genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  68  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21551230--21551287	30	1.9	30	86	6	82	41	3	25	29	1.72
21551499--21551530	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
21551625--21551867	50	4.8	50	92	0	387	25	23	30	20	1.98
21557019--21557049	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
21557092--21557147	3	18.7	3	92	7	96	66	1	0	32	1.03
21557560--21557712	22	7.0	22	90	0	225	32	14	26	26	1.94
21558239--21558266	12	2.3	12	100	0	56	10	25	32	32	1.90
21558546--21558570	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
21559162--21559216	28	1.9	29	88	3	85	69	7	3	20	1.28
21564188--21564243	29	1.9	29	88	0	85	23	33	25	17	1.96
21569233--21569277	23	2.0	23	82	8	56	40	8	2	48	1.47
21573960--21574008	11	4.6	11	76	19	50	73	14	10	2	1.18
21573960--21574009	12	4.6	11	76	19	52	74	14	10	2	1.16
21587181--21587218	15	2.5	15	83	8	51	47	5	7	39	1.55
21591556--21592019	232	2.0	232	95	0	829	36	23	13	26	1.92
21593309--21593361	22	2.4	22	83	0	70	43	9	16	30	1.80
21592981--21593718	312	2.4	312	95	0	1332	36	22	14	26	1.93
21593613--21593673	22	2.8	22	76	0	68	42	13	18	26	1.86
21594818--21594877	25	2.5	24	79	12	70	71	1	20	6	1.17
21594821--21594873	26	2.1	24	86	6	70	71	1	18	7	1.19
21597035--21597189	68	2.3	68	89	0	229	29	25	14	30	1.95
21599020--21599100	25	3.2	24	84	10	101	16	20	24	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21603257--21603288	14	2.1	16	88	11	50	28	21	6	43	1.77
21604275--21604308	2	16.5	2	93	6	59	50	2	0	47	1.16
21605018--21605049	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
21605274--21605388	43	2.7	43	80	10	121	33	26	18	20	1.96
21611919--21611948	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
21612913--21613027	43	2.7	43	78	10	112	34	26	17	20	1.95
21615657--21615708	22	2.5	20	76	17	52	65	1	3	28	1.21
21615699--21615740	18	2.2	20	80	16	54	47	2	0	50	1.14
21621950--21621990	21	2.0	21	90	0	64	70	9	0	19	1.14
21623361--21623394	15	2.3	15	90	10	52	32	11	0	55	1.36
21630269--21630304	13	2.8	13	91	0	63	36	38	8	16	1.79
21630675--21630717	23	1.9	22	86	13	61	0	16	4	79	0.90
21631462--21631582	45	2.6	46	81	6	138	39	5	2	52	1.39
21631463--21631619	24	6.9	23	72	13	119	38	8	1	50	1.43
21636472--21636502	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
21639432--21639779	89	3.8	91	71	13	239	30	17	21	31	1.96
21639601--21639743	48	3.0	47	71	11	123	32	18	20	27	1.97
21639435--21639823	180	2.2	175	83	8	462	30	18	21	29	1.97
21640032--21640070	19	1.9	19	90	10	60	69	17	0	12	1.19
21643110--21643169	31	1.9	31	82	0	75	40	18	8	33	1.80
21648156--21648197	11	4.1	10	79	14	50	64	2	2	30	1.19
21648567--21648612	20	2.2	21	85	11	60	32	0	4	63	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21652037--21652156	40	3.0	40	78	12	95	20	29	27	23	1.98
21656751--21656785	17	2.0	18	88	5	54	14	40	28	17	1.88
21658592--21658622	10	3.1	10	95	0	53	35	0	35	29	1.58
21658950--21659050	51	2.0	51	88	0	148	32	17	21	27	1.96
21659929--21660063	11	13.1	11	69	22	73	38	2	0	58	1.13
21659920--21660047	42	3.2	40	89	8	188	34	3	0	62	1.11
21659980--21660063	30	2.7	31	87	10	120	40	2	0	57	1.12
21663615--21663676	8	7.8	8	96	0	115	50	0	14	35	1.43
21667434--21667467	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
21673029--21673068	20	2.0	20	95	0	71	52	5	17	25	1.64
21674953--21674982	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
21674978--21675003	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
21680490--21680530	3	13.7	3	84	0	55	34	2	2	60	1.23
21680666--21680715	9	5.7	9	79	11	50	22	6	2	70	1.20
21680665--21680726	18	3.4	18	76	14	56	22	4	3	69	1.22
21681918--21681955	11	3.4	11	88	3	58	55	0	2	42	1.14
21681904--21681991	10	8.9	10	71	20	60	55	0	2	42	1.12
21681939--21682042	9	11.8	9	71	14	65	59	0	1	38	1.08
21681904--21682043	35	3.7	37	83	11	162	58	0	2	39	1.10
21682015--21682055	15	2.7	16	77	11	50	60	0	0	39	0.96
21682567--21682595	15	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
21682738--21682800	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21683162--21683196	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
21688697--21688725	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21688723--21688766	21	2.0	21	86	4	61	75	2	13	9	1.14
21690723--21690863	3	45.3	3	77	14	135	62	3	2	31	1.27
21692178--21692688	50	10.2	50	66	5	230	24	24	21	29	1.99
21692144--21692732	100	5.9	100	86	2	729	25	24	21	28	1.99
21692144--21692737	299	2.0	299	86	3	831	25	24	20	28	1.99
21692178--21692793	199	3.1	200	83	3	562	25	25	20	28	1.99
21693683--21693726	23	1.9	23	95	0	79	27	13	6	52	1.66
21694367--21694424	15	3.9	15	75	13	57	15	3	6	74	1.17
21694367--21694406	20	2.0	20	85	5	53	17	2	5	75	1.10
21694367--21694440	14	5.0	15	79	8	71	13	2	6	77	1.08
21694389--21694441	15	3.4	16	75	14	58	9	1	7	81	0.96
21695231--21695290	25	2.4	25	83	8	70	58	5	16	20	1.56
21698804--21698883	27	2.8	28	81	10	92	56	1	6	36	1.33
21699029--21699145	3	37.3	3	77	14	112	62	3	3	30	1.28
21700564--21700610	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
21701459--21701505	22	2.0	24	84	8	62	48	4	19	27	1.67
21703586--21703621	18	2.0	18	94	0	63	30	5	13	50	1.65
21708303--21708336	15	2.2	16	89	5	52	70	11	14	2	1.27
21710012--21710205	98	2.0	98	95	0	352	27	9	25	37	1.86
21722334--21722530	98	2.0	98	95	0	358	28	8	24	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21724783--21725190	204	2.0	204	93	0	690	31	21	8	39	1.83
21725892--21725941	20	2.3	21	83	10	57	42	20	4	34	1.70
21732241--21732278	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
21732973--21733026	9	6.4	9	80	16	55	38	1	1	57	1.20
21739086--21739123	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
21740204--21740254	18	2.8	18	74	14	59	39	5	5	49	1.51
21740852--21740891	17	2.4	16	88	12	55	45	5	0	50	1.23
21744995--21745376	54	7.1	54	81	3	414	43	21	18	16	1.88
21744995--21745387	27	14.7	27	77	8	324	42	21	18	17	1.89
21745529--21745591	26	2.4	26	86	0	90	15	22	25	36	1.94
21745698--21745791	28	3.4	28	83	1	109	22	21	25	30	1.98
21755137--21755170	4	8.8	4	87	6	52	76	0	20	2	0.92
21758403--21758427	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
21772341--21772437	20	4.8	20	73	8	74	13	24	19	42	1.87
21772341--21772457	60	2.0	60	80	0	135	16	24	17	41	1.89
21776952--21776981	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
21777771--21777824	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
21783374--21783398	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
21785757--21785815	30	1.9	32	86	6	86	38	8	8	44	1.65
21786789--21786860	22	3.3	22	94	0	117	30	16	27	25	1.97
21787895--21788005	50	2.2	50	83	1	132	32	11	11	44	1.77
21788078--21788144	27	2.5	27	78	4	73	17	23	34	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21790981--21791034	18	3.2	18	70	20	62	64	0	5	29	1.16
21790984--21791034	14	3.0	19	65	28	51	62	0	5	31	1.19
21793017--21793055	16	2.5	16	95	4	71	61	5	0	33	1.18
21793262--21793326	21	3.0	21	72	16	69	58	3	0	38	1.14
21793297--21793408	57	1.9	58	83	5	147	39	9	16	34	1.81
21794206--21794232	14	1.9	14	100	0	54	18	0	29	51	1.46
21794841--21794875	17	2.1	17	94	0	61	68	17	0	14	1.21
21805402--21805489	44	2.0	44	100	0	176	29	9	6	54	1.58
21816860--21816930	31	2.3	30	83	4	97	42	15	9	32	1.80
21818469--21818540	26	2.8	25	74	15	76	18	25	19	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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