genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5924668--5924693	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
5924925--5924955	12	2.6	12	94	0	53	19	0	19	61	1.35
5931206--5931244	19	2.0	20	85	5	53	61	7	0	30	1.24
5931256--5931408	44	3.6	42	80	13	145	0	34	0	64	0.98
5931304--5931406	35	2.8	37	81	11	108	0	33	0	65	1.00
5931267--5931406	39	3.5	39	75	19	130	0	33	0	65	0.98
5931450--5931516	27	2.5	27	95	0	116	14	26	29	28	1.96
5931585--5931652	27	2.5	27	100	0	136	45	0	14	39	1.45
5934378--5934442	20	3.1	20	74	14	60	46	26	4	23	1.71
5934545--5934752	76	2.7	75	82	6	249	27	22	18	32	1.97
5934918--5935341	113	3.7	113	77	7	369	27	22	16	34	1.95
5934931--5935341	227	1.8	227	79	4	488	27	21	15	34	1.94
5937374--5937436	32	2.0	32	87	6	92	47	7	6	38	1.58
5937205--5937470	145	1.8	144	83	2	354	42	9	9	38	1.70
5938037--5938100	28	2.3	28	97	0	119	54	0	10	34	1.35
5948852--5948905	26	2.1	26	93	3	92	44	11	12	31	1.78
5948930--5948997	16	4.2	16	90	0	109	27	0	38	33	1.57
5948978--5949087	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
5949213--5949254	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
5949222--5949263	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
5949248--5949435	61	3.1	61	70	14	208	48	7	1	42	1.40
5949216--5949445	120	1.9	120	100	0	460	49	6	1	41	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5949332--5949383	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
5949251--5949434	59	3.1	59	67	22	175	48	7	1	41	1.41
5952926--5953203	137	2.0	137	97	0	520	36	17	10	35	1.85
5955061--5955086	12	2.2	12	100	0	52	42	7	7	42	1.62
5957833--5957881	6	8.2	6	100	0	98	51	0	16	32	1.45
5958645--5958699	29	1.9	28	85	3	74	36	14	9	40	1.78
5959287--5959343	29	2.0	29	82	0	69	40	15	5	38	1.70
5964359--5964392	6	5.7	6	92	0	50	17	20	38	23	1.93
5966212--5966237	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
5972280--5972357	24	3.2	24	96	0	147	29	24	26	19	1.98
5972278--5972396	48	2.4	49	80	8	136	31	23	26	18	1.97
5972329--5972467	73	1.9	71	81	5	163	31	23	26	18	1.97
5973232--5973270	20	1.9	20	84	5	51	35	25	0	38	1.56
5977156--5977222	34	2.0	34	100	0	134	35	11	7	44	1.70
5978772--5978823	26	2.0	26	84	0	68	44	23	13	19	1.86
5982463--5982538	25	3.1	25	77	19	79	13	18	1	67	1.30
5982494--5982538	23	2.0	23	82	8	56	17	15	0	66	1.25
5990346--5990408	31	2.0	31	96	0	117	47	15	15	20	1.82
5999518--5999569	18	2.9	18	83	11	79	57	3	9	28	1.48
6001673--6001753	39	2.1	39	97	0	153	56	9	1	32	1.40
6005235--6005299	32	2.0	32	100	0	130	35	15	21	27	1.94
6007183--6007233	18	2.8	18	82	5	59	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6007385--6007478	49	2.0	47	89	8	147	32	13	12	40	1.83
6008108--6008141	11	3.1	11	86	0	50	67	0	0	32	0.91
6013493--6013535	21	2.0	21	90	0	68	20	30	11	37	1.89
6018455--6018505	24	2.1	24	100	0	102	29	23	13	33	1.93
6042858--6042883	8	3.2	8	100	0	52	34	23	0	42	1.54
6051687--6051716	16	1.9	15	93	6	51	60	16	10	13	1.59
6052772--6052881	35	3.3	35	67	27	110	28	5	12	53	1.60
6052746--6052885	66	2.2	65	96	2	255	28	5	11	54	1.59
6066167--6066208	20	2.0	21	90	4	68	76	0	4	19	0.96
6069253--6069304	26	2.0	27	84	3	70	28	9	3	57	1.48
6069606--6069640	17	2.1	17	100	0	70	31	22	34	11	1.90
6083777--6083850	3	24.3	3	83	8	96	31	2	4	62	1.28
6097906--6098179	45	6.1	45	88	1	379	29	18	24	27	1.98
6103866--6103908	23	1.9	23	90	4	70	44	13	6	34	1.72
6103892--6103944	19	3.0	17	73	10	52	33	20	9	35	1.85
6103863--6103920	22	2.6	22	81	7	73	41	17	5	36	1.72
6104411--6104442	16	2.0	16	100	0	64	25	6	6	62	1.42
6104863--6104939	7	11.0	7	77	0	64	44	38	1	15	1.55
6111025--6111076	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
6114808--6115127	46	6.9	46	91	1	439	29	23	8	38	1.85
6116983--6117030	24	2.0	23	96	4	87	29	27	0	43	1.55
6120328--6120359	8	4.0	8	95	0	55	46	3	0	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6122928--6122985	30	1.9	30	82	0	71	10	24	37	27	1.88
6140762--6140799	20	1.9	20	100	0	76	71	0	0	28	0.87
6142487--6142657	91	1.9	90	82	1	216	34	14	21	29	1.93
6147023--6147101	32	2.6	31	84	9	92	37	8	17	35	1.81
6147033--6147114	29	2.7	31	78	16	91	46	9	14	29	1.77
6148472--6148514	17	2.6	17	77	3	52	58	0	0	41	0.98
6149164--6149219	29	1.9	29	82	7	69	30	5	10	53	1.58
6151894--6151942	22	2.3	22	85	3	64	65	4	6	24	1.33
6154694--6154775	24	3.4	24	81	0	101	12	43	6	37	1.67
6156699--6156733	16	2.1	18	89	10	56	57	0	2	40	1.14
6156910--6156953	9	4.9	9	81	10	54	43	0	31	25	1.55
6158449--6158482	16	2.0	16	88	11	50	58	0	0	41	0.98
6159181--6159214	17	2.0	17	94	0	59	26	11	14	47	1.79
6159324--6159363	19	2.1	19	85	0	53	52	5	15	27	1.63
6166838--6166891	27	2.0	28	85	3	74	16	7	9	66	1.42
6172088--6172123	18	2.0	18	88	0	54	50	0	5	44	1.25
6172105--6172161	22	2.5	23	82	2	71	61	0	1	36	1.07
6172141--6172202	19	3.0	21	77	20	76	66	0	1	32	1.02
6172775--6172801	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
6172779--6172817	10	3.3	12	82	17	55	33	2	0	64	1.08
6172779--6172831	22	2.5	20	85	14	63	33	1	1	62	1.17
6185459--6185512	21	2.6	21	81	0	63	29	31	9	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6207520--6207565	15	3.1	15	77	0	56	23	10	50	15	1.75
6210170--6210301	69	1.9	69	86	6	189	32	12	12	41	1.82
6211507--6211608	31	3.3	31	65	13	73	40	12	12	34	1.82
6211789--6211817	14	2.0	15	93	6	51	17	6	6	68	1.34
6224747--6224797	3	17.3	3	75	4	50	60	3	1	33	1.26
6226414--6226454	19	2.1	19	86	4	55	68	0	0	31	0.90
6226407--6226454	18	2.6	18	87	9	62	66	2	0	31	1.03
6231376--6231427	24	2.2	24	89	0	77	53	7	3	34	1.48
6233194--6233227	13	2.5	13	90	4	50	61	11	8	17	1.54
6233317--6233368	24	2.2	24	96	0	95	57	7	0	34	1.27
6233936--6233967	15	2.1	15	100	0	64	46	0	0	53	1.00
6242414--6242466	16	3.3	16	74	10	54	15	33	1	49	1.55
6263526--6263575	8	6.8	8	86	9	54	34	0	66	0	0.92
6263529--6263571	4	10.8	4	80	9	52	30	0	69	0	0.88
6263529--6263575	12	3.9	12	83	10	69	31	0	68	0	0.90
6272959--6273008	20	2.5	20	87	6	75	46	16	10	28	1.78
6283359--6283393	18	1.9	18	94	0	61	25	42	11	20	1.85
6284939--6284985	15	3.1	15	71	17	51	44	2	2	51	1.25
6287665--6287700	17	2.1	18	89	5	56	50	0	0	50	1.00
6288421--6288495	35	2.1	36	82	9	91	64	0	0	36	0.94
6289852--6289898	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
6291452--6291568	44	2.7	44	76	11	123	23	23	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6291702--6291887	86	2.2	86	89	1	282	22	22	22	32	1.98
6291706--6291915	86	2.4	86	84	3	262	24	21	23	30	1.99
6292085--6292239	44	3.5	44	77	4	161	27	22	20	29	1.99
6292171--6292496	87	3.8	88	71	11	287	28	20	19	30	1.97
6292122--6292604	44	11.3	44	69	13	228	26	21	20	31	1.98
6292315--6292578	83	3.1	83	70	14	277	28	20	19	31	1.97
6292369--6292457	46	1.9	46	88	0	133	25	20	21	32	1.97
6292205--6292580	170	2.2	170	95	0	671	27	21	19	31	1.97
6292710--6292848	44	3.1	45	68	12	124	23	23	22	31	1.98
6292742--6292880	44	3.2	44	66	8	129	28	23	21	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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