genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  38  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13306708--13306794	45	1.9	45	83	0	111	26	11	10	51	1.70
13307671--13308699	100	10.3	100	85	1	1177	29	20	23	27	1.98
13307666--13308699	150	6.9	150	76	2	874	29	19	23	27	1.98
13307660--13308732	50	21.5	50	72	2	677	29	20	23	27	1.98
13308693--13308865	45	3.9	43	81	5	184	32	19	20	27	1.97
13308695--13308865	89	1.9	89	80	2	200	31	19	20	28	1.97
13310531--13310569	18	2.2	18	95	0	69	25	0	0	74	0.82
13310542--13310566	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
13312043--13312187	23	6.3	23	89	0	218	31	26	20	22	1.98
13312413--13312451	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
13318070--13318133	13	4.9	13	96	0	110	39	26	7	26	1.83
13322537--13322578	13	3.2	13	80	16	50	21	0	2	76	0.90
13322536--13322583	18	2.7	18	81	12	55	22	0	4	72	1.01
13323141--13323239	4	24.8	4	95	0	135	43	25	7	24	1.79
13323893--13323934	22	1.9	22	85	9	59	45	14	2	38	1.58
13324858--13324992	4	33.8	4	100	0	270	50	25	0	24	1.50
13326778--13326826	16	3.1	16	96	0	89	36	4	36	22	1.73
13327014--13327048	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13327149--13327310	37	4.2	37	65	13	103	48	4	1	44	1.35
13326994--13327395	120	3.4	120	91	4	654	48	4	1	44	1.35
13327227--13327293	22	3.2	21	71	16	59	52	2	0	44	1.16
13327149--13327353	38	5.4	36	66	14	99	48	5	1	43	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13331278--13331321	17	2.6	17	86	10	56	52	0	4	43	1.22
13336244--13336292	20	2.5	19	83	6	71	57	10	2	30	1.43
13336273--13336314	16	2.5	17	82	14	52	59	2	0	38	1.10
13342466--13342532	33	2.0	33	85	5	91	47	8	14	28	1.75
13350815--13350872	30	1.9	30	89	0	89	29	15	15	39	1.88
13352307--13352364	18	3.5	18	71	26	56	39	0	56	3	1.16
13352302--13352368	13	5.3	13	80	10	68	43	1	52	2	1.25
13352307--13352365	31	1.9	31	89	6	93	38	0	57	3	1.15
13352302--13352368	12	5.3	12	77	13	64	43	1	52	2	1.25
13352302--13352368	25	2.7	26	79	9	77	43	1	52	2	1.25
13355277--13355309	16	2.1	16	100	0	66	69	18	12	0	1.18
13357931--13358053	57	2.1	58	88	4	178	47	7	17	27	1.73
13363864--13363944	39	2.0	40	95	2	146	46	6	6	40	1.54
13369502--13369535	18	2.0	17	88	11	52	61	0	0	38	0.96
13377644--13377707	30	2.1	30	85	5	85	21	7	23	46	1.77
13378009--13378063	2	28.0	2	96	3	103	49	0	0	50	1.00
13378096--13378129	17	2.1	16	88	5	50	64	0	5	29	1.17
13379557--13379592	10	3.7	10	88	3	56	72	0	0	27	0.85
13379551--13379592	20	2.2	19	91	4	66	71	0	0	28	0.86
13380046--13380126	19	4.1	19	88	6	108	40	16	6	37	1.73
13382290--13382353	29	2.1	30	80	11	69	37	6	18	37	1.76
13385088--13385117	13	2.4	13	94	5	53	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13386047--13386087	21	2.0	21	85	9	57	46	2	2	48	1.28
13394249--13394275	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
13398609--13398646	12	3.0	13	78	21	53	65	0	2	31	1.06
13402379--13402931	271	2.0	271	93	0	953	45	15	14	25	1.83
13418406--13418463	9	6.4	9	86	7	82	41	20	8	29	1.82
13428512--13428600	30	2.9	31	70	23	80	52	3	0	43	1.17
13445393--13445444	6	8.5	6	83	12	52	38	0	0	61	0.96
13445374--13445441	19	3.5	19	77	15	68	36	0	0	63	0.95
13445394--13445442	25	1.9	26	91	4	82	36	0	0	63	0.95
13448733--13448769	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
13449878--13449907	10	3.0	10	90	0	51	56	13	0	30	1.37
13455541--13455568	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13460300--13460341	21	2.1	20	86	8	59	33	0	2	64	1.07
13463392--13463453	24	2.9	21	75	15	56	33	16	8	41	1.77
13466585--13466638	23	2.3	23	100	0	108	9	42	16	31	1.80
13467651--13467691	3	13.7	3	92	0	64	31	2	2	63	1.20
13470060--13470097	4	9.5	4	88	0	58	26	5	0	68	1.11
13471014--13471323	109	2.9	109	92	0	507	31	17	16	34	1.92
13483651--13483690	17	2.5	17	88	8	57	37	32	5	25	1.77
13487252--13487310	24	2.5	24	94	0	100	42	0	27	30	1.56
13487360--13487457	17	5.4	17	66	13	61	33	3	12	51	1.55
13487351--13487463	37	3.1	37	94	1	192	33	4	13	48	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13487464--13487591	9	13.6	9	83	11	132	22	7	33	36	1.81
13487464--13487591	20	6.8	18	83	8	132	22	7	33	36	1.81
13487464--13487591	29	4.5	27	82	7	132	22	7	33	36	1.81
13488090--13488130	11	3.7	12	78	15	52	21	2	4	70	1.18
13488156--13488194	18	2.2	18	85	0	51	38	0	7	53	1.30
13488493--13488532	11	3.7	11	83	6	55	72	0	27	0	0.85
13488557--13488595	19	2.0	21	85	10	55	23	2	10	64	1.37
13488641--13488675	3	11.3	3	87	6	52	31	0	5	62	1.18
13488674--13488720	3	15.7	3	100	0	94	0	0	31	68	0.90
13489548--13489624	14	5.0	15	71	20	52	44	14	7	33	1.74
13489552--13489618	34	1.9	35	87	3	100	47	13	7	31	1.70
13490129--13490166	18	2.1	18	90	0	58	34	7	44	13	1.72
13492269--13492311	21	2.0	21	100	0	86	37	27	9	25	1.87
13494835--13494877	22	2.0	22	95	0	77	53	0	9	37	1.33
13495629--13495758	37	3.6	35	73	20	97	1	27	0	70	0.96
13495676--13495796	18	6.9	17	72	22	83	0	28	0	70	0.93
13495669--13495794	36	3.4	39	85	12	183	0	29	0	69	0.94
13495625--13495756	55	2.4	56	78	10	146	1	28	0	69	0.97
13495625--13495808	75	2.5	75	83	10	238	1	30	0	67	0.97
13495698--13495808	37	3.1	36	75	16	113	0	31	0	68	0.90
13495842--13495911	27	2.6	27	93	4	115	15	28	28	27	1.96
13495842--13495920	27	2.9	27	88	0	113	15	30	27	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13495984--13496024	20	2.0	20	100	0	82	56	0	9	34	1.32
13500961--13501045	34	2.5	35	88	3	120	16	10	29	43	1.81
13501829--13501862	17	2.1	17	89	10	54	32	0	32	35	1.58
13506115--13506147	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
13506113--13506181	15	5.1	12	78	16	57	53	2	1	42	1.24
13506123--13506181	15	4.4	13	83	12	66	54	3	1	40	1.27
13506286--13506323	2	19.0	2	88	0	58	52	0	2	44	1.14
13506535--13506597	3	20.7	3	85	3	81	58	1	1	38	1.17
13507712--13507758	24	2.0	24	95	0	85	10	4	38	46	1.58
13507881--13507955	29	2.5	29	78	4	78	49	14	13	22	1.78
13511582--13511620	16	2.4	16	83	8	53	38	5	2	53	1.37
13512801--13512912	43	2.6	43	83	4	147	21	28	30	19	1.98
13516816--13516967	71	2.1	70	85	4	198	43	15	9	32	1.78
13517427--13517614	41	4.6	41	88	0	268	34	24	17	23	1.96
13517427--13517610	82	2.2	82	92	0	305	33	25	17	23	1.96
13523399--13523457	24	2.5	24	78	13	59	64	3	1	30	1.20
13524066--13524123	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
13524079--13524168	19	4.4	19	83	10	99	40	15	7	36	1.76
13524102--13524168	19	3.4	19	90	8	107	38	14	8	37	1.78
13524451--13524861	132	3.1	132	92	0	678	24	23	20	31	1.98
13528752--13528784	15	2.3	14	94	5	57	12	15	0	72	1.12
13528752--13528803	17	3.2	17	84	12	58	13	15	0	71	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13532752--13532804	21	2.5	22	81	12	65	64	5	1	28	1.27
13532733--13532811	25	3.1	25	80	7	79	60	7	2	29	1.37
13532875--13532932	27	2.1	27	81	9	64	75	1	3	18	1.03
13533459--13533532	19	3.7	21	89	10	120	37	13	9	39	1.77
13535711--13535832	25	4.9	25	85	2	147	31	18	30	20	1.96
13535695--13535832	50	2.8	50	83	3	154	30	18	29	21	1.97
13535695--13535833	75	1.9	74	84	4	190	30	17	29	22	1.97
13542047--13542093	24	2.0	24	91	0	76	53	4	6	36	1.46
13542113--13542181	35	2.0	35	91	5	113	27	17	11	43	1.83
13547085--13547125	2	20.5	2	94	0	73	48	2	0	48	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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