genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  92  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28076646--28076927	100	2.8	100	85	3	366	22	29	21	27	1.99
28076646--28076927	150	1.8	152	84	4	379	22	29	21	27	1.99
28081895--28082004	32	3.5	32	82	1	141	36	21	20	20	1.95
28082171--28082253	24	3.5	23	80	4	85	46	24	6	22	1.74
28082266--28082513	81	3.1	81	86	1	354	25	20	18	35	1.96
28082264--28082513	27	9.3	27	83	1	304	25	20	19	35	1.96
28088800--28088835	17	2.1	17	100	0	72	33	19	22	25	1.97
28096157--28096185	15	1.9	15	100	0	58	31	6	13	48	1.69
28104715--28104750	18	2.0	18	100	0	72	38	0	22	38	1.54
28119953--28120046	47	2.0	47	87	4	136	46	19	21	12	1.82
28122082--28122187	46	2.4	46	90	4	164	31	24	2	41	1.69
28124558--28124627	33	2.1	33	91	0	113	27	10	20	42	1.83
28134472--28134514	20	2.2	20	86	0	59	44	20	6	27	1.77
28135756--28135790	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
28142452--28142515	30	2.1	31	94	2	112	32	0	0	67	0.91
28142465--28142515	10	5.1	10	79	6	50	29	0	0	70	0.87
28144281--28144629	123	2.8	123	93	0	581	32	22	15	28	1.95
28144786--28144843	29	2.0	29	82	0	71	37	20	17	24	1.93
28145104--28145152	15	3.2	16	80	11	59	26	0	4	69	1.06
28147044--28147077	16	2.0	17	88	11	52	23	5	14	55	1.61
28147044--28147078	18	2.0	18	88	5	54	22	5	14	57	1.59
28153351--28153538	61	3.1	60	68	19	174	48	6	2	43	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28153314--28153611	120	2.5	121	94	1	510	49	4	2	43	1.36
28153456--28153490	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28153412--28153600	59	3.2	58	68	19	163	50	4	3	42	1.37
28153627--28153923	91	3.3	91	95	0	524	46	3	3	46	1.37
28153652--28153884	44	5.2	43	70	18	179	48	3	2	45	1.31
28155365--28155411	16	2.9	16	100	0	94	25	6	10	57	1.56
28155424--28155544	64	1.9	64	96	0	224	31	7	9	52	1.61
28164183--28164223	21	2.0	20	85	4	55	43	12	12	31	1.79
28164554--28164928	187	2.0	187	93	0	642	36	14	14	34	1.87
28165711--28165787	22	3.4	22	67	13	66	36	25	2	35	1.70
28165698--28165792	46	2.1	46	95	0	172	42	23	2	32	1.66
28169677--28169753	22	3.4	22	67	13	66	36	25	2	35	1.70
28169664--28169758	46	2.1	46	95	0	172	42	23	2	32	1.66
28174142--28174375	117	2.0	117	99	0	459	16	10	14	58	1.63
28174928--28174969	23	1.9	21	90	9	66	52	14	9	23	1.71
28179181--28179556	123	3.0	125	92	2	614	29	16	22	31	1.96
28182680--28182747	17	3.8	17	71	16	57	48	1	5	44	1.36
28182566--28182809	116	2.1	116	95	1	436	44	6	9	40	1.61
28182803--28182985	23	8.0	22	81	9	192	27	0	22	49	1.54
28182973--28183017	17	2.9	15	84	12	63	24	0	22	53	1.46
28182973--28183017	15	2.9	16	87	12	67	24	0	22	53	1.46
28182979--28183015	17	2.2	16	95	4	65	18	0	21	59	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28183005--28183132	23	5.7	23	69	17	106	27	0	23	48	1.56
28183028--28183104	22	3.5	22	75	16	77	23	1	27	48	1.59
28183034--28183107	24	3.3	22	68	15	62	25	0	25	48	1.51
28182812--28183149	45	7.2	45	77	15	296	26	0	24	48	1.55
28183178--28183225	25	1.9	25	95	0	87	39	16	0	43	1.48
28183653--28183692	18	2.2	18	95	0	71	40	7	30	22	1.81
28184343--28184367	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
28184538--28184575	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
28185465--28185495	11	2.8	11	100	0	62	64	0	0	35	0.94
28185501--28185531	11	2.8	11	90	0	53	51	6	22	19	1.69
28185535--28185574	11	3.6	11	93	6	64	42	0	35	22	1.54
28192486--28192522	5	7.6	5	93	6	67	62	0	0	37	0.96
28193533--28193576	20	2.2	20	84	12	54	36	0	2	61	1.09
28194270--28194352	10	8.8	9	69	18	53	61	3	3	31	1.30
28194270--28194316	19	2.5	20	80	16	55	63	4	2	29	1.25
28197151--28197206	27	2.0	28	82	10	69	37	1	1	58	1.19
28201660--28201698	11	3.4	11	83	13	51	56	2	0	41	1.13
28215461--28215490	15	1.9	16	93	6	53	26	10	3	60	1.45
28222988--28223030	20	2.2	20	95	0	77	53	2	13	30	1.53
28227410--28227442	15	2.2	15	100	0	66	51	30	6	12	1.63
28230722--28230758	18	2.1	18	100	0	74	32	16	5	45	1.70
28233002--28233026	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28234536--28234573	17	2.2	17	90	0	58	36	5	10	47	1.61
28237677--28237792	39	3.0	39	87	0	160	35	10	12	42	1.76
28241089--28241128	21	1.9	21	84	0	53	77	0	17	5	0.94
28244263--28244361	39	2.5	39	90	0	153	34	12	11	42	1.78
28250130--28250257	28	4.6	28	93	0	202	33	24	9	32	1.87
28250127--28250257	56	2.3	56	94	0	226	32	24	9	32	1.88
28255732--28255767	18	1.9	18	88	5	54	36	8	0	55	1.30
28255801--28255839	18	2.2	18	86	9	53	41	0	2	56	1.13
28257446--28257518	37	1.9	37	86	5	101	45	6	4	43	1.49
28260613--28260663	15	3.4	15	72	20	52	47	1	1	49	1.24
28261659--28261690	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
28274242--28274277	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
28274258--28274348	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
28274496--28275077	121	4.8	121	95	1	1017	48	6	2	43	1.39
28274496--28275077	243	2.4	243	94	1	1028	48	6	2	43	1.39
28275030--28275098	16	4.4	16	74	20	74	40	10	0	49	1.37
28278675--28278744	20	3.3	20	68	24	63	50	4	1	44	1.30
28278652--28278769	43	2.7	43	97	0	227	48	4	2	44	1.35
28279767--28279822	21	2.6	21	88	2	76	37	25	14	23	1.92
28285098--28285194	29	3.2	29	88	9	149	30	4	14	50	1.61
28285097--28285194	32	3.2	30	88	9	153	30	4	14	51	1.61
28288773--28289033	69	3.8	69	78	4	161	19	20	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28288859--28289063	69	3.0	69	81	1	232	20	21	23	33	1.97
28295510--28295547	17	2.2	17	86	9	51	44	18	0	36	1.50
28295471--28295642	89	1.9	89	89	0	263	39	17	12	30	1.86
28297269--28297316	21	2.3	21	88	0	69	37	2	8	52	1.44
28300271--28300373	50	2.1	50	85	3	136	31	27	22	19	1.98
28300221--28300430	113	1.9	113	81	6	255	31	29	19	20	1.96
28300321--28300466	63	2.3	63	86	0	202	31	30	19	18	1.96
28305109--28305206	12	8.1	12	68	24	55	51	1	4	43	1.27
28305109--28305206	17	5.8	17	71	20	71	51	1	4	43	1.27
28306792--28307178	43	9.0	43	91	0	603	29	26	21	22	1.99
28307244--28307273	14	2.1	14	93	0	51	53	36	0	10	1.35
28307482--28307539	21	2.8	21	86	0	80	6	46	17	29	1.74
28307587--28307626	21	1.9	21	89	0	62	5	45	15	35	1.68
28307592--28307637	21	2.2	21	84	0	56	6	41	15	36	1.73
28312456--28312509	27	2.0	28	96	3	101	55	3	3	37	1.35
28314433--28314477	23	2.0	23	82	8	56	40	31	6	22	1.80
28316137--28316245	41	2.7	40	78	4	101	24	32	23	19	1.98
28316362--28316708	116	3.0	113	88	2	505	27	21	23	27	1.99
28316698--28316837	40	3.5	40	75	11	110	19	19	22	38	1.93
28317635--28317736	50	2.1	50	87	5	145	17	11	9	60	1.57
28320668--28322737	265	7.9	264	83	2	2391	29	16	16	37	1.91
28320710--28322737	526	3.9	526	83	3	2390	30	16	16	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28326880--28326915	17	2.1	17	89	0	54	50	0	11	38	1.38
28326902--28326955	9	6.0	9	84	0	63	46	0	1	51	1.11
28326904--28326967	18	3.6	18	80	2	67	46	0	1	51	1.10
28332394--28332463	27	2.5	28	81	2	88	51	20	1	27	1.56
28344928--28344988	28	2.1	29	84	3	79	65	1	0	32	1.02
28345904--28345933	9	3.4	9	90	9	53	90	0	0	10	0.47
28345904--28345934	8	3.8	8	95	4	53	87	0	0	12	0.55
28345862--28345934	37	2.0	36	84	5	94	69	0	1	28	0.96
28349685--28349737	27	1.9	28	84	3	72	50	1	3	43	1.30
28352639--28352698	18	3.3	18	90	0	93	31	31	11	25	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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