genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24792768--24792846	26	3.2	25	78	5	72	34	20	25	20	1.96
24792785--24792868	26	3.3	27	77	11	88	34	19	26	20	1.96
24793277--24793315	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
24794732--24794818	45	2.0	44	93	2	147	48	5	4	41	1.48
24805629--24805662	17	2.0	17	100	0	68	41	17	5	35	1.74
24812261--24812338	39	2.0	41	82	10	99	55	5	3	35	1.40
24816911--24817015	25	3.9	28	75	15	96	62	5	4	26	1.37
24818835--24818865	15	2.1	15	100	0	62	0	25	0	74	0.82
24823997--24824030	11	3.1	11	82	0	50	20	32	2	44	1.67
24823997--24824038	22	1.9	22	90	9	68	23	30	2	42	1.67
24825256--24825280	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
24825906--24825943	18	2.1	18	90	0	58	21	26	10	42	1.85
24826443--24826482	7	5.9	7	85	14	57	47	0	0	52	1.00
24826499--24826537	21	1.9	21	84	5	53	48	30	0	20	1.50
24826502--24826859	27	11.4	32	73	17	217	44	33	0	21	1.55
24826502--24826769	27	9.9	27	79	14	225	45	32	0	21	1.52
24826541--24826585	15	3.2	15	71	28	53	44	31	0	24	1.54
24826589--24826623	12	2.9	12	95	0	61	57	28	0	14	1.38
24826614--24826642	12	2.3	13	94	5	51	44	44	0	10	1.38
24826612--24826685	39	1.9	38	86	8	105	45	33	0	20	1.51
24826803--24826865	6	10.0	6	77	16	65	34	44	1	19	1.60
24826815--24826903	21	4.4	21	78	13	105	42	33	0	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24826803--24826878	39	1.9	39	97	0	143	38	40	1	19	1.60
24826902--24826936	18	1.9	18	88	0	52	48	34	2	14	1.58
24826956--24827118	35	4.4	36	69	11	98	46	9	5	38	1.60
24827038--24827118	19	4.5	19	68	22	75	49	9	1	39	1.44
24826939--24827183	112	2.2	111	91	1	391	45	8	6	39	1.61
24827155--24827219	22	2.7	23	76	13	69	52	1	3	43	1.26
24827645--24827713	36	1.9	36	88	5	104	34	1	0	63	1.03
24827663--24827688	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
24827678--24827731	24	2.2	24	83	6	63	38	1	3	55	1.28
24833968--24834077	55	2.0	53	84	3	139	42	15	28	13	1.85
24835377--24835520	44	3.3	43	69	8	128	23	31	22	22	1.99
24835363--24835609	88	2.8	88	87	2	343	26	27	23	22	1.99
24835363--24835558	44	4.5	43	66	12	114	26	26	24	22	2.00
24835604--24836067	44	10.6	44	88	0	617	29	21	25	24	1.99
24835643--24836117	219	2.2	220	84	2	596	30	21	23	24	1.99
24835604--24836117	263	2.0	264	85	1	701	30	21	24	24	1.99
24847583--24847620	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
24848028--24848059	17	2.0	17	88	11	50	40	0	3	56	1.15
24848462--24848495	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
24852761--24852799	20	2.0	20	84	0	51	66	2	5	25	1.25
24858995--24859020	3	8.7	3	100	0	52	0	0	65	34	0.93
24858992--24859034	9	4.8	9	85	0	50	9	2	53	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24859621--24859687	6	10.2	6	78	15	53	23	4	0	71	1.04
24860835--24860866	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
24862972--24863070	23	4.3	23	93	0	162	20	21	27	31	1.98
24870374--24870472	23	4.3	23	93	0	162	20	21	27	31	1.98
24872783--24872815	12	2.8	12	90	4	50	51	9	3	36	1.49
24872715--24872996	114	2.4	116	92	3	473	39	14	3	42	1.64
24874771--24874800	15	2.0	15	93	0	51	60	6	3	30	1.39
24875203--24875315	48	2.3	48	74	18	106	42	3	3	50	1.36
24882545--24882667	17	6.7	17	67	18	68	37	0	0	61	1.02
24882574--24882639	11	6.4	11	76	16	61	36	1	0	62	1.05
24882585--24882646	29	2.1	29	85	5	81	32	1	0	66	1.02
24882566--24882688	37	3.2	38	94	4	212	34	1	0	63	1.04
24882660--24882699	21	1.9	21	84	0	53	40	2	0	57	1.12
24887201--24887269	28	2.4	29	75	2	68	34	18	13	33	1.90
24890600--24890763	27	6.1	27	85	2	213	23	21	10	43	1.84
24890600--24890763	81	2.0	81	89	2	249	23	21	10	43	1.84
24892989--24893108	41	3.0	41	81	2	118	15	20	32	32	1.93
24893046--24893154	39	2.8	38	83	9	132	12	26	33	27	1.93
24893749--24893852	54	1.9	54	82	0	127	26	20	25	26	1.99
24912706--24912828	54	2.3	54	80	5	142	21	24	29	25	1.99
24916358--24916422	32	2.0	32	96	0	121	33	21	9	35	1.85
24921427--24921484	29	2.0	29	100	0	116	41	10	6	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24923268--24923406	68	2.1	66	86	5	199	32	22	15	29	1.95
24923996--24924028	13	2.5	13	100	0	66	21	9	27	42	1.83
24929258--24929384	63	2.0	63	98	0	245	51	1	7	39	1.41
24932691--24932753	13	4.9	12	81	12	56	36	28	1	33	1.67
24937248--24937415	51	3.3	51	92	0	273	32	13	23	30	1.93
24940338--24940372	16	2.1	17	89	5	54	57	5	0	37	1.23
24949452--24949502	25	2.0	25	100	0	102	41	23	15	19	1.90
24952771--24952847	3	25.7	3	100	0	154	32	0	0	67	0.91
24954647--24954677	16	2.0	16	93	6	55	58	9	25	6	1.54
24954682--24954722	13	2.9	15	79	17	52	73	0	26	0	0.84
24956117--24956158	19	2.2	19	91	0	66	66	0	2	30	1.04
24956231--24956272	14	3.0	14	76	13	50	38	0	7	54	1.28
24956673--24956737	11	6.2	11	82	7	73	43	0	1	55	1.09
24956670--24956763	22	4.2	22	82	14	104	41	0	1	57	1.06
24956741--24956766	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
24958301--24958408	40	2.7	40	88	0	162	33	19	5	41	1.75
24960993--24961023	11	2.7	11	95	5	53	38	3	0	58	1.15
24960978--24961047	36	1.9	37	94	2	124	30	2	0	67	1.05
24961004--24961053	25	2.1	24	88	7	75	28	4	0	68	1.08
24961653--24961679	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24961913--24962207	41	7.2	41	75	8	217	22	22	24	29	1.99
24962297--24962368	33	2.2	32	92	4	126	37	0	9	52	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24966399--24966434	15	2.5	15	90	4	56	11	16	8	63	1.49
24967051--24967295	43	5.4	42	69	19	161	45	12	4	37	1.61
24967040--24967335	93	3.2	93	90	3	506	45	13	4	36	1.62
24967177--24967232	9	6.8	9	73	19	59	48	16	0	35	1.46
24967094--24967335	50	5.1	50	71	20	241	46	14	2	36	1.59
24967086--24967232	40	3.3	43	79	13	140	46	14	1	36	1.54
24967093--24967320	16	14.7	15	66	26	104	46	13	2	37	1.58
24972892--24972942	21	2.4	21	90	0	75	35	17	43	3	1.68
24972826--24973023	87	2.3	86	87	5	274	37	18	32	11	1.86
24972979--24973048	21	3.3	21	85	0	86	35	15	40	8	1.78
24973350--24973699	43	8.1	43	91	0	495	21	20	28	30	1.98
24973346--24973764	129	3.2	127	81	4	457	23	19	27	28	1.98
24977084--24977121	20	2.0	20	89	5	60	34	2	10	52	1.50
24978489--24978861	87	4.3	87	89	0	541	30	22	23	24	1.99
24978549--24978771	43	5.1	43	61	20	104	29	23	22	24	1.99
24979070--24979407	99	3.4	99	87	2	439	32	22	20	25	1.98
24979069--24979330	50	5.3	50	71	5	201	32	23	19	24	1.97
24979096--24979357	50	5.3	49	70	7	181	34	21	20	23	1.97
24979399--24979448	25	2.0	25	88	0	73	34	20	20	26	1.96
24979300--24979537	125	1.9	126	85	0	334	33	21	19	25	1.97
24979618--24980004	44	8.9	41	73	9	171	28	19	23	28	1.98
24979704--24980044	44	7.8	44	76	7	239	28	19	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24979661--24980006	44	7.8	45	73	10	232	29	18	23	28	1.98
24979576--24980048	218	2.2	218	91	1	761	29	19	23	28	1.98
24980055--24980249	44	4.6	42	81	8	184	31	26	21	21	1.98
24980093--24980521	44	9.8	45	80	4	398	29	21	25	23	1.99
24980132--24980524	87	4.5	88	79	2	389	29	20	26	23	1.99
24980132--24980524	175	2.2	175	82	1	466	29	20	26	23	1.99
24981986--24982050	3	21.3	3	96	3	121	32	0	1	66	1.01
24983790--24983878	40	2.3	38	80	17	103	32	5	3	58	1.38
24988612--24988651	20	2.0	20	100	0	80	20	25	10	45	1.81
24989135--24989159	13	1.9	13	100	0	50	56	0	12	32	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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