genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  81  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25014198--25014688	98	5.1	96	94	2	839	32	8	29	29	1.86
25014177--25014688	47	10.7	47	93	2	812	32	8	29	29	1.86
25014807--25014885	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25021073--25021097	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
25025772--25025796	13	1.9	13	100	0	50	24	8	28	40	1.83
25026022--25026081	19	3.1	19	80	9	59	55	0	1	43	1.10
25026401--25026494	44	2.1	44	94	0	161	42	5	13	38	1.67
25030463--25030674	110	1.9	112	82	8	272	43	15	8	33	1.75
25034657--25035040	50	7.7	50	68	4	209	28	19	23	28	1.98
25034662--25035072	100	4.1	100	87	1	583	29	19	22	28	1.98
25035123--25035321	85	2.4	84	89	0	290	28	22	21	28	1.99
25035123--25035359	85	2.8	85	84	3	264	29	21	20	28	1.98
25035169--25035402	128	1.8	125	85	2	324	28	20	20	29	1.98
25035128--25035413	44	6.7	43	72	11	192	29	19	22	29	1.98
25035083--25035487	213	1.9	212	80	5	476	29	20	20	28	1.98
25036048--25036085	7	5.3	7	90	3	58	15	2	0	81	0.80
25040239--25040287	21	2.3	21	96	0	89	16	22	28	32	1.95
25040406--25040464	20	3.0	20	71	0	55	23	22	15	38	1.92
25040416--25040473	30	1.9	31	85	3	82	18	22	17	41	1.90
25044504--25044546	23	1.9	23	95	4	79	48	11	4	34	1.60
25048665--25048743	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
25048831--25049118	47	6.1	47	94	0	477	28	30	9	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25052389--25052541	40	3.8	40	84	0	171	24	30	21	23	1.99
25052965--25053043	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
25053025--25053213	43	4.4	43	100	0	378	26	35	14	22	1.93
25055078--25055156	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
25055275--25055566	49	6.1	49	89	4	452	28	30	8	31	1.87
25055275--25055566	96	3.0	96	94	0	494	28	30	8	31	1.87
25058126--25058177	22	2.3	23	87	12	72	5	21	1	71	1.17
25058126--25058189	24	2.8	23	80	15	62	6	20	3	70	1.23
25062043--25062106	27	2.4	27	91	0	101	46	14	15	23	1.82
25074368--25074417	21	2.2	22	82	10	57	24	14	18	44	1.86
25084303--25084355	23	2.4	22	76	20	56	9	18	3	67	1.33
25085634--25085659	9	2.9	9	100	0	52	11	0	11	76	1.01
25087225--25087436	40	5.3	40	86	4	234	25	21	28	25	1.99
25087225--25087469	80	3.1	80	79	5	196	26	21	28	24	1.99
25098206--25098242	7	5.6	7	93	6	60	86	0	0	13	0.57
25098202--25098241	6	6.5	6	86	13	55	85	0	0	15	0.61
25098202--25098242	13	3.2	13	86	13	59	85	0	0	14	0.60
25098202--25098241	19	2.2	18	95	4	71	85	0	0	15	0.61
25100242--25100303	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
25100242--25100304	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
25100797--25100856	6	10.0	6	85	0	84	76	1	18	3	1.00
25100805--25100865	18	3.4	18	86	4	88	72	3	19	4	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25100798--25100865	12	5.7	12	82	6	84	73	2	19	4	1.13
25100917--25100955	18	2.3	18	86	8	55	69	0	17	12	1.19
25103506--25103560	21	2.4	22	76	14	58	41	16	16	25	1.88
25108459--25108503	21	2.3	18	85	11	54	17	26	0	55	1.42
25108611--25108642	15	2.1	16	94	5	57	6	21	0	71	1.07
25109583--25109635	12	4.7	11	84	11	63	13	3	5	77	1.09
25109583--25109635	11	4.6	12	80	13	58	13	3	5	77	1.09
25123953--25124054	31	3.0	32	77	21	77	26	32	21	19	1.97
25123956--25124115	38	4.4	40	76	20	149	25	30	22	22	1.99
25134912--25135060	30	4.9	31	78	9	112	26	22	26	24	2.00
25134937--25135065	30	4.4	29	78	13	133	27	20	25	26	1.99
25134947--25135061	58	1.9	59	84	3	151	26	20	26	26	1.99
25135173--25135247	26	2.9	26	83	0	105	40	24	22	13	1.90
25135273--25135417	27	5.4	27	85	4	204	15	20	20	42	1.89
25136084--25136144	5	12.4	5	76	10	63	57	1	40	0	1.08
25136097--25136146	18	2.8	18	85	8	66	58	0	42	0	0.98
25144985--25145346	42	8.7	42	76	9	330	36	25	15	22	1.94
25144985--25145342	84	4.3	84	88	1	499	36	25	15	22	1.94
25146353--25146387	13	2.7	13	90	0	61	42	8	14	34	1.76
25148181--25148262	42	2.0	42	82	4	103	30	23	14	31	1.94
25150975--25151335	84	4.3	84	89	2	534	36	24	17	22	1.95
25152333--25152367	13	2.7	13	87	12	54	37	11	17	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25153002--25153100	30	3.4	29	87	2	137	23	24	28	24	2.00
25155743--25155826	30	2.9	30	85	3	109	23	21	26	28	1.99
25155740--25155826	28	3.0	28	81	6	102	25	21	25	27	2.00
25155937--25156025	26	3.4	26	87	1	124	39	24	22	13	1.90
25156181--25156320	27	5.2	27	85	0	174	15	17	21	45	1.86
25156180--25156320	54	2.6	54	87	1	194	16	17	21	44	1.86
25159617--25159657	17	2.3	19	80	16	52	31	2	2	63	1.20
25178223--25178257	17	2.1	17	89	10	54	71	0	8	20	1.11
25187503--25187771	40	6.7	40	94	0	457	31	20	26	21	1.98
25195994--25196222	40	5.7	40	95	0	395	31	20	26	22	1.98
25201794--25201830	15	2.3	17	81	13	51	81	2	0	16	0.81
25217163--25217278	25	4.6	25	89	0	160	30	24	21	24	1.99
25217182--25217290	25	4.4	23	80	11	92	33	23	20	22	1.97
25227110--25227151	8	5.0	8	85	8	57	16	2	0	80	0.81
25227110--25227151	9	4.9	9	83	16	54	16	2	0	80	0.81
25227110--25227151	16	2.5	17	92	7	68	16	2	0	80	0.81
25230866--25230914	24	2.0	24	84	7	64	44	6	12	36	1.67
25243002--25243090	23	4.0	22	74	12	74	30	16	14	38	1.89
25243102--25243148	15	3.1	15	84	0	58	27	17	25	29	1.97
25252935--25252968	13	2.6	13	90	9	52	32	20	2	44	1.67
25252994--25253033	13	3.1	13	85	0	53	42	25	0	32	1.55
25254232--25254270	20	2.0	20	85	10	53	51	5	0	43	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25275496--25275697	47	4.3	47	87	0	251	30	12	20	35	1.91
25289318--25290089	100	7.7	100	83	2	906	24	18	22	33	1.97
25289382--25290074	300	2.3	300	88	1	1030	24	18	22	34	1.96
25289433--25290074	50	12.8	50	69	3	333	24	19	22	33	1.97
25291361--25291420	21	3.3	17	75	20	59	15	15	0	70	1.18
25291375--25291412	7	5.4	7	81	12	51	15	15	0	68	1.22
25291375--25291419	14	3.1	15	84	12	58	15	15	0	68	1.21
25305555--25305592	18	2.1	18	85	9	51	52	7	13	26	1.67
25307932--25307965	16	2.3	15	90	10	52	35	5	20	38	1.77
25313565--25313609	18	2.5	19	80	20	60	44	0	13	42	1.43
25313939--25313993	25	2.2	25	83	6	67	40	14	16	29	1.88
25313964--25314041	40	2.0	40	97	0	147	42	10	15	32	1.80
25317196--25317376	50	3.6	50	80	5	186	22	32	20	25	1.98
25318090--25318271	50	3.6	50	80	4	197	21	30	20	26	1.98
25318134--25318323	50	3.7	50	85	5	184	23	29	20	27	1.98
25320333--25320605	50	5.4	50	79	8	216	21	29	21	26	1.99
25320369--25320558	98	1.9	98	81	2	229	20	31	23	25	1.98
25321281--25321707	50	8.4	50	72	14	266	23	27	20	28	1.99
25322046--25322102	29	1.9	30	89	3	89	33	26	5	35	1.79
25323705--25323944	98	2.4	98	79	3	250	20	30	22	25	1.99
25323705--25324000	50	5.9	50	79	5	240	22	29	21	26	1.99
25324667--25325095	50	8.4	50	72	14	279	23	27	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25325432--25325488	29	1.9	30	86	10	82	31	26	7	35	1.83
25331225--25331460	50	4.5	50	86	8	219	23	30	19	26	1.98
25331189--25331465	100	2.6	104	81	8	296	23	28	20	27	1.99
25331268--25331465	56	3.7	56	91	4	293	25	28	19	27	1.98
25339581--25339778	57	3.5	57	78	5	197	28	25	14	31	1.95
25339903--25340054	52	2.9	53	80	3	146	28	23	13	34	1.93
25346550--25346796	50	4.9	50	78	6	221	28	20	27	23	1.99
25346605--25346796	99	1.9	100	80	1	224	29	21	28	21	1.98
25364959--25364991	13	2.5	13	90	0	57	45	15	0	39	1.46
25369749--25369791	22	2.0	22	86	9	61	30	0	20	48	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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