genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  107  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33880740--33880773	14	2.4	14	95	0	59	47	11	11	29	1.76
33881062--33881164	36	2.8	36	76	14	111	35	14	15	33	1.88
33881051--33881192	37	3.9	37	70	14	105	33	15	16	34	1.91
33899936--33900132	98	2.0	98	94	0	349	37	25	9	27	1.87
33901436--33901548	19	5.8	19	85	4	163	34	15	10	38	1.83
33901436--33901547	40	2.8	40	93	2	183	34	15	10	39	1.82
33906034--33906069	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
33906541--33906580	19	2.2	18	86	8	55	45	10	15	30	1.78
33907376--33907558	24	7.9	23	70	18	112	32	6	6	54	1.51
33907657--33907701	23	2.0	23	86	0	63	33	6	4	55	1.46
33909189--33909222	16	2.1	16	88	0	50	17	17	23	41	1.90
33914039--33914528	268	1.8	268	93	0	854	30	18	23	28	1.97
33914047--33914626	268	2.2	266	86	4	801	30	18	23	27	1.97
33914040--33914714	45	15.1	45	79	9	628	30	18	23	28	1.97
33914705--33915256	132	4.2	132	89	1	768	30	19	25	25	1.98
33914814--33915258	44	10.1	44	65	8	188	29	20	25	24	1.99
33915337--33915515	44	4.0	44	78	9	141	28	15	24	31	1.96
33916781--33916966	24	8.0	24	72	13	138	32	6	5	55	1.50
33916780--33916941	47	3.5	46	73	15	129	32	5	4	56	1.44
33916779--33916946	70	2.4	69	78	11	182	32	5	5	56	1.46
33917065--33917109	23	2.0	23	86	0	63	31	6	6	55	1.52
33918168--33918546	125	3.0	125	86	2	544	29	14	22	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33921574--33921798	116	1.9	116	87	1	326	40	10	10	38	1.74
33921809--33921858	23	2.2	23	85	0	64	30	0	24	46	1.53
33921826--33922021	29	6.6	30	79	14	210	27	0	27	45	1.58
33921826--33922021	62	3.3	58	78	14	213	27	0	27	45	1.58
33921868--33922017	38	3.7	38	71	17	129	27	0	26	46	1.54
33921804--33922025	87	2.6	88	88	2	317	27	0	26	45	1.57
33922006--33922047	13	3.2	13	86	6	59	26	0	21	52	1.47
33921857--33922054	87	2.3	87	89	4	301	26	0	25	46	1.56
33921994--33922268	61	4.1	66	86	12	359	24	0	28	46	1.56
33922061--33922086	6	4.3	6	100	0	52	15	0	46	38	1.46
33921998--33922170	73	2.4	73	90	2	258	23	0	29	46	1.56
33922079--33922181	13	8.2	13	73	10	72	24	0	25	50	1.49
33921977--33922404	121	3.5	125	84	11	546	25	0	28	46	1.55
33922092--33922624	54	9.4	54	70	20	299	24	0	28	46	1.54
33922207--33922295	13	6.8	13	67	15	58	25	0	24	49	1.51
33922274--33922429	48	3.1	48	89	7	224	24	0	30	44	1.54
33922376--33922531	67	2.3	67	88	0	240	23	0	28	46	1.57
33922477--33922554	6	12.7	6	69	15	52	19	0	39	41	1.51
33922284--33922596	102	2.9	103	76	14	258	24	0	30	45	1.56
33922497--33922624	13	9.8	13	73	11	73	22	0	29	47	1.52
33922454--33922623	92	1.9	91	81	8	211	23	0	30	46	1.53
33922589--33922632	13	3.4	13	96	0	79	20	0	25	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33922640--33922752	25	4.7	25	73	18	114	44	14	1	39	1.55
33923154--33923188	18	1.9	18	88	0	52	34	11	28	25	1.91
33923841--33923865	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
33925058--33925146	11	7.6	11	72	18	65	47	0	29	23	1.52
33925009--33925128	51	2.4	51	88	4	172	47	0	23	29	1.52
33925111--33925146	10	3.5	10	96	3	63	50	0	30	19	1.48
33925976--33926017	19	2.2	19	91	0	66	2	28	21	47	1.63
33926000--33926141	25	5.9	25	83	12	181	3	23	23	49	1.66
33926073--33926113	19	2.2	19	95	0	73	2	21	24	51	1.60
33925979--33926151	44	3.8	44	80	11	195	2	24	23	49	1.63
33926113--33926151	19	2.1	19	90	0	60	0	28	20	51	1.48
33929358--33929407	27	1.9	25	88	8	73	40	4	0	56	1.18
33929358--33929421	25	2.4	27	82	10	71	37	4	1	56	1.30
33929361--33929421	26	2.3	26	81	13	72	37	4	1	55	1.31
33930172--33930244	19	3.8	19	92	0	128	38	9	15	36	1.80
33930172--33930270	19	4.9	21	86	6	93	37	8	16	38	1.78
33930876--33930924	20	2.5	20	79	0	62	40	8	0	51	1.32
33930813--33931023	100	2.1	101	90	3	327	35	8	3	53	1.49
33930941--33930990	16	3.1	16	77	13	57	38	6	4	52	1.45
33930977--33931015	20	2.0	20	89	0	60	30	10	0	58	1.31
33936552--33936746	98	2.0	98	92	0	327	27	10	25	36	1.89
33937336--33937370	17	2.1	17	100	0	70	11	17	28	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33948184--33949104	132	7.0	132	93	0	1504	29	20	24	25	1.99
33953703--33953885	44	4.2	44	65	20	112	30	18	22	28	1.97
33953624--33954513	132	6.8	132	94	0	1525	28	18	23	29	1.98
33953735--33954048	44	7.1	44	64	7	109	28	20	23	27	1.99
33954100--33954312	44	4.8	45	69	10	116	29	18	23	29	1.97
33954840--33954950	19	5.8	19	89	0	177	39	9	13	37	1.76
33954847--33954950	38	2.7	38	98	0	199	40	8	12	38	1.74
33955579--33955736	20	7.6	20	67	18	81	34	8	3	53	1.48
33955522--33955735	106	2.1	101	89	6	322	34	7	4	53	1.49
33955762--33955799	19	2.1	19	90	5	60	39	0	0	60	0.97
33959207--33959257	24	2.3	21	87	12	68	29	17	11	41	1.85
33959214--33959262	24	2.0	24	100	0	98	26	16	16	40	1.89
33961818--33961860	23	2.0	22	86	9	61	34	0	2	62	1.08
33962001--33962027	13	2.1	13	100	0	54	37	7	14	40	1.74
33963314--33963375	28	2.2	27	78	16	63	40	1	4	53	1.32
33970497--33970773	129	2.1	129	91	0	455	30	20	23	26	1.98
33970758--33971257	44	11.6	44	72	8	368	28	16	23	32	1.96
33970742--33971263	129	4.0	128	90	2	767	28	16	23	31	1.96
33970758--33971176	85	4.9	85	72	10	350	28	16	23	31	1.96
33971312--33971488	50	3.5	50	76	0	192	34	25	16	23	1.95
33971278--33971549	100	2.7	100	86	1	357	32	25	18	24	1.97
33971352--33971515	50	3.3	50	75	3	168	35	21	17	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33973121--33973182	28	2.2	27	78	16	63	40	1	4	53	1.32
33978478--33978537	27	2.2	28	90	3	95	25	25	10	40	1.86
33979223--33979319	49	2.0	49	93	0	167	24	25	6	43	1.77
33983931--33983998	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
33983820--33984147	174	1.9	174	95	0	593	31	24	14	29	1.94
33984100--33984178	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
33986589--33986650	26	2.5	25	82	17	76	54	0	3	41	1.16
33987882--33988025	56	2.6	54	84	3	162	39	13	19	27	1.89
33987882--33988053	56	3.1	56	80	4	143	38	12	19	29	1.88
33990747--33990799	26	2.0	26	100	0	106	20	3	15	60	1.50
33990755--33990798	13	3.4	13	75	12	54	18	2	13	65	1.36
33991800--33991827	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
33992129--33992173	19	2.3	20	84	7	65	62	6	0	31	1.21
33992168--33992194	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
33992433--33992654	9	23.2	9	66	19	58	30	5	2	62	1.30
33992479--33992534	29	1.9	29	82	13	71	30	8	1	58	1.39
33992556--33992629	29	2.5	30	78	10	89	37	2	0	59	1.12
33992556--33992654	29	3.5	27	76	11	74	32	3	1	63	1.16
33992595--33992641	10	4.8	10	78	5	51	31	0	2	65	1.04
33994942--33994988	23	2.0	25	83	8	62	23	12	2	61	1.42
33995208--33995251	20	2.2	20	84	8	54	29	2	2	65	1.16
33995650--33995685	19	1.9	19	94	5	65	27	5	2	63	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33995711--33995735	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
33996023--33996053	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
34003175--34003604	225	1.9	227	87	2	634	23	26	15	33	1.95
34008193--34008218	7	3.7	7	100	0	52	15	0	26	57	1.38
34025897--34026051	41	3.8	39	81	12	186	19	21	30	27	1.98
34025894--34026051	82	1.9	82	86	7	223	18	22	31	27	1.97
34026754--34026783	15	2.0	15	100	0	60	26	0	46	26	1.53
34028909--34028969	31	2.0	31	93	3	106	13	18	22	45	1.83
34030872--34030998	42	3.0	42	80	3	130	21	14	30	33	1.94
34031000--34031139	43	3.3	43	85	2	183	22	18	32	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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