genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  3  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
705139--705202	29	2.3	27	82	12	76	35	3	15	45	1.62
705441--705477	13	2.8	14	88	8	51	51	2	0	45	1.15
717047--717112	34	2.0	34	87	3	98	21	19	6	53	1.67
718359--718385	13	2.1	13	100	0	54	29	7	29	33	1.85
720751--720796	22	2.0	23	84	12	60	67	0	8	23	1.18
724538--724573	14	2.6	14	90	0	54	72	0	0	27	0.85
733524--733579	29	1.9	29	82	13	71	50	0	5	44	1.25
734870--734903	17	1.9	18	88	5	52	29	2	0	67	1.05
748675--748730	19	3.0	18	82	17	62	41	3	1	53	1.29
753012--753040	15	1.9	15	100	0	58	44	20	34	0	1.52
753864--753922	30	2.0	31	83	6	77	30	3	1	64	1.20
754535--754582	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
755485--755537	16	3.4	16	76	5	54	22	11	5	60	1.52
755484--755544	31	2.0	31	86	0	86	22	13	8	55	1.64
769033--769202	89	1.9	89	89	2	263	42	11	4	40	1.62
769555--769599	24	1.9	24	90	4	74	57	2	2	37	1.23
769652--769686	12	2.6	14	86	13	56	34	0	2	62	1.10
772064--772098	16	2.2	16	89	0	52	77	0	22	0	0.78
773617--773841	77	2.9	77	88	0	324	41	16	9	32	1.80
775476--775526	25	2.1	23	82	17	59	37	5	0	56	1.23
775522--775603	24	3.5	22	71	14	58	29	1	2	67	1.11
775522--775570	22	2.1	24	85	7	66	32	2	2	63	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775500--775575	32	2.3	35	80	11	88	36	3	1	57	1.25
777446--777509	32	2.0	32	81	6	76	31	20	12	35	1.90
784233--784311	20	3.8	20	75	6	77	22	34	1	41	1.62
786573--786608	19	1.9	19	88	5	56	41	2	2	52	1.30
789676--789762	18	4.8	18	81	5	95	28	24	14	32	1.95
789674--789762	36	2.5	36	92	0	142	28	23	15	32	1.95
795948--795995	12	4.3	12	75	17	50	60	0	2	37	1.09
795947--795986	21	1.9	21	94	0	71	62	0	2	35	1.09
795978--796038	27	2.3	25	83	10	86	62	0	1	36	1.05
801084--801119	17	2.1	17	94	0	63	63	5	2	27	1.30
803063--803096	17	2.0	17	88	0	50	20	32	26	20	1.97
805478--805515	13	2.9	13	88	0	58	28	52	2	15	1.56
807862--807894	17	1.9	17	88	11	50	39	12	6	42	1.67
812232--812322	48	1.9	48	84	6	123	18	15	25	40	1.90
812384--812426	21	2.0	21	100	0	86	37	9	20	32	1.85
819307--819372	28	2.3	28	81	5	78	50	16	12	21	1.77
819338--819462	60	2.1	59	85	5	162	51	13	11	24	1.73
823143--823173	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
827465--827754	120	2.4	120	91	3	485	42	3	4	50	1.37
827595--827650	15	4.1	14	78	14	55	41	0	0	58	0.98
827526--827712	61	3.1	61	67	20	183	40	3	6	49	1.44
827706--827740	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827694--827968	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
827853--827887	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
828049--828143	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
828748--828831	9	9.4	9	72	20	61	63	1	0	35	1.03
828940--828991	17	3.0	17	80	8	61	34	1	0	63	1.06
831511--831535	12	2.1	12	100	0	50	8	16	68	8	1.38
832560--832656	46	2.1	46	83	5	117	26	19	19	34	1.96
839639--839682	23	1.9	23	90	0	70	61	4	2	31	1.28
839643--839685	11	3.8	11	80	17	52	65	2	2	30	1.18
840438--840481	22	2.0	22	86	4	61	61	13	13	11	1.57
847871--847906	15	2.4	15	85	0	54	44	8	0	47	1.33
856491--856534	23	1.9	23	100	0	88	31	9	2	56	1.43
856595--856670	27	2.8	27	87	0	107	26	28	28	15	1.96
856715--856756	19	2.2	19	86	0	57	26	0	7	66	1.17
856726--856766	19	2.2	19	86	0	55	24	2	4	68	1.22
856773--856798	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
856803--856871	28	2.5	28	90	2	113	42	8	0	49	1.34
857556--857607	26	2.0	26	96	0	95	34	0	9	55	1.32
857841--857910	28	2.5	29	90	6	110	48	1	10	40	1.45
860650--860785	69	2.0	69	89	0	209	45	18	8	27	1.79
866929--866966	19	2.0	19	89	0	58	31	0	0	68	0.90
867256--867304	20	2.5	19	77	6	53	36	0	4	59	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868630--868656	14	1.9	14	100	0	54	37	7	18	37	1.79
874942--874980	20	1.9	20	89	5	60	56	0	0	43	0.99
874946--875002	27	2.1	28	83	9	73	59	0	0	40	0.97
891603--891644	20	2.0	21	90	4	68	66	0	7	26	1.17
891664--891713	26	1.9	26	88	8	75	32	0	2	66	1.03
891650--891692	22	2.1	20	83	12	52	27	0	2	69	1.00
891655--891732	26	2.9	26	78	17	72	29	0	2	67	1.03
903022--903065	20	2.2	20	84	12	54	22	27	15	34	1.95
904820--904850	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
904992--905029	20	2.0	20	89	5	60	42	0	5	52	1.24
904994--905065	18	3.9	18	71	10	56	36	0	9	54	1.34
904992--905035	20	2.3	20	84	7	56	45	0	6	47	1.29
908342--908377	14	2.6	14	90	0	54	38	8	25	27	1.84
908364--908409	20	2.3	20	85	10	60	28	10	17	43	1.82
915226--915256	12	2.6	12	94	0	53	32	0	19	48	1.49
916012--916049	19	2.1	19	85	5	51	73	10	0	15	1.09
916172--916529	151	2.4	151	88	5	528	29	10	8	51	1.65
919157--919286	31	4.3	31	76	13	126	26	15	10	47	1.78
919246--919358	60	1.9	60	83	3	147	23	17	12	46	1.82
919157--919350	90	2.1	90	85	0	253	25	17	11	45	1.81
927572--927675	50	2.1	50	100	0	208	40	16	19	24	1.91
935822--935925	50	2.1	50	98	0	199	25	18	16	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936411--936514	50	2.1	50	98	0	199	24	18	16	41	1.90
943650--943748	50	2.0	50	100	0	198	22	20	16	41	1.90
945955--946001	20	2.6	18	75	15	51	44	0	2	53	1.12
946257--946289	17	1.9	17	93	0	57	51	3	0	45	1.16
951450--951577	67	1.9	68	90	1	204	42	17	13	26	1.87
964626--964685	21	2.7	22	85	12	79	51	11	0	36	1.38
966154--966230	40	1.9	40	100	0	154	53	12	16	16	1.73
971536--971582	23	2.0	23	100	0	94	48	12	12	25	1.77
976668--976771	44	2.4	44	100	0	208	46	2	6	44	1.44
976855--976911	16	3.6	16	92	0	96	45	5	3	45	1.43
976885--976946	22	2.7	23	90	5	90	48	1	1	48	1.21
977401--977526	61	2.1	61	82	5	148	50	7	5	36	1.55
981978--982032	20	2.7	20	78	16	58	63	1	16	18	1.39
984403--984440	19	2.1	19	90	5	60	42	0	2	55	1.14
988530--988571	2	21.0	2	95	0	75	47	2	50	0	1.14
996772--996825	21	2.6	21	76	2	56	1	20	3	74	1.07
997797--997838	20	2.0	21	90	4	68	78	0	19	2	0.86
1006497--1006596	51	1.9	52	86	6	141	45	6	17	32	1.72
1011672--1011722	15	3.5	15	69	15	52	21	9	15	52	1.71
1011851--1011899	25	1.9	26	83	4	64	18	6	6	69	1.31
1012028--1012061	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
1013238--1013267	15	1.9	16	93	6	53	23	3	6	66	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1027775--1027858	27	3.0	27	72	17	64	58	0	2	39	1.11
1027774--1027835	29	2.0	30	84	9	81	59	0	1	38	1.07
1032341--1032397	8	7.2	8	77	20	50	49	0	1	49	1.11
1032472--1032520	17	2.9	17	90	3	73	63	6	28	2	1.30
1033355--1033489	40	3.4	40	76	9	134	27	16	22	33	1.95
1033633--1033672	20	2.0	20	100	0	80	40	10	20	30	1.85
1037459--1037511	24	2.2	24	86	6	72	22	0	3	73	0.99
1049013--1049181	68	2.5	68	85	1	223	24	11	19	44	1.83
1049406--1049543	72	1.9	70	86	2	195	36	6	31	26	1.82
1059355--1059393	17	2.4	16	83	8	51	69	5	2	23	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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