.0	15	93	6	51	27	3	6	62	1.37
26928005--26928049	23	2.0	23	81	0	54	42	0	2	55	1.12
26932660--26933094	133	3.2	135	84	6	563	55	14	2	27	1.52
26932938--26932988	24	2.1	25	88	3	77	60	7	3	27	1.42
26933116--26933406	115	2.5	116	81	4	320	58	16	2	22	1.48
26933389--26933455	34	1.9	36	84	6	93	55	8	0	35	1.32
26934068--26934135	11	6.2	11	78	11	77	19	33	0	47	1.50
26934087--26934151	33	2.0	33	93	0	112	27	29	0	43	1.56
26935998--26936032	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
26936459--26936545	44	2.0	45	90	2	140	37	0	12	49	1.41
26936560--26936664	53	2.0	53	83	3	131	47	25	0	25	1.58
26936606--26936937	23	14.4	23	84	9	437	45	23	1	29	1.63
26936593--26936970	118	3.2	118	84	9	490	45	23	1	29	1.63
26940276--26940627	126	2.8	126	85	5	491	33	22	14	28	1.94
26944436--26944738	125	2.4	126	82	7	339	31	20	17	31	1.96
26951601--26951642	21	2.0	22	85	4	59	59	9	0	30	1.29
26959252--26959338	30	3.0	29	81	10	106	65	0	2	32	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26962165--26962234	37	1.9	37	85	5	99	37	0	1	61	1.05
26962776--26962802	14	1.9	14	100	0	54	66	0	7	25	1.17
26965890--26966006	59	2.0	58	88	6	173	31	12	6	48	1.68
26968288--26968448	58	2.8	58	80	1	162	31	21	24	22	1.98
26969188--26969261	21	3.5	21	81	0	76	33	33	6	25	1.82
26971995--26972045	20	2.7	20	82	8	63	41	0	1	56	1.10
26971989--26972046	25	2.2	28	81	9	68	37	0	1	60	1.07
26986385--26986428	23	1.9	23	95	0	79	13	29	25	31	1.94
26991679--26991734	28	2.0	28	82	6	69	50	7	12	30	1.67
26993330--26993354	13	1.9	13	100	0	50	76	0	16	8	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204