genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1859136--1859280	4	36.2	4	100	0	290	49	24	0	25	1.50
1859385--1859530	4	36.5	4	100	0	292	50	24	0	25	1.50
1874226--1874250	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
1880269--1880408	45	3.1	45	82	7	178	20	16	20	42	1.89
1880386--1880427	6	6.8	6	86	2	57	16	21	16	45	1.86
1897717--1897761	21	2.1	21	87	0	63	44	40	2	13	1.56
1897968--1898034	33	2.0	33	100	0	134	49	11	17	20	1.79
1899110--1899144	18	1.9	18	94	0	61	40	11	5	42	1.65
1899693--1899731	18	2.2	18	85	0	51	41	7	12	38	1.72
1899709--1900012	109	2.8	109	91	2	481	29	15	19	35	1.92
1902156--1902189	15	2.3	15	94	0	59	50	41	0	8	1.34
1905035--1905065	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
1905118--1905154	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
1905337--1905396	30	2.0	31	83	9	79	20	35	0	45	1.51
1907658--1907692	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
1908625--1908650	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
1917862--1917948	9	9.1	9	75	16	77	29	2	0	67	1.03
1917897--1917979	39	2.1	39	88	4	123	32	1	0	66	1.00
1917856--1917962	9	11.4	9	74	14	74	35	1	0	62	1.06
1917886--1917970	11	8.4	11	74	20	62	35	2	0	62	1.08
1917862--1917991	59	2.2	57	76	11	145	30	1	0	66	1.06
1922118--1922184	21	3.0	23	77	20	63	50	1	0	47	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1922117--1922181	22	2.9	23	78	19	66	52	1	0	46	1.10
1922133--1922195	25	2.5	24	75	15	65	46	0	0	53	1.00
1922153--1922226	35	2.1	36	82	7	89	48	2	0	48	1.15
1930185--1930213	3	9.7	3	100	0	58	68	0	31	0	0.89
1937530--1937580	11	5.1	11	77	22	67	54	0	0	45	0.99
1937665--1937701	19	1.9	19	88	0	56	51	0	2	45	1.15
1937922--1937954	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
1938259--1938409	49	3.2	45	65	16	115	39	18	1	40	1.62
1938224--1938541	95	3.3	94	89	3	467	38	17	2	41	1.62
1939320--1939353	17	2.1	17	88	5	52	44	0	8	47	1.34
1939958--1940012	27	2.0	27	92	0	92	34	18	9	38	1.82
1940541--1940582	13	3.5	12	78	9	50	52	2	21	23	1.59
1941015--1941040	12	2.2	12	100	0	52	23	26	23	26	2.00
1941202--1941268	9	7.4	9	89	0	98	44	23	7	23	1.79
1941375--1941409	18	1.9	18	100	0	70	8	0	51	40	1.33
1943072--1943134	30	2.1	30	82	5	74	33	1	12	52	1.49
1947947--1947994	20	2.5	20	83	6	64	52	0	0	47	1.00
1961608--1961655	19	2.4	19	80	13	53	58	2	6	33	1.35
1962717--1962759	19	2.2	20	83	8	52	67	6	0	25	1.15
1968358--1968382	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1970197--1970224	14	2.0	14	100	0	56	0	42	0	57	0.99
1974794--1974846	26	2.0	26	88	0	79	35	16	7	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1978416--1978462	24	2.0	24	95	0	85	40	23	4	31	1.74
1994424--1994448	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2001552--2001593	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
2001543--2001584	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
2001696--2001730	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2001527--2001836	157	2.0	157	97	0	584	47	4	2	44	1.39
2001877--2001979	45	2.5	40	75	15	109	33	29	4	33	1.79
2001965--2002032	16	4.2	16	90	0	109	35	35	0	29	1.58
2002272--2002368	45	2.1	46	88	1	142	18	49	10	21	1.77
2002493--2002518	13	2.0	13	100	0	52	15	38	15	30	1.88
2005274--2005308	18	2.0	17	88	5	52	37	0	0	62	0.95
2005389--2005422	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
2005389--2005436	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
2005586--2005677	46	2.0	46	89	4	143	38	29	5	27	1.79
2005590--2005688	46	2.2	44	85	7	128	39	30	7	23	1.81
2019813--2019841	5	5.8	5	100	0	58	82	0	17	0	0.66
2022362--2022394	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2023592--2023616	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2026289--2026327	14	2.8	13	85	11	51	28	2	2	66	1.18
2028547--2028942	213	1.9	212	97	0	756	46	14	5	34	1.66
2036929--2036972	23	1.9	23	90	0	70	29	2	6	61	1.34
2046328--2046355	13	2.2	13	100	0	56	21	7	14	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063559--2063599	17	2.3	18	91	8	66	53	2	9	34	1.47
2076100--2076288	88	2.2	87	81	8	206	31	7	22	38	1.82
2078543--2078592	14	3.4	14	81	10	55	32	0	4	64	1.12
2078543--2078591	16	3.2	15	80	11	55	30	0	4	65	1.11
2100063--2100148	25	3.4	25	77	3	75	33	19	23	23	1.97
2100104--2100161	25	2.3	25	90	0	98	32	17	24	25	1.96
2108275--2108345	37	1.9	36	85	2	97	30	1	4	63	1.22
2123079--2123105	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2150463--2150533	35	2.0	35	97	0	133	21	22	15	40	1.90
2150967--2151049	26	3.2	26	71	21	93	32	10	24	32	1.90
2150967--2151187	51	4.3	52	79	8	231	31	13	24	30	1.93
2150963--2151155	101	1.9	102	87	3	282	31	15	23	30	1.95
2152768--2152820	19	2.7	20	75	11	56	60	3	0	35	1.15
2152777--2152838	22	2.7	24	80	14	76	59	3	0	37	1.13
2155068--2155093	7	3.7	7	100	0	52	57	0	15	26	1.38
2160754--2160786	17	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
2174245--2174274	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2177753--2177891	68	2.0	68	100	0	278	25	17	6	49	1.71
2187949--2187991	17	2.6	16	82	10	50	34	2	16	46	1.60
2189018--2189044	11	2.5	11	100	0	54	0	11	0	88	0.50
2191524--2191586	32	2.0	32	87	0	90	26	14	12	46	1.80
2193267--2193333	34	1.9	35	87	3	100	44	16	7	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2204902--2204941	12	3.3	12	78	0	53	20	62	12	5	1.48
2204886--2204941	24	2.3	24	93	0	94	21	60	12	5	1.51
2204884--2204926	18	2.4	18	88	0	59	18	62	13	4	1.48
2204970--2205009	21	1.9	21	85	10	55	17	52	2	27	1.57
2205001--2205045	9	5.0	9	78	10	56	24	64	2	8	1.34
2205079--2205117	6	6.5	6	100	0	78	17	51	0	30	1.46
2205136--2205189	3	18.0	3	76	0	54	27	61	1	9	1.37
2205247--2205308	24	2.7	23	78	7	65	17	61	6	14	1.53
2205410--2205452	18	2.4	18	80	0	50	25	55	4	13	1.58
2205424--2205503	42	1.9	42	82	5	99	22	53	5	18	1.63
2221366--2221403	19	2.0	20	89	5	60	65	5	0	28	1.14
2247302--2247346	21	2.1	22	83	4	56	15	8	4	71	1.28
2262499--2262559	31	1.9	31	83	9	79	57	6	1	34	1.34
2265649--2265690	19	2.1	21	86	8	61	0	11	7	80	0.88
2277682--2277729	2	24.0	2	91	8	80	47	2	0	50	1.12
2277890--2277921	16	2.0	16	100	0	64	43	12	6	37	1.68
2313507--2313576	16	4.4	16	83	3	79	38	2	31	27	1.71
2318850--2318895	15	3.3	15	82	11	53	54	0	0	45	0.99
2318964--2319007	16	2.8	16	82	3	54	52	2	0	45	1.13
2318851--2319171	121	2.7	120	95	0	579	50	4	1	43	1.31
2318983--2319020	18	2.2	17	86	13	51	57	0	0	42	0.98
2318875--2319175	38	7.6	40	67	13	167	50	4	1	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319095--2319136	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
2319143--2319197	26	2.1	26	100	0	110	41	3	3	50	1.37
2319023--2319317	146	2.0	146	93	0	500	47	5	2	45	1.39
2318863--2319230	121	3.1	119	83	8	430	50	5	1	42	1.35
2319233--2319409	91	1.9	92	80	10	202	45	4	3	46	1.40
2319329--2319374	18	2.7	18	86	6	60	50	2	2	45	1.26
2320258--2320359	50	2.0	50	98	0	195	34	15	18	31	1.93
2320365--2320401	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2322050--2322120	10	7.3	10	83	13	78	59	0	0	40	0.98
2322055--2322137	11	8.2	11	80	16	67	62	0	1	36	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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