genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  53  of  204  ( 24458 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17341250--17341325	27	2.8	27	90	4	118	26	7	22	43	1.80
17341455--17341479	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
17345105--17345153	20	2.6	19	87	9	73	65	0	6	28	1.16
17345398--17345445	21	2.3	21	83	16	64	22	4	4	68	1.24
17345409--17345453	21	2.1	21	84	8	56	24	4	2	68	1.19
17345613--17345784	95	1.8	92	81	6	211	34	8	15	40	1.78
17345894--17346019	62	2.0	63	92	1	209	45	17	7	29	1.77
17349114--17349150	16	2.3	16	95	0	65	35	32	18	13	1.90
17355937--17356001	23	2.8	23	88	6	87	35	16	24	23	1.95
17355963--17356038	22	3.2	23	81	12	75	35	22	23	18	1.96
17356186--17356641	67	6.8	67	92	0	698	42	18	1	37	1.60
17363203--17363257	27	2.0	27	100	0	110	36	25	7	30	1.83
17368472--17368658	94	2.0	94	90	0	293	34	10	23	31	1.88
17389749--17389792	17	2.6	17	82	10	56	27	2	4	65	1.23
17390993--17391051	31	1.9	31	85	0	82	40	8	8	42	1.66
17414834--17414997	86	1.9	87	92	1	276	29	21	7	40	1.82
17431101--17431154	23	2.2	25	84	12	69	59	3	0	37	1.15
17436096--17436147	24	2.1	25	92	3	88	48	17	17	17	1.82
17439526--17439553	13	2.2	13	100	0	56	25	14	14	46	1.82
17453625--17453740	30	3.9	30	72	4	101	33	19	5	41	1.74
17453620--17453741	59	2.1	59	83	6	149	31	19	4	43	1.72
17454104--17454145	3	14.0	3	89	0	66	71	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17454108--17454202	9	10.2	9	72	18	61	73	0	25	1	0.90
17454105--17454196	12	7.4	12	73	22	75	72	0	27	0	0.84
17454104--17454202	15	6.6	15	74	13	69	72	0	26	1	0.91
17454105--17454196	6	14.8	6	77	13	62	72	0	27	0	0.84
17454149--17454194	7	6.6	7	82	9	58	73	0	26	0	0.83
17454149--17454201	14	3.7	14	78	12	63	75	0	22	1	0.90
17454667--17454701	17	2.0	18	94	5	63	25	0	0	74	0.82
17460149--17460263	11	10.5	11	83	3	70	23	30	0	46	1.53
17460174--17460260	11	7.9	11	89	0	138	25	33	0	41	1.56
17460174--17460260	33	2.6	33	100	0	174	25	33	0	41	1.56
17462101--17462140	18	2.2	18	90	0	62	22	30	5	42	1.75
17463595--17463881	125	2.3	125	89	1	432	28	20	19	31	1.97
17464067--17464111	6	7.3	6	87	2	63	37	42	2	17	1.62
17467178--17467827	107	6.2	106	79	9	676	26	18	15	39	1.91
17467398--17467501	48	2.2	48	82	3	120	22	22	16	39	1.92
17467482--17467828	109	3.3	100	82	13	364	26	18	14	39	1.90
17467762--17467890	58	2.2	57	84	5	159	17	22	17	41	1.90
17474848--17474880	16	2.1	16	94	0	57	48	0	18	33	1.48
17475626--17475655	15	2.0	15	93	0	51	43	6	6	43	1.57
17478827--17478889	26	2.4	26	82	7	74	36	7	0	55	1.29
17481914--17481950	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
17487602--17488345	371	2.0	371	96	0	1371	30	16	21	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17497446--17497524	39	2.0	39	100	0	158	46	10	17	25	1.79
17497806--17498094	36	8.0	36	92	0	443	29	19	12	38	1.89
17500983--17501079	42	2.3	42	81	0	122	17	25	15	41	1.89
17502383--17502599	51	4.4	51	82	8	286	31	21	14	32	1.93
17502438--17502601	44	3.6	44	81	11	202	31	20	15	32	1.94
17502400--17502601	95	2.1	95	93	0	341	32	20	15	31	1.94
17502673--17502705	17	1.9	17	88	11	50	45	21	0	33	1.52
17506003--17506950	315	3.0	315	94	0	1700	28	13	23	34	1.93
17522233--17522297	27	2.4	27	86	0	85	27	23	30	18	1.97
17522423--17522457	3	12.3	3	88	11	56	68	0	31	0	0.90
17522453--17522478	4	6.5	4	100	0	52	76	0	23	0	0.78
17522411--17522477	11	5.4	12	81	18	68	68	0	31	0	0.90
17522411--17522477	14	4.9	14	81	15	70	68	0	31	0	0.90
17522608--17522730	19	6.2	19	70	22	83	31	0	13	55	1.38
17522687--17522735	21	2.3	22	92	7	91	28	0	12	59	1.34
17522590--17522748	82	2.0	78	93	4	273	30	0	13	55	1.38
17522723--17522844	60	2.0	60	87	3	174	31	0	13	54	1.46
17528165--17528239	27	2.8	28	83	4	91	24	33	20	22	1.97
17528657--17528697	6	6.8	6	97	0	64	17	56	17	9	1.67
17536832--17536958	11	12.4	11	71	22	91	59	0	2	38	1.11
17536902--17536965	31	2.1	30	97	2	119	60	0	1	37	1.06
17545784--17545810	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17547101--17547228	43	3.0	43	77	15	138	30	28	18	22	1.98
17548094--17548138	3	15.3	3	78	21	51	31	2	0	66	1.04
17550306--17550360	28	1.9	29	96	3	103	45	14	14	25	1.83
17554177--17554659	50	9.7	50	72	7	318	24	19	24	32	1.98
17554177--17554684	100	5.1	100	88	0	667	24	19	24	31	1.98
17555915--17555944	15	1.9	16	93	6	53	13	13	3	70	1.30
17555892--17555932	7	6.0	7	78	16	50	14	17	0	68	1.22
17556823--17556893	6	11.8	6	83	5	72	12	5	11	70	1.32
17556818--17556863	18	2.6	18	89	0	65	17	6	10	65	1.45
17556842--17556904	30	2.1	30	87	0	90	11	3	9	76	1.13
17556848--17556911	30	2.1	30	85	0	83	12	3	7	76	1.11
17556925--17556990	35	1.9	35	84	9	91	10	10	1	77	1.07
17556900--17556973	18	4.3	16	70	24	53	8	13	1	77	1.06
17566929--17566958	7	4.4	7	91	8	53	0	13	0	86	0.57
17566929--17566958	13	2.2	14	94	5	53	0	13	0	86	0.57
17567027--17567068	17	2.4	18	80	11	52	23	9	2	64	1.35
17569947--17570005	7	8.3	7	83	3	73	11	0	44	44	1.41
17569947--17570005	22	2.8	21	89	2	91	11	0	44	44	1.41
17571201--17571288	45	2.0	45	86	0	122	26	29	9	35	1.87
17572999--17573048	18	2.9	17	85	8	66	38	18	2	42	1.61
17573109--17573149	19	2.0	21	86	9	59	48	0	0	51	1.00
17573346--17573422	24	3.6	21	73	14	68	51	19	1	27	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17573360--17573414	12	4.8	12	88	4	78	52	16	1	29	1.54
17573353--17573421	24	3.0	24	87	8	92	53	17	1	27	1.52
17573360--17573421	12	5.5	11	87	11	74	53	16	1	29	1.52
17573488--17573595	9	12.6	9	75	16	86	47	21	2	28	1.65
17573501--17573563	25	2.5	25	78	0	72	46	22	4	26	1.72
17573368--17573548	96	1.9	94	83	7	233	50	19	2	27	1.59
17573488--17573595	16	6.3	17	78	11	89	47	21	2	28	1.65
17579042--17579110	21	3.3	21	85	4	95	37	18	40	2	1.66
17579095--17579134	12	3.3	12	92	0	62	45	17	35	2	1.62
17579554--17579865	43	7.4	42	86	6	373	24	21	23	30	1.99
17579553--17579844	124	2.3	125	86	6	394	23	20	23	31	1.98
17579937--17579979	22	2.0	22	90	0	68	48	27	13	9	1.73
17580521--17580577	29	1.9	30	85	3	80	36	5	8	49	1.57
17580521--17580588	30	2.3	29	82	7	75	35	5	8	50	1.58
17580707--17580733	6	4.5	6	100	0	54	66	14	0	18	1.25
17582609--17582644	8	4.4	8	86	6	54	61	0	0	38	0.96
17582599--17582639	17	2.3	18	83	12	57	53	0	0	46	1.00
17582605--17582680	17	4.4	17	75	8	73	57	1	3	36	1.25
17582599--17582645	17	2.7	18	83	3	53	57	0	0	42	0.98
17583475--17583529	29	1.9	28	85	3	74	27	12	5	54	1.60
17591438--17591486	25	2.0	25	88	8	73	32	14	14	38	1.86
17598436--17598492	25	2.4	24	82	8	71	35	1	3	59	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17602582--17602645	20	3.3	20	76	6	60	42	7	0	50	1.31
17603269--17603465	98	2.0	98	92	0	331	28	10	24	36	1.89
17608245--17608304	29	2.1	27	84	6	75	83	6	6	3	0.90
17609612--17610039	44	9.7	44	62	14	132	29	21	24	24	1.99
17609569--17610222	132	5.0	132	93	0	1065	30	20	24	24	1.99
17610231--17610563	44	7.7	44	71	13	172	29	18	22	29	1.98
17610755--17610876	45	2.8	44	83	3	156	29	19	24	26	1.99
17610862--17610964	44	2.3	43	80	4	118	32	19	19	29	1.96
17610997--17611644	132	4.9	131	91	1	967	28	18	23	30	1.97
17612108--17612177	20	3.3	20	69	18	61	55	10	17	17	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204