genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  7  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1957174--1957325	50	3.0	50	96	0	277	32	15	23	28	1.95
1957174--1957348	50	3.5	51	91	3	268	34	13	23	28	1.93
1959977--1960018	16	2.5	17	88	3	59	69	11	19	0	1.19
1960683--1960709	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1960957--1961029	37	2.0	37	83	2	94	43	1	24	30	1.63
1963950--1964021	24	3.0	24	91	0	108	16	29	8	45	1.76
1969179--1969223	23	2.0	23	90	0	72	2	31	6	60	1.35
1969186--1969332	38	4.1	38	65	23	95	3	25	6	64	1.34
1969186--1969335	66	2.3	66	95	2	266	3	26	7	63	1.36
1969202--1969342	38	4.0	38	74	20	142	4	26	8	60	1.44
1972262--1972295	17	2.0	17	88	11	52	44	2	0	52	1.16
1972385--1972436	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
1972261--1972669	120	3.4	120	94	3	702	42	1	5	50	1.35
1972261--1972657	117	3.4	117	94	4	672	42	1	5	50	1.35
1972618--1972666	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
1972618--1972672	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
1972818--1972902	44	1.9	45	85	2	118	36	27	7	29	1.83
1972888--1972956	16	4.2	16	92	3	120	37	36	0	26	1.57
1972888--1972956	33	2.1	32	94	2	120	37	36	0	26	1.57
1974437--1974556	33	3.7	33	86	6	174	19	25	14	40	1.89
1974442--1974536	30	3.1	30	89	4	136	15	28	13	42	1.85
1976532--1976641	58	1.9	58	100	0	220	44	20	9	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1982761--1982813	25	2.1	25	85	0	70	52	1	1	43	1.23
1986267--1986307	20	2.1	20	86	13	59	56	2	2	39	1.26
1988535--1988583	24	2.1	23	84	3	62	30	14	16	38	1.88
1990172--1990212	21	2.0	21	95	0	73	26	14	39	19	1.90
1990106--1990249	78	1.8	78	95	0	261	23	15	41	19	1.89
1991974--1992171	99	2.0	98	96	1	360	28	12	13	45	1.80
2006989--2007083	49	1.9	49	80	4	111	16	24	21	37	1.93
2007151--2007210	23	2.5	25	78	15	72	18	25	23	33	1.97
2008728--2008762	18	2.0	18	88	5	54	37	20	25	17	1.94
2010840--2010964	33	3.5	33	74	17	115	20	19	28	32	1.97
2010873--2010990	42	3.0	42	68	21	128	24	19	27	27	1.99
2010836--2011327	75	6.8	75	73	14	426	23	20	26	28	1.99
2010962--2011015	28	1.9	28	100	0	108	33	22	22	22	1.97
2010891--2011196	103	3.0	103	98	0	594	26	20	26	26	1.99
2011065--2011121	28	2.0	28	100	0	114	31	21	26	21	1.98
2011196--2011318	33	3.4	33	69	23	95	19	19	28	32	1.96
2013545--2013581	19	2.0	18	89	5	56	24	2	2	70	1.14
2015596--2015711	27	4.2	29	76	13	104	67	0	1	30	1.07
2015620--2015718	9	10.2	9	69	18	65	67	0	2	30	1.02
2015652--2015694	13	3.5	13	75	12	54	60	0	4	34	1.17
2015643--2015694	24	2.3	23	90	6	79	63	0	3	32	1.12
2015647--2015703	21	2.6	22	84	15	75	66	0	3	29	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2018749--2018797	20	2.7	18	79	14	55	55	0	0	44	0.99
2018753--2018793	20	2.0	21	90	4	66	58	0	0	41	0.98
2020301--2020377	39	2.0	39	82	5	93	35	18	29	16	1.93
2023926--2023962	16	2.2	17	95	4	67	32	0	0	67	0.91
2031225--2031348	59	2.1	60	83	7	155	24	24	4	47	1.69
2031859--2031946	29	2.9	31	75	8	83	53	2	19	25	1.57
2032007--2032047	19	2.0	21	86	9	59	36	0	48	14	1.44
2035478--2035598	61	2.0	60	98	1	233	44	13	20	21	1.85
2050055--2050106	26	2.0	26	88	7	79	40	7	13	38	1.73
2060306--2060413	45	2.4	45	78	6	128	41	17	18	22	1.90
2062487--2062517	15	2.0	16	93	6	55	35	6	0	58	1.24
2063258--2063297	19	2.1	19	86	9	55	65	0	2	32	1.06
2063823--2064460	282	2.2	282	80	5	681	36	15	9	39	1.79
2068377--2068423	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
2074553--2074953	39	9.6	39	69	15	205	25	21	20	31	1.98
2074586--2074997	43	9.7	43	72	13	228	25	21	21	31	1.98
2074541--2074997	87	5.4	84	76	12	366	25	21	21	31	1.98
2074624--2074997	168	2.2	169	77	12	390	25	21	21	32	1.98
2088410--2088513	44	2.4	44	83	0	136	36	11	15	36	1.84
2096499--2096529	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
2099510--2099540	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
2103587--2103715	18	7.2	18	95	0	213	31	17	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104260--2104290	11	2.8	11	95	0	53	29	3	48	19	1.64
2117003--2117127	43	2.9	43	83	4	128	31	20	17	30	1.96
2138285--2138317	14	2.3	15	90	10	52	36	0	0	63	0.95
2139692--2139759	31	2.2	31	91	0	109	32	14	11	41	1.82
2153380--2153477	45	2.2	45	100	0	196	22	18	20	38	1.93
2161532--2161598	35	1.9	35	81	3	82	31	13	13	41	1.83
2161673--2161831	40	3.8	40	70	13	131	33	17	21	27	1.96
2161709--2161947	86	3.0	80	81	10	281	33	17	19	30	1.94
2161793--2161941	76	2.0	75	90	1	235	31	17	19	31	1.95
2163177--2163210	10	3.5	10	84	8	52	23	0	5	70	1.09
2163349--2163391	18	2.4	18	88	0	68	46	2	0	51	1.13
2166699--2166750	19	2.8	20	86	11	67	50	11	9	28	1.70
2166699--2166752	18	3.0	18	78	5	56	50	11	11	27	1.72
2166608--2166968	123	2.9	124	92	3	600	49	8	4	37	1.53
2166855--2167247	143	2.8	141	89	4	587	45	8	6	39	1.61
2166944--2166991	17	2.7	19	78	15	59	43	12	12	31	1.80
2166953--2166996	17	2.7	17	80	19	58	38	11	13	36	1.81
2167088--2167131	17	2.6	17	96	0	79	43	11	13	31	1.80
2167088--2167140	17	3.2	16	89	5	63	39	9	13	37	1.77
2167386--2167426	12	3.3	13	83	6	50	73	2	0	24	0.96
2171502--2171584	27	3.1	28	78	13	93	38	26	16	18	1.92
2183007--2183177	40	4.2	40	76	7	137	32	19	20	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2183031--2183182	40	3.8	40	81	3	196	30	21	20	26	1.98
2183029--2183198	82	2.1	83	88	1	261	34	21	18	25	1.96
2183030--2183198	40	4.1	42	77	6	157	33	21	18	26	1.96
2183496--2183595	38	2.6	38	93	3	166	21	48	10	21	1.79
2183679--2183754	23	3.3	23	78	12	77	9	1	28	60	1.36
2183952--2184034	3	28.3	3	73	20	54	28	3	1	66	1.16
2184240--2184296	17	3.1	19	78	14	66	31	0	7	61	1.23
2184381--2184410	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
2185282--2185510	44	5.1	44	75	5	174	26	17	26	29	1.98
2185281--2185480	88	2.3	89	77	4	208	25	18	25	32	1.97
2185242--2185508	132	2.0	134	88	1	403	26	17	25	29	1.98
2185446--2185750	136	2.3	135	94	1	522	27	21	22	28	1.99
2185527--2185725	45	4.4	45	66	13	111	28	20	24	27	1.99
2185889--2186059	40	4.2	40	76	7	137	32	19	20	26	1.97
2185913--2186064	40	3.8	40	81	3	196	30	21	20	26	1.98
2185911--2186080	82	2.1	83	88	1	261	34	21	18	25	1.96
2185912--2186080	40	4.1	42	77	6	157	33	21	18	26	1.96
2186379--2186478	38	2.6	38	96	0	182	20	49	10	21	1.77
2186571--2186638	22	3.0	22	82	6	66	10	1	29	58	1.40
2186835--2186920	3	29.3	3	73	19	60	29	3	1	66	1.16
2186835--2186924	18	4.7	18	77	13	83	30	3	1	65	1.16
2187267--2187296	12	2.5	12	94	0	51	46	6	0	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189763--2189801	14	2.8	13	81	11	51	46	0	0	53	1.00
2189774--2189799	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2189749--2189790	21	1.9	23	85	9	61	42	0	2	54	1.13
2190953--2191001	23	2.2	22	88	3	71	63	2	4	30	1.24
2190953--2191011	23	2.7	23	84	5	68	62	1	3	32	1.21
2192193--2192373	89	2.0	89	100	0	362	44	15	17	22	1.86
2194103--2194190	43	2.0	43	95	0	158	26	10	14	48	1.75
2195946--2195973	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
2198145--2198174	13	2.3	13	94	0	51	50	0	10	40	1.36
2198339--2198380	21	1.9	23	85	9	61	42	0	2	54	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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