genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18898279--18898362	40	2.2	37	85	6	105	27	17	23	30	1.97
18901265--18901338	26	2.9	25	90	6	112	32	18	9	39	1.83
18901486--18901519	6	5.7	6	89	0	50	11	29	0	58	1.33
18902944--18903122	74	2.4	75	83	9	217	43	8	6	41	1.61
18902944--18903196	75	3.4	75	78	10	250	43	9	5	41	1.61
18904763--18904868	21	5.3	21	70	21	93	50	0	2	46	1.16
18904717--18904868	79	1.9	79	97	0	286	50	0	2	47	1.15
18904788--18904817	15	2.0	15	100	0	60	60	0	0	40	0.97
18904762--18904872	10	11.1	10	67	20	54	50	0	2	46	1.15
18904803--18904895	44	2.1	42	84	9	116	44	0	2	53	1.12
18905582--18905753	85	2.0	85	81	6	197	42	5	9	43	1.59
18906305--18906605	126	2.4	125	89	1	460	29	17	23	28	1.97
18910220--18910389	22	8.6	21	75	20	179	21	0	34	44	1.52
18910241--18910346	7	15.0	7	66	19	51	19	0	34	45	1.51
18910214--18910289	35	2.2	35	90	6	120	19	0	36	43	1.52
18910220--18910367	57	2.6	57	98	1	289	20	0	34	44	1.52
18910902--18910945	18	2.4	18	84	0	61	47	9	27	15	1.76
18912563--18912587	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18912584--18912683	51	2.0	51	86	4	139	46	2	28	24	1.64
18915821--18915862	19	2.3	19	88	12	61	80	4	0	14	0.86
18915822--18915862	18	2.3	18	84	12	57	82	2	0	14	0.76
18921874--18921910	9	4.1	9	85	0	56	40	0	5	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18926339--18926421	23	3.5	22	79	11	76	24	26	19	30	1.98
18932496--18932529	13	2.8	12	87	12	52	32	0	0	67	0.91
18932657--18932726	32	2.4	27	81	13	79	32	0	14	52	1.41
18932655--18932718	32	2.0	32	96	0	119	32	0	15	51	1.44
18933040--18933126	19	4.6	19	72	22	76	65	1	2	31	1.12
18933378--18933440	25	2.5	26	79	10	67	57	1	7	33	1.37
18933425--18933544	10	12.0	10	70	15	63	63	2	4	30	1.26
18933425--18933476	8	5.8	8	82	15	50	69	1	1	26	1.10
18933709--18933776	9	7.3	9	73	17	59	33	1	1	63	1.13
18933709--18933773	28	2.3	28	82	10	71	32	1	1	64	1.12
18933710--18933776	18	3.6	19	78	13	68	32	1	1	64	1.12
18955168--18955354	90	2.1	90	86	2	259	25	20	21	32	1.98
18960835--18960859	5	5.0	5	100	0	50	40	40	0	20	1.52
18963164--18963250	43	2.0	43	97	0	165	26	20	4	48	1.69
18967612--18967699	24	3.6	25	78	7	81	40	19	26	13	1.88
18978119--18978184	11	6.4	11	76	16	61	46	10	0	42	1.38
18978119--18978178	30	2.0	30	93	0	102	48	10	0	41	1.37
18978717--18978744	10	2.8	10	100	0	56	28	10	0	60	1.30
18982378--18982425	24	2.0	24	83	0	60	35	25	16	22	1.95
18982341--18982464	63	2.0	63	86	0	176	29	25	19	25	1.98
18982554--18982655	40	2.5	41	85	6	127	39	17	12	30	1.87
18989655--18989847	43	4.5	42	86	3	269	25	13	25	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18994715--18994784	25	2.8	25	82	0	86	22	20	22	34	1.97
18998086--18998141	25	2.2	25	77	0	58	30	16	25	28	1.96
18998136--18998249	25	4.7	25	69	20	73	37	21	22	18	1.94
18998154--18998249	25	4.0	23	75	11	77	35	22	23	17	1.95
18998155--18998249	48	2.0	49	83	10	124	34	23	24	17	1.96
19000716--19000760	18	2.2	22	85	14	62	60	0	0	40	0.97
19001709--19001764	29	2.0	28	82	6	69	62	1	1	33	1.16
19010918--19010948	5	6.2	5	100	0	62	61	0	0	38	0.96
19010884--19010979	46	2.1	46	88	0	138	51	3	6	39	1.43
19010932--19011009	31	2.5	31	91	0	129	51	1	7	39	1.39
19011737--19011768	3	10.7	3	100	0	64	68	0	31	0	0.90
19015625--19015681	29	1.9	29	85	3	78	42	10	8	38	1.71
19021518--19021585	28	2.4	28	85	0	82	36	19	23	20	1.95
19026131--19026179	17	2.9	17	76	8	55	34	18	2	44	1.61
19033839--19033879	7	5.7	7	85	5	55	60	0	0	39	0.96
19033839--19033879	15	2.9	14	85	7	55	60	0	0	39	0.96
19034157--19034462	41	7.9	41	78	12	322	19	23	28	28	1.98
19034292--19034356	32	2.0	32	100	0	130	18	26	27	27	1.98
19034246--19034463	73	3.0	74	86	1	285	21	23	27	27	1.99
19034281--19034463	74	2.5	73	90	0	267	22	24	25	27	2.00
19035199--19035229	7	4.4	7	95	0	53	19	0	48	32	1.49
19035237--19035268	15	2.1	16	94	5	57	21	0	31	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19035320--19035400	33	2.4	34	80	8	87	18	3	41	35	1.68
19035378--19035435	22	2.6	22	84	10	66	25	0	39	34	1.56
19035702--19035742	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
19035734--19035775	22	1.9	22	90	0	66	21	2	50	26	1.61
19039777--19039844	34	2.0	34	85	8	93	26	19	29	25	1.98
19039872--19039914	22	2.0	22	100	0	86	44	27	18	9	1.80
19054564--19054598	15	2.2	16	90	5	54	25	8	0	65	1.21
19054749--19054774	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19067061--19067099	13	3.1	13	85	7	53	56	10	0	33	1.33
19070034--19070143	22	5.0	22	69	10	82	10	20	23	44	1.83
19070024--19070143	44	2.7	44	83	7	129	10	21	23	44	1.84
19075717--19075777	25	2.3	26	83	8	79	29	22	24	22	1.99
19075731--19076008	25	11.3	24	68	14	104	34	21	25	18	1.96
19075831--19075970	72	1.9	73	82	7	178	33	22	25	19	1.97
19075949--19076023	26	2.9	26	84	4	80	34	24	24	17	1.96
19076964--19077004	16	2.6	16	85	11	57	4	17	4	73	1.19
19077030--19077076	5	9.4	5	100	0	94	59	0	0	40	0.97
19078037--19078190	45	3.4	45	93	0	263	25	21	18	35	1.96
19079554--19079697	41	3.5	41	90	0	225	25	29	17	27	1.97
19079636--19079738	41	2.5	40	83	7	111	28	28	18	25	1.98
19080165--19080407	114	2.1	114	91	3	393	41	14	2	41	1.60
19081383--19081407	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19082640--19082679	20	2.0	21	90	5	64	30	20	30	20	1.97
19087471--19087513	21	2.0	23	86	9	63	44	6	13	34	1.72
19087476--19087519	21	2.0	22	82	4	54	50	4	13	31	1.62
19097272--19097310	19	2.1	19	86	13	55	41	2	2	53	1.28
19097953--19098005	20	2.7	19	80	11	54	54	7	5	32	1.52
19099611--19099650	21	1.9	21	85	10	55	47	0	30	22	1.52
19099586--19099645	30	2.0	30	80	3	68	45	0	35	20	1.51
19099688--19099715	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
19099769--19099799	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
19102062--19102270	43	4.9	43	92	0	328	28	32	19	20	1.97
19102568--19102650	43	2.0	42	87	2	121	43	10	8	37	1.70
19104141--19104171	10	3.1	10	95	0	53	51	12	19	16	1.76
19106219--19106262	21	2.1	21	91	0	70	34	40	0	25	1.56
19106456--19106514	24	2.5	24	86	5	86	61	0	0	38	0.96
19106463--19106513	12	4.3	12	78	11	52	62	0	0	37	0.95
19106573--19106607	8	4.5	8	89	7	54	37	48	0	14	1.44
19106623--19106657	15	2.4	14	86	9	52	40	37	0	22	1.55
19107005--19107285	41	6.9	40	92	2	420	29	34	18	17	1.94
19107333--19107415	39	2.1	40	88	2	123	26	24	15	33	1.95
19119041--19119526	44	10.9	43	70	12	257	33	19	18	28	1.96
19119176--19119554	137	2.8	133	74	14	346	33	17	19	29	1.95
19119450--19119554	44	2.4	44	85	3	131	29	20	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19134960--19135144	46	4.0	46	89	0	280	35	10	25	28	1.89
19142952--19143069	42	2.8	42	81	0	128	16	25	16	41	1.89
19142963--19143041	21	3.8	21	70	0	68	15	21	16	46	1.83
19143011--19143112	42	2.5	41	82	4	116	15	22	17	44	1.87
19143524--19143552	13	2.2	13	100	0	58	31	6	24	37	1.82
19146413--19146473	24	2.6	24	75	12	65	40	6	0	52	1.27
19146718--19146765	24	2.0	24	84	8	62	25	0	2	72	0.95
19153603--19153685	25	3.3	24	86	6	105	19	26	21	32	1.97
19153604--19153733	50	2.6	50	83	6	140	20	23	22	33	1.97
19153619--19153733	25	4.6	25	79	3	90	20	22	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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