genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  70  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20993546--20993701	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21001633--21001810	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21001654--21001809	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21008099--21008147	25	2.0	24	84	4	62	20	22	24	32	1.98
21010661--21010700	21	2.0	20	90	5	62	50	5	17	27	1.67
21012706--21012873	46	3.7	46	83	4	187	17	19	16	46	1.84
21012706--21013011	45	6.8	45	74	12	157	19	20	16	43	1.89
21027995--21028038	17	2.5	18	88	3	63	61	15	4	18	1.50
21028694--21028809	23	5.0	23	72	17	87	55	2	6	35	1.41
21028706--21028809	24	4.4	24	70	18	76	56	2	5	34	1.38
21029916--21029959	17	2.4	19	81	14	56	22	2	15	59	1.48
21041809--21041843	18	2.0	17	88	5	52	65	8	8	17	1.44
21042476--21042569	23	4.0	24	71	15	72	54	2	9	34	1.45
21042503--21042595	46	2.0	48	83	12	122	55	2	6	35	1.37
21042507--21042610	24	4.4	23	71	18	79	56	1	5	35	1.34
21043662--21043697	17	2.1	17	89	0	54	13	8	30	47	1.73
21043690--21043737	17	2.7	18	84	12	55	25	0	20	54	1.45
21044972--21045002	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
21051551--21051652	50	2.0	50	96	0	186	27	18	18	35	1.95
21056343--21056391	24	2.1	23	84	3	62	28	18	22	30	1.97
21057938--21057981	22	2.0	23	81	4	54	31	0	13	54	1.39
21064747--21064805	26	2.2	26	81	3	64	44	11	16	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21069409--21069491	40	2.1	40	93	0	139	45	16	21	15	1.85
21069764--21069816	27	2.0	27	96	0	97	22	11	33	32	1.90
21075797--21075856	30	2.0	30	83	6	77	15	1	10	73	1.17
21077485--21077583	49	2.0	49	98	0	189	38	17	11	33	1.85
21078366--21078770	47	8.6	47	94	1	675	28	29	8	33	1.86
21078416--21078494	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
21081317--21081394	15	5.2	15	67	11	61	44	7	21	25	1.79
21081313--21081394	30	2.7	30	94	0	137	46	7	21	24	1.77
21085925--21086032	15	7.2	15	67	12	69	43	7	23	25	1.79
21085919--21086042	30	4.1	30	91	1	194	42	6	25	25	1.78
21089183--21089299	61	1.9	61	85	0	162	35	18	19	26	1.95
21102551--21102592	22	1.9	22	95	0	75	26	26	4	42	1.75
21103906--21104174	137	2.0	137	96	0	502	31	6	15	45	1.73
21126412--21126451	12	3.2	12	96	3	71	67	15	7	10	1.41
21129188--21129365	27	6.6	27	82	3	178	29	28	15	26	1.96
21129209--21129364	82	1.9	81	88	3	233	28	28	16	26	1.97
21136915--21137092	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21136936--21137091	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21143543--21143605	24	2.6	22	80	16	63	9	17	3	69	1.28
21157852--21157903	20	2.6	20	81	0	59	48	7	7	36	1.61
21163262--21163314	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
21176409--21176493	38	2.3	38	82	10	95	20	28	5	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21186591--21186867	40	6.9	40	93	0	464	23	28	20	26	1.99
21189805--21189843	15	2.6	15	87	0	51	15	23	35	25	1.94
21192810--21192834	13	1.9	13	100	0	50	12	0	56	32	1.36
21204020--21204062	22	2.0	22	86	9	61	16	6	25	51	1.69
21213401--21213438	19	2.0	19	100	0	76	42	5	26	26	1.76
21221935--21221979	21	2.1	21	100	0	90	37	4	20	37	1.73
21227651--21227873	40	5.6	40	86	3	245	26	27	21	24	1.99
21227651--21227873	120	1.9	119	81	6	272	26	27	21	24	1.99
21227805--21227882	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
21234997--21235166	40	4.3	40	91	0	243	27	28	21	23	1.99
21234995--21235219	80	2.8	79	81	4	220	27	28	20	24	1.99
21234997--21235219	120	1.9	119	80	6	263	27	27	20	24	1.99
21235151--21235228	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
21245634--21245744	40	2.8	40	84	0	141	22	28	15	33	1.94
21249540--21249647	27	4.1	26	89	3	153	16	30	22	30	1.96
21252708--21252840	51	2.6	51	84	5	180	30	27	16	24	1.97
21252841--21252966	51	2.5	51	85	2	155	23	16	27	32	1.96
21253171--21253243	38	1.9	38	86	2	103	42	4	23	30	1.73
21255161--21255338	27	6.6	27	85	3	214	29	27	15	27	1.96
21255182--21255337	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21263728--21263897	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
21263750--21263932	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21274647--21274816	40	4.3	40	85	1	207	23	21	30	24	1.99
21274669--21274851	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
21281609--21281801	51	3.8	49	78	4	197	24	19	26	29	1.98
21281801--21281890	46	2.0	44	85	8	119	24	17	25	32	1.97
21281997--21282069	37	1.9	37	88	2	110	43	1	23	31	1.62
21288441--21288477	12	3.0	12	88	4	56	10	0	10	78	0.97
21294794--21294863	33	2.1	33	89	0	104	37	11	20	31	1.88
21296429--21296584	68	2.3	68	96	1	285	30	12	30	26	1.93
21298529--21298570	17	2.4	18	80	11	52	21	11	2	64	1.38
21307293--21307366	25	3.3	24	64	28	63	44	9	5	40	1.60
21307288--21307379	42	2.2	42	96	0	166	46	8	5	39	1.58
21312811--21312845	11	3.1	11	88	8	52	5	8	25	60	1.49
21317834--21317879	19	2.3	20	75	14	51	28	2	10	58	1.43
21323251--21323349	40	2.5	40	88	0	144	23	13	28	35	1.92
21323329--21323417	40	2.2	40	83	0	106	29	14	22	33	1.94
21325175--21325315	20	7.0	20	71	13	67	10	24	19	44	1.83
21332689--21332734	23	2.0	23	91	0	74	50	21	4	23	1.67
21336561--21336607	24	2.0	24	86	0	67	23	17	19	40	1.91
21338637--21338669	17	1.9	17	93	0	57	57	15	12	15	1.65
21351543--21351594	25	2.1	25	85	7	70	25	15	3	55	1.57
21352696--21352746	14	3.6	14	77	15	52	68	0	19	11	1.20
21353941--21354183	88	2.8	87	85	2	315	27	20	24	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21354294--21354805	199	2.6	200	88	3	746	32	21	21	25	1.98
21354266--21354900	50	12.7	50	69	5	327	32	20	21	25	1.97
21354266--21354940	150	4.5	150	75	2	532	32	20	20	25	1.97
21354275--21354808	100	5.3	101	87	2	715	32	21	21	24	1.98
21360718--21360858	43	3.4	42	78	6	151	34	23	18	23	1.96
21360838--21360890	26	2.0	26	89	7	81	22	32	24	20	1.98
21360864--21361055	41	4.7	41	92	3	316	23	25	20	30	1.98
21360800--21360931	67	2.0	68	83	7	171	28	26	20	25	1.99
21362538--21362566	13	2.1	14	93	6	51	68	13	6	10	1.37
21372040--21372103	20	3.2	19	78	8	65	40	21	28	9	1.84
21379526--21379563	20	2.0	20	89	5	60	36	15	13	34	1.87
21387246--21387367	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
21387218--21387521	47	6.4	47	91	3	425	26	30	9	32	1.88
21396696--21396936	44	5.2	44	70	15	164	34	19	20	26	1.96
21396701--21396987	142	2.0	142	91	0	466	34	18	19	27	1.95
21397055--21398481	100	14.2	98	77	8	1182	33	22	20	24	1.97
21397062--21398481	301	4.7	301	90	1	2136	33	22	19	24	1.97
21397059--21398448	50	27.7	49	67	11	512	33	22	19	24	1.97
21403270--21403319	24	2.1	24	100	0	100	44	16	0	40	1.47
21404983--21405019	8	4.6	8	90	9	58	75	0	0	24	0.80
21406753--21407135	50	7.7	50	84	3	434	21	29	22	26	1.99
21406753--21407132	99	3.8	98	80	5	332	21	30	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21406753--21407132	149	2.5	150	82	3	437	21	30	21	26	1.99
21409607--21409800	51	3.8	50	78	8	187	27	13	26	32	1.94
21409653--21409788	51	2.7	51	87	1	193	25	15	26	32	1.95
21416158--21416183	3	8.7	3	100	0	52	65	0	34	0	0.93
21416116--21416219	36	2.9	36	63	11	95	38	7	30	23	1.83
21436092--21436191	43	2.4	42	86	3	137	14	27	19	40	1.89
21436132--21436191	21	2.8	21	71	2	66	15	30	18	36	1.91
21443333--21443365	11	2.8	12	90	9	50	78	3	0	18	0.87
21446668--21446726	21	2.8	20	82	5	55	16	10	18	54	1.70
21462816--21463107	50	5.7	50	81	6	259	22	28	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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