genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  83  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25577866--25578084	40	5.5	40	81	1	242	18	28	19	33	1.95
25577952--25578058	20	5.3	20	66	4	72	16	27	18	37	1.93
25581668--25581725	25	2.3	25	84	0	80	32	15	29	22	1.95
25593567--25593598	9	3.6	9	95	0	55	56	6	0	37	1.25
25593673--25593718	20	2.2	20	88	11	67	63	4	0	32	1.14
25595835--25595911	4	17.8	4	87	10	91	23	7	0	68	1.15
25595854--25595910	5	12.4	5	90	5	70	21	10	0	68	1.19
25595835--25595911	22	3.5	20	83	13	91	23	7	0	68	1.15
25599312--25599785	237	2.0	237	87	0	680	22	20	26	31	1.98
25608048--25608116	24	3.2	24	65	26	71	30	0	24	44	1.54
25608061--25608132	21	3.5	21	67	24	62	29	0	26	44	1.55
25608045--25608127	41	2.0	41	100	0	166	30	0	26	43	1.55
25608213--25608286	36	2.1	36	100	0	148	24	12	32	31	1.92
25608869--25608902	17	1.9	18	88	5	52	38	0	26	35	1.57
25615750--25615774	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
25630509--25630542	11	3.1	11	91	0	59	17	32	2	47	1.63
25630505--25630558	22	2.5	22	83	16	69	22	29	1	46	1.62
25631766--25631790	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
25632438--25632480	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
25632734--25632782	21	2.3	21	82	0	53	32	34	20	12	1.90
25633028--25633076	21	2.4	21	96	3	91	42	34	0	22	1.54
25632975--25633208	128	1.8	127	90	6	364	46	22	0	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25633091--25633130	7	5.9	7	85	14	57	47	0	0	52	1.00
25633155--25633251	22	4.5	22	87	3	144	46	34	0	19	1.50
25633155--25633251	43	2.3	43	90	3	151	46	34	0	19	1.50
25633317--25633365	21	2.3	21	92	0	80	44	38	0	16	1.48
25633428--25633475	16	2.7	18	71	15	55	52	10	0	37	1.36
25636501--25636896	124	3.2	124	91	1	614	30	21	16	31	1.95
25636942--25636987	21	2.1	22	88	4	67	50	32	0	17	1.47
25639346--25639411	25	2.6	25	83	4	80	31	6	3	59	1.37
25639628--25639675	24	2.0	23	84	4	60	18	6	6	68	1.32
25649209--25651969	948	2.9	936	92	2	4514	33	17	23	26	1.96
25653886--25654286	132	3.0	132	85	0	523	29	18	25	26	1.98
25654289--25654449	50	3.2	50	83	0	214	34	22	16	26	1.95
25654321--25654474	50	3.1	49	75	7	157	33	22	19	24	1.97
25655874--25655939	25	2.6	25	80	4	71	30	9	3	57	1.45
25656146--25656203	26	2.3	24	85	11	73	24	8	6	60	1.51
25656160--25656227	26	2.7	24	81	9	64	25	11	7	55	1.61
25663662--25664086	113	3.8	112	81	5	457	25	21	25	27	1.99
25664567--25664593	14	1.9	14	100	0	54	37	14	3	44	1.63
25664836--25664978	21	7.5	21	70	20	116	20	2	39	37	1.67
25664864--25664971	7	14.4	7	69	12	63	20	1	42	35	1.63
25664842--25665003	37	4.3	37	89	4	236	21	2	40	35	1.67
25664842--25665003	75	2.1	76	88	5	240	21	2	40	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25664917--25664985	21	3.5	21	67	25	60	20	2	39	37	1.68
25665646--25666334	231	3.0	230	90	2	1096	33	13	17	34	1.90
25668270--25668309	5	7.6	5	83	10	53	22	0	2	75	0.93
25668454--25668544	18	4.9	17	75	15	83	42	10	2	43	1.52
25668436--25668525	35	2.6	31	76	19	90	42	12	1	44	1.49
25668445--25668537	22	4.4	22	66	21	65	40	12	2	44	1.55
25668472--25668549	39	2.0	41	94	5	142	42	10	1	46	1.46
25668827--25669163	34	9.9	34	69	18	136	48	17	2	31	1.59
25668828--25669164	16	20.9	16	66	23	131	48	17	2	31	1.59
25668828--25669168	9	39.0	9	68	19	163	48	17	2	31	1.59
25668887--25668986	28	3.7	28	74	14	93	49	19	2	30	1.59
25668952--25669025	21	3.2	21	72	20	76	51	14	0	33	1.43
25668949--25669043	48	2.0	48	100	0	190	52	14	0	32	1.42
25669022--25669164	43	3.4	42	82	4	164	48	18	2	30	1.60
25668820--25669212	25	15.2	26	71	16	145	48	17	2	32	1.59
25668828--25669173	25	13.9	26	72	15	152	47	17	2	32	1.59
25671010--25671057	21	2.3	21	88	0	78	29	16	52	2	1.56
25671965--25672013	24	2.0	24	100	0	98	32	4	12	51	1.58
25675928--25675983	27	2.1	27	100	0	112	50	7	17	25	1.72
25679945--25679979	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
25680613--25680651	20	2.0	20	85	10	53	28	2	7	61	1.37
25680651--25680689	20	2.0	19	90	5	60	43	2	0	53	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25680827--25681024	97	2.0	97	83	9	251	39	10	17	32	1.84
25689478--25689516	5	7.6	5	94	5	69	61	0	38	0	0.96
25696133--25696225	39	2.6	33	75	18	96	20	3	51	24	1.62
25696138--25696219	39	2.1	39	93	0	137	19	3	52	24	1.62
25696281--25696389	54	2.0	54	81	0	128	25	3	44	26	1.71
25696418--25696472	26	2.1	26	100	0	110	27	3	30	38	1.74
25697832--25697882	22	2.4	21	84	9	68	27	23	3	45	1.70
25698003--25698135	40	3.4	38	74	9	108	30	24	18	26	1.97
25699043--25699080	4	9.0	4	88	11	58	0	26	0	73	0.83
25699044--25699083	9	4.6	9	90	3	64	0	25	0	75	0.81
25699118--25699172	14	3.5	15	82	12	67	27	3	0	69	1.05
25699117--25699185	22	3.0	23	83	12	79	28	4	0	66	1.10
25699118--25699192	26	3.1	24	80	12	75	32	4	0	64	1.12
25699149--25699206	26	2.2	26	81	6	64	39	5	1	53	1.33
25700871--25701328	159	2.9	157	82	4	555	35	16	15	32	1.90
25701406--25701689	82	3.5	82	94	0	471	27	6	16	49	1.70
25703037--25703247	112	1.9	115	90	3	338	46	17	8	27	1.75
25710013--25710056	21	2.2	19	84	8	52	36	0	2	61	1.09
25711503--25711542	21	1.9	21	89	0	62	35	32	0	32	1.58
25718276--25718316	22	1.9	21	85	5	55	51	2	4	41	1.36
25719449--25719497	18	2.7	18	87	0	71	38	22	10	28	1.87
25719440--25719497	9	6.4	9	80	7	64	41	22	8	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25719440--25719497	27	2.1	27	87	6	82	41	22	8	27	1.83
25719505--25719567	17	3.5	17	69	12	54	49	12	3	34	1.57
25719496--25719570	37	2.0	37	94	0	132	45	14	4	36	1.64
25719699--25719790	39	2.4	39	92	3	152	20	3	25	51	1.63
25719805--25719881	13	5.9	13	78	6	75	38	6	19	35	1.78
25722508--25722573	18	3.7	18	93	0	105	37	13	15	33	1.86
25724473--25724519	20	2.6	17	78	18	58	44	31	23	0	1.54
25724883--25724914	13	2.5	13	95	5	57	12	0	43	43	1.42
25727265--25727302	18	2.1	18	85	9	51	81	0	15	2	0.80
25740921--25741115	107	1.8	106	86	3	284	34	18	15	30	1.93
25741257--25741394	73	1.9	73	93	0	240	34	17	19	28	1.94
25741741--25741832	45	2.0	47	85	8	127	57	0	7	34	1.27
25742633--25742660	6	4.7	6	100	0	56	67	0	14	17	1.22
25743520--25743652	44	3.0	45	80	7	139	27	23	18	30	1.98
25743475--25743953	45	10.5	44	69	15	199	27	20	19	32	1.97
25744120--25744582	85	5.4	85	74	11	354	25	20	22	31	1.98
25744121--25744582	44	10.7	43	73	10	325	25	20	22	31	1.98
25744253--25744671	85	4.9	84	72	11	285	25	21	23	29	1.99
25744087--25744679	44	13.8	43	71	11	313	25	20	22	31	1.98
25744070--25744667	129	4.6	129	91	0	939	25	20	22	30	1.98
25745062--25745118	22	2.5	23	82	8	71	28	26	10	35	1.89
25746052--25746090	20	1.9	21	94	5	71	2	15	2	79	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25749792--25749986	107	1.8	106	88	3	302	33	18	16	30	1.94
25750126--25750280	73	2.1	73	83	2	222	32	16	20	30	1.94
25750619--25750708	10	9.6	10	72	17	50	58	0	5	35	1.21
25753637--25753676	20	2.0	20	90	0	62	50	10	10	30	1.69
25753625--25753691	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
25753975--25754030	2	27.0	2	92	7	94	48	1	1	48	1.22
25755080--25755135	3	18.7	3	92	0	94	28	0	3	67	1.07
25755243--25755294	24	2.3	23	83	12	63	55	0	1	42	1.10
25755508--25755618	45	2.4	47	79	10	138	44	7	3	45	1.49
25775641--25775702	26	2.3	27	83	5	72	64	4	4	25	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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