genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8823104--8823153	21	2.4	21	89	0	73	6	38	16	40	1.73
8823121--8823160	21	1.9	21	89	0	62	10	45	12	32	1.75
8825745--8826246	114	4.4	114	85	4	577	26	23	23	26	2.00
8830409--8830453	19	2.3	19	84	3	54	62	2	0	35	1.08
8830417--8830461	20	2.2	21	88	7	67	57	0	0	42	0.98
8830417--8830466	19	2.6	19	87	6	66	56	0	0	44	0.99
8830453--8830491	19	2.1	19	85	9	53	41	0	0	58	0.98
8830608--8830633	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8830705--8830756	22	2.4	22	73	0	59	38	7	3	50	1.50
8831855--8831894	20	2.0	20	85	0	53	37	0	5	57	1.21
8832282--8832347	23	3.0	23	89	8	93	31	3	0	65	1.08
8834288--8834331	13	3.2	14	84	12	56	59	0	0	40	0.98
8839842--8839946	37	2.8	37	81	5	122	40	18	4	37	1.71
8850723--8850825	49	2.1	49	90	0	161	31	9	10	48	1.70
8852255--8852445	61	3.2	61	71	11	212	43	1	4	50	1.32
8852290--8852466	38	4.2	44	64	25	107	44	1	3	50	1.25
8852211--8852481	120	2.3	120	98	0	524	44	1	3	50	1.26
8852268--8852443	38	4.5	38	67	18	119	44	1	4	49	1.33
8852405--8852434	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
8852426--8852460	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8852426--8852479	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
8852291--8852476	61	3.1	61	69	12	193	44	1	3	51	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8862257--8862294	9	4.2	9	96	0	67	55	28	13	2	1.51
8873278--8873359	22	3.7	22	86	0	119	26	14	28	30	1.95
8874319--8874362	5	8.6	5	80	5	52	38	0	18	43	1.50
8874800--8874863	26	2.5	26	92	2	112	20	23	20	35	1.96
8874859--8874911	24	2.2	24	83	6	63	18	24	22	33	1.97
8880016--8880056	17	2.4	17	83	0	55	41	7	4	46	1.53
8887754--8887827	10	7.2	10	71	10	51	37	1	1	59	1.14
8887938--8887969	16	2.0	16	93	0	55	65	0	3	31	1.08
8893939--8893978	19	2.1	19	90	4	62	70	5	5	20	1.26
8895984--8896074	46	2.0	46	97	0	173	19	19	4	56	1.59
8897706--8897809	42	2.5	43	86	9	151	42	16	24	17	1.88
8897700--8897820	21	5.8	21	67	3	64	43	16	21	18	1.87
8901628--8901852	123	1.8	124	93	0	389	42	7	6	43	1.58
8927744--8927790	24	2.0	24	86	0	67	31	6	21	40	1.78
8934968--8935007	6	6.7	6	94	0	53	10	0	52	37	1.35
8934968--8935007	12	3.3	12	89	0	62	10	0	52	37	1.35
8952846--8952965	42	2.8	42	82	2	134	28	16	23	31	1.96
8953554--8953635	23	3.5	23	69	12	76	29	17	15	37	1.91
8953526--8953734	25	8.5	26	66	15	106	25	15	14	44	1.85
8953507--8953710	98	2.1	96	88	3	293	25	15	15	43	1.86
8953507--8953710	48	4.2	48	89	3	293	25	15	15	43	1.86
8954403--8954427	13	1.9	13	100	0	50	20	0	16	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8958845--8958912	33	2.1	33	94	5	120	42	32	5	19	1.75
8966617--8966650	9	3.7	9	88	7	50	26	44	23	5	1.76
8981835--8981901	25	2.7	25	95	0	116	26	26	19	26	1.99
8982708--8982756	15	3.3	15	81	18	66	32	10	0	57	1.32
8982709--8982767	29	2.1	27	84	15	75	32	10	0	57	1.32
8987592--8987739	36	3.8	36	77	16	143	29	22	12	36	1.90
8987569--8987739	82	2.1	81	91	1	270	29	21	14	34	1.93
8992769--8992878	21	5.2	21	67	4	78	40	16	26	17	1.90
8992739--8992883	42	3.5	42	80	0	155	40	17	24	17	1.91
8992870--8992938	20	3.4	20	91	2	102	53	15	13	17	1.73
9001897--9001951	28	1.9	29	82	10	69	36	1	0	61	1.06
9001911--9001956	14	3.3	15	82	11	62	30	0	0	69	0.89
9001912--9001958	22	2.1	22	84	7	60	27	0	0	72	0.85
9004726--9004794	29	2.4	27	79	15	75	8	65	1	24	1.30
9004934--9004967	6	5.8	6	89	3	52	26	2	70	0	1.01
9004934--9004967	18	1.9	17	94	5	59	26	2	70	0	1.01
9005004--9005072	21	3.3	21	75	18	63	40	5	0	53	1.25
9005004--9005047	20	2.2	20	84	15	56	43	6	0	50	1.29
9007158--9007187	4	7.5	4	100	0	60	26	0	23	50	1.50
9008591--9008637	19	2.5	19	80	10	53	27	6	2	63	1.30
9008621--9008686	29	2.3	29	82	7	80	40	3	0	56	1.15
9008630--9008696	30	2.3	29	84	7	82	38	2	1	56	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9019677--9019788	55	2.0	55	100	0	224	22	16	26	33	1.96
9023570--9023754	47	3.6	53	75	12	170	29	5	8	56	1.52
9027504--9027532	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
9044614--9044664	18	2.8	18	80	14	59	31	0	3	64	1.11
9044642--9044723	10	8.2	10	73	10	53	31	3	2	62	1.26
9044675--9044726	20	2.6	21	81	9	72	36	3	1	57	1.28
9044685--9044769	10	8.8	10	73	19	58	36	4	2	56	1.33
9050678--9050743	3	22.3	3	96	3	125	33	0	0	66	0.92
9053511--9053577	33	2.0	33	100	0	134	35	14	19	29	1.92
9058354--9058392	17	2.2	18	90	4	62	74	0	25	0	0.82
9059072--9059165	36	2.5	35	79	14	100	43	2	23	30	1.65
9060369--9060410	13	3.3	12	83	16	50	71	0	21	7	1.09
9064458--9064504	3	16.3	3	79	16	55	29	0	2	68	1.02
9064783--9064813	15	2.1	15	93	0	53	19	9	0	70	1.14
9068635--9068674	20	2.0	20	90	0	62	32	27	12	27	1.93
9075917--9076191	50	5.5	50	69	7	191	29	21	25	24	1.99
9075909--9076199	100	2.9	100	92	1	485	30	20	24	24	1.99
9075956--9076225	50	5.4	50	72	1	236	29	20	25	24	1.99
9077939--9077991	3	18.3	3	81	14	67	30	0	1	67	1.01
9078328--9078358	15	2.1	15	93	0	53	19	9	0	70	1.14
9081189--9081233	23	2.0	23	91	8	74	28	6	26	37	1.82
9085934--9085974	21	2.0	21	85	4	57	46	4	7	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9094138--9094167	12	2.5	12	100	0	60	60	0	13	26	1.34
9110754--9110796	12	3.5	12	75	6	50	55	4	4	34	1.41
9116465--9116512	21	2.2	22	77	3	53	31	4	6	58	1.42
9118795--9119430	103	6.0	103	86	8	754	38	14	16	30	1.88
9118859--9119430	107	5.3	106	89	5	852	38	14	15	30	1.88
9119858--9119924	29	2.3	29	77	10	75	29	2	8	58	1.44
9122328--9122358	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
9122412--9122448	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
9122625--9122684	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
9122761--9122805	17	2.6	18	82	13	58	22	24	0	53	1.46
9123974--9124009	19	1.9	19	88	5	56	66	5	5	22	1.34
9129375--9129401	14	1.9	14	100	0	54	40	7	7	44	1.60
9135684--9135774	42	2.2	42	78	7	98	21	28	30	18	1.97
9135919--9135953	10	3.2	11	88	12	54	17	37	0	45	1.48
9135934--9136056	51	2.4	51	93	1	212	28	27	0	43	1.55
9137199--9137223	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
9138332--9138418	44	2.0	45	90	2	140	37	1	12	48	1.49
9138424--9138861	23	18.7	23	83	6	515	46	22	1	29	1.60
9138444--9138508	30	2.2	30	91	0	103	53	26	0	20	1.45
9138867--9139083	115	1.9	116	96	0	400	38	9	9	42	1.70
9139059--9139100	17	2.4	18	80	4	50	42	9	2	45	1.49
9140308--9140348	20	2.0	20	100	0	82	39	17	9	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9140521--9140604	23	3.5	22	81	12	87	29	22	25	22	1.99
9140617--9140750	66	2.0	66	100	0	268	33	29	21	14	1.94
9144736--9145086	126	2.8	124	87	3	510	33	21	15	29	1.94
9149242--9149298	29	2.0	29	96	0	105	19	14	19	47	1.82
9149618--9149657	14	2.9	13	85	10	53	65	0	35	0	0.93
9149714--9149802	45	2.0	45	95	0	160	26	12	19	41	1.87
9150842--9150876	18	1.9	18	100	0	70	11	17	8	62	1.52
9151118--9151222	49	2.1	50	89	1	158	44	17	11	26	1.82
9151620--9151654	18	1.9	18	94	0	61	25	11	22	40	1.88
9167033--9167071	20	2.0	20	85	10	53	76	5	7	10	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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