genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  71  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22376872--22376968	29	3.5	28	80	8	108	58	1	6	34	1.30
22384527--22384553	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
22384972--22385024	18	3.1	17	76	17	56	54	1	7	35	1.40
22390790--22390820	16	1.9	16	100	0	62	19	38	6	35	1.77
22393123--22393176	23	2.3	23	78	12	58	48	0	11	40	1.39
22406606--22406665	11	5.5	11	91	0	84	23	5	41	30	1.75
22406783--22406812	14	2.1	15	93	6	53	10	6	13	70	1.34
22411437--22411485	22	2.2	22	88	0	71	38	10	2	48	1.48
22418144--22418191	24	2.1	22	81	11	53	52	10	12	25	1.71
22423482--22423514	17	1.9	17	88	11	50	60	9	9	21	1.54
22426259--22426288	15	1.9	16	93	6	53	63	3	13	20	1.43
22427972--22428251	94	3.0	94	78	4	294	29	19	18	32	1.96
22440087--22440153	32	2.2	30	83	5	80	68	5	17	7	1.34
22446687--22446717	12	2.6	12	94	0	53	29	0	48	22	1.51
22449718--22449783	25	2.7	23	84	11	71	39	0	3	57	1.14
22449750--22449783	8	4.2	8	100	0	68	47	0	0	52	1.00
22454140--22454188	18	2.7	18	87	0	71	26	6	10	57	1.55
22455963--22456006	22	1.9	24	86	9	65	45	0	13	40	1.44
22457426--22457533	11	10.4	11	72	22	65	58	0	3	37	1.16
22457393--22457543	40	3.6	40	89	5	212	60	0	2	36	1.11
22471666--22471705	21	2.0	21	85	5	55	40	7	2	50	1.44
22472009--22472071	31	2.0	31	82	11	76	47	7	3	41	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22475926--22475963	20	1.9	20	88	0	58	28	7	13	50	1.69
22475911--22475977	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
22488028--22488149	61	2.0	61	86	0	172	35	15	16	32	1.90
22488158--22488217	23	2.6	23	86	0	84	35	16	15	33	1.90
22488226--22488332	42	2.5	42	98	0	205	42	11	14	32	1.80
22488465--22488560	17	5.9	17	75	16	105	23	12	20	42	1.86
22488482--22488616	46	2.9	46	93	2	227	25	13	19	41	1.88
22492469--22492520	25	2.1	25	100	0	104	51	7	7	32	1.59
22492473--22492526	25	2.2	25	93	0	90	50	11	5	33	1.61
22495226--22495319	41	2.3	41	84	0	125	34	15	29	20	1.94
22495247--22495336	41	2.2	41	83	0	117	34	15	27	22	1.94
22497199--22497352	77	2.0	77	97	0	290	50	13	15	20	1.78
22497545--22497614	30	2.3	30	92	0	113	15	34	31	18	1.92
22509294--22509459	52	3.2	52	85	3	183	19	17	28	34	1.94
22509293--22509459	26	6.4	26	79	12	146	19	17	28	35	1.94
22513057--22513121	32	2.0	32	100	0	130	32	15	18	33	1.92
22517143--22517257	52	2.2	52	87	0	167	20	12	28	39	1.88
22517126--22517275	26	5.8	26	77	1	122	20	14	29	36	1.92
22517126--22517257	52	2.5	50	83	2	165	20	13	29	36	1.91
22526462--22526730	40	6.8	40	84	2	326	21	30	14	34	1.93
22526498--22526563	20	3.3	20	68	8	53	21	36	15	27	1.93
22526521--22526583	20	3.2	20	73	8	74	22	31	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22531296--22531378	31	2.6	33	86	7	109	32	4	1	61	1.25
22534107--22534137	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
22534619--22534666	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
22535164--22535200	9	4.1	9	92	0	65	32	8	10	48	1.67
22535253--22535283	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
22539676--22539709	10	3.3	10	84	8	50	61	0	0	38	0.96
22540522--22540547	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
22544123--22544163	20	2.0	20	85	0	55	51	7	9	31	1.62
22549625--22549657	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
22551080--22551108	6	4.8	6	100	0	58	17	0	13	68	1.20
22551080--22551117	18	2.1	18	85	9	51	18	2	13	65	1.37
22558530--22558561	5	6.4	5	100	0	64	40	37	21	0	1.54
22563172--22563223	26	2.0	26	100	0	104	38	19	0	42	1.51
22564592--22564721	67	1.9	67	98	0	251	37	7	10	44	1.67
22583487--22583528	21	2.0	20	86	4	57	50	19	14	16	1.79
22585746--22585827	36	2.3	36	82	0	92	48	18	7	25	1.73
22592449--22592482	17	2.0	18	88	11	54	47	0	11	41	1.40
22598570--22598634	21	3.0	21	79	6	58	70	3	26	0	1.01
22599412--22599721	153	2.0	153	94	0	548	23	20	10	45	1.82
22606322--22606356	17	2.0	17	88	5	52	14	31	42	11	1.81
22610590--22610637	25	1.9	25	100	0	96	33	18	20	27	1.96
22614188--22614222	15	2.3	15	90	0	52	57	14	20	8	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22620947--22621016	31	2.3	31	89	0	104	51	4	8	35	1.52
22623426--22623483	31	1.9	30	85	3	80	25	12	18	43	1.85
22626732--22626774	22	2.0	22	100	0	86	37	13	25	23	1.92
22634016--22634062	17	2.8	16	76	20	51	36	29	19	14	1.92
22636535--22636568	17	2.0	17	100	0	68	64	17	5	11	1.45
22654974--22655689	44	16.6	42	70	12	319	27	20	24	28	1.99
22655272--22655560	89	3.3	89	70	14	301	26	20	25	27	1.99
22654967--22655396	217	2.0	217	93	0	736	27	20	24	27	1.99
22655195--22655570	174	2.2	172	89	2	565	27	19	25	28	1.99
22657462--22657503	19	2.2	20	82	4	50	30	7	11	50	1.66
22658717--22658773	30	1.9	30	82	13	73	43	5	1	49	1.35
22662560--22662718	43	3.7	43	98	0	300	45	2	5	47	1.38
22665076--22665144	16	4.4	16	69	20	65	47	1	10	40	1.46
22665097--22665680	121	4.8	121	95	0	1026	43	2	6	48	1.40
22665097--22665680	243	2.4	243	95	1	1039	43	2	6	48	1.40
22665828--22665918	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
22665899--22665934	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
22669230--22669296	27	2.4	27	71	16	64	62	0	0	37	0.95
22669596--22669626	15	2.1	15	93	0	53	38	0	6	54	1.26
22669662--22669699	10	3.8	10	80	13	51	28	7	0	63	1.23
22669762--22669840	27	2.9	26	75	11	70	32	2	1	63	1.16
22675843--22675960	59	2.0	59	93	0	200	19	19	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22685458--22685673	108	2.0	108	99	0	423	36	15	13	34	1.87
22693505--22693547	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
22693729--22694017	43	6.7	43	75	5	167	27	31	17	23	1.97
22693767--22693965	87	2.3	87	90	2	303	31	32	16	20	1.94
22693789--22694041	130	1.9	130	80	4	296	31	30	15	22	1.95
22694352--22694428	21	3.7	21	80	1	75	5	41	18	35	1.73
22694362--22694428	21	3.2	21	80	0	80	4	41	19	34	1.72
22694449--22694579	66	2.0	66	89	3	201	14	23	19	42	1.88
22699932--22700326	9	47.0	9	64	17	136	31	2	18	47	1.63
22699954--22700190	16	14.8	16	65	20	77	32	2	18	47	1.60
22699992--22700284	25	11.7	25	75	7	220	33	2	17	46	1.63
22699990--22700324	75	4.4	75	94	1	496	31	2	17	47	1.62
22699992--22700326	25	13.3	25	71	12	125	32	2	17	47	1.62
22700383--22700438	27	2.1	27	100	0	112	48	3	7	41	1.48
22700888--22700920	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
22700410--22700875	121	3.9	121	97	0	828	44	6	8	40	1.59
22700924--22701012	18	4.8	18	76	14	92	40	0	12	47	1.41
22700933--22701030	31	2.9	31	77	19	90	40	0	13	45	1.43
22700952--22701009	17	3.4	17	83	4	71	37	0	13	48	1.43
22700937--22701018	22	4.0	22	71	23	79	40	0	13	46	1.43
22701053--22701140	13	6.6	13	69	19	65	42	3	9	45	1.52
22701038--22701140	40	2.6	39	87	3	143	39	3	10	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22701179--22701211	10	3.1	11	86	8	50	36	21	9	33	1.85
22704775--22704898	7	17.0	7	71	14	72	33	45	0	20	1.57
22704776--22704878	22	4.6	22	79	7	127	32	46	0	20	1.57
22704777--22704895	29	4.0	29	79	6	105	31	46	0	21	1.57
22704775--22704895	22	5.5	22	75	8	95	32	46	0	20	1.57
22706910--22706955	20	2.3	20	88	7	67	15	4	2	78	1.01
22707340--22707380	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
22708289--22708486	41	4.8	41	79	2	200	33	25	20	20	1.97
22708523--22708659	40	3.5	40	82	4	154	17	20	22	39	1.92
22708663--22708688	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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