genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  72  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22708762--22708801	20	2.0	20	95	0	71	55	12	12	20	1.69
22712233--22712369	46	3.0	45	84	2	166	31	23	8	36	1.85
22716868--22716954	43	2.0	43	95	4	158	41	25	5	27	1.78
22717498--22717589	37	2.5	37	82	10	116	35	27	15	21	1.93
22719896--22719986	26	3.2	26	78	18	101	59	4	4	31	1.37
22728196--22728238	22	2.0	22	95	0	77	39	4	11	44	1.62
22734278--22734524	86	2.8	86	83	5	275	27	27	22	23	1.99
22734230--22734559	43	7.7	43	79	6	247	29	28	19	22	1.98
22734903--22735048	66	2.2	66	89	4	215	13	30	17	39	1.87
22734924--22735070	66	2.2	66	86	4	190	15	25	17	40	1.89
22740528--22740567	9	4.8	9	76	17	50	35	0	17	47	1.48
22747506--22747777	42	6.4	42	84	8	311	30	21	22	25	1.99
22747506--22747776	127	2.1	127	83	6	334	30	21	22	25	1.99
22747506--22747777	85	3.2	83	84	8	309	30	21	22	25	1.99
22747723--22747852	43	3.0	43	73	11	115	26	18	18	36	1.94
22748265--22748316	21	2.5	21	74	0	50	7	42	17	32	1.77
22753731--22753767	7	5.0	7	87	12	56	29	0	16	54	1.43
22753738--22753859	9	14.4	9	74	16	84	36	1	18	43	1.60
22753756--22753804	16	2.9	16	80	11	62	38	2	20	38	1.64
22753773--22753841	25	2.8	25	79	16	88	39	1	21	37	1.63
22753730--22753853	59	2.1	57	79	5	142	35	1	18	44	1.60
22753845--22753870	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22753984--22754035	20	2.6	20	100	0	104	34	0	15	50	1.45
22754126--22754161	16	2.2	16	90	0	54	36	0	16	47	1.47
22754181--22754304	38	3.1	38	73	18	135	37	1	15	45	1.56
22754292--22754337	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
22754292--22754337	15	3.3	15	79	17	62	28	0	10	60	1.30
22754211--22754429	98	2.3	96	96	1	402	35	1	13	49	1.51
22754551--22754589	20	2.0	20	84	0	51	30	0	2	66	1.05
22755147--22755250	33	3.2	33	67	8	104	43	4	10	41	1.60
22755155--22755252	32	3.0	32	65	8	90	42	6	11	39	1.65
22757373--22757414	22	1.9	22	90	0	66	45	26	4	23	1.73
22757659--22757708	17	3.0	17	94	2	84	50	16	0	34	1.45
22758311--22758390	41	2.0	41	90	5	126	17	25	26	31	1.97
22758309--22758401	41	2.3	41	83	3	125	21	24	24	29	1.99
22758372--22758524	41	3.7	41	76	10	161	30	20	26	22	1.98
22758588--22758699	40	2.8	40	84	5	138	15	19	23	41	1.89
22758706--22758731	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
22763019--22763063	12	3.8	12	84	0	63	2	35	31	31	1.70
22764080--22764170	35	2.6	34	75	3	101	36	21	18	23	1.95
22772742--22773111	179	2.1	181	85	3	496	29	22	18	29	1.97
22772802--22773103	89	3.4	89	75	13	296	29	22	18	29	1.97
22772846--22773097	44	5.7	43	69	14	154	30	22	18	28	1.97
22774795--22774836	12	3.8	11	90	9	68	0	21	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22774795--22774836	5	7.8	5	85	15	57	0	21	0	78	0.75
22778847--22778897	18	2.9	16	81	16	57	68	5	5	19	1.31
22780078--22780126	19	2.8	17	79	14	55	16	0	8	75	1.03
22780471--22780524	20	2.7	19	80	5	54	24	24	12	38	1.90
22781589--22781672	22	3.8	22	75	0	87	44	17	25	13	1.85
22781589--22781675	44	2.0	44	86	0	120	43	18	24	13	1.86
22782989--22783047	31	1.9	30	92	0	91	49	10	6	33	1.63
22787997--22788021	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22788197--22788424	41	5.6	41	94	1	359	19	30	21	28	1.98
22788190--22788452	123	2.1	123	82	3	332	22	29	20	26	1.99
22790104--22790162	28	2.0	31	83	9	79	50	5	0	44	1.24
22793415--22793448	14	2.3	15	90	5	52	38	23	5	32	1.79
22794796--22794876	40	2.0	40	100	0	162	37	23	7	32	1.83
22794862--22795088	41	5.5	41	94	1	375	19	29	22	28	1.98
22794854--22795116	123	2.1	123	82	3	341	22	28	21	26	1.99
22800536--22800579	17	2.7	15	83	10	52	61	9	0	29	1.27
22800604--22800634	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
22811628--22811718	40	2.3	40	81	5	103	41	16	16	25	1.89
22815875--22815914	18	2.1	18	90	9	62	52	0	0	47	1.00
22817739--22818310	50	11.6	49	66	11	229	24	20	22	32	1.98
22817736--22818417	98	6.9	100	84	4	838	24	20	23	31	1.98
22817736--22818335	199	3.0	198	87	2	821	24	20	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22818478--22818861	98	4.0	98	79	10	481	27	20	18	33	1.96
22818627--22818934	44	6.8	44	76	11	264	27	20	19	32	1.97
22818529--22818934	185	2.2	186	91	1	663	27	20	18	32	1.96
22819218--22819251	6	5.7	6	100	0	68	14	0	0	85	0.60
22820338--22820394	8	8.0	7	79	16	64	14	15	0	70	1.18
22820348--22820395	13	3.4	14	91	8	71	12	14	0	72	1.11
22820338--22820398	21	2.9	21	78	9	70	13	14	0	72	1.13
22828196--22828234	20	2.0	20	84	0	51	58	0	0	41	0.98
22828223--22828291	36	1.9	36	83	16	90	68	2	1	27	1.13
22828223--22828295	18	4.2	17	73	23	62	65	2	1	30	1.15
22862563--22862611	22	2.3	21	79	6	53	30	6	4	59	1.41
22863936--22863995	30	2.0	30	86	0	84	30	41	5	23	1.75
22864299--22864342	22	2.0	23	90	4	72	45	11	15	27	1.81
22870219--22870268	25	2.1	23	85	10	66	52	2	14	32	1.53
22870238--22870281	22	2.0	22	82	4	54	59	0	13	27	1.35
22890763--22890806	21	2.0	22	91	4	72	15	25	31	27	1.96
22900980--22901013	5	6.8	5	93	0	50	44	0	11	44	1.40
22901464--22901504	17	2.5	17	84	7	50	53	0	7	39	1.29
22907475--22907513	18	2.2	18	86	9	53	66	0	30	2	1.05
22908197--22908245	25	2.0	25	83	0	62	40	0	16	42	1.48
22909682--22909776	48	2.0	49	85	2	129	42	5	25	27	1.76
22916206--22916291	43	2.0	43	86	0	118	47	2	23	26	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22917537--22917633	49	2.0	49	93	0	167	43	6	26	23	1.77
22929787--22929876	45	2.0	45	97	0	171	33	11	18	36	1.87
22933357--22933473	41	2.9	41	79	12	116	33	29	18	18	1.95
22933591--22933769	64	2.8	63	87	6	231	40	18	8	31	1.81
22934841--22934897	28	2.0	28	86	6	80	38	5	0	56	1.22
22939408--22939442	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
22940776--22940832	28	2.0	28	86	6	80	38	5	0	56	1.22
22942500--22942666	83	2.0	83	100	0	334	45	16	5	31	1.72
22950599--22950636	18	2.1	18	90	0	58	15	44	5	34	1.69
22950602--22950643	18	2.3	18	83	0	57	21	47	2	28	1.63
22951277--22951422	3	47.3	3	79	8	143	60	4	0	34	1.20
22951592--22951628	10	3.6	10	88	3	56	0	24	0	75	0.80
22951809--22951868	27	2.2	26	91	8	102	50	0	6	43	1.28
22953233--22953276	22	2.0	23	90	4	72	43	0	9	47	1.35
22955004--22955065	22	3.0	20	75	11	54	40	11	11	37	1.77
22958397--22958438	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
22961842--22961873	11	2.8	12	90	9	57	59	6	0	34	1.23
22962622--22962668	14	3.3	14	81	3	58	21	0	2	76	0.89
22962675--22962715	20	2.0	21	86	13	59	26	9	0	63	1.25
22964162--22964190	11	2.6	11	100	0	58	51	13	0	34	1.42
22964408--22964434	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
22964831--22965111	41	6.9	41	76	6	230	16	23	25	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22964833--22965094	123	2.1	123	80	6	291	15	22	25	35	1.94
22965677--22965714	15	2.5	15	86	0	58	21	0	42	36	1.53
22965650--22965717	15	4.9	14	74	13	52	23	0	35	41	1.55
22966092--22966125	17	2.0	17	100	0	68	29	35	17	17	1.93
22966630--22966731	7	13.9	7	77	13	80	20	0	46	32	1.58
22966629--22966731	29	3.5	29	81	9	136	20	0	45	33	1.58
22966629--22966731	15	6.9	15	78	9	113	20	0	45	33	1.58
22966609--22966732	7	17.0	7	72	17	65	20	0	44	33	1.58
22969655--22969733	22	3.8	22	71	21	64	46	12	2	37	1.55
22969658--22969746	18	4.8	18	71	14	74	47	12	2	38	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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