genome.fa.s17.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56598092

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  44  of  185  ( 22116 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12397977--12398098	39	3.3	39	68	21	125	25	8	22	43	1.81
12397977--12398120	72	2.0	72	97	0	270	26	8	21	43	1.80
12398312--12398339	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
12398372--12398456	32	2.6	33	79	5	102	44	17	11	25	1.83
12398449--12398488	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
12398437--12398503	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
12398472--12398511	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
12398983--12399082	41	2.4	42	79	14	109	27	24	22	27	1.99
12399979--12400020	21	2.0	22	90	9	70	30	14	19	35	1.91
12401506--12401551	19	2.3	20	81	3	58	32	10	4	52	1.56
12409174--12409357	45	4.1	45	83	4	212	36	26	15	21	1.93
12415869--12415949	27	3.0	26	74	13	67	69	4	4	20	1.27
12417136--12417200	31	2.1	31	82	5	78	26	4	1	67	1.18
12417329--12417405	27	2.9	25	76	12	73	29	2	3	63	1.25
12419086--12419142	22	2.6	21	84	13	71	28	0	8	63	1.24
12436689--12436729	18	2.4	17	92	8	66	73	0	0	26	0.84
12436689--12436744	18	3.1	18	82	10	62	66	1	1	30	1.12
12444349--12444404	20	2.8	20	75	0	58	35	14	12	37	1.84
12445246--12445315	28	2.5	28	84	11	97	41	20	18	20	1.91
12445268--12445323	28	2.0	28	86	6	78	41	23	17	17	1.90
12447363--12447391	6	4.8	6	100	0	58	34	13	17	34	1.89
12450239--12450292	28	2.0	28	88	3	83	55	18	5	20	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12451805--12451854	25	2.0	25	84	0	64	44	18	12	26	1.84
12460560--12460599	19	2.0	20	95	4	73	25	5	32	37	1.77
12461152--12461256	37	2.8	37	81	2	122	24	15	26	33	1.95
12468302--12468348	24	2.0	24	83	8	60	42	8	12	36	1.74
12475643--12475671	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
12477458--12477494	12	3.2	12	88	3	58	0	48	0	51	1.00
12484553--12484625	35	2.1	35	86	0	101	39	8	4	47	1.52
12490255--12490296	4	10.5	4	100	0	84	26	0	23	50	1.50
12492972--12493015	23	1.9	23	95	0	79	36	4	27	31	1.77
12493850--12493962	28	4.1	27	74	12	95	28	1	3	66	1.18
12493853--12493896	19	2.3	19	84	0	61	31	0	2	65	1.05
12496046--12496128	38	2.1	38	86	4	112	53	6	2	38	1.39
12499637--12499940	102	2.9	101	83	4	374	19	31	17	31	1.95
12504828--12504927	53	1.9	52	84	9	134	34	1	2	63	1.13
12504801--12504961	87	1.9	85	81	2	196	36	2	1	59	1.21
12530664--12530707	23	1.9	23	90	0	70	45	20	20	13	1.85
12530666--12530715	23	2.2	23	85	0	64	44	20	22	14	1.86
12540305--12540372	21	3.2	21	66	16	50	73	4	8	13	1.22
12541712--12541759	16	2.9	15	80	17	51	29	0	2	68	1.01
12541713--12541766	25	2.2	24	86	3	72	25	0	1	72	0.95
12542391--12542450	11	5.5	11	88	5	86	23	28	0	48	1.51
12544277--12544319	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12544740--12545007	49	5.5	49	96	0	464	42	2	8	45	1.50
12547792--12548204	126	3.3	124	93	1	709	29	21	18	30	1.97
12548383--12548416	12	2.7	13	86	9	52	41	41	0	17	1.50
12558224--12558261	20	2.1	18	85	14	51	57	13	0	28	1.36
12561100--12561171	30	2.5	30	81	4	76	36	15	13	34	1.87
12561117--12561173	30	1.9	30	88	0	87	29	14	15	40	1.87
12561839--12561881	22	2.0	22	95	0	77	9	20	27	41	1.83
12561942--12562211	43	6.3	43	83	3	312	31	33	16	19	1.94
12563609--12563758	41	3.6	41	96	0	264	23	28	20	28	1.99
12563613--12563788	82	2.1	82	85	0	235	23	26	19	29	1.99
12568790--12568834	13	3.4	13	84	6	54	24	26	17	31	1.97
12569417--12569459	22	2.0	22	95	0	77	25	0	48	25	1.51
12569910--12570028	7	16.7	7	76	10	80	43	35	0	21	1.53
12569928--12569972	15	3.1	15	83	3	56	40	35	0	24	1.56
12569981--12570034	14	3.8	14	82	4	63	50	27	0	22	1.50
12570981--12571306	41	7.7	40	80	11	314	33	26	20	19	1.96
12571094--12571268	93	1.9	93	89	4	273	32	29	20	17	1.96
12571052--12571306	134	1.9	134	88	3	388	32	27	20	18	1.96
12585051--12585083	16	1.9	17	88	11	50	57	6	0	36	1.23
12585075--12585159	10	8.5	10	69	19	61	60	1	0	38	1.05
12585069--12585149	40	2.0	40	81	13	96	61	1	0	37	1.04
12585076--12585193	10	11.4	10	68	20	57	61	1	0	36	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12588644--12588694	25	2.1	24	82	10	59	72	0	13	13	1.12
12599573--12599664	45	2.1	43	84	8	114	36	23	2	36	1.68
12599654--12599697	16	2.8	16	78	0	61	29	22	4	43	1.73
12600578--12600645	24	2.8	24	79	0	64	44	13	17	25	1.85
12603023--12603146	57	2.2	57	92	0	203	27	21	14	36	1.93
12608899--12608972	39	1.9	38	81	8	87	47	0	1	51	1.09
12608938--12608975	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
12609192--12609223	17	2.0	17	88	11	50	62	15	21	0	1.32
12610073--12610242	43	4.0	43	83	5	202	31	30	15	22	1.95
12615072--12615135	14	4.5	14	71	11	58	34	42	0	23	1.55
12615062--12615157	22	4.4	22	77	5	79	35	39	0	25	1.56
12615349--12615381	16	2.1	16	88	11	50	57	0	0	42	0.98
12615742--12615915	73	2.4	73	94	1	296	24	29	20	25	1.99
12615815--12616026	111	1.9	113	88	2	320	24	27	22	25	1.99
12615725--12616099	184	2.0	185	89	2	565	25	28	19	26	1.99
12615929--12616172	73	3.4	73	90	1	359	25	28	20	26	1.99
12615999--12616365	187	2.0	186	91	0	599	25	29	19	25	1.99
12616072--12616286	114	1.9	114	89	0	331	26	28	20	25	1.99
12616186--12616438	73	3.5	73	86	1	382	23	26	20	28	1.99
12615742--12616619	259	3.4	260	91	1	1399	24	27	20	27	1.99
12616334--12616545	114	1.9	114	88	4	320	23	25	21	28	1.99
12616448--12616619	74	2.3	73	81	6	195	23	25	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12616823--12616886	27	2.5	27	80	12	73	39	0	26	34	1.57
12623118--12623166	24	2.2	23	79	13	59	51	0	2	46	1.12
12623122--12623165	12	3.7	11	80	14	52	52	0	2	45	1.13
12623145--12623182	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
12623355--12623430	5	14.6	5	71	22	50	72	5	18	3	1.19
12623360--12623430	16	4.4	16	75	10	56	71	5	18	4	1.22
12624289--12624352	27	2.5	27	80	12	73	39	0	26	34	1.57
12630471--12630541	27	2.6	27	77	0	70	25	32	30	11	1.91
12630636--12630673	3	12.7	3	94	0	67	63	0	36	0	0.95
12630785--12630842	24	2.4	24	77	11	66	15	0	12	72	1.12
12631015--12631061	23	2.0	23	88	8	69	23	4	12	59	1.51
12630923--12631146	76	2.9	77	76	9	231	35	4	8	50	1.55
12631121--12631167	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
12633964--12634005	8	5.4	8	85	5	59	23	0	26	50	1.50
12636415--12637107	159	4.4	158	92	1	1131	28	8	8	54	1.60
12636416--12637107	317	2.2	316	91	2	1122	28	8	8	54	1.60
12637258--12637380	30	4.4	30	77	17	147	63	7	5	23	1.42
12637258--12637312	14	3.8	14	77	17	67	67	7	3	21	1.31
12637254--12637354	52	1.9	52	93	0	175	64	6	4	23	1.38
12637666--12637718	3	18.0	3	81	18	67	1	33	0	64	1.05
12637666--12637708	8	5.2	8	81	13	52	0	34	0	65	0.93
12637666--12637718	11	4.8	11	81	13	65	1	33	0	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12637668--12637718	19	2.7	20	85	14	72	1	33	0	64	1.05
12641233--12641263	6	5.2	6	100	0	62	32	35	16	16	1.91
12645941--12645986	24	1.9	24	86	8	67	50	17	2	30	1.58
12646106--12646171	27	2.4	27	94	0	114	25	13	15	45	1.83
12648459--12648524	28	2.4	28	86	0	96	25	15	28	30	1.96
12652309--12652421	40	2.8	40	87	1	156	37	17	26	18	1.93
12652325--12652420	20	4.8	20	65	10	61	35	18	29	16	1.93
12674415--12674451	16	2.3	16	95	0	65	35	5	35	24	1.78
12674431--12674527	44	2.2	44	87	5	133	29	5	29	35	1.79
12674684--12674718	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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