genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  185  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54711456--54711492	13	2.9	13	88	11	51	24	0	8	67	1.17
54718010--54718122	25	4.5	25	89	0	163	23	23	17	35	1.95
54718104--54718141	19	2.0	19	89	0	58	21	26	15	36	1.93
54718135--54718203	22	3.1	22	87	0	93	17	21	17	43	1.88
54720961--54721019	24	2.5	25	75	25	65	30	0	5	64	1.15
54721337--54721382	22	2.1	22	100	0	92	13	50	21	15	1.78
54729207--54729273	23	3.0	23	79	16	61	59	4	2	32	1.32
54729303--54729360	22	2.6	22	74	15	57	58	6	1	32	1.35
54741309--54741360	26	2.0	26	92	0	86	42	28	9	19	1.82
54745878--54745930	14	3.8	14	75	9	54	20	0	32	47	1.51
54745980--54746032	14	3.8	13	85	5	61	20	0	30	49	1.50
54745993--54746032	21	1.9	21	89	0	62	22	0	30	47	1.52
54748659--54748699	13	3.1	14	82	10	59	48	17	17	17	1.81
54752482--54752520	14	2.9	14	84	3	53	38	2	2	56	1.27
54752860--54752893	12	2.8	12	90	0	50	50	8	0	41	1.34
54757206--54757514	50	6.2	50	71	5	194	27	20	20	32	1.97
54757280--54757564	100	2.8	100	82	4	254	27	18	21	32	1.97
54757206--54757481	150	1.8	150	88	1	428	27	19	19	32	1.97
54757232--54757573	150	2.3	150	82	3	375	27	20	20	31	1.98
54757389--54757613	100	2.2	100	80	2	245	27	21	20	30	1.98
54757642--54757759	50	2.4	50	80	0	128	30	25	19	24	1.98
54757766--54757938	88	2.0	88	88	2	258	28	26	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54764002--54764026	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
54763997--54764046	15	3.3	15	80	11	57	74	6	4	16	1.17
54764341--54764375	5	6.6	5	87	12	52	77	0	0	22	0.78
54764416--54764451	18	2.0	18	88	0	54	61	0	8	30	1.26
54764520--54764555	18	2.0	18	100	0	72	50	0	0	50	1.00
54764540--54764581	22	1.9	22	90	0	66	61	2	4	30	1.29
54769413--54769464	21	2.5	20	75	12	50	61	1	7	28	1.34
54771004--54771049	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
54771134--54771179	24	1.9	24	81	0	56	41	15	2	41	1.59
54773868--54773898	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
54775639--54775689	3	17.0	3	76	15	52	60	1	3	33	1.26
54775631--54775677	22	2.2	20	88	7	67	61	2	6	29	1.32
54775641--54775693	28	1.9	27	84	3	70	58	1	3	35	1.27
54777095--54777636	40	12.9	41	79	11	548	21	20	23	33	1.97
54777095--54777658	84	6.6	82	89	6	758	21	21	23	34	1.97
54777095--54777658	169	3.3	169	90	3	854	21	21	23	34	1.97
54777759--54777992	40	5.8	40	82	6	292	25	20	21	32	1.97
54777763--54778033	124	2.2	121	83	6	321	26	21	19	32	1.97
54777964--54778281	132	2.4	132	93	0	546	27	25	17	28	1.98
54777962--54778281	44	7.3	44	66	9	168	27	25	17	29	1.98
54778396--54778681	95	3.0	94	90	2	439	29	22	19	29	1.98
54779701--54779742	15	2.7	16	85	7	68	4	11	7	76	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54781400--54781516	62	1.9	62	89	0	180	35	3	19	41	1.68
54784104--54784160	3	19.0	3	79	13	64	61	1	3	33	1.23
54784105--54784195	28	3.2	28	75	13	80	60	2	4	32	1.29
54784801--54784848	8	5.9	8	78	4	51	81	4	8	6	0.98
54786017--54786043	13	2.1	13	100	0	54	29	7	0	62	1.22
54791748--54791774	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
54797009--54797085	35	2.2	35	88	4	111	46	5	14	33	1.66
54797009--54797072	18	3.6	18	71	12	60	50	4	14	31	1.63
54797034--54797083	18	2.8	18	74	14	50	50	4	16	30	1.63
54797044--54797181	58	2.4	58	90	1	215	44	8	13	33	1.75
54797089--54797140	18	2.9	18	80	8	54	50	11	15	23	1.76
54797107--54797184	40	2.0	40	86	0	111	41	10	14	34	1.79
54797168--54797248	27	3.1	27	82	5	96	48	11	16	24	1.78
54797222--54797253	17	1.9	17	93	6	57	43	12	12	31	1.80
54798011--54798074	23	2.7	24	82	2	76	1	17	0	81	0.77
54798012--54798124	17	6.1	19	73	21	57	0	25	0	73	0.89
54798017--54798109	31	3.0	30	81	12	107	0	25	0	74	0.82
54798025--54798096	4	19.0	4	73	21	57	0	25	0	75	0.81
54798025--54798085	11	5.5	11	73	24	56	0	21	0	78	0.75
54798073--54798125	3	17.0	3	81	14	63	0	35	0	64	0.94
54798073--54798125	16	3.4	16	82	12	65	0	35	0	64	0.94
54798073--54798125	19	2.8	19	91	5	81	0	35	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54798429--54798521	30	3.1	29	74	11	91	38	6	19	35	1.77
54798445--54798604	30	5.4	30	75	3	119	43	3	18	35	1.68
54804656--54804681	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
54810934--54810978	21	2.1	21	91	0	72	20	13	20	46	1.83
54811445--54811490	24	1.9	24	95	0	83	41	28	6	23	1.79
54811738--54811820	39	2.1	39	95	0	148	38	7	15	38	1.75
54822551--54822588	20	1.9	20	89	10	60	78	0	21	0	0.74
54822554--54822597	17	2.6	16	79	10	52	75	0	22	2	0.92
54823972--54824070	51	1.9	51	91	0	162	29	15	25	30	1.95
54823969--54824322	123	2.9	123	91	1	566	29	15	27	27	1.96
54824177--54824220	21	2.1	21	86	0	61	38	6	34	20	1.79
54826266--54826310	18	2.5	18	85	0	54	31	8	0	60	1.28
54826450--54826554	2	54.5	2	70	11	58	40	8	0	49	1.40
54826503--54826603	39	2.7	38	81	14	120	38	7	0	52	1.37
54846600--54846637	14	2.5	16	79	12	53	50	0	0	50	1.00
54849282--54849350	31	2.2	32	86	2	95	37	10	5	46	1.62
54852880--54852934	24	2.3	24	84	6	76	80	9	5	5	1.03
54852864--54852908	15	2.9	15	83	3	63	84	6	4	4	0.87
54853373--54853423	13	3.8	13	80	12	50	80	9	9	0	0.91
54853371--54853430	6	10.2	6	76	16	54	78	8	13	0	0.96
54853772--54853967	108	1.8	108	85	2	277	27	15	10	46	1.78
54854447--54854893	44	10.2	45	77	7	398	26	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54854447--54854882	88	5.0	88	86	2	504	26	15	27	30	1.96
54854942--54855206	100	2.7	100	86	0	359	31	22	21	24	1.98
54854971--54855140	50	3.4	50	68	3	144	31	24	20	24	1.98
54855221--54855507	127	2.3	127	92	3	483	33	22	19	24	1.97
54855390--54855678	87	3.4	87	87	3	390	33	22	20	22	1.97
54855261--54855787	214	2.5	210	86	6	699	33	22	19	23	1.97
54855221--54855717	42	11.8	41	73	12	327	33	23	20	23	1.97
54855568--54855757	82	2.3	82	83	7	224	31	23	22	23	1.98
54855481--54855820	124	2.7	126	80	5	330	32	22	20	23	1.98
54856152--54856195	23	2.0	22	86	4	61	50	34	2	13	1.55
54862566--54862610	11	4.1	11	85	0	63	22	31	2	44	1.65
54863834--54863859	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
54864505--54864547	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
54864803--54864849	21	2.2	21	80	0	58	27	38	25	8	1.85
54865042--54865079	7	5.6	7	84	15	53	47	0	0	52	1.00
54865041--54865084	12	3.4	12	87	12	61	50	0	0	50	1.00
54865101--54865126	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
54865107--54865180	21	3.5	21	80	7	69	44	36	0	18	1.50
54865135--54865187	21	2.6	21	88	5	74	43	30	0	26	1.55
54865206--54865235	12	2.5	12	94	0	51	46	0	0	53	1.00
54865240--54865278	18	2.2	18	90	0	60	46	43	0	10	1.37
54865534--54865578	21	2.1	21	84	8	56	46	37	4	11	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54866017--54866041	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
54879740--54879790	26	2.0	26	96	0	93	39	29	9	21	1.85
54880887--54880934	20	2.5	20	86	3	62	66	2	0	31	1.03
54882481--54882681	44	4.3	44	69	14	118	26	20	22	29	1.98
54882543--54882996	235	1.9	233	91	0	746	29	19	16	33	1.94
54882534--54883052	235	2.2	234	86	2	702	30	19	16	32	1.94
54882757--54883241	143	3.4	140	77	8	455	30	20	17	32	1.95
54884504--54884572	18	3.8	18	80	16	63	5	4	8	81	0.99
54884500--54884582	19	4.5	19	77	20	70	6	3	8	81	0.95
54884497--54884580	26	3.2	25	80	14	82	5	3	8	82	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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