genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  26  of  185  ( 22116 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7206591--7206676	23	3.6	23	70	17	68	46	17	0	36	1.48
7210908--7210979	32	2.2	35	82	9	89	43	1	2	52	1.24
7216274--7216321	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
7216608--7216658	26	1.9	27	88	4	77	50	11	0	37	1.39
7225057--7225305	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
7225056--7225305	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
7225643--7225700	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
7232426--7232494	25	2.7	25	80	13	70	52	2	2	42	1.31
7232832--7232872	21	1.9	21	85	5	55	43	0	4	51	1.23
7233596--7233660	30	2.1	30	88	2	94	50	10	6	32	1.62
7234035--7234073	10	3.8	10	83	6	51	41	2	0	56	1.13
7237225--7237259	18	1.9	18	88	11	54	60	0	0	40	0.97
7237899--7237964	27	2.4	27	92	0	114	27	24	37	10	1.88
7238173--7238247	20	3.7	21	86	10	95	30	1	10	57	1.41
7238180--7238247	19	3.3	20	87	6	84	32	1	10	55	1.42
7241169--7241270	27	3.8	27	87	7	154	22	36	21	19	1.95
7246514--7246547	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
7246539--7246569	7	4.3	7	95	4	53	32	0	0	67	0.91
7246521--7246569	14	3.1	15	88	11	64	32	0	0	67	0.91
7249258--7249326	26	2.7	25	82	10	70	34	20	26	18	1.96
7265184--7265239	25	2.3	25	84	9	71	58	3	1	35	1.26
7269399--7269500	21	4.9	21	74	10	84	18	18	16	46	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7269373--7269528	42	3.8	40	72	12	109	16	19	17	46	1.85
7269499--7269542	21	2.2	21	88	8	65	9	20	20	50	1.75
7281443--7281496	28	1.9	28	96	0	99	37	0	3	59	1.15
7281597--7281648	19	2.8	18	80	19	54	48	1	0	50	1.12
7281610--7281639	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
7281722--7281824	32	3.2	32	85	6	122	37	5	5	50	1.51
7284940--7285014	37	2.0	37	84	5	98	84	0	16	0	0.63
7284940--7285012	25	3.1	23	81	14	78	84	0	15	0	0.61
7284944--7285018	17	4.2	18	88	8	100	82	0	17	0	0.67
7284940--7285019	5	16.0	5	74	18	60	82	0	17	0	0.67
7285903--7286747	44	18.7	44	72	12	425	31	19	20	29	1.97
7285953--7286054	50	2.0	50	86	3	143	31	13	25	29	1.94
7286306--7286636	181	1.8	182	83	4	436	29	20	21	29	1.98
7286031--7286747	225	3.2	227	88	2	1041	31	19	19	29	1.97
7290753--7290804	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7292723--7292774	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
7293076--7293119	23	1.9	23	86	9	63	47	6	0	45	1.29
7294605--7295041	216	2.0	216	98	0	847	32	14	21	31	1.94
7301272--7301328	22	2.6	23	78	10	66	64	0	5	29	1.15
7304465--7304495	16	1.9	16	100	0	62	38	0	3	58	1.15
7306045--7306101	4	15.0	4	85	10	84	47	0	0	52	1.00
7308842--7308883	21	2.0	21	85	0	57	28	0	2	69	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7309987--7310065	20	3.5	22	70	25	67	46	6	17	29	1.73
7310007--7310065	27	2.2	27	82	11	68	49	6	16	27	1.71
7311731--7311768	16	2.3	17	90	4	60	34	0	0	65	0.93
7319325--7319363	17	2.2	18	86	4	53	46	2	5	46	1.38
7320600--7320679	42	1.9	42	81	0	97	16	5	38	40	1.70
7322785--7322830	20	2.3	21	82	14	62	28	2	4	65	1.23
7322779--7322829	18	2.8	18	83	16	61	25	1	3	68	1.17
7325054--7325248	98	2.0	98	91	0	318	27	11	24	36	1.89
7330769--7330803	18	1.9	18	94	0	61	40	0	2	57	1.14
7330774--7330815	18	2.3	19	84	8	52	45	0	0	54	0.99
7333023--7333065	18	2.5	17	77	7	50	53	6	2	37	1.41
7333212--7333268	15	3.9	14	82	13	71	63	1	5	29	1.27
7333224--7333285	30	2.1	29	90	3	97	61	3	6	29	1.37
7333756--7333892	41	3.4	41	80	5	161	41	14	26	17	1.88
7335430--7335538	43	2.6	43	76	4	114	29	24	17	28	1.97
7335430--7335589	86	1.9	85	81	6	198	29	22	18	29	1.98
7335647--7335720	32	2.3	32	92	0	130	31	20	14	33	1.93
7337437--7337574	39	3.5	40	72	11	124	27	18	21	31	1.97
7341939--7341981	2	21.5	2	80	0	50	58	2	0	39	1.11
7341945--7341983	16	2.4	16	95	0	69	58	2	0	38	1.12
7342111--7342175	3	21.7	3	100	0	130	66	0	0	33	0.92
7342847--7342871	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7343358--7343390	13	2.6	13	90	4	50	15	0	36	48	1.45
7343366--7343409	13	3.3	13	83	3	52	13	2	36	47	1.56
7343687--7346052	130	18.2	130	91	0	3738	25	20	22	31	1.98
7343687--7346052	389	6.1	389	95	0	4101	25	20	22	31	1.98
7346022--7346274	129	2.0	130	83	3	323	25	21	21	31	1.98
7346335--7347331	46	21.7	46	88	0	1368	32	26	15	24	1.96
7347707--7347758	24	2.2	24	82	6	61	26	21	15	36	1.93
7348224--7348420	108	1.8	106	80	4	234	47	11	17	23	1.80
7348754--7348802	8	5.4	9	78	21	50	0	24	0	75	0.80
7348747--7348822	20	4.0	18	74	17	57	1	18	2	77	0.95
7354543--7354585	18	2.4	18	92	0	68	58	2	0	39	1.11
7354561--7354587	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
7354541--7354583	6	7.2	6	89	0	59	60	2	0	37	1.10
7354715--7354832	3	39.3	3	82	3	139	61	2	5	31	1.31
7361124--7361197	17	4.4	17	78	0	76	41	16	12	29	1.84
7361092--7361195	51	2.0	51	83	0	127	44	15	9	30	1.78
7361841--7361891	18	2.8	18	78	0	66	47	19	7	25	1.76
7372485--7372530	24	1.9	24	100	0	92	13	47	4	34	1.62
7372553--7372582	14	2.1	14	93	0	51	10	43	10	36	1.72
7372720--7372771	18	2.9	18	91	8	88	19	11	28	40	1.86
7372758--7372783	13	2.0	13	100	0	52	23	15	15	46	1.83
7376486--7377232	88	8.5	88	90	1	1140	23	26	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7378503--7378549	17	3.0	16	82	11	53	12	10	0	76	1.02
7379054--7379105	16	3.3	16	79	12	54	1	11	5	80	0.96
7385331--7385389	29	2.0	30	90	3	93	30	8	18	42	1.80
7391829--7392060	33	6.6	34	68	23	124	33	26	20	19	1.97
7391860--7391911	27	1.9	27	100	0	104	26	32	25	15	1.95
7391725--7391984	103	2.6	101	90	3	380	31	28	21	18	1.97
7391887--7392065	76	2.4	76	91	2	288	31	26	20	21	1.98
7395376--7395478	40	2.6	40	83	4	129	33	19	27	20	1.97
7395529--7395725	41	4.8	41	88	0	295	19	22	32	25	1.97
7395730--7395777	20	2.5	19	83	9	62	27	4	4	64	1.30
7396053--7396085	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
7396738--7396832	23	3.9	24	80	13	113	56	0	3	40	1.15
7396731--7396837	50	2.2	50	91	5	173	55	0	2	42	1.14
7400708--7400790	43	1.9	43	87	0	121	32	9	12	45	1.74
7401053--7401299	43	5.8	42	84	2	296	26	15	29	28	1.96
7404747--7404777	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7404831--7404867	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
7405085--7405144	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
7409939--7410005	29	2.2	29	82	10	73	43	4	10	41	1.59
7414025--7414089	32	2.1	32	94	2	114	30	9	10	49	1.69
7416184--7416244	26	2.3	27	75	13	72	21	26	18	34	1.96
7416437--7416521	27	3.1	27	79	3	100	22	30	14	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7419009--7419048	21	1.9	21	85	10	55	77	12	10	0	0.99
7419485--7419509	11	2.3	11	100	0	50	52	0	20	28	1.47
7424256--7424306	20	2.5	21	83	6	68	78	7	1	11	1.04
7425664--7425704	16	2.7	16	81	11	50	19	9	2	68	1.29
7427217--7427245	5	6.0	5	92	8	51	58	0	0	41	0.98
7429940--7430007	24	2.8	24	80	8	68	23	4	1	70	1.13
7434883--7434917	16	2.2	16	90	10	54	34	2	0	62	1.10
7439296--7439322	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
7440810--7440859	24	2.1	24	81	7	57	34	6	0	60	1.21
7445933--7445988	25	2.1	27	87	12	82	51	7	0	41	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185