genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  66  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19325759--19326021	120	2.2	120	81	4	300	24	21	28	25	1.99
19325812--19326056	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
19333009--19333267	40	6.6	40	83	5	235	24	20	28	26	1.99
19333009--19333269	79	3.3	77	79	8	228	24	20	28	26	1.99
19347262--19347507	40	6.2	40	88	2	318	29	28	19	22	1.98
19355717--19355948	40	5.8	40	92	1	324	28	28	20	23	1.99
19361500--19361659	43	3.7	43	76	13	159	24	19	25	30	1.98
19364805--19364874	27	2.6	26	95	2	95	32	27	12	27	1.93
19364805--19364902	28	3.5	28	90	2	135	32	27	13	26	1.93
19375928--19376009	42	2.0	42	97	2	157	32	18	9	39	1.83
19382400--19382482	42	2.0	42	95	0	148	34	18	8	38	1.81
19395024--19395094	28	2.5	28	83	0	88	19	15	15	49	1.80
19395222--19395593	109	3.4	110	82	1	462	23	27	12	37	1.90
19396020--19396075	27	2.1	27	89	0	85	23	10	30	35	1.89
19396028--19396085	27	2.1	27	83	0	71	24	17	27	31	1.97
19410738--19410925	57	3.3	57	82	4	195	32	18	23	25	1.97
19410771--19410856	28	3.0	28	66	14	68	36	17	20	25	1.95
19410892--19410948	28	2.0	28	86	6	80	28	17	22	31	1.97
19414057--19414135	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
19414254--19414391	47	2.9	47	87	0	195	27	31	8	32	1.87
19417802--19418109	40	7.7	40	91	2	474	25	29	21	23	1.99
19417802--19418109	122	2.5	120	90	3	465	25	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19417802--19418109	162	1.9	162	90	1	492	25	29	21	23	1.99
19419323--19419401	37	2.1	37	83	0	104	25	30	17	26	1.97
19419520--19419704	47	3.9	47	91	0	280	28	30	8	32	1.87
19427986--19428079	48	2.0	48	83	12	122	38	27	14	19	1.91
19430501--19430594	48	2.0	48	85	8	129	39	27	13	19	1.89
19432217--19432458	118	2.0	119	86	5	339	24	23	14	36	1.93
19437556--19437642	45	1.9	45	85	0	120	37	14	25	21	1.92
19442809--19442871	29	2.2	28	82	2	72	39	22	14	23	1.91
19442824--19442894	28	2.6	28	74	14	67	40	25	12	21	1.88
19448243--19448297	27	2.0	27	92	0	92	38	25	20	16	1.92
19454809--19454856	25	1.9	25	100	0	96	22	0	16	60	1.36
19455652--19455683	16	2.0	16	100	0	64	25	18	18	37	1.94
19458993--19459191	89	2.2	92	85	3	260	47	18	18	16	1.83
19459715--19459787	20	3.7	20	83	9	87	56	8	1	34	1.38
19461577--19461604	14	2.0	14	100	0	56	50	0	21	28	1.49
19473175--19476801	576	6.3	576	91	1	5754	35	16	18	28	1.93
19477998--19478045	25	2.0	24	84	15	64	37	18	2	41	1.63
19482293--19482344	25	2.1	25	85	0	68	26	11	42	19	1.85
19483741--19483784	23	1.9	23	90	0	70	45	25	2	27	1.65
19486174--19486260	27	3.3	27	90	1	140	45	21	14	17	1.84
19495046--19495078	16	2.1	16	100	0	66	39	18	18	24	1.92
19495273--19495935	329	2.0	329	97	0	1263	31	17	12	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19499816--19500169	78	4.6	78	80	4	385	35	16	11	37	1.84
19500212--19500372	84	1.9	84	89	2	252	29	13	11	44	1.80
19509956--19509982	7	3.9	7	100	0	54	29	0	55	14	1.40
19515802--19515866	10	6.9	10	77	19	77	38	1	0	60	1.07
19515801--19515866	28	2.3	29	92	5	109	37	1	0	60	1.06
19515805--19515858	8	7.4	8	78	17	64	38	1	0	59	1.08
19516016--19516054	21	1.9	21	94	5	71	30	23	10	35	1.88
19517975--19518011	15	2.5	15	90	0	56	45	8	2	43	1.47
19517984--19518013	15	2.0	15	100	0	60	40	6	6	46	1.56
19521969--19523057	559	1.9	560	88	3	1620	33	16	14	35	1.89
19523050--19523092	7	5.9	7	78	10	50	16	48	0	34	1.46
19523050--19523098	16	3.1	16	85	8	57	14	48	0	36	1.44
19532248--19532287	15	2.7	15	88	0	53	25	37	0	37	1.56
19532259--19532296	19	2.0	19	90	10	60	23	36	0	39	1.55
19533479--19533629	35	4.3	35	88	1	214	38	29	12	19	1.89
19546729--19547002	27	10.0	27	77	8	248	28	24	13	33	1.93
19546724--19547002	81	3.4	80	81	7	317	27	25	12	34	1.92
19546735--19546962	113	2.0	113	86	0	321	27	26	13	32	1.94
19555845--19555893	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
19556159--19556280	49	2.4	49	80	2	127	20	28	23	27	1.99
19559349--19559547	30	6.7	30	77	3	114	22	23	15	39	1.91
19559372--19559539	89	1.9	89	85	2	230	21	23	16	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19559526--19559601	29	2.6	30	89	2	127	18	30	11	39	1.87
19559347--19559635	119	2.4	118	82	2	373	21	25	15	37	1.92
19559379--19559601	59	3.8	60	75	10	199	20	24	15	39	1.91
19571591--19571885	50	5.9	50	88	0	401	23	30	19	26	1.98
19580387--19580444	17	3.2	17	79	13	71	46	1	1	50	1.22
19580352--19580486	69	2.0	68	83	4	173	44	2	5	46	1.43
19581059--19581122	25	2.5	24	78	9	65	70	6	9	14	1.33
19581081--19581150	33	2.1	33	86	5	97	64	12	10	12	1.50
19591761--19591817	28	2.0	28	100	0	114	40	10	7	42	1.66
19594041--19594071	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
19600326--19600376	25	2.0	25	100	0	102	35	11	3	49	1.58
19612419--19612465	22	2.3	19	85	10	58	61	0	38	0	0.96
19612646--19612717	23	3.0	24	84	8	94	15	9	6	68	1.39
19612664--19612718	13	4.5	13	72	21	55	14	9	7	69	1.36
19612814--19612846	16	1.9	18	88	11	52	33	0	0	66	0.92
19617624--19617693	25	2.8	25	82	4	79	21	21	22	34	1.97
19619263--19619456	102	1.9	102	90	3	311	26	17	25	30	1.97
19619259--19619456	51	3.9	49	82	5	227	26	17	25	30	1.97
19619456--19619541	45	1.9	45	90	0	136	25	15	24	34	1.94
19627447--19627514	30	2.2	31	84	2	84	26	17	7	48	1.73
19629831--19630070	50	4.8	50	85	4	288	30	20	27	22	1.98
19629831--19630070	99	2.4	99	84	3	304	30	20	27	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19634226--19634372	36	4.1	36	88	0	204	34	11	20	34	1.89
19634226--19634353	18	7.1	18	69	10	91	33	10	20	35	1.86
19634231--19634369	18	7.7	18	72	9	68	35	12	20	31	1.89
19634819--19634870	27	1.9	27	88	0	77	32	21	17	28	1.96
19645661--19645697	18	2.1	18	100	0	74	51	5	21	21	1.68
19650302--19650352	11	4.5	11	75	15	50	60	5	5	27	1.43
19650434--19650463	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
19652423--19652645	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
19652421--19652645	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
19660408--19660630	40	5.6	40	85	5	256	25	27	21	25	1.99
19663148--19663512	100	3.7	100	86	0	453	23	19	23	33	1.97
19663148--19663507	50	7.2	50	72	6	253	23	18	23	33	1.97
19663148--19663512	200	1.8	200	85	0	514	23	19	23	33	1.97
19663656--19663890	44	5.1	44	71	16	147	26	21	18	33	1.96
19663606--19663890	141	2.0	142	93	2	493	27	20	17	34	1.95
19666189--19666222	15	2.3	15	90	5	52	17	0	8	73	1.08
19673192--19673220	15	1.9	15	100	0	58	31	6	27	34	1.83
19675964--19676007	23	1.9	22	82	17	54	36	27	0	36	1.57
19676052--19676140	45	2.0	45	90	0	142	32	22	17	26	1.97
19690331--19690364	16	2.2	15	89	5	50	55	2	0	41	1.15
19698565--19698597	17	1.9	17	93	0	57	75	6	0	18	1.00
19701014--19701198	40	4.7	40	87	7	236	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19711726--19711753	9	3.1	9	100	0	56	35	0	0	64	0.94
19719783--19719919	69	2.0	69	83	8	172	43	19	18	18	1.89
19727837--19727902	7	9.1	7	85	6	51	53	0	1	45	1.09
19727856--19727904	7	6.9	7	93	4	80	46	0	0	53	1.00
19740064--19740091	6	4.7	6	100	0	56	67	0	0	32	0.91
19740460--19740496	13	3.1	12	92	7	58	75	0	8	16	1.02
19752246--19752292	20	2.3	20	85	0	76	8	29	23	38	1.84
19756444--19756485	10	3.9	11	84	12	52	0	11	0	88	0.53
19756444--19756488	17	2.8	16	93	6	74	0	11	0	88	0.50
19756444--19756486	11	3.9	11	84	9	61	0	11	0	88	0.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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