genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  92  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28842542--28842586	21	2.2	20	84	4	54	2	28	4	64	1.25
28850995--28851027	17	2.0	17	94	5	59	72	15	0	12	1.12
28853206--28853232	14	1.9	14	100	0	54	33	0	7	59	1.25
28853285--28853334	25	2.0	25	88	0	73	42	18	2	38	1.61
28859853--28859902	25	2.0	25	92	0	82	48	6	22	24	1.73
28863198--28863227	14	2.1	14	100	0	60	46	0	20	33	1.51
28863384--28863483	48	2.1	48	94	0	173	22	19	15	44	1.87
28864973--28865054	28	2.9	28	83	1	101	39	24	23	13	1.90
28867520--28867637	43	2.7	43	82	7	132	21	19	27	32	1.97
28870473--28870570	29	3.4	29	75	9	92	42	22	21	13	1.87
28870551--28870611	18	3.4	18	80	8	79	36	16	26	21	1.94
28870551--28870620	36	1.9	36	94	0	122	37	17	24	21	1.94
28873848--28873886	20	2.0	20	100	0	78	41	0	0	58	0.98
28887817--28887891	38	2.0	38	86	0	105	16	14	32	37	1.89
28887878--28887906	15	1.9	15	100	0	58	10	13	34	41	1.79
28888176--28888208	12	2.8	12	100	0	66	42	0	0	57	0.98
28888540--28889118	287	2.0	287	97	0	1095	28	11	18	42	1.84
28897323--28897553	38	6.1	37	78	5	219	20	19	25	35	1.95
28897357--28897561	76	2.7	76	84	4	252	20	18	25	36	1.94
28897329--28897552	114	2.0	114	83	3	281	19	19	25	35	1.95
28899801--28900020	50	4.3	50	85	3	260	26	21	29	22	1.99
28899849--28900043	100	2.0	100	81	2	230	27	20	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28904083--28904253	50	3.4	50	89	0	243	25	22	31	21	1.98
28907140--28907195	21	2.5	22	85	8	78	69	1	0	28	0.98
28907140--28907381	17	12.7	19	67	20	80	66	2	2	29	1.14
28907102--28907389	9	31.7	9	69	20	99	65	2	1	30	1.15
28907190--28907248	19	3.3	18	84	11	68	64	1	6	27	1.28
28907234--28907339	34	3.2	33	75	15	101	66	1	0	32	1.03
28907276--28907361	13	6.4	13	69	20	52	69	1	0	29	0.96
28907275--28907390	56	2.0	58	86	6	166	68	1	0	28	1.05
28908050--28908110	31	2.0	31	87	6	88	40	1	0	57	1.08
28908050--28908129	10	8.2	10	70	19	62	38	2	0	58	1.11
28908100--28908142	18	2.3	18	84	11	52	32	4	2	60	1.30
28908340--28908378	20	2.0	20	94	0	69	33	0	0	66	0.92
28908940--28908994	17	3.1	18	79	10	60	63	0	0	36	0.95
28911374--28911408	18	1.9	18	88	0	52	34	0	2	62	1.10
28914368--28914518	74	2.0	74	98	0	293	35	19	14	30	1.91
28915029--28915246	97	2.2	97	87	2	312	29	15	24	29	1.96
28916697--28916731	17	2.1	16	89	5	52	60	11	5	22	1.52
28917952--28917981	6	5.0	6	100	0	60	33	0	16	50	1.46
28930709--28930784	23	3.3	23	90	0	125	34	25	19	21	1.96
28931225--28931283	30	2.0	30	86	0	82	30	25	6	37	1.82
28933547--28933670	49	2.6	49	84	5	164	31	26	14	27	1.95
28935841--28935916	23	3.3	23	90	0	125	34	25	19	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28936357--28936415	30	2.0	30	86	0	82	28	25	8	37	1.85
28940600--28940704	42	2.5	42	93	0	174	18	39	23	19	1.92
28941147--28941185	20	2.0	20	90	10	62	51	30	5	12	1.62
28942273--28942394	25	4.9	25	83	2	156	29	18	22	29	1.97
28942283--28942411	49	2.6	50	85	2	161	30	20	22	27	1.98
28942273--28942411	25	5.6	25	83	1	136	29	19	23	28	1.98
28957090--28957143	28	1.9	29	85	7	76	33	5	7	53	1.52
28958223--28958251	14	2.1	14	100	0	58	58	13	6	20	1.58
28959848--28959927	33	2.4	34	89	2	117	37	13	22	26	1.91
28960648--28960682	18	1.9	18	88	0	52	31	28	14	25	1.95
28967225--28967316	23	3.9	23	76	15	71	21	25	21	31	1.98
28967235--28967316	23	3.4	23	86	5	92	21	25	21	30	1.99
28975725--28975841	29	4.1	29	85	2	146	42	2	10	44	1.52
28975777--28975841	14	4.6	14	81	14	80	44	1	7	46	1.41
28975725--28975841	57	2.0	58	83	1	146	42	2	10	44	1.52
28984433--28984474	20	2.0	21	86	4	59	33	16	28	21	1.95
28986456--28986492	19	1.9	20	88	5	58	37	8	10	43	1.69
28989442--28989478	18	2.1	18	100	0	74	29	0	27	43	1.55
28989446--28989488	18	2.4	18	84	7	52	27	2	30	39	1.69
29002222--29002483	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
29010233--29010439	39	5.3	39	92	4	312	24	28	21	25	1.99
29010233--29010439	77	2.6	79	90	5	314	24	28	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29014350--29014456	27	3.8	27	90	6	151	30	0	0	68	0.96
29014319--29014399	40	2.1	38	90	9	128	28	2	0	69	1.02
29014318--29014426	9	11.6	9	69	14	69	29	1	0	68	1.00
29014350--29014456	28	3.8	28	91	6	162	30	0	0	68	0.96
29014317--29014390	19	3.8	19	76	13	87	29	2	0	67	1.04
29014423--29014473	11	4.9	11	77	18	56	41	1	0	56	1.10
29014360--29014473	27	4.0	30	84	11	132	35	0	0	64	1.00
29018452--29018626	45	3.9	45	85	1	237	29	16	21	33	1.95
29026510--29026605	27	3.5	27	67	10	68	54	4	4	37	1.39
29029652--29029703	23	2.3	23	86	0	68	36	15	7	40	1.76
29033285--29033444	20	7.8	20	70	12	92	44	12	7	35	1.71
29037045--29037079	17	1.9	19	88	11	56	57	0	22	20	1.41
29039803--29039845	22	2.0	22	85	0	59	37	0	9	53	1.33
29039999--29040045	24	2.0	24	100	0	94	25	25	8	40	1.84
29048079--29048109	9	3.3	9	95	4	53	58	0	0	41	0.98
29048526--29048596	37	1.9	37	83	11	92	39	2	2	54	1.29
29053814--29053889	6	12.3	6	79	5	53	72	5	3	18	1.19
29065811--29065835	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
29067897--29067923	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
29067909--29067949	22	1.9	22	85	5	57	24	0	2	73	0.96
29076778--29076841	26	2.6	25	76	14	69	42	9	14	34	1.77
29080733--29080782	23	2.2	23	89	3	75	34	8	16	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29083091--29083144	5	10.6	5	88	4	81	0	22	1	75	0.89
29093953--29094138	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
29098744--29098929	40	4.7	40	88	5	243	26	27	22	24	2.00
29118696--29118733	18	2.1	18	100	0	76	42	10	10	36	1.74
29142525--29142614	10	9.0	10	74	15	62	62	1	2	34	1.15
29142518--29142571	20	2.5	22	79	11	67	66	0	1	31	1.02
29147144--29147178	17	2.1	16	94	5	61	34	5	20	40	1.76
29156435--29156476	13	2.8	15	80	20	52	35	0	0	64	0.94
29157359--29157479	61	2.0	61	85	6	165	39	14	7	38	1.74
29160337--29160704	189	1.9	189	92	0	619	27	25	14	33	1.94
29162065--29162098	17	2.0	17	100	0	68	47	11	11	29	1.76
29173052--29173091	20	2.0	20	85	0	53	27	5	10	57	1.52
29176539--29176707	90	1.8	90	92	3	284	20	21	30	27	1.98
29176542--29176706	47	3.6	46	82	13	200	20	21	29	27	1.98
29189743--29189780	16	2.2	18	86	9	53	44	7	0	47	1.32
29192250--29192495	50	4.8	50	81	3	249	26	19	30	23	1.98
29199968--29200208	50	4.7	51	81	5	227	26	18	29	25	1.98
29199968--29200208	100	2.3	102	80	5	254	26	18	29	25	1.98
29200457--29200488	12	2.7	12	95	0	55	56	6	18	18	1.62
29203359--29203386	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
29203333--29203529	59	3.1	68	83	14	290	45	8	5	40	1.57
29203518--29203559	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29203533--29203593	22	2.8	22	84	0	77	47	1	1	49	1.21
29203333--29203551	59	3.5	63	79	13	222	46	8	4	40	1.55
29204738--29204785	20	2.4	21	75	6	55	52	8	2	37	1.44
29210983--29211074	45	2.0	45	100	0	184	36	23	8	30	1.85
29219736--29219791	25	2.2	26	84	12	71	67	3	25	3	1.22
29232808--29232885	25	3.1	25	81	0	84	23	23	20	33	1.97
29232818--29232899	25	3.3	25	81	3	76	21	25	23	29	1.99
29237718--29237766	21	2.4	20	80	12	55	32	8	2	57	1.40
29245829--29245867	21	1.9	20	84	5	51	28	12	0	58	1.34
29252969--29253020	17	3.1	17	81	13	54	59	1	3	34	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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