genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   

This is table  78  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24305373--24305461	42	2.1	42	87	4	126	25	24	31	17	1.97
24306944--24307010	12	5.2	12	75	10	53	70	1	5	22	1.18
24306977--24307009	13	2.5	13	90	9	50	75	0	9	15	1.03
24309275--24309444	24	6.9	24	72	11	128	17	24	20	37	1.94
24309293--24309501	48	4.2	49	73	10	167	18	24	21	36	1.95
24312952--24313024	36	2.0	36	89	0	110	31	21	8	38	1.83
24317703--24317742	21	1.9	21	100	0	80	22	37	20	20	1.94
24318054--24318099	13	3.5	13	90	3	65	17	13	0	69	1.19
24326437--24326753	125	2.5	125	93	1	537	30	18	22	29	1.97
24329730--24329853	58	2.1	59	93	1	214	39	8	10	41	1.69
24329917--24330053	21	6.4	21	87	5	195	22	0	32	44	1.53
24329917--24330053	43	3.2	43	84	9	183	22	0	32	44	1.53
24329920--24330042	64	1.9	63	98	1	237	21	0	31	47	1.51
24330193--24330235	12	3.3	12	78	15	50	55	0	0	44	0.99
24330718--24330761	18	2.4	19	81	7	56	40	6	27	25	1.80
24332542--24332646	51	2.1	50	84	10	133	51	1	21	24	1.58
24332633--24332674	11	3.8	11	90	0	66	47	4	26	21	1.70
24332614--24332688	33	2.2	34	81	6	91	46	2	28	22	1.65
24337040--24337094	20	2.9	20	82	12	55	47	0	5	47	1.25
24344061--24344263	110	1.9	109	87	8	308	27	0	11	60	1.35
24346639--24346720	33	2.4	35	83	6	105	35	8	13	42	1.75
24350378--24350430	16	3.4	16	72	15	56	47	3	5	43	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24357140--24357168	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
24361858--24361896	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
24365433--24365529	41	2.4	41	92	0	167	15	25	10	48	1.77
24366556--24366691	41	3.4	41	68	10	104	32	24	18	25	1.97
24366847--24366903	24	2.3	24	80	17	64	49	17	0	33	1.47
24367648--24367677	7	4.4	7	95	4	53	56	0	0	43	0.99
24367644--24367677	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
24367689--24367747	28	2.0	30	83	6	77	44	5	0	50	1.24
24369949--24370008	31	1.9	32	82	3	77	31	5	18	45	1.71
24380189--24380223	16	2.1	17	89	5	54	37	0	51	11	1.38
24382516--24382799	51	5.6	51	73	7	211	28	14	27	28	1.95
24382512--24382751	102	2.3	101	92	2	390	28	14	28	28	1.95
24385816--24385853	20	1.9	20	89	10	60	60	5	0	34	1.19
24387825--24387908	43	2.0	43	97	0	159	40	21	9	28	1.84
24391051--24391129	39	2.2	34	82	15	88	65	8	10	15	1.45
24395179--24395208	6	5.2	6	92	8	53	53	0	0	46	1.00
24395073--24395203	68	1.9	72	82	9	173	51	4	3	40	1.41
24395146--24395208	11	5.8	11	75	16	60	55	1	1	41	1.19
24395612--24395662	24	2.1	25	85	3	68	35	1	5	56	1.35
24396167--24396192	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
24398940--24398975	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24399376--24399457	37	2.2	37	93	0	137	40	14	8	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24399500--24399575	33	2.3	33	97	0	143	43	15	5	35	1.70
24402636--24402844	92	2.3	91	86	5	278	45	3	3	46	1.39
24402772--24402819	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
24406190--24406222	17	2.0	17	88	5	50	48	6	3	42	1.43
24418432--24418469	20	1.9	20	94	0	67	34	13	21	31	1.91
24423740--24423851	42	2.7	42	88	0	161	28	32	22	16	1.96
24426165--24426362	50	3.8	50	84	5	227	26	21	28	23	1.99
24426176--24426360	100	1.8	100	85	7	262	25	20	29	24	1.99
24429537--24429569	16	2.0	17	88	5	50	45	3	0	51	1.16
24435632--24435663	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
24445435--24445469	2	17.5	2	100	0	70	0	0	48	51	1.00
24454177--24454201	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
24457717--24457795	20	3.7	20	73	15	77	50	20	13	15	1.77
24457765--24457847	20	4.0	21	75	14	73	43	22	18	15	1.87
24458764--24458792	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
24458879--24458954	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
24463418--24463514	37	2.6	37	76	7	90	31	24	2	41	1.67
24464678--24464722	24	1.9	24	90	4	74	35	0	2	62	1.08
24464819--24464846	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
24464789--24464998	68	3.1	68	96	1	379	46	9	4	40	1.55
24464887--24464914	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
24464987--24465028	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24465022--24465059	19	2.0	20	94	5	69	47	0	0	52	1.00
24470061--24470085	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
24482965--24483133	87	1.9	89	79	7	193	43	16	5	33	1.72
24483262--24483307	19	2.4	19	88	0	74	58	0	0	41	0.98
24483355--24483402	10	4.8	10	79	7	53	60	2	2	35	1.20
24483355--24483402	20	2.4	20	86	6	62	60	2	2	35	1.20
24483363--24483410	10	5.0	9	80	14	51	64	2	4	29	1.23
24483641--24483727	9	9.3	9	75	10	77	26	2	2	68	1.13
24483630--24483727	19	5.3	18	77	14	76	25	3	3	68	1.19
24483641--24483729	27	3.2	26	82	9	106	26	2	2	68	1.13
24483650--24483756	9	11.6	9	74	9	81	30	1	1	65	1.14
24484996--24485030	16	2.2	16	95	5	63	28	0	0	71	0.86
24487359--24487385	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24489981--24490102	36	3.4	35	78	13	115	45	11	10	32	1.75
24490027--24490314	17	16.3	18	72	9	218	46	9	12	31	1.74
24490040--24490158	52	2.3	54	81	11	140	47	9	12	30	1.72
24490027--24490314	36	8.1	36	75	9	193	46	9	12	31	1.74
24490420--24490461	21	2.0	20	90	4	66	40	9	14	35	1.78
24490629--24490678	17	2.9	17	79	8	57	74	2	0	24	0.93
24490676--24490700	9	2.8	9	100	0	50	56	12	12	20	1.67
24491607--24491720	29	3.9	29	89	1	165	40	5	20	34	1.75
24491912--24492617	78	8.9	79	85	9	815	33	20	17	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24491927--24492597	160	4.2	160	86	8	837	33	20	16	29	1.95
24492430--24492594	85	1.9	87	96	2	307	31	19	18	30	1.96
24494413--24494492	11	7.5	10	77	18	65	1	8	6	83	0.85
24494413--24494455	17	2.5	17	88	11	61	0	13	2	83	0.74
24494413--24494491	8	8.6	9	75	14	56	1	8	6	83	0.86
24494440--24494495	12	4.6	12	84	10	69	1	5	8	83	0.85
24494423--24494479	14	4.1	13	77	20	53	0	7	7	85	0.73
24494413--24494491	28	2.9	27	76	14	67	1	8	6	83	0.86
24494440--24494494	23	2.4	24	87	6	78	1	3	9	85	0.79
24500442--24500563	36	3.4	35	78	13	115	45	11	10	32	1.75
24500488--24500775	17	16.3	18	71	11	202	46	9	12	31	1.73
24500489--24500725	36	6.8	35	79	6	189	47	8	12	31	1.72
24501068--24501106	16	2.4	17	84	16	55	69	2	0	28	1.02
24501090--24501124	14	2.7	13	91	8	54	71	0	0	28	0.86
24501259--24501345	8	11.9	7	72	21	63	0	19	0	80	0.71
24501258--24501349	16	5.2	16	76	20	78	0	21	0	78	0.76
24501265--24501329	11	5.7	11	76	16	62	0	21	0	78	0.75
24501263--24501347	11	7.5	11	71	25	54	0	20	0	80	0.72
24501498--24501577	6	12.8	6	88	6	115	0	3	13	82	0.80
24501786--24501816	16	1.9	16	93	0	53	0	29	0	70	0.87
24502057--24502170	29	3.9	29	89	1	165	40	5	19	35	1.74
24504519--24504626	37	3.0	35	79	14	96	41	2	3	51	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24504566--24504744	92	1.9	92	98	0	349	41	5	5	47	1.50
24506465--24506539	38	2.0	37	84	10	98	36	4	0	60	1.16
24510036--24510067	3	10.7	3	93	0	55	37	0	62	0	0.95
24513149--24513186	2	19.5	2	89	5	60	50	2	0	47	1.15
24518308--24518348	21	1.9	23	85	14	61	26	19	19	34	1.96
24519352--24519434	30	2.8	30	87	8	125	36	2	6	55	1.38
24523713--24523801	25	3.1	30	81	15	116	26	24	6	41	1.80
24523723--24523769	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
24528387--24528467	25	2.9	29	83	16	125	25	23	7	43	1.80
24528387--24528433	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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