genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  21  of  204  ( 24458 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7837319--7837349	14	2.2	14	94	0	53	51	0	6	41	1.27
7839967--7840292	154	2.1	155	80	3	368	34	15	11	39	1.83
7840899--7840928	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7849553--7849585	17	2.0	17	88	5	50	42	9	24	24	1.83
7866875--7866921	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
7867316--7867359	17	2.6	17	89	3	63	79	2	13	4	0.98
7886962--7887067	53	2.0	53	100	0	212	39	28	5	26	1.79
7888018--7888045	5	5.6	5	100	0	56	60	0	17	21	1.36
7897523--7897585	20	3.0	22	81	11	87	22	1	4	71	1.13
7899235--7899289	26	2.2	26	83	9	69	25	25	3	45	1.70
7904221--7904315	9	10.4	9	85	6	120	38	27	9	24	1.86
7906249--7906296	16	2.9	16	78	6	60	22	0	20	56	1.43
7910352--7910436	43	2.0	43	90	0	134	44	14	11	29	1.80
7912205--7912304	50	2.0	49	94	3	175	23	15	26	36	1.93
7915384--7915427	22	2.0	22	82	8	54	43	11	2	43	1.53
7919866--7919915	16	3.0	16	79	5	55	70	6	0	24	1.10
7920705--7920757	9	5.7	9	77	14	54	43	0	1	54	1.11
7920705--7920756	13	4.1	12	75	20	52	44	0	1	53	1.11
7920707--7920757	21	2.4	22	77	6	61	43	0	1	54	1.11
7921657--7921688	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
7922121--7922255	39	3.5	36	72	13	92	22	20	28	28	1.99
7922680--7922713	17	1.9	18	88	5	52	38	0	26	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7923956--7923995	20	2.0	20	100	0	80	35	0	0	65	0.93
7923960--7924003	20	2.2	20	87	0	61	31	0	6	61	1.22
7931208--7931232	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
7951173--7951430	129	2.0	129	100	0	516	27	14	18	39	1.90
7965816--7965852	14	2.4	17	86	13	53	48	0	5	45	1.25
7966238--7966291	24	2.2	26	83	12	69	48	0	0	51	1.00
7993522--7993585	31	2.1	30	82	2	74	43	1	4	50	1.32
7993593--7993654	29	2.1	29	82	11	74	33	3	3	59	1.29
7993607--7993672	29	2.3	27	82	10	78	31	1	3	63	1.19
7993640--7993696	21	2.7	22	78	7	57	21	5	5	68	1.29
7994673--7994844	87	2.0	88	91	3	287	44	9	5	40	1.62
7996854--7996903	21	2.4	22	75	21	61	56	4	0	40	1.18
7998052--7998110	24	2.5	24	75	10	66	35	20	23	20	1.96
8000998--8001041	22	2.0	22	90	0	70	56	0	2	40	1.11
8006791--8006828	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
8007212--8007253	8	5.1	8	88	11	59	38	2	0	59	1.10
8007703--8007886	86	2.1	86	84	0	233	25	26	20	27	1.99
8007681--8007886	43	4.8	43	80	5	184	24	27	19	28	1.99
8008207--8008256	21	2.4	21	89	0	73	4	44	18	34	1.68
8009970--8010139	9	19.7	9	65	17	74	31	2	20	46	1.63
8009968--8010064	25	3.9	24	73	16	90	34	0	19	46	1.50
8010003--8010129	34	3.9	34	72	14	115	29	3	20	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8009970--8010073	50	2.0	50	83	7	129	32	0	21	45	1.58
8010103--8010143	17	2.4	18	80	8	50	31	4	12	51	1.60
8010134--8010163	12	2.5	12	94	0	51	30	6	13	50	1.67
8012484--8012707	105	2.1	107	89	1	344	28	13	14	43	1.83
8012105--8012873	358	2.2	356	89	1	1184	27	15	13	42	1.85
8012484--8012732	105	2.3	105	86	2	300	28	14	15	41	1.86
8012740--8012995	136	1.9	138	85	4	358	25	16	14	44	1.85
8013293--8013358	7	9.1	7	73	5	51	33	43	1	21	1.62
8013377--8013425	15	3.4	15	83	8	57	36	38	2	22	1.66
8013636--8013669	15	2.3	15	90	10	52	32	50	0	17	1.47
8013636--8013669	8	4.6	7	86	13	50	32	50	0	17	1.47
8013692--8013718	14	1.9	14	100	0	54	37	37	0	25	1.57
8013814--8014259	114	3.9	113	80	5	486	29	25	21	23	1.99
8014159--8014332	73	2.4	73	81	7	194	29	26	21	22	1.99
8014232--8014442	115	1.8	115	83	3	282	28	27	21	22	1.99
8015060--8015152	36	2.5	35	80	13	98	44	1	23	31	1.61
8017702--8017740	16	2.4	16	86	4	51	41	2	5	51	1.38
8018617--8018653	17	2.1	18	90	5	58	67	0	8	24	1.17
8018611--8018655	17	2.8	16	83	12	56	64	0	6	28	1.19
8027400--8027424	7	3.6	7	100	0	50	16	24	32	28	1.96
8031981--8032020	13	3.1	13	96	0	71	25	27	40	7	1.82
8032866--8032938	31	2.4	31	83	4	94	56	12	6	24	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8034959--8035008	20	2.4	22	80	10	59	60	0	2	38	1.09
8035703--8035763	9	6.4	10	74	22	60	39	0	1	59	1.08
8035706--8035775	9	7.8	9	72	23	58	40	0	1	58	1.07
8035706--8035797	19	5.2	17	70	16	62	36	0	2	60	1.09
8035840--8036045	91	2.3	88	86	2	277	36	17	9	35	1.82
8036060--8036140	19	4.3	18	73	9	72	66	1	6	25	1.22
8036060--8036157	28	3.5	28	73	14	76	66	1	6	26	1.21
8036409--8036465	18	3.1	17	75	12	51	42	1	0	56	1.10
8036432--8036471	20	2.0	21	85	5	55	40	0	0	60	0.97
8036431--8036516	31	2.8	31	81	6	88	33	2	1	62	1.15
8045276--8045345	25	2.7	27	82	4	90	27	2	2	67	1.19
8045380--8045436	27	2.1	27	83	6	71	28	3	1	66	1.18
8049559--8049610	24	2.2	24	85	0	68	48	11	3	36	1.58
8053573--8053624	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
8067758--8067809	25	2.0	28	88	11	83	51	3	11	32	1.56
8072494--8072531	20	1.9	19	85	15	51	47	7	0	44	1.32
8080873--8080920	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
8082009--8082148	46	3.0	46	88	0	208	36	6	26	30	1.82
8082629--8082658	12	2.5	12	100	0	60	40	6	10	43	1.64
8083503--8083547	22	2.0	23	91	4	74	40	20	8	31	1.83
8084556--8084694	37	3.8	37	92	1	228	25	22	15	37	1.93
8084665--8084835	46	3.6	46	83	9	216	28	22	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8084708--8084821	52	2.2	52	87	4	158	28	22	12	35	1.91
8092476--8092528	23	2.3	23	90	0	88	22	20	24	32	1.98
8094427--8094460	13	2.6	13	95	0	59	20	29	32	17	1.96
8097137--8097177	20	2.0	21	85	4	57	39	0	12	48	1.41
8099075--8099127	25	2.1	25	85	0	70	16	24	24	33	1.96
8099122--8099178	22	2.6	23	83	8	73	15	21	19	43	1.87
8102335--8102384	25	2.0	25	84	7	66	34	2	8	56	1.40
8108177--8108224	22	2.3	20	83	16	62	35	0	0	64	0.94
8109487--8109527	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
8109889--8109952	23	2.6	24	75	12	58	29	6	0	64	1.18
8111545--8111748	83	2.4	84	83	8	238	28	23	20	26	1.99
8111523--8111749	42	5.4	42	80	5	219	28	23	20	27	1.99
8112166--8112205	21	1.9	21	94	0	71	2	45	17	35	1.62
8112169--8112236	33	2.1	33	94	0	118	5	41	16	36	1.72
8112193--8112217	12	2.1	12	100	0	50	0	44	16	40	1.47
8117100--8117176	24	3.2	24	88	3	120	32	27	20	19	1.97
8118709--8119227	27	18.6	27	81	10	526	36	2	13	48	1.56
8118726--8119227	117	4.4	117	90	6	717	35	2	12	48	1.55
8122531--8122569	21	1.9	20	89	5	60	43	35	0	20	1.52
8140526--8140555	15	2.0	15	93	0	51	23	16	20	40	1.91
8143392--8143441	20	2.5	20	80	0	64	52	0	6	42	1.26
8143529--8143568	20	2.0	20	90	0	62	45	10	10	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8148981--8149050	31	2.3	31	85	4	90	38	10	11	40	1.75
8153049--8153115	8	8.8	8	79	9	50	28	0	0	71	0.86
8153064--8153140	18	4.2	18	83	5	84	24	0	2	72	0.97
8153049--8153114	26	2.5	26	82	2	78	27	0	0	72	0.85
8153048--8153120	10	7.8	10	75	14	66	28	0	1	69	0.96
8153331--8153364	17	2.1	17	88	5	52	14	17	2	64	1.40
8155788--8156008	112	2.0	113	82	6	270	43	2	10	43	1.53
8160873--8161160	44	6.7	43	72	11	169	27	23	21	28	1.99
8160876--8161117	130	1.9	131	83	4	319	27	23	21	27	1.99
8162817--8162849	11	3.0	11	91	8	50	3	18	0	78	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204