genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2199392--2199452	20	2.9	21	76	11	54	59	4	3	32	1.35
2199399--2199470	30	2.5	27	75	18	65	61	4	2	31	1.29
2199448--2199504	23	2.8	21	76	12	57	64	7	0	28	1.19
2203251--2203298	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
2203379--2203474	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
2205765--2205870	11	10.3	11	71	23	54	58	0	3	37	1.16
2205756--2205886	39	3.3	40	86	6	196	62	0	3	34	1.11
2205774--2205842	18	3.7	17	70	19	57	59	0	1	39	1.06
2206558--2206598	21	1.9	22	90	5	66	36	0	0	63	0.95
2210176--2210257	16	4.6	17	72	15	60	34	2	1	62	1.16
2213833--2214023	95	2.0	95	82	5	228	49	2	3	45	1.31
2213946--2213997	22	2.3	23	74	9	54	36	1	1	59	1.19
2217289--2217339	23	2.2	23	82	6	59	37	21	5	35	1.78
2221376--2221452	24	3.5	24	71	20	85	36	10	7	45	1.67
2221367--2221452	42	2.0	42	100	0	172	36	9	9	45	1.69
2227994--2228026	14	2.4	14	94	0	57	27	12	18	42	1.85
2231933--2232033	33	3.3	32	70	26	110	16	5	16	60	1.55
2231951--2232039	27	3.1	27	63	27	67	17	4	17	59	1.54
2231933--2232052	58	2.1	58	100	0	240	16	5	16	61	1.51
2231962--2232052	27	3.2	27	70	27	89	16	3	17	62	1.45
2235013--2235054	14	3.2	13	83	9	59	50	2	0	47	1.14
2237678--2237723	17	2.6	17	83	10	58	34	6	8	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2239291--2239344	18	3.0	18	76	10	65	38	16	0	44	1.48
2249263--2249311	24	2.0	25	84	8	64	57	6	0	36	1.24
2250906--2251027	44	2.8	43	80	7	138	31	22	16	30	1.96
2253553--2253593	22	1.9	22	90	5	66	43	2	9	43	1.50
2253853--2253900	22	2.1	23	88	3	71	35	2	18	43	1.62
2253976--2254277	152	2.0	153	87	4	441	39	8	17	35	1.80
2259955--2259995	13	3.2	13	83	10	50	34	2	0	63	1.08
2263586--2263649	31	2.1	31	100	0	128	45	26	9	18	1.80
2268693--2268718	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
2271721--2271761	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
2284769--2284816	21	2.5	18	86	10	60	18	43	0	37	1.51
2284773--2284817	18	2.5	18	82	7	56	17	46	0	35	1.49
2291500--2291555	28	2.0	28	100	0	112	28	21	10	39	1.87
2295554--2295639	25	3.5	24	78	7	66	30	20	29	19	1.97
2300694--2300746	13	3.8	13	77	18	52	39	5	0	54	1.24
2307129--2307163	17	2.1	18	89	10	56	42	11	0	45	1.40
2317947--2317985	17	2.2	18	86	4	53	61	5	0	33	1.18
2318026--2318078	18	3.1	17	84	10	56	58	5	3	32	1.39
2319298--2319332	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2323283--2323309	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
2330189--2330221	13	2.5	13	95	0	57	24	24	0	51	1.48
2330394--2330456	29	2.3	26	83	8	81	58	3	0	38	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332255--2332294	20	2.0	20	100	0	80	55	10	10	25	1.64
2341538--2341599	23	2.7	23	69	0	61	32	25	25	16	1.96
2343109--2343167	20	3.0	20	87	9	86	57	1	0	40	1.09
2352388--2352442	21	2.6	21	75	11	67	30	9	0	60	1.28
2352404--2352451	24	2.0	24	88	8	71	31	8	0	60	1.26
2352644--2352676	8	4.1	8	88	11	50	33	3	0	63	1.10
2368169--2368226	9	5.8	9	74	21	53	31	25	1	41	1.66
2368168--2368232	30	2.2	30	91	0	112	27	29	3	40	1.71
2368198--2368237	21	1.9	21	84	0	53	27	25	2	45	1.66
2368423--2368454	14	2.1	16	88	11	50	28	0	0	71	0.86
2369380--2369404	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
2370343--2370457	58	2.0	59	81	8	137	40	1	6	51	1.39
2373422--2373943	126	4.1	126	89	2	814	28	18	16	36	1.92
2374202--2374240	15	2.6	15	91	0	60	56	30	0	12	1.37
2376418--2376572	85	1.8	84	87	1	229	43	7	17	30	1.77
2380274--2380325	22	2.4	22	81	9	63	50	1	0	48	1.12
2384514--2384712	104	1.9	104	90	2	319	45	7	18	29	1.76
2385927--2385983	29	2.0	29	85	0	78	33	8	14	43	1.76
2401155--2401179	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
2403363--2403395	12	2.8	12	90	4	50	33	6	0	60	1.21
2409024--2409067	13	3.8	12	82	14	56	59	0	2	38	1.10
2411454--2411481	13	2.2	13	100	0	56	39	21	10	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413150--2413181	13	2.4	14	94	5	57	12	87	0	0	0.54
2419648--2419987	167	2.0	166	97	0	644	45	21	12	21	1.84
2419919--2420163	123	2.0	123	86	1	339	40	20	17	22	1.91
2427938--2427974	5	7.4	5	100	0	74	62	0	0	37	0.96
2433610--2433672	22	2.9	23	79	13	71	44	0	1	53	1.10
2434708--2434759	15	3.5	15	78	5	52	50	13	26	9	1.72
2435633--2435670	13	3.0	13	84	3	51	68	2	2	26	1.16
2435607--2435644	9	4.2	9	83	9	51	65	2	0	31	1.06
2437025--2437062	14	2.7	14	95	0	67	36	2	0	60	1.11
2437025--2437063	17	2.3	17	86	8	53	35	2	0	61	1.10
2437130--2437177	23	2.1	23	85	11	64	33	2	4	60	1.27
2437792--2437826	18	2.0	17	88	5	52	17	5	17	60	1.55
2437793--2437835	17	2.4	18	84	3	52	16	4	16	62	1.48
2443685--2443722	9	4.2	9	83	12	51	63	0	0	36	0.95
2443958--2444000	20	2.2	20	83	8	52	41	2	9	46	1.48
2444881--2445313	215	2.0	215	100	0	866	33	17	17	31	1.93
2445749--2445801	20	2.7	20	72	0	52	35	3	3	56	1.35
2448051--2448094	20	2.2	20	84	8	54	34	4	20	40	1.73
2450204--2450282	23	3.5	23	76	8	81	41	20	18	18	1.90
2450181--2450282	46	2.2	45	82	1	114	44	19	16	19	1.87
2453658--2453696	21	1.9	20	89	5	60	53	0	0	46	1.00
2453749--2454332	273	2.1	273	83	6	722	33	13	10	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454400--2454486	39	2.2	41	76	19	96	37	1	4	56	1.28
2464159--2464185	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2464764--2464809	23	2.0	23	100	0	92	43	39	4	13	1.63
2471765--2471793	11	2.5	12	94	5	51	48	0	0	51	1.00
2475260--2475315	15	3.6	15	78	11	51	55	0	0	44	0.99
2478430--2478540	27	4.1	27	84	0	132	35	9	21	33	1.87
2487471--2487806	171	2.0	171	93	0	573	25	27	15	30	1.96
2489550--2489581	12	2.8	12	95	4	57	25	0	0	75	0.81
2498505--2498547	16	2.7	15	83	16	52	32	2	2	62	1.20
2498722--2498784	29	2.2	28	80	8	65	71	3	22	3	1.14
2499712--2499767	29	1.9	29	100	0	112	37	12	17	32	1.88
2500877--2501261	41	9.4	40	84	4	457	22	20	23	32	1.98
2507581--2507645	16	4.1	16	87	0	94	40	6	33	20	1.77
2507859--2508590	121	6.1	120	94	2	1247	53	4	0	41	1.28
2508211--2508274	17	4.2	16	75	15	64	59	0	1	39	1.07
2508237--2508397	17	9.4	17	66	19	66	55	3	1	39	1.26
2507859--2508590	241	3.0	240	93	2	1249	53	4	0	41	1.28
2508344--2508388	16	2.8	16	80	16	56	60	0	2	37	1.09
2508359--2508396	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
2507934--2508403	38	11.6	41	69	14	174	54	4	1	40	1.27
2508367--2508535	60	3.0	53	70	20	144	50	4	1	43	1.30
2508588--2508626	20	2.0	20	84	0	51	43	2	12	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2508838--2508865	13	2.2	13	100	0	56	39	7	14	39	1.73
2511918--2511945	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
2511921--2511965	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
2512260--2512869	23	26.8	23	71	15	304	31	5	22	40	1.77
2512243--2512857	91	6.8	91	78	9	451	31	5	22	40	1.77
2512260--2512869	114	5.4	114	82	5	736	31	5	22	40	1.77
2512245--2512857	45	13.5	45	70	11	353	31	5	22	41	1.76
2512588--2512673	22	3.8	23	87	4	131	31	6	22	39	1.80
2512475--2512766	135	2.1	137	88	1	444	30	6	22	40	1.78
2513777--2513964	43	4.3	43	87	4	245	18	18	31	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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