genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  90  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27572855--27572885	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
27572938--27572974	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
27576433--27576608	96	1.8	96	80	4	212	31	22	14	30	1.94
27576744--27576815	23	3.1	23	81	0	63	40	16	19	23	1.91
27582142--27582353	106	2.0	106	98	0	406	39	14	14	31	1.86
27584300--27584355	25	2.2	26	78	18	64	33	25	10	30	1.90
27585130--27585357	118	1.9	118	88	3	343	28	24	8	37	1.85
27586271--27586344	31	2.3	34	81	6	91	5	21	9	63	1.44
27588554--27588605	27	1.9	27	84	0	68	30	3	9	55	1.50
27591568--27591617	22	2.3	22	83	10	59	32	6	0	62	1.20
27596399--27596498	39	2.6	39	83	0	110	35	4	18	43	1.68
27604464--27604488	7	3.6	7	100	0	50	12	0	48	40	1.40
27606606--27606738	70	1.9	67	86	4	185	31	11	14	42	1.81
27607609--27607658	20	2.5	20	80	0	64	16	26	24	34	1.95
27607696--27607767	27	2.7	27	82	0	90	22	15	19	43	1.88
27612550--27612579	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27614522--27615204	342	2.0	342	99	0	1348	41	10	15	32	1.81
27616521--27616577	29	2.0	29	86	6	80	43	19	14	22	1.86
27617665--27617702	11	3.3	12	89	10	62	55	0	0	44	0.99
27625098--27625179	31	2.6	31	84	0	101	41	12	13	32	1.81
27625104--27625194	31	2.9	31	80	0	83	41	13	13	31	1.82
27625689--27625726	15	2.6	15	87	4	51	31	18	0	50	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27630445--27630470	12	2.2	12	100	0	52	0	7	15	76	0.99
27630627--27630651	11	2.3	11	100	0	50	76	8	8	8	1.18
27632003--27632069	18	3.8	18	75	15	68	62	0	10	26	1.27
27632240--27632293	25	2.2	24	86	3	72	57	0	7	35	1.27
27632300--27632351	21	2.6	21	80	14	56	67	1	13	17	1.32
27632274--27632546	18	15.1	17	69	22	116	62	1	13	23	1.39
27632357--27632427	5	13.0	5	72	16	52	53	2	18	25	1.58
27632340--27632387	22	2.2	22	88	0	69	56	0	16	27	1.41
27632357--27632442	28	3.1	28	79	1	93	55	2	17	24	1.53
27632420--27632511	35	2.7	34	80	9	107	66	1	9	22	1.28
27632273--27632531	52	4.7	52	70	21	140	62	1	13	23	1.39
27632501--27632551	5	9.6	5	85	12	66	60	0	17	21	1.36
27632506--27632552	23	2.1	22	92	7	78	61	0	19	19	1.34
27632278--27632561	17	15.4	17	67	17	97	62	1	13	22	1.38
27633092--27633156	22	2.9	22	83	2	76	26	13	0	60	1.34
27633102--27633159	17	3.5	16	76	4	53	25	13	0	60	1.34
27633164--27633259	20	4.9	20	73	21	62	20	11	1	66	1.29
27633182--27633237	16	3.2	17	71	28	55	19	12	1	66	1.33
27633162--27633237	35	2.1	36	88	7	111	22	11	1	64	1.34
27633204--27633279	23	3.3	22	81	10	73	23	10	1	64	1.32
27633200--27633288	22	4.1	22	81	12	89	21	10	1	67	1.27
27635496--27635827	89	3.7	86	78	10	305	56	12	5	24	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27635509--27635827	90	3.6	87	80	5	284	57	12	5	24	1.57
27638316--27638350	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
27638203--27638519	157	2.0	157	95	0	571	44	3	4	47	1.41
27638453--27638494	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
27638462--27638503	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
27638644--27638851	91	2.3	91	88	4	285	46	3	3	45	1.39
27640237--27640289	23	2.3	23	76	0	61	28	0	3	67	1.07
27641194--27641256	23	2.7	23	83	16	85	53	22	6	17	1.65
27641194--27641268	23	3.3	22	78	12	64	56	21	5	17	1.61
27652709--27652759	16	3.1	17	78	15	63	60	3	31	3	1.33
27658038--27658239	44	4.6	44	66	16	121	29	21	25	22	1.99
27657934--27658334	132	3.0	132	94	0	694	30	20	24	23	1.99
27666561--27667363	400	2.0	401	97	0	1518	34	24	16	24	1.95
27671803--27671880	38	2.0	39	92	2	131	66	3	23	6	1.31
27674560--27674597	19	2.0	19	94	0	67	44	5	13	36	1.66
27675214--27675830	115	5.4	112	76	8	498	31	19	22	25	1.98
27675289--27675825	229	2.4	228	82	2	648	32	19	22	24	1.97
27681256--27681306	21	2.4	21	86	0	66	33	15	45	5	1.71
27683106--27683164	21	2.8	21	76	0	73	44	16	23	15	1.86
27683204--27683250	20	2.3	21	81	7	60	42	10	17	29	1.82
27684758--27685180	94	4.5	95	79	4	426	26	18	18	36	1.94
27685115--27685222	44	2.5	44	84	6	130	27	18	20	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27690758--27690849	29	3.1	29	79	3	103	23	25	13	38	1.91
27690768--27690878	29	3.8	29	78	2	87	26	26	10	36	1.89
27690829--27690897	29	2.4	29	90	0	102	24	28	10	36	1.88
27692528--27692598	22	3.2	22	93	0	115	30	15	28	25	1.96
27694243--27694274	16	2.0	16	100	0	64	62	12	12	12	1.55
27697745--27697795	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
27698291--27698362	10	7.5	10	77	12	62	72	1	1	25	1.01
27698269--27698346	10	7.3	11	73	15	58	70	1	3	24	1.11
27698302--27698364	9	6.9	9	76	7	56	68	0	1	30	0.99
27698313--27698363	16	2.9	17	77	8	50	70	0	0	29	0.87
27698546--27698612	19	3.4	19	73	20	66	26	7	4	61	1.42
27698574--27698618	21	2.1	21	84	8	56	26	8	4	60	1.46
27698604--27698650	19	2.5	20	75	10	53	38	2	0	59	1.09
27698589--27698692	29	3.7	27	74	14	93	32	5	2	58	1.36
27698605--27698693	28	3.1	28	74	7	90	32	4	2	60	1.29
27698764--27698807	22	2.0	21	86	4	61	36	0	0	63	0.95
27698812--27698985	89	2.0	88	82	5	217	35	8	18	37	1.82
27705895--27705940	24	2.0	22	83	8	56	47	10	17	23	1.79
27710066--27710115	4	12.5	4	95	0	91	26	52	0	22	1.48
27710909--27710950	16	2.6	16	96	0	75	16	9	16	57	1.65
27711540--27711580	14	2.9	14	85	0	55	41	14	2	41	1.59
27712194--27712265	29	2.5	29	88	2	101	13	30	0	55	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27713626--27713854	79	2.9	79	85	1	289	28	9	17	44	1.81
27719449--27719474	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
27728864--27728891	12	2.3	12	100	0	56	7	14	32	46	1.71
27728880--27729012	40	3.3	40	82	6	162	30	18	25	25	1.98
27729063--27729443	41	9.3	40	86	6	478	19	20	29	31	1.97
27729744--27729812	15	4.8	15	76	13	56	21	0	33	44	1.53
27729772--27729822	13	3.6	13	87	12	66	17	0	37	45	1.49
27729781--27729822	20	2.0	21	90	4	68	16	0	38	45	1.48
27729675--27729822	7	20.7	7	72	12	68	20	0	33	45	1.57
27730078--27730155	22	3.6	22	75	3	77	29	1	33	35	1.66
27730092--27730122	14	2.2	14	94	0	53	35	0	29	35	1.58
27733029--27733073	23	1.9	24	86	4	65	26	0	2	71	0.98
27733038--27733075	16	2.3	17	86	13	53	23	0	2	73	0.95
27733945--27733979	16	2.2	16	100	0	70	42	0	5	51	1.25
27734880--27734936	27	2.2	26	81	9	62	26	8	1	63	1.34
27735168--27735463	43	6.9	43	90	0	441	21	17	34	26	1.96
27735168--27735460	86	3.4	86	94	0	498	21	18	34	26	1.96
27735667--27735696	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27737559--27737602	22	2.0	21	86	4	61	38	0	11	50	1.39
27740965--27741610	114	5.7	114	89	0	963	25	23	24	26	2.00
27741529--27741711	91	2.0	92	94	1	323	21	22	26	28	1.99
27741697--27741775	41	1.9	41	89	0	122	22	20	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27741956--27742110	21	7.2	21	68	14	86	23	0	31	44	1.58
27741956--27742110	14	10.9	14	70	12	91	23	0	31	44	1.58
27741956--27742111	7	21.9	7	70	11	57	23	0	32	44	1.58
27742248--27742295	7	6.7	7	76	4	51	20	0	45	33	1.52
27742262--27742306	22	2.0	22	86	0	63	26	2	37	33	1.69
27742612--27742665	19	2.8	18	78	10	54	70	5	3	20	1.23
27746615--27746643	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
27746912--27747097	91	2.0	91	100	0	372	29	8	9	52	1.64
27747113--27747232	43	2.8	42	93	5	197	23	18	26	31	1.97
27747328--27747370	22	1.9	23	85	4	61	44	23	20	11	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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