genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  49  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16237392--16237542	43	3.5	43	76	8	164	39	19	15	25	1.91
16239443--16239473	16	1.9	16	93	0	53	54	0	6	38	1.26
16241529--16241557	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
16245558--16245623	33	2.0	33	100	0	132	54	6	18	21	1.64
16246595--16246625	16	1.9	16	100	0	62	51	0	3	45	1.17
16246658--16246698	21	2.0	21	85	4	57	60	4	0	34	1.18
16247322--16247456	40	3.4	40	76	5	105	37	20	24	17	1.93
16247499--16247943	41	10.8	41	91	1	595	14	25	27	32	1.95
16251291--16251389	23	4.3	23	90	0	153	32	26	21	20	1.97
16258296--16258394	23	4.3	23	90	0	153	32	26	21	20	1.97
16259719--16259757	16	2.6	15	84	11	53	23	35	5	35	1.77
16259973--16260046	33	2.2	33	92	2	121	32	2	28	36	1.71
16260287--16260324	17	2.2	17	95	0	67	10	36	13	39	1.79
16267699--16267849	66	2.3	65	86	5	205	41	19	23	15	1.90
16267700--16267869	66	2.6	66	84	3	191	41	18	26	13	1.88
16267841--16267912	21	3.4	21	78	3	74	38	18	38	4	1.70
16267851--16267952	42	2.4	42	77	9	109	39	16	40	3	1.67
16267901--16267952	21	2.5	21	83	0	68	38	15	42	3	1.65
16268260--16268465	43	4.7	42	84	8	236	19	18	30	31	1.96
16268259--16268465	89	2.4	85	83	10	249	20	18	30	30	1.96
16268655--16268698	22	2.0	22	95	0	79	38	27	20	13	1.90
16270110--16270138	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16278719--16278760	18	2.2	20	87	8	61	40	0	0	59	0.97
16278719--16278765	18	2.4	19	82	10	60	42	0	0	57	0.98
16279648--16279697	23	2.2	23	89	7	75	52	4	0	44	1.20
16279881--16279909	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
16280451--16280511	30	2.0	30	100	0	122	57	16	0	26	1.39
16290126--16290172	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
16293926--16293991	3	22.0	3	71	0	51	30	3	6	60	1.36
16298473--16298508	3	12.3	3	88	5	56	63	0	36	0	0.94
16298678--16298982	22	14.1	21	74	17	234	31	0	12	55	1.41
16298812--16299058	49	5.1	47	74	21	180	31	0	14	53	1.44
16298880--16299001	49	2.5	48	92	4	201	31	0	12	54	1.43
16298880--16299006	27	5.1	26	79	18	146	32	0	12	54	1.44
16298676--16298985	19	16.5	19	67	22	156	31	0	12	55	1.42
16299047--16299168	60	2.0	60	85	3	165	30	0	14	54	1.47
16300581--16300625	22	2.1	21	91	4	72	0	33	2	64	1.06
16300691--16300766	27	2.8	28	86	4	95	21	36	23	18	1.95
16314404--16314465	17	3.5	17	79	16	81	46	11	6	35	1.65
16314392--16314465	36	2.1	36	100	0	148	47	13	5	33	1.66
16314392--16314449	19	3.2	19	76	18	77	46	15	5	32	1.68
16316630--16316667	18	2.1	18	90	0	58	23	15	18	42	1.89
16319958--16320235	46	6.0	46	93	2	450	28	26	9	35	1.87
16327552--16327596	22	2.0	24	91	8	76	24	22	0	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16328077--16328115	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
16328861--16328912	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
16328846--16328912	34	2.1	34	86	8	95	44	1	2	50	1.26
16328971--16329076	36	3.1	34	72	20	87	56	1	0	40	1.16
16329052--16329107	17	3.4	16	90	5	85	62	0	1	35	1.06
16329000--16329107	8	13.2	8	67	21	55	57	0	1	39	1.16
16329638--16329687	20	2.3	23	86	10	70	60	12	0	28	1.32
16335409--16335441	13	2.4	14	85	10	50	39	0	0	60	0.97
16335366--16335448	22	3.4	23	75	18	71	40	1	3	54	1.26
16340572--16340612	21	2.1	18	86	13	55	51	0	2	46	1.14
16350568--16350595	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
16352481--16352603	21	6.0	21	77	3	133	16	21	18	43	1.88
16352473--16352600	42	3.1	42	84	4	163	16	21	17	44	1.86
16354787--16354844	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
16356897--16357035	46	3.0	46	94	0	242	28	25	9	35	1.87
16364278--16364406	58	2.2	60	80	5	138	24	14	18	41	1.88
16366071--16366115	22	2.0	22	82	0	54	33	24	20	22	1.97
16367853--16367897	5	9.0	5	92	7	74	57	0	0	42	0.98
16371497--16371541	13	3.3	13	90	6	63	40	0	13	46	1.43
16376016--16376229	46	4.8	46	88	9	345	32	15	21	30	1.95
16376058--16376228	84	2.0	84	98	0	333	32	16	21	29	1.96
16399777--16399827	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16401125--16401158	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
16404052--16404148	27	3.5	27	85	2	122	32	24	17	24	1.97
16404244--16404318	35	2.1	35	100	0	150	25	28	10	36	1.89
16404503--16404545	21	2.0	21	82	8	52	65	16	2	16	1.38
16406594--16406666	23	3.2	23	94	0	128	30	27	20	21	1.98
16406893--16406933	18	2.3	18	88	12	59	43	19	0	36	1.51
16411703--16411789	43	2.0	43	97	0	165	44	5	0	49	1.26
16411757--16411810	28	1.9	28	84	0	72	42	1	1	53	1.22
16411708--16411800	43	2.2	42	90	5	150	46	4	1	48	1.29
16413507--16413556	21	2.4	20	80	9	55	38	4	22	36	1.73
16414090--16414157	29	2.3	30	77	10	77	22	16	20	41	1.90
16414097--16414152	29	1.9	29	85	7	78	25	16	19	39	1.91
16415060--16415127	29	2.3	29	80	7	75	41	20	16	22	1.90
16416876--16416948	28	2.6	29	95	4	139	61	0	0	38	0.96
16416943--16416987	9	4.8	9	78	10	54	62	0	2	35	1.08
16416942--16416981	20	2.0	20	90	0	62	57	0	2	40	1.12
16416877--16416991	28	4.1	26	85	9	88	60	0	0	39	1.03
16423461--16423485	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16423524--16423565	12	3.5	12	75	12	50	9	11	0	78	0.96
16424471--16424498	13	2.2	13	100	0	56	50	7	0	42	1.30
16425377--16425429	25	2.1	25	83	13	65	28	35	0	35	1.58
16438750--16438780	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16438889--16438948	20	3.0	20	87	4	77	36	3	0	60	1.14
16438953--16439004	19	2.7	19	82	11	61	40	1	3	53	1.30
16438953--16439022	20	3.5	20	84	7	81	40	1	7	51	1.38
16441146--16441213	33	2.1	33	100	0	136	17	29	17	35	1.93
16446243--16446300	30	1.9	30	85	0	80	41	12	3	43	1.59
16450003--16450054	25	2.1	25	81	0	59	17	51	11	19	1.75
16450025--16450179	45	3.4	45	90	0	229	16	50	9	22	1.74
16450703--16450735	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
16459165--16459206	13	3.2	13	74	12	50	11	9	11	66	1.44
16463348--16463419	9	7.4	9	77	20	58	70	0	1	27	0.95
16463298--16463457	40	3.7	40	75	21	144	63	0	3	33	1.10
16463332--16463441	51	2.2	51	91	3	177	61	0	2	35	1.10
16463386--16463417	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
16463354--16463401	11	4.3	11	82	12	53	68	0	2	29	1.01
16463417--16463441	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
16471198--16471226	12	2.3	13	94	5	51	68	13	0	17	1.20
16471437--16471550	3	39.0	3	83	6	137	64	0	4	29	1.18
16473102--16473806	99	7.1	98	85	4	853	24	20	22	32	1.98
16473382--16473534	49	3.1	49	70	5	164	22	18	24	34	1.96
16473116--16473794	50	13.7	50	67	6	331	24	20	22	31	1.98
16473102--16473806	199	3.6	198	85	2	912	24	20	22	32	1.98
16483970--16484019	24	2.1	24	100	0	100	24	22	20	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16486197--16486297	3	34.7	3	79	7	102	63	0	5	29	1.25
16487521--16487565	23	2.0	23	82	4	56	64	6	0	28	1.19
16490794--16491136	104	3.2	106	89	5	523	39	13	17	29	1.89
16491951--16492605	111	6.0	109	82	8	782	38	12	15	32	1.86
16491951--16492605	217	3.0	216	87	5	856	38	12	15	32	1.86
16492533--16492682	83	1.8	79	84	5	201	45	15	9	30	1.77
16492764--16492989	109	2.1	109	90	2	355	27	15	13	42	1.85
16492982--16493013	16	2.0	16	93	0	55	0	21	0	78	0.76
16493575--16493663	44	2.0	45	93	2	153	25	21	15	37	1.93
16505151--16505185	17	1.9	19	88	11	56	42	5	14	37	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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